小说以外科医生格列佛的四次出海航行冒险的经历为线索，一共由四部分组成。

第一卷：利立浦特（小人国）游记。叙述格列佛在小人国的游历见闻。这里的人，身长不满六英寸，他置身其中，就象巍巍的大山一般。小朝廷里充斥阴谋诡计、倾轧纷争。穿高跟鞋的一派与穿低跟鞋的一派互相攻击，势不两立。

第二卷：布罗卜丁奈格（大人国）游记。格列佛在利立浦特人的心目中是个宠然大物，但一到布罗卜丁奈格，他就象田间的鼬鼠一般小了。格列佛被当作小玩艺装入手提箱里，带到各城镇表演展览。后来，国王召见他，他慷慨陈辞，夸耀自己的祖国的伟大，政治的贤明，法律的公正，然而均一一遭到国王的抨击与驳斥。

第三卷：勒皮他、巴尔尼巴比、拉格奈格、格勒大锥、日本游记。主要描述格列佛在勒皮他（飞岛）和格勒大锥（巫人岛）的游历。飞岛上的人长得畸形怪状，整天担忧天体会发生突变，地球会被彗星撞击得粉碎，因而惶惶不可终日。在科学院里，设计家们正在从事研究如何从黄瓜中提取阳光取暖，把粪便还原为食物，繁殖无毛的绵羊，软化大理石等课题。在巫人岛上，岛主精通巫术，擅长招魂，他们博览古今，发现历史真相被权贵歪曲，娼妓般的作家在哄骗人世。

第四卷：慧駰国游记。叙述格列佛在智马国的游历。在这个国度里，居主宰地位的是有理性的公正而诚实的智马，供智马驱使的是一种类似人形的畜类耶胡，后者生性淫荡、贪婪、好斗，好吃懒做、喜欢在田间寻找、争夺一种发亮的石头！