尽管朱由检对李建泰的出京督师和抽调吴三桂部堵御农民军抱有幻想，但山西前线传来的越来越不利的消息，却使他感到前途渺茫。何况吴三桂的军队移作抵御农民军之后，关外的满洲贵族军队乘虚而入，京师也同样难保。在这种内外交困之时，他何尝不想效法晋元、宋高，赶在大顺军兵临城下以前脱身南逃，依托半壁江山苟延残喘。早在这年正月，朱由检就秘密地多次召见主张“南迁图存”的左中允李明睿。他四顾无人之后才向李明睿推心置腹地说：“朕有此志久矣，无人赞勷，故迟至今。汝意与朕合。朕志决矣。诸臣不从，奈何？尔且密之。”
接着，他同李明睿具体商量了南迁的路线、护卫、饷银和留守事宜。二月间，形势急转直下，代帝亲征的李建泰束手无策，派人飞章上奏说：“贼势大，不可敌矣。愿奉皇太子南去。”
南迁的问题逐渐由窃窃私议而公开形之于奏章。然而，连这样一件并不难抉择的事情，也因为朝廷内部的纷争而搁浅了。按崇祯皇帝的本意是自己逃往南方，但一要大臣勷赞，二要顾全面子。李明睿在奏疏里故意把南逃美其名曰“亲征”，就是摸准了朱由检的这种心理。可是，大学士们唯恐皇帝南迁时留下自己辅佐太子居守，变成替死鬼；即便随驾南迁，一旦京师失守，也说不定由于自己曾经主张南迁而替人受过。于是一个个唯唯诺诺，不置可否，即所谓“帝欲大臣一言主之。大臣畏帝不敢言，虑驾行属其留守，或驾行后京师不能守，帝必罪主之者。遂无人决策。”
特别是一部分廷臣如左都御史李邦华，竟然主张“皇上自然守社稷”
，而让太子朱慈烺到南京去监国，同时分封定王和永王。这是完全不符合朱由检心意的。因为如果实行这个办法，朱由检自己仍然逃不了命；即便有如天之福，勤王兵及时赶到，守住了京师，太子监国南京，说不定会重演唐肃宗灵武登基的旧戏。所以，他愤愤不平地说：“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家做得甚事？先生早讲战守之策，此外不必再
言。”
在一片混乱当中，给事中光时亨又跑出来奏了一本，指责“李明睿南迁为邪说。”朱由检气急败坏地当面斥责道：“一样邪
说，却只参李明睿何也？显是朋党，姑且不究。”
南迁之议就在这样一片纷争当中拖延了下来。等到起义军逼近北京的时候，朱由检得到情报说，大顺军除了由大同、宣化方面来的主力以外，还有刘芳亮等统率的部队沿黄河北岸进军从南面包抄北京，往南逃跑的可能性也很小了。只有在内心追悔之余，发出“朕不能守社稷，可殉社稷”的哀鸣，准备同他所代表的明王朝一道葬身于农民起义的火海
。
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