会议结束后，太平军各部便为即将开始的大战做准备。在此期间，江南突然暴发特大疫情，令他们的对手遭受到了比单纯作战更为沉重的打击。

朝臣中惯于指指点点，评你议他的人不少，但懂军事，能打仗者却是凤毛麟角，更何况湘军岂是局外人能指挥得动的？一见曾国藩有卸责之意，朝廷的态度马上软了下来。那拉氏、奕訢等以同治皇帝的名义下谕曾国藩，表示对他和湘军完全信任，以后战守均由其自主，不会再进行催促。

李秀成思前想后，决定统筹兼顾，把几个方案和天王的要求放在一起进行处理。1862年8月6日，他召集杨辅清、黄文金等人在苏州开会，会上确定将全军藏书网分成三路，其中两路在皖南，一攻宁国，一攻金柱关，其目的在于牵制曾国荃的援军，并相机夺取长江要隘金柱关，从而威胁乃至切断湘军粮道，同时割断曾国荃军与大本营安庆之间的联系。李秀成自领主力部队为第三路，负责围攻曾军，直接为天京解围。

朝廷与曾国藩虽达成了谅解，但并不能使湘军马上摆脱尴尬被动的局面。得知湘军营中疫病大作，有机可乘，李秀成加快了部队集结速度。一俟集结完毕，他便立即下令按苏州会议的决议案展开行动。

清廷的用人手段和技巧远在太平天国领袖之上，这封入情入理的谕旨与天王洪秀全的那些气急败坏的诏书一比九九藏书网，可谓高下立判。曾国藩收到后大感宽慰，“读之感激涕零”。

李秀成分析形势，认为曾军营垒很坚固，短期内要想予以攻陷非常困难，同时湘军又主要通过长江运粮饷，太平军无战船之利，要从下游截粮道也不容易。他为此提出不如先取宁国、太平，从上游截断湘军的粮道。可是洪秀全却以这一方案需时过长，而天京缺粮，刻不容缓为由，仍促其直接来援。

许多天过去了，疫情仍未有消散迹象，湘军官兵互相传染，“死者山积”，而药物已尽，水师不得不将船开到皖鄂诸省去买药。曾国藩忧惧不已，偏偏朝廷还在不断催其进兵，内外压力之大，几乎将其击垮。无奈之9９ｌib•neｔ下，他逐渐萌生退意，遂上奏告以实情，坦承自己才能不济，无力挽救厄运，请求朝廷另派得力大臣驰赴江南，会办军务。

湘军在整个江南的军事都陷入了停滞。与此同时，曾国藩希望派去天京助阵的大将仍然没有一个能够成行，鲍超、张运兰、杨岳斌等皆卧病不起，多隆阿继续滞留于陕西，李续宜因母亲去世已丁忧回籍，原部暂归曾国藩节制。唯一能够让人稍感宽慰的，倒是曾国荃本人尚未病倒。

曾军军营内一片愁云惨雾。湘军部卒之间大部分是亲戚关系，常见的情形是：哥哥刚刚病倒，弟弟就又染疾；有人早上还笑着和人打招呼，晚上就咽了气；一人暴毙，数人送葬，结果在回99lib.net来的路上，送葬者竟也有一半人倒毙；因为不断有人病倒病死，十个营帐里面每天都有至少五个不能正常开饭。

在疫病的大面积攻袭之下，湘军各部无一能够幸免。在皖南，霆军染病者达万人，每天都要死数十人，张运兰等军的百分之六七十官兵都病倒了。在浙江，楚军病者过半。在天京，曾军染病者亦逾万人。

这次疫情并非没有预兆。所谓“大兵之后，必有大疫”，长期而残酷的战争令江南各地已经遍布死尸，江湖溪流甚至井水都受到严重污染，疫病于是便毫不留情地对人类发动了袭击。

在苏州会议上，李秀成曾呼吁诸王团结对敌：“如欲奋一战而胜万战，先须联众心而作一心。”几名九九藏书网具备作战能力的王侯也都以实际行动做出了回应，辅王杨辅清一路进逼宁国，鲍超只得抱病迎战，结果一路连败。与此同时，护王陈坤书一路水陆并进，对金柱关、芜湖一带展开反攻。

这两路都是为了策应天京城下对曾国荃军的攻击。1862年10月13日，李秀成自领的第三路从苏州出发，他亲率十三王计十万人马，号称六十万大军，经溧水、秣陵关，直达天京城下。太平军与湘军的最后一次大会战由此揭开帷幕，加上在外围的杨辅清等部，太平军投入会战的实际兵力达到了三十万人以上。

在多次解围未果的情况下，天王洪秀全以不容置辩的态度，急切要求李秀成自领大军来援，甚至派大员至苏州坐催。