形势虽然极为有利，看上去攻克杭州的目标已是近在咫尺，但左宗棠并没有因此而得意忘形，他不主张全军进攻杭州，同时也力戒各部不得贪功冒进。这是因为当时一部分浙江太平军正向皖南转移，江苏太平军在李鸿章、曾国荃军的压迫下，也可能乘虚往皖南、江西渗透。如果楚军投入全力进攻杭州，皖南、江西至浙江的后路必然兵力空虚，到时就将面临前有坚城强敌，后被严重干扰甚至阻断的危险局面。

汤溪失陷之后，如同洪水决堤，龙游、兰溪乃至金华守军纷纷弃城东撤，太平军在金华战场上的防御体系顷刻之间土崩瓦解，其速度之快，连左宗棠也始料不及。

由于太平军在富阳加强了防守，楚军进攻富阳的行动计划接连受挫，在长达五个月的时间内毫无进展，战局又进入了九*九*藏*书*网类似于金华战役中前期那样的僵局。

战场最能教人认清现实。这边久围富阳不下，那边李鸿章却联合洋枪队搞得风生水起，这让左宗棠迅速改变了不愿洋人“助剿”的态度。此时勒伯勒东已在攻克绍兴一战中受伤毙命，左宗棠便调继任者德克碑率常捷军前来富阳助攻。

当克复严州的捷报传到左宗棠大营时，左宗棠和手下诸将均又惊又喜。惊的是魏喻义以两千兵勇，夺取了由万余太平军驻守的严州，而且伤亡数都没超过两百，堪称奇功。喜的是无意之中夺得严州，不仅提前实现了“直捣严州”的目标，而且扫除了金华北面的屏障，将有助于扭转金华正面战场的僵持局面。

左宗棠原先对李鸿章“借师助剿”的主张颇不以为然。朝廷命常捷军头目、“署理浙江总99lib.net兵”勒伯勒东归其节制，同时让左宗棠以浙江巡抚的名义给勒伯勒东发放统一事权的“札凭片”（即文件凭证）。左宗棠不乐意，以宁波距上海更近为由，把皮球踢给了李鸿章。

攻下富阳后，左宗棠即积极筹划进攻杭州。他认为太平军以杭州为中心，以余杭为犄角，二者均依赖于嘉兴、湖州的支援和接济，而嘉兴、湖州的来杭之路又在余杭，所以他决定兵分两路，分别攻打杭州、余杭，并以余杭为进攻重点。

1864年3月，楚军主力会同德克碑的常捷军对杭州发起连续猛攻。长期围困和猛烈进攻所造成的巨大压力，终于迫使杭州守军发生动摇，其内部先后出现了两起暗中向楚军洽降的事件，杭州守将陈炳文感到无法坚守，遂趁半夜弃城而走，余杭守军也于同一天西

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撤。

4月11日，左宗棠下令楚军开始进攻与杭州相邻，又为其西面要地的富阳。太平军从各城陆续撤退的部队均屯集于富阳，杭州守将汪海洋亲临富阳组织防守，同时李秀成为力保杭州，也从江苏调派陈炳文部驰援富阳。

常捷军装备有新式洋炮和法国人所训练出的熟练炮手，富阳城外的堡垒很快就被其用大炮轰开。第二天，楚军水陆各部乘胜扩大战果，大举出击，终于攻下了富阳。

相比之下，太平军阵营起先的顽强势头却渐渐开始衰竭。三城的危急状况引起了浙江全省太平军的关注，驻扎在湖州、绍兴的太平军诸王率十余万人增援金华。可惜为时已晚，在楚军持久而强大的攻势下，驻守汤溪的太平军战将彭禹兰失去了坚守的信心，主动向楚军密约乞降，并里应外合，帮九九藏书助楚军攻下了汤溪。

在此之前，楚军的处境极其困难，一方面三城久攻不下，另一方面，各部长期缺饷，且军营内流行传染病，染病至死者高达四千余人。严州的克复宛如给官兵们打了一针强心剂，士气一下子高涨起来。

眼前的情况和多米诺骨牌效应十分相似。左宗棠从投入兵力到完全占据金华府城，总共耗去了半年多时间，可是自太平军撤兵金华起，他在不到一个月内就占据了金华以东六县，而这六个县的守军无一例外都是不战即逃。

如同富阳战役一样，五个月内，楚军在杭州、余杭两处都未取得决定性进展，只是攻破了城外的几个要垒而已。不过在五个月之后，情况就发生了变化，在恐慌与失败情绪的影响下，杭州北面各城的太平军守将纷纷归降。杭州外围仅剩西面的余杭一条通道，处九-九-藏-书-网境更加危殆，在这种情况下，左宗棠决计把进攻重点转向杭州。

太平军在浙江的最后两个战略要地分别是嘉兴和湖州，至1864年8月，嘉兴由进入浙北的淮军所克，湖州则由楚淮两军联手攻取。经过历时两年多的苦战，左宗棠如愿以偿地夺得了全浙要地。

与此同时，浙东的太平军也在退却，1863年3月15日，常捷军、常安军协同清军攻占绍兴。时隔三天，楚军攻占杭州上游的桐庐，对杭州形成了半月形大包围圈。左宗棠在给朝廷的上奏中分析指出：“克复绍郡（绍兴），浙东郡县已一律肃清；克复桐庐，杭郡（杭州）上游全为我有。”