《夜半歌声》为“夏日魔术”三部曲的第二部。这次的场景是“秋天”，故事是描写来梦、耕平与北本这个“老中青三人组”再次回到《夏日魔术》中的异世界“黄昏庄园”解救其他人的故事。

从“黄昏庄园”逃出来九个星期后，时节由夏天进入秋天，来梦和耕平以及北本各自迈向自己的人生。三人的再次相遇是在耕平及北本的母校——圣鲁卡斯大学的校庆上。朋友送给耕平的偶像歌手，小田切亚弓演唱会的票，那一夜三个人便去参加了亚弓的演唱会。异样的氛围中透露着即将发生奇异事件的讯息。隔天，三个人去拜访母校的校长，得知学校里有个被黑魔术诅咒的传闻，而事件发生的原因乃是“拜蛇教”，不安的预感再次产生……