四川形势的反复，让康熙帝非常震惊，他除了敕令四川当地驻军平叛，还从进攻云贵的大军中，紧急抽调出部分满汉军对付叛乱。他派徐治都等将官会同将军噶尔汉等部，速赴夔州，执行剿贼任务。另遣将军王进宝等前往镇守战略要地保宁，兼守汉中诸处。谭洪、彭时亨在攻占永宁诸处之后，又攻陷涪州，两军合而为一，进至保宁附近地区，切断四川清军后勤通道。康熙帝派遣陕西总督哈占速增援保宁，但哈占以兵力不足为由，再请援兵。康熙帝指示护军统领佟佳等速往应援，甘肃巡抚、提督分兵固守略阳（陕西略阳）、阳平各处。四川大好局面，竟被如此搞砸，康熙帝痛斥守川诸将畏怯瞻顾，不竭力剿御所致。

次日，二十九日，兵变将领打开昆明城门，向清军投降。

城里的人想出来，城外的人想进去，围城之苦，对于双方来说都是一样的。清军不服水土，生病的越来越多，非战斗性减员一直在上升。后勤补给始终不理想，吃不饱，军饷也欠了好些日子。

吴世璠逃回云南后，他的叔父吴应期向他发牢骚，把失败的一切责任，都推到方光琛身上，称其为“首祸”。吴世璠虽然年轻，倒是比这位叔父更有成色，他没有怨天尤人，而是兵来将挡，水来土掩，很有大将风度。从贵阳撤回云南的路上，他收容溃散兵士，得了约两千人。而吴应期则没有回到昆明，而是在交水（今曲靖附近交河）驻扎，他竟然想在此重新集结部队，但目的却不是对付清军，而是发动军事政变。吴世璠的岳父郭壮图此时在朝中握有实权，吴应期早就看他不顺眼，觉得此人能力缺乏，吴政权掌握在他手中，必要坏事。但他却不想想自己并不比那郭强多少，可谓半斤八两，并且那八两还不是指他。他的如意算盘，此时已被郭壮图掌握，郭干脆给他来了个先下手为强。他让手下心腹率兵假装增援贵州，到了交水后，借慰劳军队之名，将吴应期骗来，当场用绳索勒死。得知吴应期的死讯，郭壮图又立即在昆明把吴应期的两个儿子吴世琚和吴世珵一并勒死。

康熙二十一年（1682年）正月十九日，康熙帝下旨：“逆贼吴三桂骸骨分发各省，吴世璠首级交与刑部悬挂示众。”另将已押送京师的夏国相凌迟处死，巴养元等五人斩首示众。

此番征讨云贵，清廷共调满汉官兵合计四十余万，这差不多是清廷整个武装力量的半数了。康熙帝考虑到云贵山地多的地理特征，指示行军作战皆由绿营步兵居前，满骑继后。他启用汉官蔡毓荣征云贵，由他节制汉兵先进。

外援没有指望了，但吴世璠仍然坚守。他不知道最后的结果是什么，虽有不祥的预感，但清军围城半年之久，却始终未能撼动昆明城，这似乎又让他有了某种希望。

康熙帝得知在四川的吴将马宝等回援云南，果断指示，严令将军佛尼勒、赵良栋等各统官军“速行蹑击”，使之不得至云南，就地全歼。如不遵此令，有失军机，将以贻误军情重处。

赵良栋见说不动章泰，便自率所部发动进攻。力战之后，夺取了土桥、新桥，至得胜桥，直抵昆明城下。见取得胜利，章泰又想抢功，他说：“你部已过度劳累，应先撤回，可叫总督蔡毓荣率兵据守。”赵良栋回绝说：“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰理亏，只得于十月八日，下令各军进兵，直至城下，围困数重。

九月，赵良栋平定四川的叛乱后，率部渡过金沙江，经武定、绵竹，抵昆明，与章泰、赖塔两路大军会师。赵良栋力主断昆明水道，从速攻取。他命人在昆明池内置“横筏施楼橹”大船，设置水军，往来巡逻。到了十月，昆明城内已近断粮。赵良栋决定速攻，他说：“我等大军连营四布，不就近速战，等到日久，米粮不继，满兵无妨，绿旗兵何以存立？”这话道破了一个明规则下的潜规则，同样是为朝廷卖命，满洲八旗军的待遇却远远好于汉人的绿营兵，凡粮饷都优先满足满洲兵的需要。绿营兵待遇差不说，还得伺候这帮大爷，为他们做杂役什么的。所九-九-藏-书-网以攻城之事，拖得越久，绿营兵就越苦。不过章泰却不管这些，他还想，再等一等，等昆明城里的人都饿得站不起来了，他就可率军兵不血刃地拿下。他说：“皇上豢养的满洲兵，岂可轻进，委之于敌人？你的军队远道而来，也应休养一段时间，怎能让他们再受伤损！”

新任命的统帅如下：

十月三十日，穆占、马齐受章泰之命，率部进入昆明城，其余各部人马分守各城门。共收降吴世璠所属大小将吏五千余人、兵士三万余，缴获大金印十四颗、小金印七颗、银印九十二颗、金策八件。

失去云贵，吴集团迎来的将是彻底的覆灭。困兽犹斗，康熙帝深知，清军面对的将是最血腥最残酷的战斗。以往各个战场上，一些皇室贵胄们所表现的散漫、没有进取心，没有担当，让康熙帝既气愤又心有余悸。面对这最后的战斗，他开始犹豫起来，是不是该改一改祖制，让能者上，而让庸才靠边。

终于还是败了，吴三桂死后，吴集团不可逆转地陷入大溃败中，主力尽数退入云贵。

昆明被围了半年，城里的粮食也较为紧张，却没人饿死，所以才能死扛着不投降。其秘密就在于，此番围城并不严密。清军离城四十里安营远驻，一面临昆明湖，一面倚山。奇怪的是，可以为昆明城运送补给的昆明湖，南北百里，竟然都没有封锁。这并非清军大意疏忽，而是因为驻守这一带的安宁、晋宁、昆阳、呈贡四州县的清军，原本大都是吴三桂的旧部，他们中不少人的亲属都在昆明城内，自然不能看着困在城内的亲属忍饥挨饿。但这个不能说的秘密，最终被清军统帅部发现，他们撤换了驻守昆明湖一带的吴军旧部，改派八旗兵驻守，自此城内断了补给。

次日，他做好自裁准备。对家人说：“我位至大臣，死是应当的，我只担心清军找不到我，而迁怒于你们。”他命随从将自己的决定告诉部下，随后在屋中自缢。吴军统帅之一王绪与李匡为他发丧，祭奠尽哀。这两人随后把自己多年的积蓄，分发给部下，让他们各自逃生去。最后命人堆积木柴，底下放进火药，两人就这么坐在柴堆上，纵情饮酒。至酒酣，王绪突然想起了什么，忙对随从说：“你快去，告诉我的两位如夫人，她们不必随我而去，还是赶紧逃生吧！”但随从回来却告诉他：“二位夫人已悬梁尽节了！”王绪慨然而叹：“可惜，我不能为她们立贞节碑，有负她们！”随即命人点火，一声巨响，两人化为灰烬。

虽然清军兵临城下，但吴世璠毫无降意。他父亲与兄弟的结果告诉他，无论是战还是降，横竖都是个死。所以他铁了心紧闭城门，等待在四川的马宝、夏国相、胡国柱等赶来增援。

康熙二十年（1681年）九月十六日，康熙帝向围城的将士发布命令：“云南省城围困已久，若不速为克取，未免劳敝兵民，靡费粮饷。今逆贼外援已绝，株守孤城，穷迫已极。”若继续“迁延时日，待贼食尽，恐粮饷渐至于虚糜，兵丁亦苦于疾病”。他要求章泰、赖塔等“速行攻取云南省城”。特别提醒：清军中有不少是投诚的原吴军将吏士卒，可以让他们攻城建功，以赎前罪。

四川的再度叛乱，显然打乱了从四川进军云贵的战略计划。出征云贵的赵良栋部，被改了任务，专力于平息谭洪等人的叛乱。好在清军兵力充沛，康熙帝两手同时抓，督令章泰、蔡毓荣、赖塔等仍按原定日期出师。

马宝的投降很有特点，这个人似乎并不怕死。到姚安府这天，他身穿“幅巾深衣”，坐在八人抬的轿上，招摇过市。对人说：“我不出，必使很多人受连累，我不惜一死，是为了救一方百姓。”脸上毫无惧色。他被从姚安送到楚雄。清提督桑格敬他是条汉子，特出城迎接。

吴集团苦心经营昆明多年，此城城防坚固，防守严密，并非清军可以轻易攻取。赖塔与章泰便决定掘壕围城，他们选择靠近城的南坝、萨石街、走马街、双塔寺、得胜桥、重关等处，扼吭立营，连营数十里。章泰还广布檄文和康熙帝www•99lib.net旨意，派遣官员招降吴军将士。不久，大理府的“定远大将军”、“东平公”张国柱、姚安府的“亲军车骑后将军”刘汉章、临安吴军总兵徐衷明、李玉彬、范应泰等，以及永昌等各镇吴将纷纷投降。接着，吴将韩天福率官兵献武定府降清。还有从四川逃回的“亲军铁骑左将军”杨洪德，将军赵玉、杨开运、高启隆、刘魁等一大批将官，均率部至清营投降。

在湖南刚平定时，康熙十八年五月，大将军察尼曾派人前往云南招抚郭壮图。信中说：将军平西王“属半子”，大权在将军掌握，而雄才大略又足以左提右挚，如能密图归正，将首推第一功，裂土分茅以酬。除此之外察尼同时还给夏国相一封招降信。这两封信当时并没有发挥作用，因为当时的形势，并不足以影响这两人坚守的决心。这一点康熙帝自然也清楚，他命令章泰尽速进兵，不得推诿延迟。康熙二十年（1681年）正月，章泰起兵进发。

历史总是由胜利者书写，也就是所谓的成王败寇。帝王的胜利，仅仅只属于帝王，对后人而言，均只是历史长河中，浪花一两朵罢了。

清军受降后，如一群野兽四处劫掠，昆明城犹如陷入地狱。蔡毓荣霸占了吴三桂的爱妾“八面观音”，而穆占则夺了吴三桂的另一爱妾“四面观音”。

康熙二十年（1681年）十月二十八日，吴将线国安、吴国柱、吴世吉，原任都统何进忠、林天擎等密谋，准备发动兵变，拿了吴世璠、郭壮图，献给清军，以保住自己的性命。

章泰在发起军事攻势时，仍然没有忘记开展政治攻势。清军从城下射出一封封招降书，眼见着弹尽粮绝，一些吴军将领开始动摇，准备献城求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城防图献给了清军统帅。章泰等人询问城内情况，降将如数供之。清军统帅信心大增，知昆明城已指日可破。章泰密派余从龙进城招抚。

活人不放过，死人也难清静。清军入城后，便一直在搜寻吴三桂的灵柩，准备戮尸示众。但多日下来，却一直没有下落。拷打吴三桂身边昔日的随从，虽打死了许多人，却仍然没得到任何线索，倒不是他们骨头硬，估计是确实不知道。其实早在昆明城被围之时，吴世璠就已经做了最坏的打算。他将吴三桂的灵柩秘密藏在了一个稳妥之处，知道此事的人，随后都人间蒸发，此秘密之处就只有吴世璠自己知道。而现在他已死，清军不得要领，只得根据自己的推测，在可能的地方乱挖一气。起获了多座坟墓，但都不是吴三桂的。

第三路统帅为“勇略将军”赵良栋。他以“勇略茂著，操行廉洁”，深得康熙帝的欢心，于康熙十九年正月末，授予云贵总督仍兼将军，统领四川与陕西满汉及绿营兵，由四川分两路进兵，先取遵义，后进贵州。

随后康熙十八年十二月，湖广总督蔡毓荣被任命为“绥远将军”，总辖常德、武冈等处所有各省调拨官兵及湖广全省绿营兵马。总督董卫国、周有德、提督桑额、赵赖、周卜世，俱听其节制。湖南现有文武官员听其遴选，携赴军前调用。有功者，可具疏奏闻，论功行赏，如有临阵退缩、运粮违误者，副将、知府以下各官即以军法从事，副将以上各官，可指名飞章参劾。此路大军都到湖南沅州集结，由镇远一路取贵州。

吴三桂的女婿夏国相及其部下，被清军打散，他带少数亲兵，进入广南（广西境内）。清军大将军章泰、赖塔檄令土官侬朋与防守临安总兵官李国梁率兵追击。康熙二十年十一月初，在西板桥，将夏国相包围。夏国相放弃抵抗，领着将军王永清、黄福、李攀龙、杨松魁等，来到清营，各缴帅印、官印投降。李攀龙等被斩于军前，夏国相因为是吴三桂的女婿，地位特殊，所以送往京城正法。

康熙二十年（1681年）二月十五日，章泰部在交水城，与赖塔所率广西清军会合。

当这些人率兵冲入皇宫时，吴世璠没有任何胆怯之色，大骂：“狗贼！乱臣贼子！”虽然只面对吴世璠这孤家寡人，这九*九*藏*书*网些将领竟无一人敢上前，满脸愧疚之色。吴世璠轻蔑地看了一眼这些人手中的刀剑，举刀自刎，死时方才十六岁。他的皇后郭氏投环自缢而亡，宫中从死的达百余人。兵变部队又闯入郭壮图家，杀死其心腹郭得胜。郭与儿子郭宗汾皆自刎而死。兵变部队继而抓了大学土方光琛及其子方学潜、侄子方学范，控制了全城。

经过充分准备，康熙十九年九月二日，清军各路大军，如期进剿。湖南一路的统帅，大将军章泰奏报：他所属部队已在沅州完成集结，决定由蔡毓荣等带领绿营兵，兵分三路，于九月十二日从沅州出发。他本人将率满汉兵于十八日随后启行，共取贵州。康熙帝批准此计划。同时通知广西、四川各将军、总督等出征将官，“俱令如期速行剿贼。”

会师之后，清军两大主力，自交水分路齐进，于二月十九日进至昆明郊区四十里外，在归化寺附近扎营。寺西北金马山，正北鹦鹉山，寺左右石虎岗、城北山，都成了清军的壁垒。

彻底消灭了吴三桂政治集团，这在当时被视为清廷的特大盛事。京内外百官纷纷上表庆贺，行贺礼。康熙帝在康熙二十年（1681年）十二月二十日，“颁诏天下”，以庆祝胜利，及显示自己的骄傲与自豪。

不过后来吴三桂的一个侄子供出：吴三桂的遗体已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将吴世璠的头与吴三桂的骨灰一并送到京师。其实这事很是蹊跷，吴世璠那么小心，就是不想让清军得到祖父的遗骨。他自然能想到家中子弟，若不幸落入清军之手，酷刑之下，什么都会招出来，所以这个藏骨灰匣之处，必是他有意透露，为的是掩饰真正的地方。他们这么做，不仅仅是为了爷爷，也是为了家人少受点罪。当然客观上，也帮了那些清军将领，让他们得以交差。

到了四月，四川叛军基本被歼灭。谭洪刚病死，余众已瓦解。康熙帝下令，调将军噶尔汉同总督哈占、将军赵良栋率部速进云南。赵良栋接到命令，亲统绿营兵自雅州出发，哈占也于五月十一日进兵。

即便在如此困难的情况下，吴世璠都没有坐以待毙，这点很有他爷爷的风骨。他派军出城迎战，在归化寺附近激战多时，杀伤大量清军，但未能挡住清军。赖塔部进至银锭山，蔡毓荣夺重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺玉皇阁。这三路大军，连续猛攻数日。

康熙十九年（1680年）九月十二日，蔡毓荣部自沅州率先出师。沅州靠近贵州东部的湖南境内，有一河，名沅水（贵州境内段称沅河），可从沅州直通贵州镇远。清军便借助这条水道，迅速进入了贵州境内。在同后继部队大将军章泰部会合后，他们一起向镇远进发。守城的吴军将领张足法、杨应选等，没有选择抵抗，赶在清军到达的前一天夜里，悄悄撤退。清军于十月十二日接收了镇远府城，派出轻骑兵西追，收复偏桥（镇远西）等地。

第二路统帅为赖塔，他是额驸康果礼第四子。吴三桂叛时，他以都统被授为“平南将军”。先至浙江平叛，后至福建、广东等沿海地区驻防，屡次立下战功，为康熙帝所赏识。于康熙十九年（1680年）九月授为“征南大将军”，统领广西满汉大军及选取驻广州清军精锐、原属平南王藩下的部分官兵，由广西南宁出师，速取云南。

二十一日，郭壮图派将军胡国柄、刘起龙、黄明率马步军万余人出城三十里迎战，并带了五只大象上阵。清军，章泰部位列于左，赖塔军排于右，战斗自早晨一直打到中午，这回大象也不管用了，吴军被击败，清军追至昆明城下，击毙胡国柄、刘起龙等将官九人，俘获吴军六百余。

章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等按康熙帝的指示，督率满汉大军直奔贵阳。他们从镇远出发，先后攻占清平等城镇，并于十月十七日大败吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复平越西的新添、龙里（今仍名）两镇。贵阳已在眼前。章泰、蔡毓荣部，顾不得休息，急行军开进。于二十一日九_九_藏_书_网直抵贵阳城下。

这些人还制定了所谓处置“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。

康熙十九年（1680年）三月，将军赵良栋奏请以湖广、广西、四川满汉大军分三路进取云贵。约期八月底，诸路齐进，直捣云南。康熙帝同意他的建议，开始调配军队。

胡国柱一行逃到云龙州（云南云龙南）青里屋，清军都统希福紧追不舍。胡国柱自感难以逃脱，询问幕客王愈扩，王说：“君侯不见落花吗？或缤纷于裀席之上，或狼藉于泥土之中……”精辟啊！话还没有说完，胡国柱已明其意。他感叹道“说得是，说得是！先生爱我，敢不受命。”

第一路即中路，统帅为“定远平寇大将军”贝子章泰。他是饶余亲王阿巴泰之孙、博和托之子。顺治八年（1651年）封镇国公，同年晋封固山贝子。九年，袭父爵，仍为贝子。吴三桂叛后，随大将军贝勒尚善，参赞军务，以敢战善计谋屡立战功。康熙十八年十一月，康熙帝命安亲王岳乐解印回京，即以章泰接替岳乐，命为“定远平寇大将军”。

康熙帝以七百里加急，将指令发到镇远。他指示：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阳，必据鸡公背、铁索桥诸处。各将帅、大臣等，务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义。”他同时特别提醒诸将：遵义是叛军的后路，突入四川的吴军，势必退归。因此，在川的各将领要乘势长驱，荡平疆圉。他还要求赖塔等部，统领广西满汉大军，速进云南。

贵州似乎拿下的较为轻松，章泰、蔡毓荣等在贵阳休整了月余，已感无聊，正在等候新的命令。命令没等到，却等来平远府被吴军攻下的消息。这是吴世璠的杰作，他命高启隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共两万人马，出奇兵，一举攻陷平远府。清大将穆占率部反攻，于康熙二十年正月二十二日将吴军击败，高启隆败逃，王会等率领部下投降。平远府再次被收复。康熙帝再次督促，速取云南。清军浩浩荡荡开赴昆明。

康熙帝大概也会疑惑，清军起获的遗骨是否真是老对手吴三桂的。但人死了，烧成灰都一样。只要让普天之下，知道吴贼不堪的下场就行。真与假将是永远的谜团，谜团不重要，重要的是清廷对天下有了交代。他们是彻底的胜利者，造反者绝没有好下场。

五月，被吴三桂封为国公的马宝、将军巴养元等从遵义杀回云南，在楚雄扎营。差不多也是这个时候，康熙帝向马宝发出招降的谕旨，称只要其“悔罪归诚，将尔从前抗拒之罪俱行赦免，仍论功叙录……”对此，马宝没有接受。章泰派都统希福率部进攻，乌木山一战，马宝全军覆没。仅带领一百多人，逃到姚安山中。没有出路的他，最终与巴养元于七月五日至姚安府向清军投降。与马宝、巴养元一起投降的还有将军赵国祚、郑旺、李继业、总兵郎应基等。

清军即将发动总攻之时，却出了个意外。原本已平定的四川，又发生了叛乱。四川的叛乱是为了牵制清军，本意还在于保住云贵。主谋是郭壮图，他派胡国柱、马宝、王会、高启隆、夏国相等将领，突袭了四川的清军。原本吴军已明显处于劣势，被清军打得只有招架之功。但正因如此，清军也放松了警惕，以致于吴军偷袭得手，连续攻占泸州、叙州、永宁、建昌、仁怀等地。原本已降清的谭洪、彭时亨等将领，又率部再次叛清。夔州府百姓也随之而叛，谭洪率众至巫山，据守万县。

和马宝比，康熙帝就算不得是英雄了。政治向来不是英雄玩的。他命令凌迟处死马宝，谕旨说：“逆贼马宝，所在抗拒大兵，今无地可遁，力穷势迫，始来投诚。殊属可恶！所犯情罪重大，断不可宥。大将军贝子

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章泰等，其执马宝，拨官兵严解来京。”九月末，马宝在北京被处以凌迟酷刑。受刑时，他不发一声，至疼痛难忍时，才哼哼几声。最后，刀至洞胸，才大叫一声而死。头被割下示众。

云贵是清军最后的目标，也是吴集团最后的诺亚方舟。

在王绪与李匡自焚之后，将军王公良等率余部前往清营投降。

这个郭可谓不善，虽然是吴应期先想向他动手的，他的举动有自卫的意味。但吴应期毕竟是当朝皇叔，不是他这个国丈可以随意处决的，更何况吴应期的两个儿子并没有参与阴谋，他们与皇帝吴世璠是堂兄弟，郭的举动与谋反无异。郭有疑心，有野心，已彻底暴露无遗。郭的心狠手辣，让吴集团内部许多重要成员，感到不寒而栗。人心尽散，在这种状况下，在外部清军的重压下，郭的举动无疑是一种自杀行为。

吴氏集团另一个重要人物胡国柱及属将王叙等，从姚安逃散后，进入鹤庆（属云南，今仍名）、丽江（属云南，今仍名）一带山中。赵良栋、哈占奉旨搜拿。都统希福、提督桑额率兵追捕。

章泰率部继续进攻，于十一月初，先后夺取了安顺、石阡、都匀、思南等城。平远（织金）知府郑开枢等献平远城归降。十日，清军又攻下永宁州，突至鸡公背。一万三千余吴军见守住无望，便焚烧盘江铁索桥后，撤走。盘江铁索桥是云贵间的咽喉，若被清军夺取，便可长驱直入，杀至昆明城下。普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等归顺清军，为表诚意，他们主动提出，愿为清军架设浮桥。

此后清军收复新城所、普安州。同时，穆占也收复了黔西、大定诸府州，俘虏了吴政权巡抚张维坚。为助军威，此人被直接斩于军前。

当章泰收复贵阳时，康熙帝下令，赖塔一路广西大军速由南宁出兵云南。康熙十九年十月下旬，赖塔奉命，率领大军从南宁出发，经田州（田阳）、泗城（凌云），抵西隆州（隆林各族自治县），于十一月十五日进入云南边境。吴将何继祖等聚兵万余，在离安笼所三十里，坚守石门坎隘口。此地高耸云天，羊肠石径，易守难攻。赖塔派都统贝勒希福、马奇等率前队清军先进攻，他与金光祖等诸将兵分两队，作为后继。次年（康熙二十年，1681年）正月一日，清军大败吴军，夺取了石门坎隘口，收复安笼所城，吴军总兵陈义魁等率众投降。

兵力上，清廷处于绝对优势。由于接连遭受重创，吴集团此时的兵力只剩下十多万。在康熙十四年时，留守云南的郭壮图竟因兵员紧张，不得不“括庄民为兵”。

马宝部、胡国柱部回援云南后，驻永宁的吴将宋国辅部势单力薄，自感无力死守，遂向清军请降。清军于三月十五日进入永宁城。

考虑再三，康熙帝决定，将顺承郡王勒尔锦、康亲王杰书、察尼等王贝勒都调回北京。回京后，勒尔锦、察尼及已故的尚善等王贝勒及其有关的一批将领都受到了严厉处分。

在清军向贵阳进发时，吴世璠急召夏国相、高启隆、王会等，速从四川回援贵阳。令马宝、胡国柱等继续在四川作战。但吴军增援部队还未赶到，清军已进至贵阳郊区。吴世璠大惊，在叔父吴应期，将领刘国炳护送下，乘夜撤退回昆明。贵州省城贵阳就这么落入清军之手。吴世璠的大臣，位居侍郎之职的郭昌，及原任清提督李本琛，同大小文武官员一并投降。

何继祖自石门坎败逃，至新城所，会合吴将詹养等，又聚兵两万余人据守黄草坝，并以大象迎战。二月二日，赖塔督率满汉清军发起攻击，从早上五六时战至午后二三时，终将吴军击败，夺取二十二营，俘获詹养、王有功及其部一千余人。赖塔率大军继续进军，从黄草坝开赴曲靖府，吴总兵尹士元、道员刘世忠等将吏，不战而降。清军攻占交水城，吴军大败而逃。

进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅商议，如何处理吴集团中的重要成员。最终决议：没收吴世璠家产，把他首级割下，传送京师示众。将“首谋（叛清）献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄子方学范，在军前凌迟处死。