当商人与知识精英在体制的大门外“会师”之后，对既有权力结构的挑战便成为必然。

此后，慈禧突然“激进”地推动制度建设和经济开放。1903年7月，朝廷设立商部，成为中央政府制定商事法及相关法律的主要机构，1904年1月，颁布《钦定大清商律》，包括《商人通例》9条和《公司律》131条，这是现代意义上的第一部公司法。之后又相继颁布《破产律》和《试办银行章程》、《大清矿务章程》等。这些法律的拟订和发布，建立了第一套比较完整的商法体系，意味着在中国沿袭千年的特许主义，被现代商业的准则主义取代。在政策推动下，“民之投资于实业者若鹜”，公司创办数量超过了洋务运动30年国家投资的总额。日本的中国问题专家安原美佐雄因此断定，1905年是中国现代工业发展的新起点，即从“国家兴业时代”进入到了“国人兴业时代”。

在商人阶层壮大及独９９liｂ.ｎｅｔ立的同时，知识精英也被“释放”到体制之外。在1905年，最重大的国内事件是废除有1300年历史的科举制度，其决策过程非常匆忙，9月，张之洞、袁世凯等人会衔上奏，当月慈禧就下旨准奏。废除科举制一方面比中国精英阶层从落后、刻板的孔孟儒学中彻底解放出来，在知识体系和思想体系上向现代文明靠拢；另一方面，也意味着集权者失去了对全民思想及精英阶层的控制。科举制的废除，熄灭了一代知识青年对帝国的最后一丝眷恋，精英阶层从科举的既定轨道中散溢出去，很快衍生了一股反对的、无从把控的力量。一个可比照观察的事实是，1977年，中国进行改革开放之初，最早的一个变革措施就是恢复高考制度，将潜在的不满及反对力量纳入统治体系之内。在 敏感的社会转轨时期，一废一复，颇可参研。

同时，商部还仿照西方国家和日本的商会九九藏书模式，颁布实施《商会简明章程》，倡导各地商人设立商务总会和分会。在此后的数年内，各地商会如火如荼，其而控制产业及舆论，甚至部分地承担了政府的经济管理功能，成为一股活跃于民间的独立力量。1907年，全国80个重要的城市商会代表聚集上海，倡议成立了华商联合会，全国商会息息相关，联成一体。到1911年，全国各种商人组织近2000所，会董2.3万人，会员达20万人之众。

一是南通人张謇创办大生纱广。这位1894年的恩科状元以“舍身喂虎”的勇气下海经商，并在短短几年内创建十余家关联企业，成为全国最大的纺纱工厂和民资集团，其对社会的激荡效应难以估量。费正清在谈及“张謇现象”时指出，19世纪末，其实中国还没有资产阶级，“相反，正是这些维新派首创了资产阶级，或者可以说是发明了资产阶级。像张赛等士绅文人在中日甲午战败以后之所以突然开始投资办现代企业，主要是出于政治和思想动机。他们的行动是由于在思想上改变了信仰或者受其他思想感染所致。……中国的资本主义长期以来具有某种出于自愿的理想主义的特点”。藏书网

“庚子国变”后，清廷签下了丧权辱国的《辛丑条约》，向列强赔款4.5亿两白银，分39年付清，本息共计9.8亿两，当时清政府的年财政收入约为8800万两，也就是说，条约规定的赔款相当于11年的全国财政收入总和，中央财政已实质性破产。代表朝廷签约的李鸿章被国人视为“千古罪人”，过去30余年致力于实业兴国的洋务派在民间信用尽九九藏书丧。

二是商人在“东南互保”中扮演重要角色。1900年，北方爆发反对帝国主义列强的义和团运动，慈禧试图借势驱洋，贸然对列国开战，八国联军攻入北京， 慈禧携光绪西逃，是为“庚子国变”。为了防止战火南延，李鸿章、张之洞、刘坤一及袁世凯等南方四大总督对列国提出“自保疆土，长江及苏杭内地的外国人生命财产，由各督抚承诺保护，上海租界的中外商民生命财产，则由各国共同保护”的“东南互保”方案，张謇、盛宣怀、汤寿潜和沈曾椬等人以民间身份斡旋于四大督抚和八国公使之间，最终达成妥协。在近现代史上，这是新兴的企业家阶层第一次公开参政，在政治上展现了自己的智慧和能力。同时也意味着中央政权至高无上的权威已经瓦解，皇权陨落，只是一个时间和方式问题。

对于四大利益集团中的有产阶层而言，划时代意义的变化是出现了高级知识分子集体下海经商的景象，这其实意

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味着中国资产阶级作为一个有独立思考能力的群体的正式出现，其标志性的事件有二。

甲午战败给全体国民以极大剌激，梁启超尝言：“唤起吾国四千年之大梦，实则甲午一役始也。”从此，以知识分子为主的维新派取代以中高级官吏为主的洋务派，成为变革的新主流，而工业化运动也由政府推动进而变为民间崛起。据汪敬虞在《中国近代经济史》中的统计，从1895年到1898年的4年中，全国各省新开设的资本万两以上的厂矿共62家，资本总额1246.5万两白银，远远超过甲午前20余年的总数，从增长速度来看，平均每年设厂数超过甲午前的7倍，平均每年的投资数则超过15. 5倍。

洋务运动的第二个小高潮出现在1894年。