这部小说是用撰写《日本的黑雾》时采访到的另一些素材写成的。虽说是小说，却取材于同一范围，因而没有一处是所谓虚构和杜撰的。《日本的黑雾》是以叙述体写成的，而《深层海流》则采用浅显易懂的描写文体。

作者把描写的笔触转向了战后日美当局之间的内幕并加以披露。《深层海流》把焦点放在日美议和后的日本政界黑幕上，尤其着重写为了接替美国占领军总部的情报机构而设立的“内阁调查室”。