直到乾隆五十三年（1788年），文字狱高潮已经过去，
还发生了所谓《笃国策》案。由于乾隆时代社会趋向稳定，文字狱引起挟嫌诬陷，株连亲故，造成人人自危、上下猜疑，这对于巩固满清统治秩序并不有利。在这种情况下，清朝统治者调整了以往的政策，延续100多年的文字狱，在乾隆后期终于告一段落。
另一起是《南山集》狱。方孝标曾经到云南在吴三桂部下做官，后来及早投降清朝而免除一死，著有《滇黔纪闻》等书。戴名世见其书，在所著《南山集》中加以引用，被认为有“大逆”语。其实二人著作并无什么诋毁清朝的“大逆”之语，只是方孝标的书中说到南明永历政权不算为伪朝，戴名世的书中提到南明弘光帝及其年号，又揭露了康熙帝杀掉明
九-九-藏-书-网太子的真相；以略微倾向明朝的口气叙述了明末清初的抗清事件，对南明诸王寄以同情。结果此狱也波及数百人，戴名世被斩首，方孝标已死被戮尸，两家男子16岁以上者均被杀，女眷等则被没收为奴婢，方氏同族人都被充军到黑龙江。
——徐骏
避席畏闻文字狱，著书都为稻粱谋。
——龚自珍《咏史》
清代最著名的文字狱首先发生在康熙一朝，共有两起：一起是“明史狱”。浙江乌程（今吴兴）富商庄廷拢买得邻居明大学士朱国桢的明史遗稿《列朝诸臣传》，邀集许多名士加以编辑，并增补了明末天启、崇祯两代史事，其中多有指斥满洲的文句，定名为《明书》，作为自己的著作。书中直书清朝先人的名字，指斥明将降清者为叛逆；不使用清朝年号，而用南明永历等朝的年号。书编成后，庄廷拢已经去世，其父庄允城将之刊行。不料有人向朝廷告发，庄允城被逮入京，死于狱中藏书网，庄廷拢被掘墓开棺焚骨，所有作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者都被处死。先后因此狱牵连被杀者达70余人，被充军边疆者达几百人。
清代的文字狱在康熙、雍正、乾隆三朝，愈演愈烈，前后100多年，有案可查的大小案件不下100起。在这些案件中，被判处死刑的200多人，受到株连而被判处各种刑罚的更不可胜数。文字狱的“罪犯”，既有政府的官员，也有各阶层知识分子和平民，上至朝廷大员（包括个别的满洲贵族），下至一般生员、乡愚迂儒，以及江湖术士、轿夫、船工等等。在清朝前期，大体上说来，随着政治形势的演变，满汉之间的民族矛盾逐步下降，文字狱打击的对象也随着发生变化。在康熙、雍正年间，主要打击汉族上层分子和政府官员。目的是镇压反清力量，排除政府内部的异己势力。而到了乾隆年间，主要为了打击下层知识分子和平民百姓，同时也株连各级官员。乾隆帝为了进一步压制反99lib.net动力量，强化中央专制统治，变本加厉大兴文字狱。正是在编纂《四库全书》，大肆宣扬文治之际，趁机各处搜集书籍，也焚烧、毁掉了许多稍有反动眉目的典籍、著作。文字狱因此达到了高潮。乾隆三十九年至四十八年的十年间，因文字狱而产生的案件就近50起。
早期最大的文字狱案件，是庄氏明史案和戴名世南山集案，都是由于编写前朝、当朝的历史而招祸的。可看作是一次有意识的小题大作，其目的是给具有反清思想的汉族知识分子一个暴力的威胁。而雍正年间的吕留良、曾静之狱，算是清代文字狱中唯一的谋反案件，但是其实并未有真正的行动。这个反抗的力量是十分微弱的。
诗人龚自珍《咏史》一诗中说：“避席畏闻文字狱，著书都为稻粱谋。”此诗反映的是那时文人做文章只为谋生存，提及文字狱，就面有异色，真是谈虎色变。其实文字狱古已有之，只是在清朝前期康熙、雍正、乾隆年间，文字狱案件为数之藏书网多，规模之大，在历史上是空前的。那时，封建统治者动辄指斥人们“语含怨望”，“狂悼讥刺”，大兴文字之狱。揭发检举此类案件者有功，隐瞒不报或办理不力者有罪。一时告密诬陷之风大盛。有些人断章取义，牵强附会，告密邀功；有些人挟嫌诬陷，以报私怨。文网密布，冤狱频起，文人士子人人自危，惟恐一不小心，陷于罗网，或是受到株连，祸从天降。
清风不识字，何故乱翻书。
清代文字狱中惟一的谋反案件，吕留良、曾静之狱，发生在雍正皇朝。吕留良是一个学者，明朝灭亡以后，他参加反清斗争失败，就在家里收子弟教书。有人推荐他博学鸿词，他坚决拒绝了，后来他索性到寺院里，剃头当和尚，躲在寺院里著书立说。书里有反对清朝统治的内容，幸好书写成了，没有流传开去，吕留良死后，更没被人注意。湖南曾静
偶然见到吕留良的文章，对吕留良的学问十分敬佩，就派学生张熙，从湖南跑到吕留良的老家浙江去打听他遗留的文稿。张熙一到浙江，不但打听到文稿的下落，还找到吕留良的两个学生。张熙跟他们一谈，很合得来。他向曾静汇报后，曾静也约俩人见了面，4个人议论起清朝统治，并商量怎样推翻清王朝。曾静打听到担任陕甘总督的汉族大臣岳钟琪，掌握很大兵权，颇受重用。要是能劝说岳钟琪反清，成功就大有希望。曾静写了一封信，派张熙去找岳钟琪。岳钟琪收到信后，大吃一惊，在威逼张熙交待同谋不成之下，假装答应，张熙于是将他们的计划、主谋人员一一交待。岳钟琪马上上奏雍正，报告这起谋反事件。雍正帝将他们严加查办。吕留良已经死了，雍正把吕留良的坟刨了，棺材劈了，又把吕留良的后代和他的两个学生满门抄斩。还有不少相信吕留良的读书人也受到株连，被罚到边远地区充军。
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