寻尊称为“一大怪事”，是因为大乱的走向由守护的家臣这样的人物左右，他对这一“下克上”的状况颇为反感。由于寻尊有如此发言，战后的历史学家便把他看作怀念旧体制、逃避现实的没落一族。

即便如此，寻尊虽以为无趣，却一直关注着朝仓孝景与斋藤妙椿的动向，与他们保持着联络。此外，寻尊在文明四年（1472）正月的日记中记述两军构成时，不像应仁元年（1467）六月的日记只列举了诸位大名的名字，这一回他加上了东军的朝仓孝景、多贺高忠，西军的斋藤妙椿和甲斐党的名字。守护代这一阶层一跃成为应仁之乱的关键人物，寻尊充分把握住了这一变化，将这样的寻尊评价为逃避现实是不确切的。

肩负停战任务的是新将军足利义尚的舅父日野胜光。寻尊称日野胜光为“新将军代理”，但政治实权依旧握在足利义政手中。日野胜光实际上不是足利义尚，而是足利义政的代理。足利义政最亲信的伊势贞亲在文明三年四月下台，文明五年正月故去。此外如前所述，细川胜元也已不在人世。足利义政所能仰赖的，除了日野胜光再无别人。日野胜光与大内政弘和畠山义就接触，但对足利义视的处置问题未能形成决议，交涉毫无进展。西军诸将既已拥立足利义视，是无法将其抛弃而投降的。

九月九日，寻尊听到传言，说畠山义就与越智和古市商量，咨询他们进军大和与河内哪个更好。十二日，他又接到情报：“昨夜，畠山义就让妻儿到越智宅邸避难，古市澄胤护卫。”（《大乘院寺社杂事记》）

当月十一日，大内政弘从京都撤兵，前往周防。土岐成赖、畠山义就等西军诸位大名各自烧了自己的阵营，返回领国。这时，故后花园法皇曾居住的宫殿也被大火波及而烧毁，但土御门内里（现在的京都御所所在地）完好无损。京都的居民因和平到来而欢欣鼓舞，纷纷前去西军阵营的故地参观。（《亲长卿记》《实隆公记》《兼显卿记》《长兴宿祢记》）

足利义视与土岐成赖一同前去美浓。由于足利义视并未受到足利义政的正式赦免，所以就没有留在京都。从文明九年七月足利义视的女儿做了足利义政犹子一事来看，足利义政、日野富子夫妻或许并没有严厉处罚足利义视的打算。但是，足利义视及其子足利义材（后来的义尹、义稙）对将军足利义尚的地位构成潜在威胁，这一点并没有改变。因此，足利义视的问题一直没有解决。

因为对自己的处置尚无法确定，足利义视开始对畠山义就的撤退感到不安。为了填补畠山义就留下的空白，他邀请斋藤妙椿上京。十月，妙椿率尾张、美浓、近江三国兵力共三百骑上京。（《大乘院寺社杂事记》）

由于山名一族向东幕府投降，西军主力转移到畠山义就和大内政弘身上。四月二十三日，山名政丰军与不久前还是盟友的畠山义就军在京都室町对战。（《东寺执行日记》）次月，一色义直之子义春向东幕府归降并得到承认，幕府认可了他对本国丹后的领属。但是，东军的武田国信（武田信贤之弟）、细川政国拒不将丹后交还给他。（《大乘院寺社杂事记》《亲长卿记》）足利义政的权威下降十分明显。

文明五年三月十八日，七十岁的山名宗全逝去。同年五月十一日，正值四十四岁盛年的细川胜元也撒手人寰，死因不明，或许是心力交瘁所致。寻尊断言，细川胜元之死是因为“神罚”。（《大乘院寺社杂事记》）然而，寻尊基本上是支持东军，希望以东幕府吞并西幕府的形式结束战争的。或许是他重视东军拥将军与天皇的大义的缘故吧。

此后，担当和谈重任的是日野胜光的妹妹、足利义政的正妻日野富子。日野富子出面交涉，或许是因为与足利义视有亲属关系。文明九年闰正月，足利义视托日野富子代为向足利义政调停，作为回报，他答应赠送三千匹（三十贯文钱）。但足利义视并无支付的财力，大内政弘代足利义视向日野富子赠送三千匹。大内政弘自己也仰仗日野富子中介，并支付了五千匹为报酬。（《亲元日记》）

朝仓孝景由西军叛入东军，虽然在文明三年（1471）七月二十一日的首战中败退，但很快重整旗鼓。朝仓孝景试图和被足利义政任命为越前守护的西军斯波义廉对抗，但因未能实现担任守护一职的愿望，他的计划被打乱了。无可奈何之下，朝仓孝景自称越前国司，但既无法洗刷背叛主君斯波义廉的不忠污名，又无法得到越前武士的支持。于是朝仓孝景放弃越过主家的“下克上”，转而支持东军的斯波松王丸（斯波义敏之子，后来的义宽）为主君。这样，朝仓孝景获得了大义名分，八月二十四日与西军的甲斐一方作战，取得大胜。（《朝仓家记》）

当月二十一日，畠山义就终于从九-九-藏-书-网京都撤军，目的地是畠山政长重臣游佐长直守卫的河内若江城（今大阪府东大阪市若江南町）。这是一支骑兵三百五十人、步兵两千余人的大军。（《大乘院寺社杂事记》）

东军诸将并无意追击撤兵的畠山义就军，或许是足利义政下达了禁止追击的命令，足利义政在大乱爆发之初就打算以将义就逐出京都来收场的（参考第三章）。虽说是放虎归山，但足利义政无论如何也想结束战斗，哪怕仅仅是京都的战斗。在畠山义就退兵一事上，似乎大内政弘贡献颇大，足利义政遂为大内政弘向朝廷申请从四位下左京大夫的官位。（《兼显卿记》）这时大内政弘的归降已经确定无疑了。

当年十二月十九日，足利义政把将军之位让给其子足利义尚。（《公卿补任》《亲元日记》）但足利义尚年仅九岁，幕府的领袖仍由足利义政担当。因为大乱之前足利义政曾有以足利义视为过渡，再让足利义尚担任将军的打算，现在足利义尚出任将军，等于是将足利义视排除出去。足利义政不久就能让西幕府屈服的自信可见一斑。

次年，即文明六年二月，议和再度开启。东军赤松政则不同意，西军畠山义就反对。畠山义就为提高西军士气，在与足利义视协商之后召集诸将，但来者只有大内政弘一名，其余大名尽数缺席。大内政弘也很快离开，让畠山义就狼狈不已。（《大乘院寺社杂事记》）

当月十四日，寻尊推测，畠山义就若来大和，筒井和成身院将陷入窘境。此外他还写道：“畠山义就乃当世最强武将，与他敌对，实难想象。”有的研究者从中读出了寻尊天真地赞叹畠山义就勇猛的放松感，但事情并没有这么简单。即便畠山义就进攻大和，只要东军的筒井等不与其交战而是逃亡，大和就可以避免战火之苦。寻尊大概是期盼着这样的结果吧。事实上，如下一节所述，寻尊的判断几乎应验了。

再者，东军京极政经（京极持清之子）的重臣多贺高忠控制了从东部地区运粮的要地近江。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）虽然西军土岐成赖的重臣斋藤妙椿努力夺回了近江，但西军的劣势已不可挽回。

即便在山名一族退出西军之后，畠山义就与大内政弘仍决定继续作战，也是因为得到了妙椿的支持。寻尊感叹说：“东西两军谁能取胜，由妙椿的动向决定。这是一大怪事。”（《大乘院寺社杂事记》）

但在畠九九藏书网山义就撤退后，西军依旧在下京布阵。驻守山崎的东军赤松政则摆出一副要进攻的态势，却被足利义政制止了。

文明九年（1477）八月六日，寻尊收到了在木津布阵的东军仁木氏送来的一封信。说的是畠山义就进入大和一事。畠山义就军若进入大和，则大战不可避免。这令寻尊十分忧虑。

当年四月三日，山名政丰与细川政元实现和谈，达成和议。（《东寺执行日记》《东院年中行事记》）京都的商人访问东军阵营，向他们表示祝贺。但是，西军大内政弘、畠山义就、土岐成赖、一色义直不同意和议，并不解散战阵。东军的畠山政长、赤松政则也没有解除临战态势。最终，和议成了山名与细川的单独媾和，西军与东军的和议未能实现。当月十五日，山名政丰之子俊丰谒见将军足利义尚，将军正式认可了他对东幕府的归降。

文明六年闰五月，进攻越前的甲斐军被朝仓军击退。甲斐敏光上京，与主君斯波义廉会面。甲斐敏光希望斯波义廉到越前去。这是以斯波义廉为旗号，动员斯波氏领国的尾张与远江武士进攻越前的大作战计划。但因西军诸位大名反对，计划中止。六月，按新的方案，斋藤妙椿率领数千骑攻入越前，促使朝仓与甲斐议和。（《大乘院寺社杂事记》）

文明七年二月，西军甲斐敏光降服，足利义政任命他为远江守护代。（《大乘院寺社杂事记》）甲斐的主君斯波义廉也于当年十一月前往尾张。（《和汉合符》）斯波义廉此后的动向不明。这样，越前完全落入东军手中，西军越发不利。眼看西军的投降近在咫尺，日野胜光却在文明八年六月死去，停战工作触了礁。

当年八月二十八日，细川政元出仕幕府，正式被承认为细川氏家督。（《亲长卿记》《亲元日记》）细川政元年幼，由细川典厩家的细川政国监护。

大内政弘也曾为足利义视的问题奔走，但终究还是以自己的利益为先，将足利义视抛弃了。最终，对足利义视、义材父子最为同情的斋藤妙椿收留了他们二位。

于是，西幕府一点一点地解散了，应仁之乱在形式上画上了休止符。虽然如此，畠山义就九九藏书与土岐成赖等并未向足利义政投降，只是撤出了京都而已。对寻尊而言，如今畠山义就很可能攻入大和，情况一点儿也不值得庆幸，甚至反而比大乱之中更糟糕了。虽然人在京都的柚留木重艺提议说“像其他公家、寺社一样以庆祝战胜为由上京如何”，寻尊却不为所动，大概是因为这样的“战胜”和“停战”实在太空虚了吧。

然而畠山义就有可能并非前来大和而是去河内。畠山义就的去向是大和，还是河内呢？寻尊为收集情报而精神紧张起来。

因此，有的研究者认为不是畠山义就，而是西军畠山左卫门佐义统借的钱。但是由于寻尊时常把畠山左卫门督政长误写成“左卫门佐”，这时候向日野富子借钱的恐怕是东军的畠山政长。日野富子向东西两军放贷，促使战乱扩大这样的理解是讲不通的。如前所述，倒不如说日野富子正在为停战而努力。

然而十一月三日，大内政弘终于向东幕府投降。于是，周防、长门、丰前、筑前四国的守护一职及领属权均得到了认可，可谓受到了破格优待。（《黑冈带刀所藏文书》《长兴宿祢记》）但大内政弘却并不与足利义政见面，而是通过伊势贞宗向其致谢，可见他仍未完全解除警惕。

次年，即文明四年八月，朝仓孝景进攻越前中心地区、甲斐一方据点府中，终于平定越前。甲斐敏光逃亡加贺。（《大乘院寺社杂事记》《经觉私要钞》）寻尊记录说：“大内以下西国的军粮，都从越前通过。”西军主要的粮道是从山名、大内领国遍布的山阴地区经日本海入越前，通过琵琶湖水运进入京都的运输路线。这条粮道被切断，西军的后勤维持越发困难。

且说寻尊认为大乱的最大原因是畠山氏的内部纠纷。（《大乘院寺社杂事记》）通过以上的过程，可以说他的分析正中其要。应仁之乱是从山名宗全笼络畠山义就开始的。山名宗全与细川胜元这两军主帅相继故去后，山名与细川两氏间的和议旋即成立，但大乱依旧不止，终归还是因为意图打倒畠山政长的畠山义就拉拢反细川的大内政弘，实施彻底抗战之故。

这时，西军有一号人物的发言权蹿升，这就是持是院的斋藤妙椿。妙椿是僧侣，但因其兄美浓守护代斋藤利永去世，他便作为其子利藤（妙椿的侄子）的监护人进入政坛，成为美浓守护土岐成赖的重臣。应仁之乱开始后，妙椿侵入近江、伊势、尾张九九藏书网等地，声名大噪。

山名宗全起兵意在打破足利义政亲政。但是，山名家族投降后，西军的反细川色彩越发强烈。于是，应仁之乱迎来了新的局面。

持续十一年的大乱使得京都沦为一片废墟，一个胜利者也没有。不仅如此，战乱的火种根本就没有完全熄灭。

文明八年九月，足利义政向大内政弘送去书信，请求他协助停战，得到了他的同意。（内阁文库收藏《古文书》《黑冈带刀所藏文书》）大内政弘滞留京都近十年，果然对领国的状况十分担忧。十二月，也许是基于大内政弘的进言，足利义视向足利义政请求赦免：“我参加西军并非谋反，而是因伊势贞亲害我，要取我性命，遂采取了自卫行动。”足利义政接受了他的请求，就自己听信伊势贞亲谗言，对足利义视表示道歉。伊势贞亲已死，通过让他做替罪羊，兄弟俩终于找到了和解的机会。

此外，东军赤松政则占据了大山崎的天王山。也就是后来羽柴秀吉与明智光秀进行山崎之战的那座天王山。于是，西军连濑户内海的补给路线也失去了。

提到日野富子的牟利，寻尊所记录的她向诸将贷出军费，贩卖军粮的事情非常有名。（《大乘院寺社杂事记》）永原庆二根据寻尊“畠山左卫门佐前日请借出一千贯文钱”的记录解释说“畠山义就从日野富子那里借了一千贯文钱”，于是指责日野富子身处东军阵营却为敌军西军提供资金，是“发战争财”。但是，畠山义就的官位是右卫门佐，并不是左卫门佐。

大内政弘很快就将降服，一度态度强硬的畠山义就不得不重新考虑何去何从了。大内政弘归国以后，京都的军事态势完全向东军倾斜，畠山义就必遭围歼之结局。

这样看起来，日野富子果不其然是中饱私囊的“恶女”，但那个时代，以“礼金”为名向幕府和朝廷要人行贿是非常普遍的，日野富子并不是例外。根据樱井英治的分析，日野富子的牟利活动曾经维持着日渐恶化的幕府财政的运营。这也是事实。

因为斋藤妙椿的活跃，西军的东部战线得以稳定下来。虽然如此，那般活跃的妙椿仍没有上京的余力。西军诸将仅仅能在京都各处零零星星地放火，战线完全无法推进。寻尊批判说：“将军（足利义政）饮酒，诸大名狩猎，好像战争结束一般逍遥自在。”对东幕府来说，是到了提出停战的时候了。