由于大乘院与一乘院的对立，兴福寺别当的控制力大减，一乘院、大乘院两门迹实际上掌握着大和的守护职权。然而，其职权范围却无法达到南部的宇智、吉野、宇陀三郡，基本上只能控制奈良与国中（奈良盆地）一带。

虽然刚才提到兴福寺追随武家一方，但“众徒、国民”未必追随武家。高市郡的越智氏，宇智郡的二见、牧野、野原氏等大和国南部武士均因靠近吉野而属于南朝一方。其中散在党的越智氏格外重要。

明德三年，后龟山同意南北朝合一，率领四十余名亲随离开大和国吉野，向北朝的后小松天皇交出三件神器。后龟山进入京都西郊的嵯峨大觉寺，以“南主”“大觉寺殿”自称。生活虽然孤寂，后龟山却隐忍坚持了下来。南北朝合一时，将军足利义满开出了一个条件，即皇位恢复两统迭立，也就是今后的天皇由旧南朝、旧北朝双方交替继承。

过去的研究认为，南北朝期间，一乘院追随南朝，大乘院追随北朝，兴福寺一分为二。这是依据一乘院实玄的父亲近卫经忠属于南朝一方等事实来推测的。但根据安田次郎的研究，兴福寺整体一直属于北朝一方，也就是武家（室町幕府）一方。幕府为照顾兴福寺，未在大和设守护，兴福寺握有事实上的守护职权。一乘院与大乘院虽然处于激烈且反复的对抗状态，但与南北朝的对立毫无关系。

此后，大和国内的纷争发展为亲幕府的一乘院一方众徒筒井，与反幕府的大乘院一方国民越智之间的斗争。

刚刚开启新体制就面临国中之战的幕府，也一定看到了其背后吉野后龟山的影子。因此，幕府拼尽全力试图终结国中之战。大和的混乱平定之后，应永二十一年十二月十九日，称光天皇正式即位。

特别是观应二年（1351）的“两门迹争执”，是个关键的时间点。一乘院与大乘院的纷争断断续续，持续了三十年。兴福寺，以及众徒和国民完全一分为二。两门迹为了将“众徒、国民”的武力拉入本派麾下，竞相拿出更高的赏赐。结果，一乘院、大乘院的领地落入九-九-藏-书-网“众徒、国民”的手中，门迹对庄园的控制权徒有虚名。

同年六月十九日，眼看泽和秋山的活动渐渐平息，足利义持命畠山满庆经大和国宇陀郡进攻伊势。（《满济准后日记》）其兵力仅一百二三十骑，应该是寄希望于众徒、国民的兵力。不过当月二十四日，畠山、众徒、国民等幕府军在宇陀郡的石破一带（大概是现在奈良县宇陀市榛原赤埴吧）遭遇土一揆袭击，军粮等物资尽被抢去。（《寺院事条条闻书》）即便如此，畠山仍攻向伊势，众徒、国民却半途折返。

但是，应永十五年足利义满去世，嫡子足利义持继将军位，成为幕府最高掌权者。足利义持并非明德和约的当事人，故而对后龟山不以为意。他意图让后小松天皇的长子躬仁即位。

在北畠满雅叛乱之际，兴福寺一直协助幕府，这是因为后南朝势力侵入大和，兴福寺也不可回避。此后，兴福寺在讨伐后南朝势力的问题上与幕府保持步调一致。

起请文里面还有对兴福寺宣誓忠诚的条文，有的研究者认为，“幕府对众徒和国民的处置也反映了兴福寺的愿望”。然而，要依靠幕府才能解决问题，正体现了兴福寺的衰微。如今的兴福寺，若无幕府为后盾，已无法阻止众徒和国民的肆意妄为了。幕府于十月又命令兴福寺学侣二十四人上京，让他们宣誓绝不追求私利私欲，专心修行佛道。幕府也看得很明白，正是学侣的腐败导致了众徒和国民的嚣张跋扈。

应永二十一年五月，多武峰寺与泽氏发生纠纷，由于多数国民介入此事，一场大规模的纷争爆发了（国中合战）九*九*藏*书*网。四代将军足利义持虽下达停战命令，却未收实效。幕府遂命令兴福寺别当东院光晓出面制止争端。接受幕府之命的兴福寺学侣和众徒协助幕府使者出面调停，支援泽氏的越智氏遂应幕府要求，表示撤兵，多武峰寺的僧人却对幕府使者暴力相向。（《兴福寺日次记》）

将军足利义持十月赦免了北畠满雅（《满济准后日记》），实际上是议和。次年，即应永二十三年九月，足利义持率领诸位大名去奈良，首次参拜兴福寺，之后向后龟山法皇承诺恢复他的领地，邀请他回归嵯峨大觉寺。（《看闻日记》）足利义持对后龟山法皇成为后南朝势力的旗号，再度出现北朝与南朝对立的状况十分戒备。后龟山判断，北畠满雅既然已降伏于幕府，就不必再做无谓的抵抗了，遂回到了京都。

后龟山了解到幕府并无向旧南朝移交皇位的意向之后，于应永十七年十一月逃出嵯峨，抵达吉野。尽管同时代的史料记载说，后龟山的外逃是因为生活困苦（《看闻日记》），但正如森茂晓所指出的，这是后龟山“对躬仁即位计划的抗议”。

然而如前所述，北畠氏的努力白费功夫，称光天皇还是诞生了。这样，北畠满雅决意放弃合作路线，转而同幕府开战。（不过根据《寺院事条条闻书》，起兵是因为领地的问题。）

同年六月二十日，幕府依照兴福寺的愿望，命令众徒二十六人、国民二十八人于次月五日之前上京。七月八日，幕府对上京的众徒和国民下达了七项要求，主要内容是：“今后无幕府命令擅自私战者，处以流放大和之外的刑罚，并没收领地。协力者连坐。即便有两门迹指示，也不得擅动。凡有问题，应向幕府上诉。反之，若是幕府下达了讨伐命令，即便讨伐对象是亲属也绝不可饶恕。”众徒和国民提出起请文，宣誓遵守命令。（《寺院事条条闻书》）

应永二十二年四月中旬，幕府命京极持光、土岐持益、一色义范讨伐北畠。讨伐军从近江越过铃鹿岭进入伊势，遭到激烈抵抗，陷入苦战。另外，与伊势国境相接的大和国宇陀郡这边，北畠氏的影响力也很大，宇陀郡的泽和秋山两氏遂响应北畠起兵。于是幕府命令众徒、国民出兵宇陀郡，击99lib.net退泽和秋山。（《寺院事条条闻书》）

明德三年（1392）闰十月，所谓的南北朝合一（明德和约）得以实现，南朝退出历史舞台。然而，侍奉南朝的武士们并未对幕府心服，时常拥立旧南朝的皇族叛乱。这样的南朝复兴运动，被学术界称为“后南朝”。

根据伊藤裕伟的说法，在北畠这一边，幕府军最终未能攻下北畠氏的根据地多气城（位于现在的三重县津市美杉町上多气）。幕府军与北畠满雅签订停战协议，撤了回来。八月十八日，畠山满庆等人回京。（《满济准后日记》）

然而，足利义持无视后龟山，毅然推进拥立躬仁的进程。应永十八年十一月二十五日，躬仁被立为亲王，当月二十八日元服，次年八月二十九日践祚（从上一任天皇手中接受三件神器）。称光天皇诞生了。因为称光天皇年仅十二岁，后小松上皇实施院政。也许有人会认为，反正也是后小松统率朝廷，让位毫无必要，但其实在中世，院政才是普遍的情况，天皇亲政反倒是例外。为了确立旧北朝一系对皇位的独占，让称光天皇践祚、让后小松实施院政是必不可少的。

之后，筒井与箸尾纷争不断，虽然每次幕府都下令停战，但由于筒井一贯忠于幕府，箸尾却曾偏向南朝，因此幕府的裁定总无法避免地偏向筒井一边。为了挽回劣势，箸尾越发和越智走到了一起。

后南朝问题最初出现，是应永十七年（1410）的后龟山法皇外逃事件。此事件发生在南北朝合一时，我们由这一背景看看这一事件。

另一方面，幕府一方有名的人物是以添下郡筒井乡（今奈良县大和郡山市筒井）为根据地的筒井氏。筒井氏是乾协党的一员，最初并无多大的存在感。但至德二年（1385），筒井顺觉成为乾协党中的重要力量。（《西大寺文书》）根据寻尊的解说，筒井镇压兴福寺嗷诉有功，被室町幕府三代将军足利义满封为官符众徒。（《大乘院寺社杂事记》）向来官符众徒的任免权在兴福寺别当手里，因此足利义满的这次任命是个特99lib•net例。筒井在乾协党当中崛起，背后应该有幕府的支持。

应永十一年（1404）七月，一乘院一方国民、长川党的箸尾为妙攻击了筒井顺觉。幕府命二者停战，请兴福寺别当大乘院孝圆出面协调，孝圆却说“这是一乘院的问题”，面有难色。最终，幕府强令二者停战。（《寺院细细引付》）然而，应永十三年，足利义满重提旧事，追究箸尾为妙、十市远重攻击筒井氏的罪责，向大和派出讨伐大军。（《药师院旧记》）箸尾、十市战败，足利义满没收了他们的领地，将其赠予春日社和兴福寺。（《大乘院寺社杂事记》）应永十五年筒井与箸尾交战之际，幕府军为援救处于劣势的筒井，也曾向大和派出援军。（《东院每日杂杂记》）

散在党指不参加长川、长谷川、平田、葛上、乾协五党任何一党的武士，也就是大和国内零散分布的武士结成的一党。其盟主是以高市郡越智乡（今奈良县高市郡高取町越智）为根据地的越智氏。越智氏是大乘院一方的国民，自称源氏。南北朝时代越智氏是大和国内南朝一方势力的中心，观应扰乱时逃离京都的足利直义（足利尊氏之弟）甚至都要仰仗他们的力量。

七月，楠木某响应北畠氏起兵，侵入大和国宇智郡及河内国，放火烧民宅。据说大和国武士中有与楠木相通之人。（《寺院事条条闻书》）七月十九日，畠山满庆分兵一队，派往河内。当月二十四日，楠木某被斩杀。（《满济准后日记》）

幕府之所以会因大和的混乱而神经紧张，是因为这时候发生了后南朝问题。

曾研究过十五世纪后半叶的大乘院门主及兴福寺历史的寻尊说：“这场战乱是兴福寺灭亡的开端。”寻尊是个对什么事都持悲观态度的人，对于他的这句评价也应该打个折扣，但说两门迹的分裂和对抗将“众徒、国民”推上了历史舞台，却是没有错的。是否能得到“众徒、国民”的支持，成了事关门迹和院家兴衰的关键。

但是，应永二十二年二月，伊势的北畠满雅因不满称光即位而起兵。（《满济准后日记》）北畠满雅就是那位有名的南朝忠臣北畠亲房的曾孙。伊势北畠氏是南朝势力的中心，南北朝合一之后北畠氏向幕府靠近，作为实际上的伊势守护活动。应永十年，足利义满参拜伊势神宫时途经平尾（今三重县松阪市大平尾町、町平尾町），参加了北畠氏为他举办的欢迎宴会。（《吉田家日次记》）北畠氏意在讨幕府的欢心，以让旧南朝一系皇子的即位得到幕府认可。应永十九年六月，北畠显泰（满雅之父）特地上京同幕府交涉。（《山科家礼记》）交涉内容于史料无载，鉴于后龟山外逃的状况，想必与皇位继承问题有关。九九藏书网

南北朝合一的和谈原本就是足利义满无视北朝的独断之举，由旧南朝一方出任天皇这一约定根本就是不现实的。然而，由于不愿明目张胆地背弃和约，足利义满一直没有将后小松天皇之子立为皇太子。因而，后龟山对旧南朝一系的皇子被立为皇太子，在后小松天皇之后即位一事尚存一线希望。

应永十二年（1405）八月，幕府将宇陀郡交与兴福寺大乘院管理。然而，割据宇陀郡的泽、秋山两氏强占宇陀郡内的兴福寺领属庄园，与其对抗。（《宇陀郡奉行引付》）他们原本是南朝一方的武士，奋起反抗幕府一方的兴福寺实属理所应当。此外，同为南朝一方的多武峰寺（现在的谈山神社）也侵入宇陀郡，与兴福寺相争。因此，兴福寺并未实际支配宇陀郡。

幕府再度派遣使节，两军终于撤兵。兴福寺的学侣、众徒就防患之策协商，认为国民们以个人理由擅自发起军事行动是造成大和国内乱的原因。于是他们向幕府传达自己的意见，应该叫停国民之间的“私战”，凡有纷争应由幕府裁决解决。