傅斯年对部属管理甚严，大学毕业生到史语所工作，先关门读三年书，第四年才准许你发表文章。一次，他发现一位年轻助理研究员冬天好晒太阳，不刻苦。某日，他有意堵在门口，不让其出门，不客气地说：“你昨日已晒够了。”
蔡先生是内行，看了自然明白，可他不信这是学生们自己发觉的，为预防教授们互相攻讦之风，于是突然召见签名的全班学生。同学们慌了，害怕蔡先生要考，又怕傅斯年一人承担这责任未免太重。于是大家在见蔡先生之前，一人分担了几条，预备好了方才进去。果然蔡先生当面口试，分担的同学回答得头头是道。考完之后，蔡先生一声不响，同学们也一声不响，一一鞠躬鱼贯退出。过后不久，遇到一个适当的时候，朱蓬仙果然不再教这门课了。
傅斯年在台大的改革触犯了许多人的利益。台大发生学潮时，有人趁机发难，指责台湾大学优容共产党，攻击傅斯年。傅斯年虽不支持台大师生的行为，但他认为，如没有真凭实据，当局不能肆意进入校园在师生中搜查共产党分子，更坚决反对随意指责他人为共产党。当他读了报上对台湾大学师生的指责后，既恼又怒，毫不顾及地以“他妈的！”开骂起来，并在报上发表文章说：“学校不兼警察任务”，“我不是警察，也不兼办特工”。又说：“若当局有真凭实据说某人是共产党，我将依法查办，但是我办理这种事，绝不能含糊其辞，血口喷人。”最后愤然声明道：“反共须有反共的立场，贪官污吏及其他既得利益阶级而把事情办坏了的，我不能引以为同志。”
史语所的弟子门生对傅斯年，又敬又怕。马学良在一篇文章中写到：“所长傅斯年先生为人正派，令人敬重。初入所时，闻傅先生性情急躁，大家都生敬畏之心。当时我们小辈，晚饭后在田边散步，远远看到傅先生迎面走来，都转身急急奔逃，如果逃脱不了，就会被抓去下棋。其实傅先生心不在棋，意在思考某一学术问题，或天下兴亡大事，不过借棋定神，心有别属。因而常常高举棋子而迟迟不落，今知者感怀，不知者诧异。也有传说他是借机测试，以便了解你的智能和学术造诣。”
傅斯年在学生时期，一直是学生领袖，他有很强的组织能力，是闹学潮、赶教授的一把好手。据罗家伦回忆是这样的：朱蓬仙是章太炎的门生，学问不能说没有，只是所教的
《文心雕龙》非其所长，在教室里不免出了好些错误，可要举
藏书网 出这些错误，学生们的笔记终究难以为凭。恰好有位同学借到朱教授的讲义全稿，交给傅斯年审核。傅用了一夜的时间看完，摘出三十几条错误，由全班签名上书蔡校长。
民国史上有几位著名的被称为大炮的暴脾气人物，最著名的，一是孙大炮（孙中山），一是傅大炮（傅斯年）。
板栗坳牌坊头是史语所同人茶余饭后聊天下棋的地方，当青年们来到此处时，总是有说有笑狂放自在。住在桂花坳的傅斯年吃罢饭，有时也从家中过来凑个热闹。但青年们见了，如同老鼠见猫一样，“一会儿溜一个，一会又溜一个，过不多长时间就全部溜得无踪无影了”。来不及溜的只好硬着头皮继续下棋，傅斯年先是蹲在一边观阵，攻卒跑马地大喊大叫，兴致上来，便挽起袖子亲自上阵厮杀。这个时候有谁和他对弈就算倒了大霉，因为傅斯年经常下着下着竟思考起其他问题，一枚棋子停在半空再也不肯放下。对方只好强忍着性子，等呀等，许多之后，见仍无动静，才敢大着胆子催一句：“傅先
生，该您走了。”这时傅
９９ｌiｂ.nｅｔ斯年才如梦初醒，嘴里不住地“噢、噢”叫着，开始走车飞象地大杀大砍起来。可惜好景不长，没几个回合，又按兵不动了，此举如同钝刀架在脖子上不断地搓动又总不见血，令对方难受至极。有了这样的教训，后来的日子，不管是闲聊者还是下棋者，只要看到傅斯年出了家门向牌坊头走来，皆以最快的速度溜之也。面对这种反常的举动，傅斯年感到大不对劲，便带着不解向董作宾讨教道：“他们立在院内或大门口，一群人有说有笑，你去了，加入摆一套龙门阵。我去了，他们便一个一个溜了，这是为什么？”董听罢，哈哈一笑曰：“这正是我无威可畏，不如老兄之处啊。”傅斯年听罢，不好意思地摇摇头道：“糟糕，我这么不受欢迎，看来得向你学习呀！”
1941年冬，燕京大学的毕业生王世襄千里奔波，行程一个多月流亡到重庆，找到他哥哥的同学梁思成，已经闻名海内外的大建筑学家梁思成带他去找傅斯年，想到傅的历史语言研究所谋一饭碗。见面后，傅斯年问清王的门第出身，当着梁思成的面，说了一句：“燕京大学毕业的学生，不配到我们这里来。”这样将王世襄轰了出来。灰头土脸的王只好跟着梁思成到南溪县李庄中国营造学社暂住。
傅斯年脾气暴躁，史九九藏书网
语所的人私下里称他为“傅老虎”。有一天，与傅斯年不和的陶孟和到史语所办事，感到气氛与前些时候大不相同，便对董作宾说：“胖猫（指傅斯年）回来了，山上淘气的小耗子，这几天敛迹了。”董作宾后来回忆说：“这话是讽刺也是好评。孟真偶然回所住些时，工作效率果然就有些不同……其实，孟真先生对朋友，对同仁，原是一片赤子之心，同仁爱他之处在此，但是受过‘训’的年轻人，敬同畏却又压住了他们的‘爱’。这正足以说明了孟真先生办史语所的贡献之一，他在（民国）十七年计划中要‘成就若干能使用近代西洋所使用之工具之少年学者’的最大成就。最后十年集刊中所发表的这些青年的论文，就是明证。”
傅斯年的霸气性格，使他树敌颇多，故一生誉满天下，谤亦随之。有人在重庆召开的学术会议上就曾公开向傅斯年叫板曰：“中央研究院各所所长都是大学问家，傅斯年有什么学问，他怎么当了历史语言研究所所长？”
傅斯年总要给新进史语所的工作的人“来一个下马威”，如不得乱写文章，强迫他们校书等等，不一而足。对此，李敖曾云：“史语所这类畸形发展的现象，和它的领导人物很有关系。它的第一任所长傅斯年才气过人，可是霸气太大，大得使他不太能容真正的ｗｗw.99liｂ.net人才，而他所喜欢的，又多是唯唯诺诺的人儿。这种现象，按说是一切独裁者必然落到的结果。傅斯年又订了一些像招收徒弟一般的陋规家法，制造了许多所内的特殊空气……所以从傅斯年开始，史语所就有一种伪风。”李又说：“学阀作风结胎于傅斯年，傅斯年创办中央研究院史语所，一切大独裁，独裁到头天看见小研究员在阳光下散步稍久，第二天就禁止散步一天的程度。”
1949年，台大发生“四六事件”，军队闯入校园，傅斯年对当局不经法律程序径行进入台大校园内逮捕师生高度不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。他甚至向当时警备总司令部官员彭孟缉警告：“若有学生流血，我要跟你拼命！”
“一二·一”惨案发生后，当局要求复课，而学生要求满足条件（严惩屠杀无辜教师和学生之党政负责人等）才能复课。傅斯年奉命到昆明处理学潮，在1945年12月17日的教授会议上，和闻一多发生冲突。据张奚若两天后对《罢委会通讯》记者讲，争执中“一多与傅常委闹起来，一多说：‘这样，何不到老蒋面前去三呼万岁！’这是揭傅斯年的旧疤，很少人知道的。我就劝解：大家争执，何必重提以前的旧事。傅气得大骂：‘有特殊党派的给我滚出去！’”