吴三桂不仅仅是一个好上司，还是一个好儿子。在为自己的部属争取到好前程后，他又开始为自己的父母及亲属发出大声呼吁。他向清廷提出，自己的父亲吴襄、两位母亲（继母）、弟弟吴三辅都被大顺军杀害，应从优给予抚恤。虽然南明曾主动提出给予，但被他义正严词地予以拒绝，现在向清廷提出申请，希望能给予批准。多尔衮很快批示吏部、兵部“详议具奏”。
唐通这厮是个圆滑之人，不想死卖力气去打，估计死打他也没这等胆量与本事。他给高一功写了一封信，大概意思是说：自己很佩服高将军的为人，也知道大顺军死守榆林，是为了防止清军南下，而如今清军大部队已走，剩下的部队只是想占领榆林而已。我唐通本人其实对这破地方并没啥兴趣，只是如今我换了老板，不比从前给“明朝有限公司”打工那么好混，如今的新单位“大清无限公司”纪律严格的很，我要是不把这破地方攻下，脑袋就得搬家，你高大哥大人有大量，反正你的任务也完成了，不如就把这榆林让给我好了！大家都有得活，岂不好？
刘宗敏是吴三桂杀父夺妻之大仇人，如今刘宗敏被俘，吴三桂恨不得将他千刀万剐。他原本想自己的这个要求，在阿济格那里应该不难得到同意，但最后阿济格却驳回了他的这个请求。其实刘宗敏终究是要杀的，是一刀弄死，还是千刀万刀折腾死，对于阿济格来说根本就无所谓，他原本也想给吴三桂个面子，把刘宗敏交给他算了，但是转念一想，吴三桂凌迟处死刘宗敏事小，但有必要提醒吴三桂他现在是给清廷打工的高级打工仔，无论打什么人还是杀什么人，都不是为了满足他吴三桂个人的愿望，而是为清廷的利益服务。当然这些话自是不会对吴三桂明说，对于吴三桂这些有着很大利用价值的高级汉奸，还是要讲礼数和策略的。他跟吴三桂说的话很漂亮也很巧妙，冠冕堂皇，无懈可击：“国法规定，不得任意行刑。”
到二月间，多尔衮才接到阿济格发来的战报：自入边，八战皆捷，攻下陕西州县四城，投降的三十八城，共获白银千两，马三千余匹、骆驼四百余只。
八月十日，多尔衮以顺治帝的名义召阿济格、吴三桂及其他出征将领进宫朝见，赐宴于午门内。然后，赏给吴三桂、尚可喜上等朝衣各一袭，骏马各两匹，其余将领包括蒙古各部随征的将领，都赏赐了数量不等的金银衣物。而与此形成鲜明对比的是主帅阿济格，不但没有受到赏赐，反而受到申斥，被议罪，削去王爵，降为郡王，剥夺王爵所属仆众，还罚银五千两。这都是因为他擅自出边，夺取驼马，误了行军时间，而被从严处罚。多尔衮仅仅处罚了阿济格，却对吴三桂、尚可喜不予追究，仍给予赏赐，而跟随多铎出征江南的孔有德、耿仲明各得金一百两，银各一万两，马各两匹，还有貂裘、蟒缎、朝衣各一袭，从这件事，可以看出多尔衮对汉官还是很加以笼络的。
此时在山西的李自成，出于战略整体利益的考虑，没有组织抵抗，放弃了山西。清军占领了河北、山东、山西等省及河南部分地区。多尔衮审时度势，命清军乘胜追击，绝不给大顺军及南明喘息的机会。清军兵分两路，南北出击，对大顺军与南明发起了战略总攻。
李自成此次的行动，应该说还是很有创意的，但还是有些晚了。当他撤到山西时，河南、山东的原明朝降官和地方九_九_藏_书_网士绅纷纷反水，到处截杀大顺军。李自成的得力干将李岩曾主动请兵两万，赶赴河南，以镇压原明朝降官和地方士绅。李岩原本就是河南人，在这里颇有人脉关系，若是此次他真的带兵前往，应该还是有可能控制住当地形势的。但遗憾的是，李自成同历史上众多当老大的一样，都有一种职业病，就是总疑神疑鬼，怀疑手下要篡权夺位。再加上身边有牛金星这样的三流文人搬弄是非，他不采取李岩的建议也就罢了，反而对他的动机产生了怀疑。最终竟发展到在一次宴会上，设下伏兵把李岩给杀了。
迟至年底，他们才率部由山西保德州（今保德）结筏渡黄河，进入陕北地区。此时大顺军正迅速瓦解。降将唐通招抚了河堡营、唐家会下营、黄甫川、清水营、木瓜园、孤山镇、永兴、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳县）等处大顺军余部。降将王大业，差人招抚了自响水至宁塞等十一营堡。唯有榆林守将高一功，多年来深得李自成赏识与器重，为报知遇之恩，坚拒抵抗，拒不投降。榆林是陕西重镇，李自成令高一功镇守的目的就是要坚决阻击清军南下的步伐。阿济格、吴三桂眼见一时攻不下，怕误了行期，便于十二月三十日，任命随同出征的大同总兵姜瓖为总督，率领唐通、王大业等将继续围攻榆林，而他们则率主力南下。
此城本为新封不久的明将宁南侯左良玉的藩地，李自成打到此地时，他恰好率本部人马离城，顺江东下，赴南京“清君侧”。在这个危急的时刻，他的举动让人匪夷所思。这件事其实跟明末著名的奇案“真假太子案”有关。
北京就是好，多尔衮在北京住了一段时间，觉得非常爽，于是便决定迁都。顺治元年九月十九日，顺治皇帝正式迁入北京。此时清廷说话算数的其实还是多尔衮，在他的安排下，顺治皇帝于十月初一告祭天地，即皇帝位。
最后吴三桂又做了一件让别人摸不透的事，那就是向清廷请辞亲王之爵。这爵位原本是他征剿大顺军返京，回镇锦州前，多尔衮以顺治帝的名义给他加封的。亲王爵位原只有爱新觉罗家族中战功卓著者才得以享有，他吴三桂一个汉人得此爵位，虽然辉煌无比，但难免会受到众多满人重臣的妒忌，使他处于众矢之的之境地，并且此次册封如此尊贵的爵位，很难说不是清廷对他的一次试探，所以吴三桂才下定决心，绝不接这个烫手山芋。
李自成自山海关败退，直至固关为止，虽然遭到了一连串的沉重打击，但还是保存下来一些实力。目前山西、陕西、甘肃、宁夏、湖北、及河南部分地区还在他手上，理论上还有数十万军队。凭着这些，还是可以同清军再打一打的。李自成回西安后，重新进行军事部署，准备反攻。
虽然阿济格所部误了进军时间，但他仍然给西安的大顺军造成了腹背之患，由于该路的清军日益逼近，李自成感受到了两路夹击的沉重压力，被迫决定撤离西安。
吴三桂自顺治元年十月下旬出征，到下令班师之日已达八个月。以八个月的时间，彻底歼灭大顺军二十余万，他对清廷的贡献无疑是非常大的。他所部行军路途最长，也最艰苦，除了开始阶段进军速度较慢，其后可谓进兵神速，基本上没有给大顺军喘息休整的机会，就彻底打垮了他们。胜利的消息传到北京，满朝振奋。
多年的努力，巨大的代价，清廷终于在京畿之地扎下了根，但此时摆在他们面前的形式仍然是极为严峻的，它的对手们与清廷并存在神州之上。虽然自山海关以来，清军一直给李自成不断的重创，但大顺军一直都没被消灭。他们退入山西，还存有强大的军事力量。张献忠已夺占了蜀地，眼前虽算不上大的威胁，从长远来说，绝对不能轻视。拒绝同南明议和，正如史可法指出的：“今日之计，和不成，惟有战。”这南明无论版图、财力与军力，都是可以同清拼一拼的。消灭自己所有的对手，控制全国，统一天下，是多尔衮及清所有统治者共同的心愿与理
想。他们没有被眼前的胜利所陶醉，他们非常清醒，他们仍然准备战斗下去。多尔衮曾派人向随军进京的朝鲜凤林大君传达他的志向：“既得中原，势将混一，自此事无可疑。”足可证明他们的雄心壮志。
九_九_藏_书_网十月十九日，多尔衮以顺治帝的名义，发布命令，任命和硕英亲王阿济格为“靖远大将军”，率军出征陕西，平西王吴三桂、智顺王尚可喜率所部从征，共同追击大顺军，目标直指大顺政权目前总部所在地西安。
阿济格自知进军缓慢已让多尔衮大怒，此次奉诏不敢怠慢，会同吴三桂等，尾随李自成，紧紧追赶。三月追入河南，李自成拔营南下，奔向湖北，抵襄阳，进驻武昌。
阿济格、吴三桂率部自陕西而南，转而沿江东下，一路势如破竹。剿抚并用，歼灭了大顺军主力，收降南明左光先之子左梦庚及其部属达十万余众。缴获军需及其他物资数以万计，可谓取得重大胜利。其中歼灭了大顺军主力，俘获刘宗敏、宋献策等重量级人物，是对大顺政权的沉重打击，这一政权再也无力威胁清廷的存在。
李岩的被杀，让大顺政权中刘宗敏、宋献策等实力派人物既感到寒心与不平，同时也让他们对自己的安危感到担心。广大底层士卒，对此事也是唏嘘不已。李自成无疑做了一件极愚蠢的事，他的自毁长城之举，注定了从此之后，这支部队已无可能团结一致，对外英勇作战。
这一年他三十二岁。
高一功接到此信哭笑不得，不过根据侦查来的情况看，清军大部队确实已离开。高一功权衡再三，觉得再死守下去确实没多大意义，不如保存实力，以图日后再战。于是顺治二年正月十四日，高一功部悄悄撤出榆林。
十五日唐通率部进入榆林城。十六日，姜瓖、王大业也率部进入。接着到处招贴安民告示，这老百姓也真好糊弄，数日内，便有不下两万人返回城中。办完这些事儿，唐通奉命赴西安。
当吴三桂班师回北京时，多铎已在两个多月前消灭了南明弘光政权。朱由崧被俘，各级将官二百余名、马步兵二十三万人归降。短短的七个多月时间，清军南北出击，势如破竹，消灭了大顺及南明政权，可以说清廷已基本控制了全国的局势。在这种情况下，战事将大为减少，无需再频繁调动大量的军队。此时多尔衮考虑到，再让吴三桂等异姓汉王和他们的部队留在北京城内，恐怕不是什么好事，他决定把这些人都打发回关外，各到原先驻防处屯戍。先是命吴三桂还镇锦州，十月，又命恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明两人带部众回盛京（沈阳），尚可喜回故乡海州（辽宁海城市），指示他们各“厉兵秣马，以俟调遣”。
大顺政权的最高统治者李自成，在兴国州（湖北阳新县）附近的富池口被清军击溃后，率领残余部队约三万人向西南方撤退。为了迷惑追击清军，李自成大胆决定，部队交由手下指挥，撤往江西，而他自己只率二十八骑直插通山县，计划翻越九宫山到江西，与大部队会合。这个计划虽危险，但也颇高明，只是他的运气实在不好。当他来到通山县九宫山下，路经李家铺河滩时，忽然遭遇小股清军，李自成等边战边逃。最终随从全部战死，李自成孤身一人，单骑逃脱，沿着九宫山迤西一线羊肠山路向江西宁州方向逃去。慌乱中李自成经小源口，误入葫芦造。从九宫山口的李家铺到小源口，约三十五里，再前行七八里，便是长约两里许、两边山势峭壁、中有一线之通的葫芦造。从这条无人迹的沟中走出，面前有一岭，叫牛迹岭。李自成翻过此岭，正赶上大雨滂沱，只好下马，用手牵着马走，步履艰难地一步步登岭。从岭上下来，还要翻越小月山。山下是山里朱寨，是程姓的聚居地。李自成突然出现在山里朱寨墙外，惊动了山下程姓族人。就在这时，源口寨乡勇头目程九百领着一群乡勇，翻过小月山，前来追击李自成。因为到处是崎岖的山路，无法骑马，程九百就与李自成徒步厮杀。两人扭打在一起，滚到泥潭之中，李自成武艺高出一筹，将程九百打翻在地。他骑在程九百身上，想抽刀结果此人，但由于一路厮杀，刀上原就有血渍，加上刀鞘中又灌进了泥水，情急之中，竟怎么也拔不出来。就在这当口，程九百的外甥赶到，举起一把铲，照着李自成头部，便是狠狠一击，一代枭雄就这样死在一个无名小卒手上。
十月十三日，顺治封赏满汉诸王，开盛宴庆贺。吴三桂因功勋卓著，位列恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜等异姓诸王之首，封赏优厚，特赐平西王册印、白金万两、鞍马一匹、不带鞍之马两匹。
当李自成得知清军南北两路夹击的消息时，已感到自己腹背受敌，危机重重，原先的部署很难再实施。他与刘宗敏率部出西安，北行至洛川县，稍事停留，以便他能对清军的两路进攻作出评估。根据侦查情报，吴三桂与阿济格部行军速度较慢，短时间内还赶不到，而潼关方面的形势却非常危急，他果断决定增援潼关。
阿济格、吴三桂部追杀到武昌，把城包围了起来。李自成命刘宗敏、田见秀指挥五千步骑兵出战，结果被清军击败。面对占有优势的清军，身心疲惫的大顺军将士无心作战，大量逃亡，不少人降了清。李自成觉得守住武昌已无希望，便弃城一路向东撤退。四月初，清军与吴三桂部，分水陆两路追至兴国州（湖北阳新县）附近的富池口，对大顺军进行偷袭，大顺军伤亡惨重，沿江奔向江西九江。同月下旬，至距九江四十里处安营扎寨。谁知清军很快赶到，大顺军被迫迎战，战斗中清军攻破大顺军老营，大顺军残部被彻底击垮，大批将领或阵亡或被俘，还有的主动降了清军。
吴三桂在请辞“亲王”的奏折中写道：“臣倾心剿寇守关，不过臣子职分。荷蒙圣恩，特授王爵，又复蒙恩加称亲王，万难祗承，伏恳允辞‘亲’字，以安愚分。”多尔衮命各部大臣速议吴三桂的奏折，随后很快同意了吴三桂辞去亲王爵位的请求。九九藏书网清廷的举动恰好证明了原本就并非真心想给吴三桂这个爵位，本来册封，就是试探其是否忠心之举。吴三桂的果断再次证明了他在政治上的敏感，也为他赢得了清廷的进一步信任。此人确实是人精。
潼关之战于十二月二十九日打响，刘宗敏首战失利，延至次年正月，大顺军几次反攻，都被多铎部击退。这时，李自成得到北路清军已向西安推进的消息，他无奈之下，被迫撤回主力，回师西安。守潼关的大顺军将领马世耀眼见守城无望，一咬牙，投了降。清军于正月十三日，占领潼关。这是一场关键性的战役，十余天的苦战，大顺军再次遭到了失败。潼关失守，西安便失去了屏障，形势极为危急。
李自成在失去山西之后，他仅在怀庆地区展开了局部反攻。虽一度得势，但当多铎大军赶到怀庆后，大顺军抵挡不住，很快便败退了。多铎率清军从河南孟津渡黄河，经陕州（河南陕县），直驱潼关二十里外驻扎。
阿济格、吴三桂离开米脂，南下绥德，直奔延安。李自成侄儿李锦率部拼死抵御，双方相持不下。正在这紧要关头，高一功率部赶到延安，同李锦合兵一处，坚守延安。清军采取分道进逼战术，大顺军渐渐招架不住，二十多天后，被迫撤出。清军占领延安。在榆林、延安的受阻，也是阿济格进军迟缓的一个原因。
八月四日，阿济格、吴三桂班师回北京。
山海关外，辽河两岸，昔日曾是明清殊死较量的血腥战场，而在清入关后，这里留下一座座空城、废堡，一片凄凉之景。时隔两年多，吴三桂带着众多部属与家眷又回到了这片亲切的家乡。景色虽凄凉，但吴三桂的血却是热的，他对着荒野大喊：“我吴三桂又回来了！这里仍然是老子的地盘！”是啊，他吴三桂又回来了，他不是个有野心的人，他毕生的梦想就是做这片地界的土皇帝，生命不受威胁，自己的脑袋自己决定，痛痛快快地度过一生。如今他又回来了，再也不必奔波，再无跋涉之苦，再也不用把脑袋别在裤腰带上拼死搏杀。此时吴三桂内心是满足的，是安宁的，如果可以，他希望永远都这样下去。
不过为了照顾吴三桂的感受，生怕吴三桂觉得刘宗敏还活在这个世界上，让他每一分，每一秒都觉得难受，行刑很快便执行了，并且由吴三桂亲自担任监斩官，而且阿济格还送了吴三桂一份厚礼，那就是李自成的两位叔父，这两人随同刘宗敏一起被处决。其他被俘的一些重要人物如宋献策和左光先等都降了清。丞相牛金星父子虽然逃脱，但不久也都降了清。其子牛佺后被任命为黄州知府，又升任湖广粮储道。牛金星在清统治下，最终寿终正寝。
同时，多尔衮决定二十五日出征江南，命和硕豫亲王多铎为“定国大将军”，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明随征。不过多铎等还没有出发，河南巡抚罗绣锦便发来紧急军情，称李自成的骑兵一万、步兵二万余人正向怀庆、卫辉两城发动进攻，并已攻下济源、孟县等地，离怀庆三十里扎营。怀庆总兵官金玉和出战，在柏香镇以西被农民军击毙。此战清军共阵亡各级将官二十二人，士卒达一千七百五十五人，可谓伤亡惨重。根据战略分析，大顺军此次恐怕不仅仅是夺取怀庆城那么简单，而是要占据黄河渡口，与黄河南农民军连成一片，若果真如此，那么形势将对清军极为不利。怀庆守军已全部撤回城内坚守，吁请朝廷“亟敕兵部，速催大兵星
wwｗ•９９lｉb.ｎet夜兼程前来”。河南此次出现的情况，令多尔衮感到非常意外，他没有想到大顺军还有勇气与实力进行反扑。他很清楚，如不彻底击败大顺军，就无法顺利进军江南。于是，他改变出征江南的计划，迅速通知已出征的阿济格、吴三桂，并令多铎部停止南下，先救怀庆，转攻陕西，取潼关，两军突击，会师西安，务期合力进剿，将农民军彻底打垮。
吴三桂为了笼络自己的部下，没忘了向清廷上疏，请求为其部属加官晋爵，准予世袭。原本在追击大顺军至固关返回北京后，他已为自己的部属请过功，而这次自九江班师，命其还镇锦州时，又一次请功邀赏，可谓有些得寸进尺。不过吴三桂很自信，他知道自己有这个资本。在上疏中他很直接地挑明，自己的部将有的官职还不够高，有的官职虽够了，但却还没得到世袭的特权，甚至个别还有遗漏而没有授职。
拿下西安后，清廷高层欢呼“大业已成”，即令多铎迅速整装，照原定计划，向江南进军，对南明展开总攻击。征剿大顺军残部的任务交由阿济格完成，指令他务期剿除，以赎从前逗留之咎。
吴三桂还没有忘记自己的前任老板崇祯，为了表示自己不忘恩于故主，在清廷为拉拢汉人，给崇祯修陵之即，他捐银一千两，以佐助修陵费用。多尔衮知道后，大为褒奖，指示“助工银两，照数察收”。
当大顺军攻入北京时，俘获了明朝的太子，后带往山海关。当大顺军被吴、清联军击败后，这太子就没了下落。一年后，一位自称是太子的少年突然出现在浙江金华，后被当地官府护送至南京。经明朝老臣和太监辨识，有的说是真太子，有说是假太子。这朱由崧原本就很不希望这少年是真太子，要是真的，他就得挪挪屁股把宝贝龙椅让出来。所以他非常支持此少年为假冒太子的说法。因为皇帝开了口，原本持“真太子”说的大臣就不敢再坚持自己的意见。于是少年便被打入天牢，朱由崧在这方面还真有点政治头脑，他下令严刑拷问，一定要让这少年自己承认是假冒的。这个消息很快传到各镇守将那儿，这些人手中都有部队，自然也就多了些政治资本，所以不比南京文官那般唯唯诺诺。一些认定那少年为真太子的将领纷纷向朝廷上疏请求“保全太子，以安臣民之心”，宁南侯左良玉便是其中的领军人物。对于上疏，朱由崧在批答中予以驳斥。左良玉很是不服，此时又碰上马士英裁他的兵饷，这进一步激怒了他。在部属的鼓动下，左良玉发布讨马士英檄文，并率本部人马赴南京“清君侧”。武昌成了一座空城，这让一直逃窜，疲惫不堪的李自成拣了个大便宜。大顺军兵不血刃便占领了全城，并改称此地为瑞符县。
多铎部于十六日离开潼关，十八日到达西安城外。李自成失去了死守西安的决心与意志，于十三日下令烧毁宫室，然后率部撤出西安，出兰田口，奔商州而去。西安为清军所占领。当多铎占领西安时，吴三桂同阿济格、尚可喜部在途经宣府、大同时，把这两城镇的降兵尽数随征，搜刮无遗，兵力已达八万。他们还擅自出边至土默特、鄂尔多斯，绕道索取驼马，复转入边，收获可谓颇丰，但是，这却贻误了进军时间。本来他们的战略目标是，出大同，渡黄河，会同蒙古兵，取陕北的榆林、延安，击陕西大顺军之背。他们原本是先出征的，但现在却落在了后出征的多铎后边，为此受到了多尔衮的严厉斥责。