1939年秋至1940年春夏之交，陈立夫以教育部部长的身份曾三度训令联大务须遵守教育部核定应设的课程，统一全国院校教材，举行统一考试等新规定。此项训令的目的当然是加强蒋政权对高等教育及高知的思想统治。联大教务会议以致函联大常委会的方式，抵抗驳斥陈立夫的三度训令。这封措辞说理俱臻至妙的公“函”的执笔者舍冯九-九-藏-书-网
友兰莫属。
给蒋介石的陈情书写完后，教授们颇为赞赏，雷海宗对冯友兰说：“即使你写的书都失传了，这一篇文章也可以使你不朽。”
万里长征，辞却了，五朝宫阙。
暂驻足，衡山湘水，又成离别。
绝檄移栽桢干质，九州遍洒黎元血。
尽笳吹，弦诵在山城，情弥切。
千秋耻，终当雪。中兴业，需人杰。
便一成三户，壮怀难折。
多难殷忧新国运，动心忍性希前哲。
待驱除仇寇，复神京，还燕碣。
九九藏书冯友兰对中国的未来充满希望，他在联大碑文里写中国“九_九_藏_书_网并世列强，虽新而不古；希腊罗马，有古而无今。惟我国家，亘古亘今，亦新亦旧，斯所谓周虽旧邦，其命维新者也！”
二十世纪四十年代，国民党独裁统治招致民怨沸腾，党内要求实行民主、宪政的呼声也非常强烈。国民党西南联大区党部就召开会议，公推冯友兰致信蒋介石，要求国民政府为收拾人心而事实立宪。信中写道：睹一叶之飘九九藏书 零，知深秋之将之。昔清室迟迟不肯实行宪政，以致失去人心，是本党得以成功。前事不远，可为殷鉴。据说，蒋介石看罢“为之动容，为之泪下”，不久，复信西南联大，表示同意信中要求，实行立宪。
1946年4月，抗日战争胜利后，北大、清华、南开三校准备北上复员，并决定在原址留碑纪念。五月四日，西南联大师生在图书馆举行结业典礼后九九藏书，到校园后山举行“国立西南联合大学纪念碑”揭幕式。碑文由西南联大文学院院长冯友兰教授撰文、中国文学系闻一多教授篆刻、中国文学系主任罗庸教授书丹，被称之为“三绝碑”。冯友兰写的《国立西南联合大学纪念碑文》被公认为可与陈寅恪纪念王国维的雄文比肩的文章，被史学家何炳棣成为融古烁今的“至文”、“不朽文章。”
冯友兰执笔写就西南联大校歌：