不过与作战计划的前后矛盾相比，国民政府还是在积极地进行着部署的调整，和二线防御阵地的设立。从11月16日起，原先作为后备掩护部队的王耀武所部第51师归建，随第74军主力一起行动，并担任苏州至吴江防线的防守任务，同时展开一翼沿太湖警戒，防止日军由太湖登陆，以掩护淞沪战场撤退中数十万大军的侧翼。而从无锡到江阴，修建有锡澄国防工事线，是淞沪战场的预备阵地，也是守护南京的一道屏障。第三战区长官司令部试图将大军部署在这道锡澄线继续抗击日军。而以俞济时所属第74军在苏州到吴江之间展开的用意，就是为了争取锡澄线的部署时间。
不过在这次夜间临时会议上，柳川平助军司令官还是强调：“向南京追击的主要着眼点在于占领在军事上和政治上对敌人都很重要的首都南京。通过此次追击，不是要捕捉和歼灭敌军主力。对于我军来说，最初是将第二期作战目标变更为常州的方案流产，其后在湖东会战中又放跑了敌军的主力，所以早就判断在华中方面已经失去了围捕和歼灭敌军主力的良机。”
而此时松井石根突然下令第6师团重新归属到第10军司令部指挥，这一点安排某种程度上是因为第6师团自登陆以来几乎打疯了，师团长谷寿夫中将飞扬跋扈，更令松井石根颇感对其指挥不动，而将这支刺头部队踢回柳川平助那里。按照松井石根的预计，第6师团要用两天的时间即11月18日才可以途经青浦回到丁集团主力部队方面。这样一来一回，又可以拖延第10军48个小时。
自11月13日以来，沿京沪线西进的日军推抵到安亭西南一线，同时由白茆口、浒浦登陆的日本陆军第16师团及重藤支队进攻支塘以来，日军这一记大有截断公路交通之势的重拳就几乎使得吴福线的各退却部队发生大崩溃。
但是正当左翼军集团军撤至吴福线阵地时，南京方面的高级幕僚会议对
九九藏书网南京的防御问题尚未作出最后决定。蒋介石委员长在南京守卫的问题上仅仅说是“守一守”，而主管作战事务的军令部第一厅厅长刘斐则根据蒋介石的意思，提出作象征性防守的建议也只是在这次会议上被作为一种选择方案，故而在此情况下，第三战区于11月16日制订了《淞沪抗战第三期作战计划》并迅速下达。
但是他忘记了第6师团以步兵第23联队的步兵1个大队作为基干，组成的平望镇支队仍活跃在战线上。而谷寿夫中将更自作主张继续派部队开始向苏州及吴兴一线分别展开攻击。而第10军方面的第18师团及第114师团此刻已经将陆续到达的后续部队和炮兵集结完毕，准备对嘉兴发起全面进攻。
第10军上下的这种普遍认识并不是没有根据和理由的，第10军自杭州湾登陆以来，中国军队溃败千里，嘉兴要冲已是丁集团囊中之物，吴福防线全线溃乱，南京屏障几近丧失殆尽。故而在此情况下，第10军参谋部第一课长藤本铁熊航空兵大佐、第二课长井上靖步兵大佐、第三课长谷田勇工兵大佐等一众参谋官们纷纷认为，“军方面如果决定将目标选定在眼前几乎唾手可得的常州、吴兴等地，或经过充分准备后再进攻南京，势必会给予敌人以恢复战斗力的时间，而这是绝对不可取的。”
身为一军统帅的柳川平助对于杭州湾登陆以来，未能一举歼灭中国军队主力颇感不满，他的目光已经开始盯上并不遥远的南京了。而作为军司令官的柳川平助中将的这番话语不仅得到一众师团长及司令部参谋们的支持，更是确定下了丁集团接下来的作战目标，即以攻占南京为第10军下一阶段之作战目标。军参谋长田边盛武少将更是直截了当地用自己的话语为丁集团接下来的作战目标给予了明确指示：“占领敌国首都南京，就将给敌人在政治和军事上以重大打击，这一点是毋庸置疑的。此外九九藏书，攻占南京，华中方面的作战就可以说告一段落。”
但是包括松井方面军司令官在内的多数华中方面军司令部及上海派遣军高层都并不知道，此时柳川的第10军曾根据“中国军仍处于混乱状态”的战况，作出“如果抓住这一良好战机，断然进行追击，有二十天的时间，可以占领南京。故在攻占嘉兴后，立即以军主力独自果断地向南京追击”的决定，并把“在快速追击方面会有困难”的上海派遣军撇在一边。
一片混乱之中的部队只能仓促以左翼军向苏州、福山一线转移，右翼军向乍浦、平湖、嘉善一线转移，但这样一来，吴福防线也就基本失去了作用。虽然罗卓英的第19集团军在11月15日左右在兴隆桥、福山、常熟及沿江一带与日军激战甚烈，但根本就扭转不了溃退的局面。败退浪潮之中，各部队几乎溃不成军，唯有彭善第11师稍稍有所斩获。
按照命令，第11师本该是向常熟转移，并负担起防御任务的。然而第11师抵达常熟后不久，日军便向侧翼之第13师发起猛攻，一天之内，该师在花园里、周家桥一线的阵地遭受日军轮番猛攻。奉集团军总司令罗卓英将军的命令，师长彭善以叶佩高第33旅迅速增援第13师在花园里、周家桥一线的防御阵地。
这次丁集团司令部会议上，柳川平助司令官面对一众师团长、参谋官提出了自己的意见，他说：“由于此次会战是以第10军进入嘉兴一带为转折点，中国军队在丁集团开始包抄作战之后，主力陷入了总退却的溃败局面中，中国的指挥高层已经很明显地出现了根本混乱的征兆。因此，如果能够抓住这稍纵便逝的绝好战机，排除万难，断然实施勇猛果断的追击，尽管歼灭敌军主力已经很困难了，但仍可彻底打击敌人，使之混乱，以至于无法在南京要塞区进行有组织的抵抗，从而使得我军可以迅速、顺利地攻占南京。”
早在11月14日松井石９9ｌib•nｅt根就下达命令：“方面军决定占领常熟、苏州、嘉兴一线，准备尔后的作战；上海派遣军应占领福山、常熟、苏州一线，以约两个师团在昆山、太仓附近集结，作为余之直辖部队；第十军须占领平望、嘉兴、海盐一线。”显然这一命令的目的很清楚，就是要第10军原地待命，而让上海派遣军在接到华中方面军司令官松井石根关于“占领常熟、苏州、嘉兴一线”的命令后，立即将主攻方向保持在沪宁铁路北侧地区，准备击败当面之中国军队后，向太仓、昆山一线追击。
而计划随后又说“不得已时，转进于锡澄、宜兴、武进等阵地，节节抗战。由京沪线抽调除第7军外约两个师，经宜兴、长兴进出吴兴，归张发奎指挥。同时以炮兵大部转用于沪杭方面，另抽较次之三至五个师，回任首都之拱卫，并预先构筑工事。沪杭线方面，应扼守崇德、石湾、南浔线及临平、吴兴线，最后应以刘建绪第10集团军退守杭州附近，第7军之第170、179师退守长兴附近，待川军到达后，一齐转移攻势。续到之川军第23集团军唐式遵的6个师，车运者，由南京用汽车输送至广德附近；船运者，由芜湖、宣城，再用汽车输送至宁国附近集中，置重点于广德方面，攻击沪杭方面之敌。京沪方面不堪作战之部队及可抽出之资材，应即运后方”。这显然是在告诉一线的指挥官，如果不能阻击日军后撤也没有关系。
而就在中国军队全线放弃吴福国防工事群，退守锡澄线之时，日本陆军第10军方面却正在就追击作战展开一场讨论。军司令官柳川平助认为华中方面军司令部试图在昆山附近地区捕捉、歼灭中国军队主力的作战已经失败了，根本未能达到作战目标，使得结果成了一场击溃战，追击部队只是捕捉及消灭了部分撤退不及的掩护部队及溃兵。
次日，第74军长俞济时带着第58师师长冯圣法、第51师师长王耀武等人来到防线99lib.net现场踏勘之后，最后认为位于水陆要冲的望亭镇将是日军必取之地。经过考虑之后，俞济时命令王耀武派一个团前进配署在望亭。而王耀武在接到军部的要求之后，考虑到第51师在淞沪战场上已经鏖战了两个多月，各团伤亡均十分严重，现在唯一最完整的团就只有李天霞第153旅所属的张灵甫所部第305团，故而命令将第305团配属给周志道的第151旅，负责防守望亭，迟滞追击的日军。
第18师团长牛岛贞雄中将、第114师团长末松茂治中将、国崎支队长等部队长更是一致认为根据目前情况，不应该中止攻克南京。最后的局面甚至演化成身为军司令官的柳川平助故作矜持在面对各部队长的请求时，很谦虚地说：“凭直觉相信，通过追击应该很容易夺取南京。”于是在11月15日夜，第10军司令部再次举行参谋会议，在这次会议上，丁集团决定全军全力以赴，果断地“凭直觉”向南京实施追击。
在率旅主力紧急增援一线之后，刚刚抵达前线的旅长叶佩高发现攻击13师正面阵地的日军左翼位置防御极为薄弱。于是放弃增援一线的企图，而是立即率领所部攻击日军左侧翼。然而谁也没有想到的是，第33旅的此番突袭却是出人意料地歼灭了日军第11师团所属步兵第44联队部。正在指挥部队猛攻第13师阵地的日军顿时大乱，联队部队遭袭不仅使得日军步兵第44联队部仅有联队长和知鹰二只身幸免，而且这一未预料到之战果迅速减轻了第13师正面的压力，使得常熟的局势稍稍好转了些许，而常熟以东战局亦是趋于稳定。而第33旅则在此战之后又相机收复了石墩、支家塘等处，一举逆转了常熟战局的不利形势。
这个旨在巩固南京作战计划的指导方针是强调“以打破敌之包围企图，而巩固南京为目的，京沪线方面利用既设阵地，节约兵力，除抽调一部转用于沪杭线方面拒止敌人，同时抽调一部巩固南京，99lib•net 待后续兵团到达后，以广德为中心，转移攻势，压迫敌人于钱塘江而歼之。而指导要领则要求京沪线方面，务以最小限之兵力，利用吴福线工事，阻止该方面之敌”。这显然是一个前后矛盾的命令，既要利用吴福线工事阻击敌军，又强调节约兵力。在实际操作中就只能看一线指挥官各自的理解了。
这两位参谋的意见很大程度上是为柳川平助的“暴走”摇旗呐喊。此时日军的战场最高指挥官——华中方面军司令官松井石根大将最初判断从上海撤退的中国军队一定会在黄渡镇至嘉兴一线进行抵抗，但随着第10军的迅速推进，松井石根又判断中国军队不会停留在该线，而是再向西退，于是决心向大本营所规定的作战地境限制线追击。
上官定下的基调，下属当然要负责提供依据。于是以藤本铁熊航空兵大佐为课长的军作战课则是在这次会议上大胆提出：“各种分析结果表明，作战课判断12月5日可以完全占领南京。”随后田边盛武又发表了一番讲话，他所代表的是军参谋部的意见，他认为，“对于我军来说，下达向南京追击的决心当然是由于确信如果可以把握住此次稍纵即逝的战机，凭藉我军自身的力量就能够占领南京，即使上海派遣军在快速追击方面会有困难，也丝毫不受此影响，要独自果断地实施追击。”
而事实上此时上海派遣军方面进展依然不大，11月16日重藤支队和第13师团主力逐渐接近常熟及其北方地区的中国守军阵地，并开始进攻，而第16师团也开始陆续将登陆上岸的部队主力沿着太仓至常熟的公路发起进攻，但由于该师团登陆进展并不快，故而全师团所有战斗部队参加战斗还需要一两天的时间。虽然来自金泽的日本陆军第9师团在沿着昆山至苏州的公路向杨家巷附近的中国守军阵地推进时，取得了很大进展，但是第11师团还在将兵力向支塘镇及其以西地区集结，掩护军直属炮兵部队也逐渐向支塘镇方向展开追击。