在对这些部队的改造过程，一般来说还是比较顺利的，但是也出现过一桩恶性事件。这就是傅作义的警卫团冲击当时毛泽东和党中央所在地香山。
1月17日，在傅作义的授意下，由前北平市市长何思源进行策划，在北平市参议会召开了华北七省市参议会负责人的聚餐会，共同讨论北平的前途，共商和平大计。北平市、天津市、河北省、察哈尔省、山西省、绥远省、热河省的参议会议长，北平市正副市长都全部到会，很多北平政界名流和社会活动家也都到会。会议还特别邀请了在北平的几乎所有高级将领到会。会上，发言者一致要求和平解放北平，并公推当时北平的11位最著名的社会活动家，如前北平市市长何思源、中国大学教授吕复、康有为的女儿康同璧等，作为北平市民的代表，出城与解放军进行协商。何思源当即在会上发表演说，表示应当响应中国共产党主席毛泽东在几天前发表的关于时局的声明中所提出的在全国实行和平的八条主张。他还提出了三条建议：一是把北平这一名称恢复为北京；二是把北京定为新中国的首都；三是要求中央政府统一全权。与会者根据何思源的建议，就以他的演讲为基础，拟出了和平通电，当天下午就向全国发出了。
党中央机关进入北平之后，为了安全，没有住在城内，而是暂时住在北平西郊的香山。毛泽东则住在香山的双清别墅。当时为了保密，住在香山的中央机关，对外叫做劳动大学。但是时间稍稍一长，北平就有不少人知道了香山住着毛泽东和党中央。
1月23日，傅作义释放了北平城内的在押政治犯，其中有大量的中共党员。
（五）国民党军官中愿意回家的，按以下规定处理：
具体任务由华北军区作训处长唐永健布置，并由唐永健指挥。与此同时，在中央办公厅警卫处长汪东兴的指挥下，香山的警卫部队也做好了准备，特别是毛泽东身边的警卫排，在排长阎长林的领导下，更是做好了警戒。
（一）原属“华北剿总”的第九、第四两个兵团和8个军部的领导机构，应全结束，其所有的工作人员和直属部队，分别编入人民解放军平津前线司令部与各兵团部及各军部；其所属的25个师，则改编为人民解放军独立师，各特种部队则与解放军的特种部队合编。
事后，傅作义选了35个贴身侍卫，由北平卫戍区给配备了优良的武器。准备冲击香山的那两个营，全部被解散，进行清理学习，然后重新分配。这以后，当傅作义到香山见毛泽东时，还就此事当面向毛泽东做了解释和道歉。
当高级军官们午饭结束之后，王克俊这边也已经做好了政工处长们的工作。午后复会时，李文和石觉仍然坚持上午的老话，王克俊就告诉他俩，各部队的政工处长都表示赞同14条和平协议，如果不信，请给你们的政工处长打电话。李文和石觉十分诧异，王克俊就把中午召集政工处长们开会的情况作了介绍。李文和石觉听说以后，就表示不愿意再打电话了。傅作义要他们最后表态，他们才说出自己的意见，原来也就是政工处长们的意见，要求离开北平去南京。接着，还有一些中央军系统的军官也同样要求去南京。傅作义的态度与刚才王克俊告诉政工处长们的意见一样，就是只要李文和石觉能保证部队不出事，让协议能以实现，就保证将把想走的人送走。李文、石觉，还有十六军军长袁朴，知道大势已去，无可挽回，虽然当场就抱头痛哭，wｗｗ•9９ｌib.net嚎叫“对不起领袖呀”，但是也只能对不起了。从事后来看，在人民解放大军的强大威力下，他们几个还真没有搞过什么破坏活动。
会议一开始，傅作义就开宗明义地向到会者宣布：今天开会是要最后确定和平解决北平的问题，我们与解放军的和平谈判已有多日，前天已经达成了和平协议。现在先由王克俊向大家宣读。于是王克俊向与会者宣读了在五里桥草签的那份14条初步协议。
1月16日下午，傅作义发出请帖，邀请北平文化、教育、学术界的知名人士在中南海勤政殿举行西餐会，到会的不仅当时是知名人士，就是今天，也是大家很熟悉的人物，如美术家徐悲鸿、考古学家马衡、历史学家郑天挺、文艺理论家朱光潜、政治学家许德珩、哲学家贺麟、物理学家叶企荪、国际关系学家王铁崖等。在会上，傅作义以诚恳的态度说：“局势如何？想听听各位的意见，以便定夺。”到会人士几乎是异口同声地要求傅作义当机立断，坚决走和平之路，千万不能让文化古城毁于炮火。徐悲鸿说：“北平两百万市民的生命财产，系于将军一身。当前形势，战则败，和则安，这已是目前的常识问题。”研究世界史的著名教授杨人楩激动地说：“内战已给人民造成很大灾难，仗不能再打，希望傅先生效法意大利建国三杰，流芳百世。如果傅先生顺从民意，采取和平行动，我作为一个历史学家，对此义举一定要大书特书，列入历史篇章。”
1月16日晚，正当邓宝珊与周北峰在通县五里桥与林彪、罗荣桓、聂荣臻进行谈判的时候，知道这一进程已经无法加以改变的蒋介石突然给傅作义来了一封电报。大意是：相处多年，彼此知深。你现厄于形势，自有主张，无可奈何。我今只求一事，即于17日起派飞机到北平运走李文、石觉所部少校以上军官和必要的武器，时间约需一周，望念多年之契好，予以协助，并请即复。
（3）除不许携带武器及公用资财外，一切私人财物均可全部带走。
第二个措施是尽可能稳定官兵们的情绪。因为快要过年了，傅作义下令给北平所有军人凡是士兵每人发1块银元，军官每人发5块银元、1匹布。同时给各部队分发了一些罐头，给军人家属分发了一些粮食。这一措施几乎把傅作义的仓库挖空，但是在那人心浮动的日子里，对于稳定队伍，还是起了不小的作用。
就这样，傅作义做好了在北平各部队高级军官的工作，扫除了前进道路上的一大障碍。当然，傅作义并不知道，李文与石觉已经在密电中请示了蒋介石，蒋介石给他们的任务就是尽力争取将一部分部队的骨干南撤，并没有让他们去鸡蛋碰石头似的反对和平改编。
这一次骚乱平息了，不能保证不再有骚乱。由于这时北平城中属于中央军系统的部队是两个兵团的10多万人，而傅作义的部队只有几个师，如何安定这些中央军，成了傅作义的大事。因为既然决定了要走和平之路，他傅作义就得向中国共产党，也是向全国人民交出一个完整的北平。否则，他还有何脸面见国人！
22日上午，傅作义召开了北平市内党政机关人员的会议，宣布了和谈的结果，要求大家遵守和平协议。
傅作义为了就和平解放北平的问题能尽可能扫除各方面的障碍，在公布和谈协议之时能得到更多人的拥护，他花了不少精力与各方面的代表人士进行联络疏通，争取广大民众99lib.net 的支持。除了与若干人士进行个别的交谈之外，在当时还有过两次很有影响的活动，而且是在两天中连续举行的。
傅作义与中国共产党进行和平谈判的消息，北平城内早就传开了，蒋介石也很快就知道了。在双方代表进行和平谈判的同时，各方面人士的态度并不一样，有拥护的，有反对的，有观望的，有破坏的，情况十分复杂。和平解放，只是说不用枪炮，并不是没有斗争。在一定程度上说，其各方面斗争的复杂程度，与用炮火攻城相比，是各有千秋。
但是，以北平城中的军统特务组织为核心的国民党顽固派是不会让和平之路顺利走下去的。就在17日的晚上，他们就根据蒋介石的命令，对何思源的全家下了毒手，用炸弹将何思源一家炸得一死四伤。
李文出身于黄埔一期，长期在蒋介石第一嫡系胡宗南部下任职，1945年1月升任第三十四集团军总司令。解放战争时期，他一直在华北地区与我军作战，占领石家庄和张家口，他都出了大力。在1947年10月的清风店战役中，他的十三军被我华北解放军全歼，军长罗历戎被俘。
2月26日，平津前线司令部正式给参加和平改编的原国民党军队30名军官发布了任命书，任命他们为中国人民解放军的兵团、军、师三级干部，其中，被任命为兵团和军级干部的有：李士林为十三兵团副司令员，葛晏春为十九兵团副司令员，郑世通为三十八军副军长，孙学仁为三十九军副军长，张辑成为四十二军副军长，郑邦捷为四十四军副军长。
对于这20多万原国民党军队的改编，是和平解决北平问题后最难办的问题之一，也是执行和平协议的基本点。早在1月22日，毛泽东在给林彪、罗荣桓和刘亚楼等人的电报中就专门强调说：
在经过双方的多次研究之后，2月21日，平津前线司令部专门召开了改编会议，林彪、罗荣桓、聂荣臻、刘亚楼、谭政全部到会，傅作义方面由郭宗汾到会，国民党军的所有师以上军官全部参加。在会上由陶铸宣布了最后达成的改编方案：
北平20余万敌军出城改编，你们须令各兵团、各纵队首长均看作一件大事，全军紧张地周密地在你们的统一指挥下对付这一个大事件，达到完满地处理此事件之目的，务必不要有轻敌疏忽之观点。
第一个措施是以情况紧急为由，每天上午10时到下午4时在中南海的总司令部召开高级军官会议，研究和协调防务。实际上是用这个办法来掌控高级军官们的动态，把他们羁縻起来，使其难以有什么大的动作。
傅作义接到这封电报之后，感到很为难。一方面，他认为蒋介石并未直接指责他的和平谈判，要求接少数军官走，不好拒绝，特别是这事是城内中央军系统很多军官所求之不得的好事，如果加以拒绝，必然会使得部分军官闹事，后果不堪设想；另一方面，又考虑到蒋介石接人的飞机要来一周时间，还要运走部分武器，这不仅会遭到解放军的强烈反对，还可能给别有用心者以可乘之机，引起部队的骚动。所以他在与王克俊仔细研究之后，采取了这样的办法：一方面，他为了不让蒋介石的中央军在城中因此事而造成事端，就给蒋介石回了一封电报，表示理解蒋介石的用意，同意蒋介石派飞机来北平；另一方面，又让王克俊给正在五里桥的周北峰发电报，要周立即将此事转告平津前线司令部，要求城外的解放军见到有飞机来北平时，就炮ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.99liｂ•ｎｅt击设在天坛的临时机场，让飞机无法降落。第二天，蒋介石派来的飞机真的来了，我军大炮也立即向天坛的临时机场进行炮轰，由于有我方的地下党员在现场进行观察，用电台指示目标，修正落弹点，所以炮弹落得很准，从第二颗开始就落到了跑道上，这样，飞机根本就无法降落，只好飞走了。蒋介石的运输机就这样一直来了四五天，我军的炮击也就进行了四五天，结果是蒋介石的飞机连一架也没有降下来，当然就一个人、一条枪也未运走。唯一的一点遗憾是，有一发炮弹出了一点偏差，把天坛中的著名建筑祈年殿打坏了一只角。
（1）回家军官一律按原薪发给3个月月薪。
（二）原国民党部队中的政工人员，愿留解放军工作的，须经过训练，再行录用。
这一干脆利落的行动很快向周恩来作了汇报，周恩来又向毛泽东报告了这一情况，得到了毛泽东的批准。当然，这事也就惹怒了傅作义。
（5）凡在解放区居住的国民党军官，回家后可分得应有的一份土地；如其本人是地主家庭，则其土地财产，已分与未分，均按土地法大纲第8条之规定处理。至于其本人，只要遵守民主政府一切法令，其过去对于农民的行为如何，一概不加追究；已回家的国民党军官，一律发给“参加北平和平解放证明书”，以后愿来解放军工作，仍然受到欢迎。
要安定中央军的10多万军队，关键是要安定两个兵团司令，即四兵团司令李文和九兵团司令石觉。
这一天上午，所有的师以上军官被通知到中南海勤政殿开会。按傅作义事先的安排，他的一个主力团已经在两天前的夜间悄悄进驻于故宫午门前两厢的朝房里，听候中南海中的调遣。安春山的一零四军（按：一零四军在张家口之役已被我军消灭，安春山被俘时因为化装为伙夫而被我军释放。安春山逃回北平后，傅作义又以地方部队作补充将这个军重新组建）则在城内加强戒备。
（4）回家的国民党军官，可按其现有职务与需要，酌许带一二名护兵同行。
第三个措施是大力维持城内的治安。这时在城内属于傅作义自己的完整老部队已不多，战斗力强的就只有四个师，即骑四师、三零九师、三一零师和三一一师。傅作义决定把三一一师用来控制过去是直属国民党宪兵司令部、长期在北平负责治安的宪兵三团，同时接防北平所有的城门。按傅作义的授意，三一一师师长孙英年用三个团分别控制了宪兵三团的三个营，同时接管了所有的城门。在这一强力措施之下，宪兵三团自知再也不可能在北平招摇过市了，他们的上司也不可能再来管他们了，于是宪兵们在一两天之内就纷纷换上便衣回家了，全团也就作鸟兽散。
大家都不知道李文和石觉二人今天卖的是什么药。不过，这时正好到了开饭时间，傅作义就邀大家入席，说是“先吃饭吧，饭后再议”。王克俊正好利用吃饭的时间，打电话给各个师以上单位的政工处处长，令其立即到中南海集合，限15分钟之内到达。政工处长们到达之后，王克俊向他们说明了情况，宣读了和平协议14条，问他们有何意见。中央军系统的政工处长果然是有意见，意见就是一条，不反对和平，但要求放他们离开北平。对于这一点傅作义和王克俊事先都有所准备，即：不愿意留下要走，可以，但是有一个条件，就是必须保证部队不出事，不伤一人，不放一枪，不毁一物，遵守纪律，圆满实施协议的规定之后，九九藏书网保证将想要走的人送走。政工处长们对于这个条件无法反对，只得表示同意。
（三）原国民党部队各级军官凡接受解放军分配工作的，其本人和家属，均按解放军各级干部和家属享受同样待遇。
唐永健带着一个团在夜间突然包围了傅作义警卫团的驻地，然后由我军派到警卫团的政治工作人员给在军营中的各级军官说明情况，让他们立即缴械。在我军的压力下，警卫团被迫交出了武器。然后，唐永健又在北平卫戍区纠察总队的配合下，将住在家中的警卫团团长抓了起来。
22日下午，傅作义专门召集军统和中统系统的所有负责人员的会议，要求他们立即停止一切活动。否则一切后果自行负责。
还是在17日的晚上，少数中央军中的顽固派和特务分子一道，在北平城内制造事端，四处鸣枪纵火。城中的枪声和火光，连通县的平津前线司令部都能听见和看见。特别是国民党军九兵团十三军的部队在朝阳门自来水厂搞了一次不大的兵变。当时，罗荣桓政委立即叫李炳泉与周北峰联系，要李急电傅作义，如果城内的事态严重，就立即打开西直门，我军将派一个纵队星夜入城，完全由傅作义指挥，以保证北平城内的安定。不久，傅作义就回电说，他可以控制城内局势，请罗政委放心。当天晚上的骚乱，结果还是由傅作义自己的部队平定了。
对此，傅作义也采取了一些措施。
这次会议开得很成功，会上七省市参议会议长全都主张和平，这使得参加会议的国民党中央军的高级将领如李文、石觉等也不便发表反对意见，只好一言不发。于是，在各种舆论中，就把他们也归入了拥护和平解决北平问题和发表和平通电的行列之中。出于当时北平城中极高的和平呼声，他们也就只好默认了。
王克俊宣读之后，会场中当然议论纷纷，多数人表示赞同。可是，会上的关键人物李文和石觉却一言不发。傅作义要王克俊去请他们表态，李文和石觉却说：“我们说不出什么意见，只是克俊你的部下有意见。”王克俊不解其意，说：“我一个文职，何来部下？”李文和石觉说：“我们部队的政工处长不都属你政工处管的人吗？他们有意见。”
黄埔三期出身的石觉则是辽沈战役中的败军之将，在辽沈战役部分对他的情况已有所介绍，这里不再重复。
无论是李文还是石觉，都是以“天子门生”自居的蒋介石嫡系将领，在他们的心中，都是不愿意背叛蒋介石而投向人民阵营的。傅作义要走和平之路，他们不是不知道，他们也不是不想反对，只是由于当时的具体环境使得他们不敢有所作为。虽然他们手上还有10多万人马，但是已被团团围住，在强大的人民解放军面前，作为败军之将，他们当然很清楚自己的实力有几斤几两。所以，他们对傅作义的和平行动只能是无可奈何地观望。至于傅作义给他们布置的城防任务（按照傅作义的布置，这时北平的防务分为三个部分，城防部队由第四兵团副司令兼北平警备司令周体仁指挥，负责地区的防御；野战部队由李文指挥，负责出击野战；总预备队由“剿总”副总司令郭宗汾负责），他们当然知道那是傅作义做样子的，目前哪里还敢谈什么防御和野战？
1月21日，是和平协议正式签字的日子，第二天就要正式公布。这一天，傅作义决定向在北平的所有高级军官们说明真相，也就是最后摊牌。当然，也做好了另一手准备，如果有个别人要存心捣乱，就采取特别措施。
根据上述改编的原则，我军派出了大量政治工作干部到国民党各受编部队，进行了大量卓有成就的工作，使这些部队逐步改造成为人民解放军的一部分。
根据和平协议，我军给傅作义留下了一个警卫团，这个团就驻在翠微路。虽然我军给这个团派了政治工作人员，但由于是将一个整团留了下来，其中的人员不免就相当复杂，其中不仅有少数顽固分子，还有个别国民党特务。1949年4月初的一天，这个团中的少数人竟然煽动了两个营起来闹事，而且准备要冲击香山，找党中央为他们解决问题。这一情况傅作义还不知道时，就由我军派到该团的政治工作人员紧急向上级作了报告。周恩来得知这一情况后，立即要聂荣臻紧急处理。聂荣臻当即命令负责警卫北平的独立二零八师派出一个团赶到城西，接受任务。
从23日开始，城内的国民党军队陆续开出城外等候整编。为了表示诚意，也为了给中央军系统的部队带头，这天出城的第一支部队是傅作义的主力部队骑兵四师，第二支部队是新编的一零四军。这以后，按傅作义的安排，中央军系统的部队和傅作义系统的部队交替出城。到1月30日，除国共双方同意留守的三十五军二六七师（按：和一零四军一样，三十五军也是在被我军消灭之后重新编成的）和一零四军一部之外，其余各部陆续开至城外的预定地点，等候接受改编。1月31日，我人民解放军正式进入北平，上述两支部队也随即开出北平城。从23日至31日九天时间内，开出北平城的国民党军队共计有25个师，20多万人。
陶铸宣布了改编方案之后，林彪和罗荣桓都讲了话。最后由刘亚楼宣布改编部队新的指挥关系与供给关系，颁发了25个独立师的新番号，将这25个独立师分别编入了我东北野战军和华北野战军各兵团中各军的编制序列。
1月22日，傅作义发表广播讲话，和平协议18条正式公布，同时也下达到北平的所有部队。
（2）由平津前线司令部发给车票，在解放区沿途供给食宿（包括家属在内）。
22日晚上，以华北“剿总”的名义，在中山公园水榭举行了记者招待会，包括南京政府新闻局和美国新闻处的新闻界人员和记者60多人到会。会上，“剿总”的新闻发言人阎又文正式向各界宣布了《傅总司令文告》，文告的内容就是已经签字的和平协议。
1948年，李文被任命为第四兵团司令，同时还指挥石觉第九兵团的两个军，成为平津地区中央军系统的最高指挥官。当然，他还是要接受华北“剿总”总司令傅作义的指挥。
（四）原国民党部队军官中愿意学习深造的，按其工作职位与文化程度，分班组织学习。学习期间其待遇与在职干部相同。
傅作义到北平军事管制委员会找军管会主任叶剑英论理时，甚至气愤得拍起了桌子。叶剑英和华北军区政治部副主任蔡树藩给傅做了多方解释，又让唐永健把当时的情况做了详细说明。最后，傅作义也同意了这样的意见：在当时的情况下，留下一个全副武装的整团在北平，无论是对于傅作义本人，还是对于北平的安定，都没有好处。因为在这样的一个团内，什么样的人都可能有，而被蒋介石特务收买的情况就更有可能发生。在北平，在解放区中，要对傅作义的安全起到真正的警卫作用，还是要靠人民解放军的卫戍部队。但是，出于傅作义的习惯和方便，傅作义可以一个一个地选择，选出他手下几十个绝对可靠的卫士作为他的贴身侍卫。