虽然藤原泰衡对源赖朝采取了十分恭顺的态度，但赖朝对于陆奥的野心却并不会因此得到满足。作为他建立全国性武士政权的最后一个阻碍，陆奥藤原氏是他必须消灭的目标。而在义经死后的1189年6月26日，陆奥藤原氏又发生了内乱，泰衡甚至出兵攻击了一直反对自己的弟弟忠衡。看到这一情况的赖朝立刻便向朝廷要求下旨允许自己讨伐藤原泰衡，但法皇这一次还是没有允许赖朝。不过到了此时，既然赖朝早已通过任命守护和地头的方式将全国武士都掌握在了自己手中，他也不再顾及根本无法干预武家事务的法皇，在没有得到朝廷许可的情况下便开始集结军队。这支远征军兵源主要来自距离陆奥最近的关东地区，如果按照《吾妻镜》的说法，其总兵力居然高达28万人！这无疑是完全不现实的，而且要在陆奥供养这样一支大军也是根本不可能的，实际很可能连这个数字的五分之一都无法达到。

据说在蒙古远征军抵达日本之前，无学祖元曾询问时宗准备如何面对蒙古大军。作为回应，时宗只是大喝了一声——“战！”

7月19日，完成集结的远征军便开始进攻了。中央的源赖朝沿东山道进军，左翼的千叶常胤和八田知家沿太平洋沿岸推进，右翼的比企能员和宇佐美实政则位于日本海方面。8月8日，镰仓军与陆奥军爆发了一场并无决定性意义的前哨战，但两天后陆奥军便在阿津贺志山会战中被击溃。到22日，镰仓军已经进入了平泉，藤原泰衡则在一个月后被他的部下河田次郎刺杀，而此人后来也因背叛主人而被赖朝处死了。1190年2月，赖朝又平定了出羽方面的武士叛乱，并在同年3月任命伊泽家景为陆奥留守。至此，源赖朝已经消灭了日本国ｗｗw•9９ｌｉb•neｔ内所有反对自己的武士力量，他终于可以将精力完全集中在与朝廷周旋的方面，并将自己的政权合法化了。

就在镰仓的内乱刚刚平息之后，日本却突然发现自己即将第一次面临来自海外的入侵威胁——已经征服了欧亚大陆的蒙古人终于要将自己的阴影投向日本了。1268年，忽必烈首次向日本递交国书之后，已经64岁高龄的执权北条政村自知无力应对这场危机，只能将职权之位让给前任职权北条时赖之子北条时宗。

就在源赖朝几乎已经取得了完全的政治胜利之后不久，九条兼实却被反对幕府的公卿土御门通亲赶下了政坛，后者的养女又为后鸟羽天皇生下了一位皇子，后鸟羽天皇也将皇位让给了这位皇子，尊号为土御门天皇。1199年1月，源赖朝又在一次外出中从马背上摔下而亡。自源赖朝成为征夷大将军仅仅七年时间，幕府便似乎面临着土崩瓦解的危险。

在普通御家人以上，追捕源义经时设立的守护和地头则成为了幕府在各地的代理人。守护和地头也是由御家人任命而来，相比之下，地头统辖范围较小，通常只是负责对某一地区的庄园进行管理，而守护要管辖一国甚至多国，因此实力要更为强大一些。这些人在平时是当地行政官员，负责追捕当地案犯，处理武士争端，在战时则是当地御家人的最高指挥官。不过在镰仓早期，无论是守护还是地头，能够从当地税收中所获得的利润都是相对较少的，他们手中的权力也要时刻受到幕府设置的西国探题、九州探题等机构监视和管辖，而且他们也并不是御家人效忠的对象，而只是幕府在各地的代理人。在赖朝成为将军之前，这一制度原本只是镰仓武士之间的私人主从规定。直九九藏书到1185年源赖朝因追捕义经而获得任命守护、地头的权力之后，才逐渐成为一项正式制度，形成了一套完整的武家统治体系，保证了武家政权的长久性和稳固性。

继承人源赖家对比企能员的重用也令御家人感到极为不满。1199年4月12日，13名重臣通过合议而剥夺了源赖家的诉讼裁判权，削弱了将军的绝对权威，此后有实力的御家人对幕府领导权的争夺愈演愈烈。在幕府的混乱之中，1200年9月，朝廷强令幕府处罚了三位四国的守护，而幕府对此虽然百般阻挠，却并没有成功。

1219年1月27日，源实朝在被朝廷封为右大臣当天遭到刺杀。由于没有直系子嗣能够继位，北条氏最后只能在旁系血亲中选择摄关家的左大臣九条道家之子，年仅两岁的藤原赖经继承源氏宗家，但此人直到1226年才被授予将军头衔。在那之前，幕府的权力事实上被掌握在了早在源赖朝死后便出家成为尼姑的北条政子手中，后者也因此得名“尼将军”。

虽然已经权倾天下，但源赖朝还是清醒地认识到，如果自己不能从朝廷获得一个合适的武士官职，则镰仓的统治便无法在自己死后继续延续下去。如果源氏只是像平氏一样将自己的权力寄托于朝廷体系，那么最终还是会因受到皇室过多牵制而迅速瓦解。解决这一问题最好的办法便是要求朝廷授予自己征夷大将军之职，由于这一职务原本就并非律令制朝廷官位之一，而只是一个军事任命，得到大将军职务便等同于可以名正言顺地将武士与朝廷剥离了。此外，由于将军还拥有开设幕府的权力，只要能够将这一职位转变为世袭制，那么虽然将军在名义上仍属于天皇的臣子，但朝廷还是将永远失去涉足武家事务的机会。

北条时政在1215年死后，其子北条义时仍在扩张北条氏的权势，源实朝在对将军权力绝望之余甚至希望逃往南宋。而北条义时为压制其他御家人，又试图将守护的终身制也改为交替制，最终因所受阻力过大而没能实现。1213年，御家人之间终于爆发了反对北条氏的暴乱，但暴乱的结果非但没有让北条氏的权力受到削弱，却终于使北条氏得以铲除反对势力，并将执权一职世袭化。

1190年11月7日，源赖朝终于在平治之乱被放逐整整30年后首次回到了京都，而他来到这里的目的便是希望朝廷能够任命他为征夷大将军，以使其能够在法理上也成为全国武士领袖。不过后白河法皇却只给了赖朝右近卫大将以及权大纳言两个官位。到第二年12月，赖朝仍没有达到自己的目的。为了向朝廷施压，赖朝在辞去了所有官位后返回镰仓。通过这一行动，赖朝向朝廷昭示，既然现在全国所有武士几乎都已经成为了镰仓的家臣，自己即使无法得到征夷大将军官位，也依然能够以镰仓之主的方式统御全国。如果这真的成为了现实，朝廷便将彻底失去对武士的控制力。在如此巨大的压力下，后白河法皇却并不准备屈服，反而进一步采取措施加强院政影响力，试图与武士阶级进行最后的决斗。

但这一情况很快出现了翻天覆地的变化。1192年3月13日，后白河法皇驾崩了。而这位被源赖朝称为“日本第一大天狗”的政治鬼才也带走了皇室最后的声望。自此之后，亲镰仓的关白九条兼实成为了朝廷的掌控者。仅仅五个月后，他便以允许原有皇室、贵族庄园土地依旧由朝廷节制为条件，将源赖朝推上了征夷大将军的宝座，后者随即在镰仓开设幕九*九*藏*书*网府，对武士的庄园赏罚、官位晋升则完全由幕府负责。到了此时，皇室的权威甚至已经被削弱到后鸟羽天皇立皇太子时都必须与幕府商议。皇室除在自己的皇家庄园以外，已经彻底失去了对日本的控制，新的国家体系在以幕府为核心的武家庄园制基础上诞生了。

在军事方面，镰仓除了将平安时代武士动员方式制度化以外并没有做出太多改变。而武士们似乎也没有从源平合战中学到太多教训，其战斗方式、行军方式仍与先前无异，手中的武器也并没有什么变化。

面对幕府愈发混乱的情况，朝廷终于在1221年5月正式开始了公开的军事倒幕行动，后鸟羽上皇试图以北面武士、西面武士两支近卫军为主力，再辅以僧兵以及皇室庄园的武士来消灭北条氏，并以此作为推翻幕府的第一部。不过这位上皇却忽略了一个事实——无论幕府内部发生了多么严重的混乱和内斗，那也只是武士内部的问题。无论如何，武士们也绝不愿意重新回到皇室和公卿总揽大权、武士只能作为其走狗的时代。在北条政子的鼓动下，就连皇室庄园的庄园主都纷纷投靠幕府，使幕府军人数达到了19万人之多（《吾妻镜》数字，明显有着夸大成分），而朝廷却只能集结起大约2万人。短短一个月后，幕府军便在6月15日攻入京都，朝廷被彻底肢解。自此之后，甚至于皇位继承人的选择权也完全落入幕府手中，而不能再像先前那样只需征询幕府意见即可——朝廷在多番挣扎后终于被剥夺了一切对武士的控制权。此外，为避免因镰仓过于远离京都而再次出现无法控制朝廷和西国武士的情况，北条氏还取消了京都守护一职，改为在六波罗设置拥有更大权力的六波罗探题，并建立起了行政、诉讼、检察等各种机构，加强了幕府对于近畿和西国的控制力。

由于时宗笃信佛教，身边拥有不少禅师作为谋臣，而其中最富盛名者无疑便是自南宋而来的禅师无学祖元，后者在蒙古危机期间成为了北条时宗的精神导师。无学祖元本人在忽必九九藏书网烈征服宋朝期间对于蒙古人的残暴早已恨之入骨。他的寺院曾被蒙古人袭击，寺院里很多僧人都惨遭蒙古人屠杀。在生命受到威胁的情况下，无学祖元泰然自若，从容以对，这使得蒙古人大为震惊，也对其非常敬佩，最终将其释放，没有杀害无学祖元。在日本，无学祖元仍然保持着自己坚韧不拔的性格，对北条时宗的哲学观念产生了极大影响。

幕府建立后，原先的镰仓家臣制度便被赖朝正式定为全幕府统御全日本武士的基础。而效忠于将军的武士则被称为御家人，即“将军的家臣”，并分封到了日本各地。这些御家人在平时要负担一定的兵役、贡税，西国御家人要在京都以三至六个月为一循环担任警卫，东国御家人则以一至两个月为循环担任镰仓警卫，幕府以这些兵役为基础承认他们对庄园的所有权。如果发生战争，御家人在得到幕府命令后便应带领一族郎党赶往指定地点集结，并在幕府统一指挥下进行作战，而其装备和一部分粮食是要由自己负担的。如果御家人在履行这些义务时有怠慢或抵触行为，幕府便将视情况对其施以削减、没收领地，剥夺御家人身份甚至处死的惩罚。

面对幕府即将崩溃的局面，源赖朝的遗孀北条政子突然站了出来，并与其父北条时政一同迫使不得人心的儿子源赖家交出幕府控制权，并铲除了自赖朝时代便作为源氏亲信存在的梶原景时。1203年8月，北条氏以源赖家生病为由迫使其退位，政子的另一个儿子源实朝成为将军，北条时政以执权的头衔统辖幕府。不久之后，比企能员一族也被北条氏屠杀。1204年7月18日，源赖家也被暗杀，北条氏在幕府内部确立了统治性地位。造成这一结果的根源，则正是源赖朝起兵反对平氏时，对于北条时政的依赖。