正在此时，义和团运动发展到了高潮。义和团曾经是反清组织，但此时却枪口对外，改口号为“扶清灭洋”，包括荣禄及同治皇后之父崇绮在内的许多高官都信了义和团，慈禧太后也想要借义和团之手铲除管闲事的外国列强。当年夏天，慈禧太后向各国发出了宣战书。
据说，慈禧太后此后不但逐渐看珍嫔不顺眼，与光绪帝母子失和亦有此因。皇后事后也知道自己做错了事不该告状，却也悔之晚矣。
除了后妃争风，珍嫔做为光绪帝的宠妃，与皇后及瑾妃更依顺太后相比，她则是旗帜鲜明地站在皇帝一边，也毫不掩饰地尽情展现皇帝对自己的宠爱，不给皇后留什么面子。这自然也就入不了慈禧太后的眼。慈禧太后越来越觉得珍妃任性反叛，对她的好感也荡然无存。
进入决赛的五名秀女中，最引人关注的就是慈禧太后之弟桂祥的女儿沁凤（或曰静芬）。当然她令人关注的只是她的家庭背景，她本人的外貌风姿实在有些平平。另四位秀女则正好是两对姐妹，分别是江西巡抚德馨的两个女儿和侍郎长叙的两个女儿。这两对姐妹中，德馨的两个女儿貌美如花，站的位置也仅次于太后侄女；长叙的两个女儿站在最后面，相貌虽然不如德馨之女，却也比沁凤略强。
据说这位桂公爷的夫人还有一个女儿，嫁给了道光帝幼儿孚郡王之子载澍，这个女儿的人品完全照搬父母，与丈夫偶尔口角便回娘家告状，而且竟鼓捣着老娘把状告到了慈禧太后面前。桂公爷夫人则更加老辣，非要让大姑子太后把女婿以大逆不道罪处死不可。在恭亲王和醇亲王的苦苦哀求下，载澍好不容易才逃了一条性命，改判褫职夺府，杖责一百，永远发往宗人府圈禁。即便如此桂公夫人仍然不肯罢休，宗人府杖责之时她还派专人去监督行刑，直逼着将女婿打得血肉模糊几乎送命。载澍在宗人府一直圈禁到庚子年八国联军之乱时才被释放。桂公夫人母女一个宁可让女儿守寡，一个宁可谋害亲夫，也不愿夫妻间丝毫谅解，其心性令人称奇。（载澍的遭遇还有另一重原因：他属于帝党，触犯了慈禧太后的利益）
十月二十八日，慈禧太后将珍妃召来，当众杖责，将她打得死去活来。第二天，慈禧太后召见军机大臣，颁布降珍妃姐妹为贵人的懿旨。——瑾妃受牵连的原因，据说是因为珍妃将卖官所得的银子也分了些给她使用。
选后刚开始，慈禧太后表现得非常大方，表示要让光绪帝亲自做主。然而当光绪帝拿着玉如意走向第二排，作势要将玉如意递给德馨长女的时候，慈禧太后却终于不顾场合地叫了起来：“皇帝！”这一声叫听在光绪帝耳中，抬头看去，慈禧太后不但喊了他，还在用眼神向他示意。他当然立即就明白了这位“亲爸爸”的用意，不得不极不情愿地勉强转过身子，将手中的那柄玉如意递在表姐沁凤的手里，使慈禧太后的侄女儿成为皇后，完成了慈禧太后“亲上加亲拉拔娘家”的打算。
八月初六，慈禧太后突然带着大队人马从颐和园赶往紫禁城中和殿，发动“戊戍政变”，将光绪帝囚禁在瀛台之中。慈禧太后再次“训政”。康有为在英国保护下逃往香港，梁启超在日本保护（！！）下逃往横滨，谭嗣同、林旭、刘光第、杨锐、杨深秀、康广仁则被杀，称“六君子”。新政则被陆续废止，最后只保住了一个京师大学堂——因为它没有打掉别人的饭碗。
光绪帝大婚亲政后相当长一段时间里，宫闱生活都在这样看起来一团和气的状态下维持着。这大概是因为此时的光绪帝与珍嫔都非常听话的缘故。
和对待同治帝一样，为了不想太快让出权力，慈禧太后直拖到光绪十三年正月，光绪帝十六岁时才为小皇帝举行了亲政典礼。典礼虽然举行了，慈禧太后仍然与礼亲王一唱一和，弄了个《训政细则》，以法令的形式打算在皇帝亲政后继续“训政”，也就是在幕后操控皇帝。
大婚迎娶皇后的日子定在光绪十五年正月二十hｔｔp://ｗww.9９ｌiｂ.neｔ六至二十八日（公元1889年2月25至27日）。按规矩，皇后入宫之时要有嫔妃跪接。因此长叙的一双女儿提前在正月二十五日夜晚便进了宫，姐姐被封为瑾嫔入住永和宫，妹妹被封为珍嫔入住景仁宫。二十六日，太后侄女这位新皇后终于在隆重的仪式中进了宫，成为光绪帝的皇后了。
第二年10月，八国联军之事终于平息，慈禧一行返回北京，命人打捞起了珍妃的尸体。为了掩饰自己逼死珍妃的事实，慈禧太后宣布珍妃是节烈自尽，追封“贞贵妃”。
决定教训光绪帝的慈禧太后在珍妃的身上找到了突破。此时的珍妃，已经失去了慈禧太后的欢心。
有了一个这样的家庭，光绪皇后的人材品貌及为妇之道究竟如何，那可真是天知道了。总之，她与光绪帝之间既没有一个好的开始，更在后来的相处中对光绪帝满口讥讽步步紧逼。于是才几天工夫，这位太后侄女就成功地让自己的丈夫与自己成为新的一对怨偶。
然而古人有云：欲速则不达，更遑论此时的军权还掌握在后党人马手中……
光绪帝的桃花运极其糟糕，他初选后妃时最后入围的五名秀女都没有丝毫母仪天下的资格。太后侄女当然不是好妻子，珍妃卖官之举也足以证明她也是个成事不足败事有余的女人，就连当初光绪帝曾一见钟情的德馨之女也如此——这对姐妹的父亲是个好色之徒，姐妹俩也学得风流浪荡，热衷看情戏还与戏子们眉来眼去，若是当真选进了宫中做了后妃，光绪帝头上的帽子恐怕就要有点发绿了。
光绪帝是这么想的，后来他也确实这么做了。
民间还有一种野话，说同治帝即位之时，为避帝讳，天下都将他“载淳”之名的淳字下面那个“子”部去掉。于是成了征兆：不但同治帝本人无子，就连光绪帝，都因为其长子将过继同治之故而不得不无子……过继给同治的清逊帝溥仪也在此怪圈中……
由于甲午大败，原本对儒家书典信服无比的光绪帝转而恨透了典籍，认为国事皆败于此。恰在此时，以康有为居首的举人们反对《马关条约》，“公车上书”事件发生，康有为成为政治新星。光绪二十四年四月二十三日（公元1898年6月11日），光绪帝采纳了康有为的建议，发布《明定国是诏》，宣布变法维新。
皇后本来就不是什么好性子的女人，受了皇帝的冷遇和珍妃的气哪里还忍得，立即跑去向慈禧太后哭诉，并把珍妃卖官卖到总督一级之事也向慈禧太后兜了出来。
据野史记载，光绪十八年夏天的时候，皇后与珍嫔不和，光绪帝因此与皇后也发生争执。皇后当然不懂得什么叫做母仪与隐忍，立即和皇帝吵闹起来。光绪帝不禁大怒，厉声斥责皇后。皇后当然不肯饶过偏心眼的丈夫，立即哭哭啼啼地跑去找慈禧太后告状。慈禧太后听了皇后一番添油加醋的控诉顿时火冒三丈说：“上吾所援立，乃忘恩至此耶？后吾亲侄，诟后是不啻我也，是何能容？”又劝皇后道，“汝无悲泣。胡斤斤焉恋此病夫为者？吾必有以处之。”
早在光绪帝大婚后的二月初三，慈禧太后在太和殿举行了归政仪式，正式撤帘。这一次她做得似乎很有诚意，不但举行了仪式，而且还驳回了御史屠仁守请她继续批阅奏折的折子，表态说要真正交权给皇帝。当然，这是因为她已经对光绪帝的孝顺深表满意。此时的光绪帝虽然已经亲政，军国大事仍然主动向“亲爸爸”请示批准，慈禧太后根本不必公开理政犯众怒。当然也就乐得见好就收图个“不恋权位”的名声。——既然光绪帝如此孝顺，珍嫔又年幼讨喜，虽有些小小过犯也还没有触及太后的底线，慈禧太后也就顺水推舟由他们恣意了。光绪二十年的时候，慈禧太后还在自己过六十大寿时循例将珍嫔晋封为妃。
与皇后在夫妻之道上破罐子破摔不同，虽然同是慈禧太后硬塞给光绪帝的女人，珍嫔他他拉氏却逐渐扭转了光绪帝的成99lib•net见并最终成为光绪帝终生一往情深的对象。
按一般清帝初选后妃的惯例，一般要选一后三妃嫔成双数。从五名秀女在体和殿中站列的位置来看，慈禧太后的本意就是想让自己的侄女正位中宫，由她完成自己这个姑妈一生都未能达成的心愿，做大清朝的叶赫那拉氏元配皇后。因此这位侄女儿站在了最前面。其次，慈禧太后也注意到了德馨之女的美貌，有心要让她们都做妃嫔，也考虑到侄女的外表确实一般，因此让德馨的一双女儿站在第二列；最后，是长叙的一双美貌稍逊一筹的女儿位列第三行做为备选。然而如今少年光绪毫不遮掩地表达出了自己对德馨之女一见钟情之意，却使慈禧太后改变了原本的打算，她再不愿让德馨的女儿入宫了，怕她们将会威胁到自己侄女的地位。因此她立即匆匆下令终止选秀，自作主张地将一双代表嫔妃地位的荷包塞给了原本是充数的长叙之女，也不再考虑从德馨女儿中再选一位就让她们落选了。因此，光绪帝的第一次婚姻，只有一后二妃成单数，而且三个女子中没有一个是他最初心仪的对象。然而无论是慈禧太后还是光绪皇帝，恐怕此时的他们都没有想到，终光绪帝一生，他名下的妻妾也只有此三位，比寻常土财主还少，使得这位皇帝成为中国王朝史上后妃最少的皇帝之一。
原来皇后的舅舅想要谋个福建将军的职位，皇后自知帝宠不如珍妃，就拉下脸面去求珍妃帮忙。然而珍妃却回绝了这个百年难遇的后妃和解机会。原因是河南巡抚裕宽想升任四川总督，重金求到了珍妃这里。珍妃一心要办裕宽之事，不愿将机会分给皇后，不但拒绝了皇后的请求，据说态度也颇不恭敬。
然而光绪帝的维新虽然漏洞百出动摇清王朝的国本，却因其制度构想西化而得到了外国公使的欢迎，他们都反对废帝，甚至还派军舰在中国沿海示威表示支持光绪帝。这情形使慈禧及其心腹们都非常头痛，无法将废帝化为现实。
早在光绪十八年尚未失去慈禧欢心时，她就曾经将一个知县的缺儿卖给了文廷式的亲戚，此后由于得宠，珍妃卖官的规模也越来越大，成功率甚至比慈禧太后还高。
其中最离奇的莫过于下令将所有的寺庙道观祠堂改为学校，连出家人和略有宗族意识的民众都得罪完了。
光绪二十年初，有个叫耿九的人贿赂慈禧太后身边的太监王长泰、聂德平，想买得粤海关道之缺。两个太监居然不求慈禧太后，反去求珍妃，很快将此事办成。慈禧太后得知，既怒且羞，将两个太监发配黑龙江并在途中杀掉，借此警告珍妃。
然而光绪帝学习成绩再好，慈禧太后也不情愿把手中的权力交到养子的手中去。当然，那样至高无上的权力，世上恐怕也难得有人甘愿拱手出让。最令人费解的是，慈禧太后明明是光绪帝的亲姨妈兼养母，却偏要光绪帝称自己为“亲爸爸”，有一种解释说是她不愿意让亲生儿子同治帝以外的任何人称自己为母亲，不过更有可能的是她心中希望自己能是个名正言顺执掌权力的男子吧。
光绪被囚禁后，慈禧开始着手安排废帝。她选中了端郡王载漪十五岁的儿子溥（亻隽），将他立为大阿哥，1900年1月31日，溥（亻隽）入宫。据说一个小太监当时喊了一嗓子：“今天换皇上喽！”一语道破天机。
随着年龄的增长，光绪帝越来越觉得有必要培养真正只忠于自己的臣下，他先后提拔了许多这样的人，他的老师翁同龢也进入了军机处。对于光绪帝的心思，珍妃不但全力支持，还主动推荐了不少人选给光绪帝，其中也包括她儿时的老师文廷式、她的哥哥志锐。在珍妃的大力举荐下，光绪十九年的时候，文廷式不但官升得快，还当上江南乡试副主考。志锐则于甲午之战的当年正月直升礼部侍郎。
光绪帝本人也并不具备皇帝应有的资质。依顺珍妃卖官是一例，他还曾经应珍妃之请，动用近万颗上等珍珠为珍妃串制披肩，其本人虽然节俭九*九*藏*书*网，但在宠妃身上花起钱来可真是不含糊。据说珍妃曾经问光绪帝：“你这样宠我，不怕别人妒恨吗？”初初亲政的光绪帝笑曰：“我是皇帝，谁敢说我半个不字？谁敢不听我的？”
再如废八股科举，得罪了天下所有一辈子寒窗苦读的读书人，数不清的读书人因此自杀寻死，数不清的出身科场的读书人切齿痛恨。科举制度是清入关之后为笼络汉族读书人的选择，甚至还规定进士前三甲一定出自汉族书生，因此巩固了王朝的统治，很多读书人为了求得功名，也就此放下了民族之争。如今既然没了仕途出身之路，满汉之分的老帐又开始算了起来，清王朝的统治越发摇摇欲坠。
这番“离间母子”的话很快传开。本已收手的慈禧太后怒不可遏，立即对帝党官员进行围剿，文廷式革职、翁同龢革职、汪鸣鸾革职……前方甲午战争，后方党派纷争，国事一败涂地，真是不亦乐乎。
在短短一百零三天的时间里，光绪帝在康有为等书生的鼓动下，一连发了二百多道谕旨，似乎想要在如此之短的时间内就将两千年的封建王国立马变成君主立宪的资本主义国家，也不管这些计划可行不可行。且不说看起来似乎必要的裁撤机关之类得罪官员，另一些实在毫无必要的变革更将举国上下都得罪了个七七八八。
珍嫔刚入宫时年仅十三岁，还是个稚气未脱的孩子，聪明伶俐善于应对，与木讷粗劣的光绪皇后相比，珍嫔更讨慈禧太后的喜欢，经常陪伴在慈禧太后的身边，慈禧太后知道她喜欢书画，还特地派亲信的才女缪嘉惠做珍嫔的书画老师。
对于此次政变，一般都说是康有为等人认为守旧人物掣肘，意欲发动兵变除掉他们的后台慈禧太后，向袁世凯请求兵力帮助，谁知却被袁世凯向荣禄告发，慈禧太后便先下手为强发动了政变。但还有另一种说法：慈禧太后早对激进的变法不满，中途甚至还免去了翁同龢的官职，因此她是主动出击政变的。袁世凯随后才向慈禧太后告发谭嗣同意欲兵变的消息。
对于婚事的不由自主和婚礼的奢华，光绪帝本人非常愤懑。这对表姐弟虽然结了夫妻，彼此的关系却从一开始就陷于困境。
光绪帝也很快就注意到了珍嫔，无论是言谈举止还是才学禀赋，珍嫔都远远超过了皇后与瑾嫔，由于年幼，她还率性天真，在皇帝面前也没有故做姿态之举。光绪帝惊喜地发现身边原来还有这样的可人儿。珍嫔很快就赢得了光绪帝的专宠，光绪帝甚至时常让她留宿自己的宫中。而对于皇后，光绪帝却非常冷淡。
按照清宫规矩，皇帝将给自己最为中意的秀女一柄玉如意，确定她的皇后身份，再将两对荷包交给另两位秀女确定她们的妃子身份。
在未来的日子里，光绪帝都对珍妃念念不忘，据说他从此再不曾亲近过任何女人，当他在七年后（光绪三十四年十月二十一日，公元1908年11月14日）离开人世时，他和他的堂兄同治帝一样，没有留下任何儿女。
更令慈禧头痛的是，溥（亻隽）是个花花公子，在后宫中到处勾引宫女，甚至还发生过宫女犯错受杖责时，被施杖者发现身穿溥（亻隽）内衣的丑闻。
珍妃是溺死在井中。她究竟是怎么死的，一直以来说法不一。有说是她自己跳井的，但更多的说法，都认为是慈禧太后命大太监崔玉贵丢入井中的。至于她死之时的场面就更是众说纷纭，有说慈禧太后与光绪帝都在现场的，有说都不在场的，有说仅慈禧太后在场的；还有说珍妃入井前依然故我地顶撞慈禧太后并喊着光绪帝名字的，还有说珍妃听到慈禧太后处死自己的命令时苦苦哀求并喊着李莲英的尊称求他帮忙说情的……
由于这个小皇帝实在太小，就在他登基的同一天，礼亲王世驿便递上了一道奏章，要求两宫皇太后重新垂帘听政。慈禧太后立即将这项建议采纳下来。于是，朝堂上的那道帘子又重新垂下，清王朝的军国政务又一次交到了两宫皇太后的手里。
除了操控光绪帝的政事9９lｉｂ•ｎet，慈禧太后还要操控光绪帝的婚姻。
十一月初三，帝党重要成员、珍妃兄长志锐被调离京城，做了“乌里雅苏台参赞大臣”，珍妃另一位兄长志锜则因牵涉裕宽案逃亡上海。
然而两个太监的死并没有警醒正沉溺于帝宠中的珍妃。不久，她居然将上海道兼管海关的肥缺卖给了一个从未踏足仕途的富商鲁伯阳，令朝臣侧目。光绪帝在此事上颇觉亏心，便打算在朝臣面前挽回些脸面。然而他的挽回方式却是在四月时坚决否定了养母慈禧许诺给木商玉铭的四川盐茶道官职。从大义上来讲，光绪帝否决玉铭是正确的，然而有鲁伯阳之事在前，对比之下慈禧太后遂再次羞怒交集。
光绪十四年（公元1888），慈禧太后终于拖无可拖，要为年已十七岁的光绪帝挑选后妃了。这年十月初五，经过激烈的竞争，五名秀女进入最后的淘汰赛：由太后与皇帝当面确定谁是皇后。
无论光绪帝本人是否情愿，他的后妃都已经选出来了。大婚的筹备工作也进入倒计时。虽然此时的清王朝已大非往昔，这场大婚礼仍然极尽奢华，共计耗金4126两、银482万4183两、钱二千七百五十八串。而据光绪帝师翁同龢说，其实共耗银一千一百余万两，除婚礼应有花销外，还有500多万两被慈禧太后的亲信们中饱了私囊。
平心而论，光绪帝与变法书生们的本意是好的，但是整个变法过程却过急，激进得超过了极端的程度。他和康有为似乎当真认定只要是皇帝，谁就都得听他的。
光绪帝年少气盛，渴望能中兴王朝的统治，在多数情况下，慈禧太后和光绪帝的想法还是一致的，然而在实际操作中却差之千里。在慈禧太后看来，什么国家大事都没有她自己的尊荣重要。光绪九年至十一年的中法战争中，她就曾经在中国军队大胜的情况下仍然坚持求和。
同年十月，就在中日之战开始不久之际，珍妃因卖官之事又得罪了皇后。
文廷式与志锐都是进士出身，提拔虽有私意，却也没什么明显的失当。但是珍妃在其它事情上的作法却使人有机可趁：卖官。
中法战争爆发时，光绪帝还是个孩子，对于这些军国大事不知所以，但是到光绪二十年（公元1894年）之际，慈禧太后与光绪帝两派在政见方面的不和，却因为中日甲午战争的爆发明显化。帝党主战，后党主和。在整个战争过程中，由于早已问题多多的清王朝各级官员为了保持自己的实力以及在整个对外作战过程中孜孜不忘派系斗争，更因为慈禧太后仍然掂记着自己要过六十大寿，不但不肯将自己庆寿的经费改做军用，还要从军费中克扣大笔钱粮用于庆寿。中国军队终于大败亏输。光绪二十一年三月二十三日（公元1895年4月17），全权大臣李鸿章在日本签下了《马关条约》，不但承认朝鲜成为日本殖民地，还将台湾、澎湖列岛、辽东半岛都割给日本，更向日本赔款两亿两。
光绪皇后的父亲桂祥比慈禧太后要小十几岁，才知人事两个姐姐就已经分别成了贵妃和王爷嫡妻，他因此一直在富贵放纵中长大，成了一个典型的纨绔子弟，不但毫无才学可言，更是一个大烟鬼，将家业花销浪荡无度，其妻也是个目中无人蛮横无理的女人。
光绪帝为何没有儿女？据清宫医案考察，光绪帝本人有严重的男性疾病，加上对婚姻的挫败感，性生活的成功率极低。不幸的是他专宠的珍妃偏偏有月经不调的妇科疾病，是一个受孕能力极低的女人。
光绪二十一年，慈禧太后总算消了气，十月十五日（12月1日），她重新恢复了珍妃姐妹的妃子名位。然而这个仇，却是从此结得大了。
慈禧太后立即抓住了这个机会，决定深入追击。
返京后大阿哥溥（亻隽）不久被废。光绪帝则成了慈禧太后向列强示好的平安符保住了性命。然而他过得生不如死，不但被囚禁，而且过得非常痛苦，无论是衣食还是寝居，慈禧太后都对他异常虐待。冬天他的寝宫中不糊窗纸，平常饭菜还常有馊臭九_九_藏_书_网之物。光绪帝就在这样身心全重的煎熬中度过了他余下的人生。
除此之外，光绪帝还急于起草宪法，建立“制度局”，实际上就是想要重新成立一个新政府，将后党的所有势力一扫而光。
无论如何，慈禧太后以光绪帝“重病”的借口，将他囚禁了。而珍妃则被打入冷宫，囚于北三所，不但长年不见阳光，还每逢节日就要挨太监训话。
十一月初一，慈禧太后明旨给予皇后打探光绪帝与嫔妃一切事宜并随时上报太后的权力。
起因当然还在于后妃争风。
更重要的是：这时的慈禧太后在光绪帝的后妃中，更为偏爱珍嫔，在光绪帝妻妾争风中，她往往袒护得到了皇帝专宠的珍嫔。有一年夏天慈禧太后要往颐和园避暑，临走时甚至还特意点名带走了皇后与瑾嫔，任由光绪帝与珍嫔在紫禁城里自由自在。
慈禧太后西逃之际，后宫中发生了一件大事：珍妃被处死了。
然而这一切很快就结束了。
同治帝崩逝的次日——实际上就是当天深夜，年仅四岁的醇亲王嫡子载湉被浩浩荡荡的队伍迎进了皇宫，从此成为清王朝的又一位小皇帝。清王朝的年号也由“同治”进入了“光绪”。光绪帝生于同治十年六月二十八日（公元1871年8月14），是慈禧太后亲妹妹与醇亲王所生的第三个儿子，也是那位亲王之妻所生的四子一女五个孩子中唯一长大成人的一个。
然而义和团运动失败了，面对洋枪洋炮，义和团虽然围攻了各国使馆达56天，仍然没有什么战果，八国联军反而步步进逼，八月终于推进到了北京城。慈禧太后不愿将光绪帝留给支持他的洋人，于七月二十一日（8月4日），挟持光绪帝、带着溥（亻隽），逃出北京城。史称“庚子之变”。
对于光绪帝如此的偏心，皇后非常怨恨不满，时常向慈禧太后抱怨。慈禧太后其实并不喜欢这个侄女，但是想到她毕竟是自己的娘家人，皇帝对她太过冷淡势必会影响自己娘家的声势，也就时常劝光绪帝亲近皇后。然而慈禧太后虽然可以将光绪帝劝进皇后宫，却不能让光绪帝对之动情，皇后仍然是长守枯寂。
总之，珍妃死了，无论是哪种说法，她的死都与慈禧太后有着直接的关系。珍妃死时年仅二十四岁。
帝党当然不甘示弱，珍妃虽然卖官，毕竟是帝党成员。十二月，帝党成员纷纷上书，要求恢复珍妃的妃位。为了激起光绪帝的反抗之心，帝党成员甚至对光绪帝说：“太后虽穆宗（同治帝）之母，实文宗（咸丰帝）之妾。皇上入继大统为文宗之后，无以妾为母之礼。本非母子，宜收揽大权。”
有了亲生儿子同治帝的教训，两宫太后对光绪帝的教育格外上心，在他五岁那年就选择了师傅教学，不但学儒书，还学骑射及满蒙汉各种语言，为防止他学习不用心，慈禧太后还派其生父醇亲王陪读，终于使光绪帝学有所成。当然，光绪帝学业有成之时，两宫皇太后已经只剩了慈禧太后一个。虽然性情较宽厚的慈安太后不在了，对于光绪帝的学业，慈禧太后给出的评语仍然远非同治帝所得能企及。对亲生儿子的学业极为不满的慈禧太后如今却毫不吝惜地表扬少年光绪帝“孜孜念典，德业日新”“披阅奏章，论古断今。剖决是非，权衡允当。”
甲午之战的大败，无论对光绪帝还是对慈禧太后，都是刺激。由于用玺盖印的是光绪帝本人，他的情绪就更为激烈。而国家的惨败给慈禧太后刺激，却远远没有她自认为尊荣受损来得重要——无处发泄的光绪帝在战争中途，曾经处分过李鸿章，给予其拔三眼花翎、褫黄马褂、革职留任等处分，又曾经提出要将慈禧太后的寿诞用款改做军用，慈禧太后却根本将自己的个人利益置于王朝国家利益之上，反而据此认为养子无视自己的权威，对自己不够孝顺，因此对光绪帝极度不满。决定给光绪帝一点颜色看看。
十一月初二，慈禧太后再次召见军机大臣，严责光绪帝包庇宠妃，并将光绪帝及珍妃身边“涉案”的太监或杀或充军，死者达六十余人。