巩萨洛·皮萨罗始终保持着一贯的风格,从未放弃自己的雄心壮志,他一生的命运似乎也没亏待他。1544年,他自封为秘鲁总督,公然与99lib•net西班牙王庭对抗。他在将近四年的统治中,不停地在对手的阵营散播恐怖行径,特别是倚靠他的左右手法兰西斯科·德·卡尔巴杰(Francisco de Carbajal)将军。此人素有“印第安高地的恶魔”之封号。1548年,巩萨洛终于被皇室打败,在战场上遭人就地斩首示众。
艾南多·皮萨罗在西班牙遭囚禁近二十年。他被囚禁在位于麦地那·德·坎波(Medina del Campo)的拉·蒙塔(La Mota)城堡,并由于他娶了兄长法兰西斯科的女儿,从那时起,他用尽心力、毫不松懈地管理皮萨罗家族广大却无用的财富。1561年他获得释放,在家乡特鲁希略(Trujillo)建了一座皇宫。1578年,几乎双眼失明的他殁于此,享年高达七十一岁。