虽然太平军的失败给长江流域带来了安全，但另一武装集团捻军的力量却在逐渐壮大，它使华北本身面临巨大的威胁。捻军趁太平军动乱时开始由原来分散的组织发展为联合作战。清政府对其所投下的镇压力量之大不亚于对太平军的征剿。在安徽省西北角的一块农村根据地站稳了脚跟后，捻军频繁袭击了邻近各省，从而大规模地触发了各地的叛乱。令清廷很是头疼。

历史出现了戏剧性的一刻，咸丰帝竟然病死承德。咸丰帝旁边有几位作风强硬的抵抗派，以肃顺为代表，急欲维护清廷统治，希望能够纠正政府各种弊九_九_藏_书_网端。肃顺作风泼辣而严厉。肃顺颇受咸丰赏识，并逐渐取得了实权。咸丰去世前，立下遗诏，立5岁独子载淳为皇储，并任命肃顺等八位辅政大臣，辅佐幼主处理政事。载淳的生母慈禧，野心勃勃，希望能够借此机会夺取至高无上的统治大权。慈禧善于玩弄权术，同恭亲王商量，发动政变，处死了护柩回京的肃顺。此举得到列强的支持，1861年11月11日幼帝即位，年号同治。皇太后慈禧垂帘听政，慈禧在此后的47年中将成为中国的真正统治者。这次政变史称“辛酉政变”。九_九_藏_书_网

咸丰帝在对外关系的处理上，一贯强硬。恭亲王在兵临城下的北京，几乎是别无选择地签订了《北京条约》，但一切国内外政策的重大决定仍要逃亡承德的咸丰帝作出。咸丰皇帝不太愿意妥协，经过第二次鸦片战争，留守北京的官员竟然发生奇妙的转变，他们开始对外国侵略者心存幻想，由抵制外夷转而亲近，他们创立了中国与西方关系的新秩序，并在此后的很多年内一直力图维持这种关系，这与逃亡在外的咸丰朝廷是有着很大分歧的。

清廷在同英法交战、剿灭太平天国过程中，皇权在不自觉中又进行了一次更替。清朝对于西方人的态度由对抗转为妥协，这同幼主登位，决策者发生变故有关。藏书网

捻军问题越来越严重，并且有危及北京之势。他们部队使用了土炮和简单的火器，所以抵挡地方小股绿营军的能力就更强了。有些州县官员甚至出钱送他们离开辖境。

清廷经过政权更迭，平定太平天国之后，政权上在一定时期藏书网内维持着稳定。之后，清政府内有奕、文祥等主持朝政，外有曾国藩、左宗棠、李鸿章等镇抚，似乎景象一新。这段时期也被叫做“中兴”。有学者曾说过：“欧洲人的到来，中华帝国领土的扩大与中国人口增加一倍，这三个因素的相互作用，便决定了近代中国历史的方向。”外部的入侵和中国社会内部自我修复的需要，推动着中国社会向另一个时代过渡。

朝廷继续派出曾国藩剿灭捻军。各地动荡的局势使儒家文化建立起来的帝国制度经历了一次严峻考验。从起义军手中收复的城镇，民心需要安抚，民政需要恢复，这对于清朝统九_九_藏_书_网治者而言同样是一场考验。清朝出台一套抽取各省财政资源的办法，对于因战争受破坏的地方，田赋豁免。其他地方，鼓励耕作，发放粮种，安抚人民的反抗情绪。在与太平天国的对抗中，逐渐建立起来的地方武装，曾国藩的湘军、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军都掌握有强大的军事武装。清廷收敛起一贯的傲慢气焰，大兴科举，增加考试取录名额以笼络人才，防止类似太平天国的出现，笼络更多人才维护清廷统治，客观上造成近代中国人思想进一步腐化。兴办洋务，主要在外交方面，与外国列强谋求共同合作。