胡适是傅斯年的老师，但二人却一直保持亦师亦友的关系，胡适推崇并敬佩自己的这位学生，在评价傅斯年时，胡适在短短200多字的评论中用了14个最，可见对这位学生的爱护和肯定。

傅斯年是北大教授黄侃的得意门生。其时，黄侃等几位国学大师都赏识傅斯年，想让他继承衣钵。可是傅斯年自从结识胡适后，被“新文化阵营”吸引，不时趋访胡适。心直口快的陈独秀表示怀疑，在《新青年》编辑部对胡适和其他同仁说：“这‘黄门侍郎’傅斯年，可不是细作么？我们不能接纳他，不能理他！”胡适反对：“凡用九九藏书网人，即使有疑，也不用怀疑，何况孟真这种人！”

作为学生和朋友，傅斯年对胡适这样忠告：“与其入政府，不如组党；与其组党，不如办报。”

“五四”以后，不怀好意的人在社会上散布“‘新潮社’社员傅斯年、罗家伦被‘安福俱乐部’收买”的传闻，还说每月领取多少薪金。这“安福俱乐部”是皖系军阀争权夺利的一个派别集团。谣言传出后，对傅斯年十分不利，傅斯年、罗家伦也因此沮丧。胡适见此，写了《他也配》的文章发表。他用一生中罕见的语言辟谣：“‘安福部’是个什么东九九藏书西？他也配收买得动这两个高洁的青年！”胡适还撰文提高傅斯年在知识界的影响，说“他（傅斯年）的学业根基比我深，读的中国古书比我多的多。”

1917年，胡适受蔡元培先生邀请到北大任教，在哲学系开设中国哲学史课程。原来担任此课的是陈汉章老先生，他讲了半年才讲到周公，而胡适径直从周宣王讲起，这种处理中国哲学史的做法，颇使学生们震动，“骇得一堂中舌桥而不能下”。一些学生认为这是思想造反，不配登堂讲授。傅斯年在学生中有一定威信，他曾率学生将一不学无术的教师赶下讲台。此次同学们又请他来听课，听了几次课以后，他告诉同学们说：“这个人书虽然读得不多，但他走的这一条路是对的，你们不能闹。”这样才平息了一场风波。傅斯年去世后，胡适在文章中写道：“（当年）我这个二十几岁的留学生，在北京大学教书，面对着一班思想成熟的学生，没有引起风波；过了十几年之后，才晓得是孟真暗地里做了我的保护人。”

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胡适面临国府委员兼考试院长的要职犹豫不决，傅斯年写信给胡适说：“借重先生，全为大粪上插一朵花。”劝胡一定不要动摇。于是胡适打定主意，拒官不做。

胡适、傅斯年和叶公超三人关系密切，同为中国近代史的风云人物。在北大时，曾被称为“三驾马车”。有人打比方说，凡事以胡为领袖，傅、叶则是哼哈二将。

抗战胜利，北平光复，大家推选傅斯年作北大校长，傅先生坚决不干，说北大校长只有胡适才能干。不过他坚决要求作一段代理校长。傅斯年做代理校长，只为了做一件事。抗战期间北大有很多教授九九藏书留在沦陷区，颇有些人加入了日军开办的“伪北大”。傅斯年知道胡适这个人性格温和，恐怕不能下决心惩戒他们。于是傅斯年代理北大校长，把这些人全部开除，无论多大的名气，多高的学问一律不客气，铁面无私。1947年1月7日傅斯年致夫人俞大綵信中云：“北京大学可以说两头着火，昆明情形已如上述，究竟如何自联大脱离，大费事，正想中。而北平方面，又弄得很糟，大批伪教职员进来。这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几月给他打平天下，他好办下去。”