赵新先出局后，三九重组成为众多重量级企业争夺的目标。上海实业集团、复星集团、德意志银行、华润集团和新世界集团等参与竞争。2007年3月，国资委决定，由央企华润集团重组三九。

2003年5月，曼哈顿时代广场上的广告牌被悄然拆除。9月28日，媒体刊文《98亿贷款：银行逼债三九集团》，三九的资金危机全面爆发。

1989年4月，解放军总后九九藏书网勤部向全军作出了《关于向赵新先同志学习的决定》。9月，赵新先被国务院授予“全国劳动模范”的称号。

1992年9月，朱镕基视察三九集团。赵新先的“一人机制”轰动全国。

1995年5月1日，在美国纽约曼哈顿时代广场，竖起了第一块中国公司的广告牌——“999三九药业”的霓虹灯广告。

1985年8月7日，赵新先率14人九九藏书上深圳笔架山，创办南方药厂。

2002年，赵新先提出在国际和国内两大战线同时出击，分别实施“麦当劳计划”和“沃尔玛战略”，后都中途夭折。

2005年，拥有500多家公司的三九集团呈现失控局面，“三九系”宣告瓦解。11月19日，赵新先涉嫌经济犯罪，在北京被拘捕。

2001年8月27日，三九在猝不及防的情况下遭到中国证监会的警告。中国证监会公开通报批评三九大股东及关联方占用上市公司资金超过25亿元，占公司净资产的96％。通报还公开点名谴责赵新先。99ｌｉｂ•neｔ

2004年3月，北京召开全国两会，全国政协委员赵新先大胆逼宫国九九藏书网资委，声称：国有出资人是存在的，但却没有实际出资。他要求国资委为三九注资50亿元，或让三九产权明晰化。

2004年5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先的一切职务。

2000年4月，创办号称全国最大医药健康网站999健康网。到2003年，三九名下共有13个公众服务网站和29个企业网站。

从1996年到2001年，三九99lib.net出手并购了140多家地方企业，平均每个月并购2家，迅速扩张成全国最大的中医药企业，总资产猛增到186亿元。

2000年，三九集团的旗舰公司“三九医药”上市，同时并购江西和上海的两家上市公司，赵新先成为国有企业资本运作的第一人。

1988年，赵新先首创出租车灯箱广告和明星代言广告。南方药厂实现产值18亿元，利税4亿元，居全国500家最大工业企业的第82位。