中央情报局特工人员约翰·克拉克，拥有许多与杰克·瑞安相同的特质，但也同时拥有九十年代后期某些人惯有的偏执：他笃信暴力可以解决一切，认为武力是吓阻恐怖主义的最佳手段。他鉴于在冷战结束后仍有许多恐怖份子继续在世界各地活动，因此向总统提议成立反恐怖活动的部队，以扫除世界上所有的恐怖主义。提议获得同意，克拉克也成了这支部队的总指挥。

于是，一支由美国中情局人员，结合英、法、德精英所组成的特种部队便从而诞生，并取名为“彩虹”，而克拉克就是最高指挥官“彩虹六号”。

“彩虹”部队刚刚成立，世界上恰巧发生了接二连三的恐怖事件，正好给了反恐精英展露头角的机会。这一连串事件虽然看似各自独立，但发生时机的凑巧却引起克拉克的重视，尤其是当俄国开始针对彩虹部队进行调查之后，更令克拉克怀疑这些恐怖行动是否与俄国有关？

在彩虹部队与恐怖份子对峙之际，更大的危机却正一步步逼进，而且一旦爆发，将把人类推向灭亡……

汤姆·克兰西藉由彩虹部队、前苏联克格勃特工、悉尼奥运会，以及一群对环境保护环有激进思想的美国科学家的叙述，进而巧妙地揭露整个故事的中心主题――埃博拉病毒的秘密。

全书充满许多在混密通信、传送和解密方面的最新科技发明，其逼真之程度，令各国政府都大感震惊，而且都不敢承认他写的是确有其事。