事实上，戴笠对军统拥有绝对的指挥权。军统成立后头两年里的名义局长贺耀祖、钱大钧和林蔚文都非常明白蒋介石的意思：戴笠应该全权负责军统，而且他们不应过问军统的工作、人事或财政这些方面的问题。每年4月1日纪念特务处成立日的时候，局长会到军统总部来听戴笠的年度报告，然后就离开了。大多数在总部外面工作的外勤特工甚至九九藏书网都不知道在局里还有职位比戴笠更高的人。总之，到了1940年，戴笠大权在握，终于被任命为正局长。

中国国民党中央执行委员会调查统计局,简称为“中统”；是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统是国民党党务部门控制的特务机构，与军统并称国民党两大特务组织。“中统”的作九-九-藏-书-网战对象除了中共，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。中统的前身是1927年由CC系分子所组成的国民党中央组织部党务调查科。1937年党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由CC系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，九*九*藏*书*网成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。中统局局长由国民党中央党部秘书长兼任，而由副局长负实际责任。陈立夫、张厉生、朱家骅先后担任过局长，徐恩曾、叶秀峰、顾建中，邹学峻、季源溥等先后担任过副局长。1949年2月改名为内政部调查局，习惯上仍称为CC或中统。国民党政府败退台湾后于1954年1九_九_藏_书_网0月，改组为司法行政部调查局。1949年后中统在大陆的潜伏特务全部被严厉镇压。

由于戴笠在国民党内的浮浅资历和在黄埔圈子里的低级身分（说到底，他仅是黄埔六期的一个学员而已），蒋介石怕一旦任命他为军统的正局长，其他部门会不服气。于是总司令便暂时任命他的侍从室长（侍从室主要由蒋介石的警卫人员组成）为军统局局长。在名义上，戴笠开始只是军统的副局长。

军统刚成立时并非是个很大的组织。当戴笠在1938年获得军统统治权时，它只有四个“处”和两个“室”，共有100多一点的“内勤人员”和不到2000的男女“外勤人员”。其中有些处与原蓝衣社的第二处有重迭。复兴社特务处副处长郑介民，仅在新成立的军统里任秘书。而早先的科或股都合并到了军统的情报、行动、司法和电讯处里。