1958年，在一次全校的批判大会上，马寅初高声大喊：“我没有再课堂里上课，但我要用自己的文章来教育北大学生坚持真理。”后来，马寅初又在一篇文章中写道：“我平日不教书，与学生没有直接的接触，总想以行动来教育学生，我总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在世纪工作中要知难而进，不要一遇困难便低头。”

面对批判的声浪，马寅初再次发表声明：“我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单枪匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以力压服、不以理说服的那种批判者所投降！因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严，99lib•net不能不维护。”

1958年5月4日，北京大学举办60周年校庆，陈伯达出席并做纪念讲话。陈伯达冲着坐在主席台上的马寅初，厉声说：“马寅初要对他的《新人口论》作出检讨！”马寅初听此言，微微仰着脸，望着陈伯达的头顶，一言不发，视若无物。

马寅初被迫辞去北大校长后，他说：“在北大政治上我是不能领导，可是，在学术上我是可以领导的吧！我的人口理论是纯粹的学术问题。可是有人硬把它扯成政治问题，我当然不服，现在北大的空气太沉闷了，学生谁也不敢发表意见，没有学术空气。”

当年，北大所有的刊物和全国各地的报纸猛烈批判《新人口论》，马寅初却拒不检讨，坚决不写检讨文章，照常笑九九藏书眯眯地出入北大燕南园住所，“圆圆一张脸像弥陀”。所以董桥曾撰文，让今人“学学马寅初的硬朗”。这种“硬朗”，自在北大学生的回忆中：“马校长这块硬骨头实在难啃，让他屈服，没门；逼他自杀，妄想！”

1958年4月陈伯达突然袭击马寅初，在北大的庆典上公开要求“马寅初要对他的《新人口论》作检讨！”发表在各大报刊杂志上的攻击文章像雪片一样，北大校园内批判马寅初的大字报竟达近万张。马寅初先生，表现出毫不畏惧的浩然正气。他拒不作任何无原则的检讨，与责难者公开辩论，面对那些借政治打压学术的投机分子，他说“泼冷水是不好的，但对我倒是很有好处。我最不怕的是冷水，因为我洗惯了冷水九九藏书澡，已经洗了五十年了，天天洗，夜夜洗，一天洗两次，冬夏不论，对我泼冷水，我最欢迎。”同年7月，陈夫子（陈伯达）败下阵来后，“理论权威”、“整人高手”康老夫子（康生）亲自破挂上阵，在北大的批判大会上，他指责马寅初“是马尔萨斯的马”。马寅初毫不示弱，当众反击道：“我是马克思的马！谁说我是马尔萨斯主义，我就认他为教条主义者，反列宁主义者”。一时间会场哗然。

1959年12月到1960年1月，北大批判马寅初之风尘嚣上。面对此局面，马寅初一再声明：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。学术问题贵在争辩，越辩越明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念头。相反，应知99lib•net难而进，决不应向困难低头。我认为在研究工作中事前要有准备，没有把握，不要乱写文章。既写之后，要勇于更正错误，但要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的性命，有所不利，亦应担当一切后果。”他还在一次批判会上对北大学生说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是大棒。”

马寅初常对人说：“言人之所言，那很容易，言人之所欲言，就不太容易，言人之所不敢言，就更难。我就言人之所欲言，言人之所不敢言。”

马寅初因人口理论受到批判，北大开大会批他，会议开始了很久，而马寅初的人还没到。于是派人把他“请”了过来，他到场之后，搬了张椅子坐在台前泰然自若。此时，台下有人开始喊口号，马寅初却很９９ｌib•nｅｔ镇静地说：“我这个人每天洗冷水澡，不管多冷的天都不怕。现在天气不冷，给我洗热水澡，我就更不在乎了。”

1959夏天，马寅初随人大视察团赴外地视察回到北京。周恩来代表毛泽东、党中央找他谈话。因为马寅初不服输，认准了理，谈话自然是谈不拢。最后，周恩来近乎用一种哀求的口吻说：“马老啊，你比我年长16岁，你的道德学问，我是一向尊为师长的。1938年你我在重庆相识，成了忘年之交，整整有20年了啊。人生能有几个20年呢。这次，你就应我一个请求，写一份深刻的检讨，检讨了，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关，如何？”但马寅初对周恩来说：“吾爱吾友，吾更爱真理。为了国家和真理，应该检讨的不是我马寅初！”