罗卜藏丹津逃至准噶尔汗国后，受到策妄阿拉布坦、噶尔丹策零两代汗王的保护，甚至引发了清准之间的大战。但在1755年，准噶尔汗国灭亡，他还是做了清朝的俘虏，被押送北京。

而对于大多参与罗卜藏丹津起义的寺庙，清廷更是认为“成藏垢纳污之地”，大力进行消减，对寺院的喇嘛人数及房屋规模加以严格限制，规定“寺庙之房不得超过200间，喇嘛多者300人，少者十数人”，并由中央政府定期稽查。

九九藏书

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乾隆皇帝以蒙古各部都已归服，若杀他只会“有损圣德”，便免其死罪，并赏给房屋，令其居住，同时授任其二子为蓝翎侍卫。罗卜藏丹津后来老死于藏书网北京，竟然得了善终。

只是，那些追随他的子民们，却没有那么好的结局了。

胜利者有足够的理由对失败者进行清算。

罗卜藏丹津逃到准噶尔后，清廷对青海僧俗百姓进行大屠杀，先后有8万余人遇害，和硕特蒙古人口锐减，实力大衰。