不过，在皮亚琴察发生的另外一些事情将永远改变教皇的地位。正当会议对各项神学事务——如异端的定义、以通奸罪对法兰西国王实施绝罚、与神父身份相关的种种——讨论正酣之时，君士坦丁堡的使节赶到了。他们带来了非常糟糕的消息：拜占庭帝国已经濒临崩溃，亟须援助。乌尔班二世很快就抓住了消息蕴含的深意。一举统一教会的机会来了，于是他宣布立刻北上——前往克莱蒙。
克莱芒三世被立为敌教皇（rival pope），他声称自己是圣彼得之位的真正继承人，还得到一群高级教士的支持，这产生了要将罗马教会分裂为二的威胁。尽管格列高利七世本人在拉特兰宫避难，后来又逃出罗马去了萨勒诺，并最终于1085年在那里以流亡之身过世，但教廷仍然笼罩在不确定与混乱疑惑的氛围中。过了近一年，格列高利七世的继承人才被选出来，而且即使到此时他已经被提名成为维克多三世（Victor III），还是多多少少依靠武力才成功上位。可他在任还不到18个月就去世了，新的选举又得举行，这催生了新的争斗与骚乱。1088年3月，奥斯蒂亚红衣主教奥多（Odo）被提名为教皇，取封号为乌尔班二世。然而，他在亨利四世治下的德意志和北意大利并没有得到承认。教会仍然处于混乱无序之中。
而格列高利七世禁止售卖宗教圣职，并强调只有他才拥有任命这些职务的权力。他的这种改革尝试使其站到了与亨利对抗的一面，因为亨利非常不愿意教皇干涉德意志教会的事务。到1076年时，双方的关系已经濒临破裂，教皇于是颁布绝罚令，将亨利驱逐出教，他说：“我代表全能的主，圣父、圣子和圣灵，经由您的力量和权威，我拒绝（承认）亨利国王（为我教中人），因为他在对待您的教会、管理全部德意志人及意大利王国时所表现的骄纵自满简直闻所未闻，我解除所有基督徒遵守对他许下的或将要许下诺言的义务，并禁止任何人尊奉他为国王。”
还有其他迹象也表明，东西方之间的利益发生了调整重组。11世纪90年代初，圣菲利波迪格拉加拉（San Filippo di Gragala）修道院突然连获恩宠。西西里伯爵罗杰下令将好几座教堂划归它管辖，还划拨了不少土地给这里的僧众。罗杰又颁布了一条谕令，这座修道院将不受拉丁教士的干扰，也不受“男爵、将军、子爵以及其他人等”的干涉。还有其他地方也出现了双方合作的重要事例，尤其是在军事方面。11世纪90年代初，巴尔干各地屡受侵扰，阿莱克修斯一世于是向四方求助，以期加强军力。他派遣了帝国公使前往坎帕尼亚的乌尔班二世那里，而乌尔班二世也迅速在1091年春天派人前往帮助阿莱克修斯一世抗击草原游牧民族佩切涅格人。这个部落从多瑙河沿岸大举发动进攻，一直深入到色雷斯内陆地带。而在其后发生的拉维尼欧战役（Battle of Lebounion）中，阿莱克修斯一世消灭了这支令人生畏的游牧部落，这成为拜占庭帝国历史上最为重要的战役之一。
阿莱克修斯一世不只做了这些，他还请使者们传话，敦请教皇前来君士坦丁堡，结束过去曾大大损耗教会元气的种种争端。在一份盖有拜占庭帝国金印的诏书中，他提议召开一次特别会议，召集希腊和拉丁教会的高级教士参加，共同商讨双方存在异议的主要领域。至于皇帝自己，他承诺将遵守会议达成的结论，以此维护“上帝之教会”定义的统一性。
教会内部的分歧巨大，以致到了11世纪末竟然出现了教皇并立的态势，每位教皇都声称自己才是圣彼得之位的合法继承人，而且都得到了自封为正统的一派教士的支持。还有拜占庭的教会，它所遵循的行为标准和正统教义都与西方大相径庭，此时正与西方教会处于大分裂的状态。但在当时，一场最为持久、也是对欧洲和谐统一造成最大威胁的争端，已经对教会整体的活力造成了巨大的影响：教皇格列高利七世与当时欧洲最有权势的德意志亨利四世之间的关系严重恶化。亨利的先人已经确立了对意大利北部的统治，并在10世纪60年代成功地成为罗马的皇帝。所以，他们也一直密切关注着身在此处的教廷，保留着教皇选举的投票权。1073年4月，格列高利七世刚被任命为教皇时，他与亨利四世的关系发展趋势还不错，格列高利七世被他说成是“一位宗教虔诚的人，精通（圣俗）两界知识，对公平与公正最为积极的热爱者，不畏艰难困苦……令人尊敬，谦和亲切，头脑清醒，朴素贞洁，热情好客”。教皇对皇帝在自己当选后发出的信息也很上心。他向自己的支持者这样写道：“亨利发来的信息充满着愉悦与顺服，就我们记得的来看，不论是他还是他的前任们都不曾向罗马教皇这样表过态。”
不过，时间总会抚平冲突，长期的合作消解了这些争端。一份10世纪的拜占庭文书揭示了君士坦丁堡送给教皇的信件应该遵循怎样的固定格式来写就：“因圣父、圣子和圣灵，我们唯一的主之名。（留空填写名字处）和（留空填写名字处），罗马人的皇帝，主的虔诚信徒，写给（留空填写名字处），最神圣的罗马教皇，我们的精神之父。”相应地，罗马的使节们应如何称呼君士坦丁堡的皇帝，也有固定格式可循。这些成例表明，东方和西方之间的合作是常态，而非偶然的例外。九九藏书网
乌尔班二世在当上教皇时，就很清楚地意识到，在战略地位上，他是被克莱芒三世及其保护人亨利四世压制着的，处于劣势。于是他被迫要想尽办法为自己铺路搭桥，增强实力。他当即采取了一系列措施，其中之一就是与君士坦丁堡和解。他于1088年当选后不久，就派了一个小规模的使团前往拜占庭帝国首都，就30年前导致东西方决裂的那些敏感话题再次进行商讨。使团成员得到了阿莱克修斯一世的接见，并着手以当时被评论者称为“温和而如父亲般关切的方式”来处理这些议题。他们谈到了诸如希腊教会在圣餐仪式中使用发酵面包的问题，还谈到教皇的名字从君士坦丁堡的神圣记事板（Holy Diptychs）上被删去的问题。要知道，这些记事板上可是列出了所有被认为与教会有关联的主教的名单，不论他们还活着或已逝去。
与此相反，克莱芒三世却始终不懈地在强化自己作为天主教会真正领袖的地位。11世纪80年代末，他曾发出一批信件给坎特伯雷大主教兰弗兰克（Lanfranc），邀请兰弗兰克前来罗马，送来给教皇的献金，并提出愿意帮忙调解英格兰的争端。他还敦促英格兰国王和主教们向罗马教会提供帮助。此外，克莱芒三世还与塞尔维亚人联系，认可了他们的圣职任命，还送了一件特别的圣职法衣给安提巴里（Antivari）大主教。他还与基辅（中世纪基辅罗斯公国的首都）的教会领袖接触，发出表示善意的信息。他的言行举止恰如教皇所应该做的：不请自来地经常联系基督教世界中的重要人物，并给予建议和支持。在当时看来，能发表1095年前后那样的演说，并赢得或可将教会重新融为一体的巨大效应的人，似乎应该是克莱芒三世，而不是乌尔班二世。
乌尔班二世对君士坦丁堡发出的这些积极信号迅速做出了回应。他南下会见了自己仅有的几位支持者中的一位——西西里伯爵罗杰，并就修复与拜占庭的关系事宜求得了他的同意。罗杰长期以来一直关注着德意志皇帝亨利四世对意大利的野心干涉。1085年前后，亨利四世的一些支持者曾呼吁他进军君士坦丁堡，随后直指耶路撒冷，在那里等待他的将是荣耀而盛大的加冕仪式。而在征战途中，他还应该控制住阿普利亚和卡拉布里亚，从而牢牢地让诺曼人臣服。但如果亨利四世控制了卡拉布里亚，那么罗杰的利益将会受到损害。于是，在听说阿莱克修斯一世要召开一次会议共商修复关系时，罗杰明确表示了赞同：教皇应该参加，让教会从此摆脱大分裂的局面。
这些新进展迅速而有力地增强了乌尔班二世的实力。他宣布将于1095年3月在皮亚琴察举行一次大公会议，而这座城镇恰好处在此前忠于亨利四世的领土的中心地带，也是克莱芒三世之前的拉文那大主教区的核心区域。会上，亨利四世已经叛离的妻子现身谴责了自己的丈夫，敌教皇也遭到猛烈的抨击，但随后，所有之前站在亨利四世一边的教士们都获得了一纸赦令。会后不久，康拉德与乌尔班二世在克雷莫纳（Cremona）会面，康拉德公开采取了顺从和谦卑的姿态，甘为马夫，为教皇牵马扶鞍。几天后，两人再次会面，康拉德发誓会保护教皇乌尔班二世、教廷及其财产。作为回报，乌尔班二世承认康拉德想得到皇位的要求是合情合理的。此外，他还促成了这位新盟友与自己在意大利的头号支持者，西西里伯爵罗杰之女的婚事。教皇写信给罗杰称，如果顺利结亲，那对罗杰来说将是无上的荣耀，而且未来对他也大有好处。婚礼最终在比萨如期举行，场面盛大，康拉德对自己富有的岳父送来的豪礼也非常满意。而这场联姻也使乌尔班二世的地位有了极大提升，九*九*藏*书*网他从一个孤立无援、只能被迫在罗马城外扎营的人，一跃而成为欧洲政治中举足轻重的核心人物。
阿莱克修斯一世登上皇位前是一名武将，拥有斯巴达式的生活品位，对信仰事务也绝不会无动于衷——据其长女所说，他是一个会与妻子一道熬夜，沉浸于研读神圣经文的人。他聆听了教皇使者们的陈情，并下令召开了一次宗教会议来讨论他们所诉的苦衷，比如，抱怨都城中遵循拉丁礼仪的教堂都被关掉了，造成城中的西方人无法再在教堂中尊奉其主。此外，皇帝还亲自主持了一次由君士坦丁堡牧首、安条克牧首、两名大主教和18名主教参加的会议，并要求查看有关从神圣记事板上删去教皇名讳的文书。当被告知并没有此类文书，而且不刻录教皇名讳也没有相关教法支持后，皇帝便下令，重新根据教法传统，把教皇的名字刻上去。
这个事件导致罗马与君士坦丁堡之间的关系走入最低谷，今天我们称之为“东西教会大分裂”。此后东方与西方之间的憎恨与敌对成了常态。例如，1078年，教皇格列高利七世发布了一道针对拜占庭新任皇帝尼基弗鲁斯三世·伯塔奈亚迪斯（Nikephoros III Botaneiates）的绝罚令，可新皇甚至与罗马从来没有接触过。三年后，教皇又在阿莱克修斯一世·科穆宁废黜旧帝之时给他来了一道绝罚令。大概在同一时期，教皇不仅批准进攻拜占庭，而且赐给领军的将领一面旗帜，命他带着旗帜上阵与拜占庭帝国军队厮杀。他甚至还罔顾当事人是否真有意愿或真有机会去争夺皇位，就断然任命这次进攻的策划者罗贝尔·吉斯卡尔为君士坦丁堡皇位的合法候选人。
1080年6月，德意志和意大利北部的主教们接到传召，到布里克森（Brixen）参加一次大公会议。会上有人提议，应以武力将格列高利七世驱逐出罗马，并选出一位“正统的”教皇取而代之。于是，拉文那（Ravenna）大主教威伯特（Wibert）被任命为待任教皇，他的加冕仪式定于次年春天在罗马举行。亨利四世先是被德意志境内发生的叛乱拖延了些时间，等事情解决之后，他终于进军意大利，逼近罗马并最终于1084年攻下了这座城市。威伯特即刻在圣彼得大教堂加冕为教皇克莱芒三世（Clement III）。一个星期后，亨利四世自己又被加冕为罗马皇帝。“我得到了教皇克莱芒（三世）的正式任命，”他写道，“并在神圣的复活节那天得到所有罗马人的同意，在所有罗马人民的喜悦欢呼声中加冕为帝。”
巴西尔个人抱有的忧虑掩盖了这样一个事实：梅尔菲会议是重建罗马和君士坦丁堡关系的一个关键。巴西尔所认为的其同僚为获取罗萨诺和圣塞韦里娜教区而做出的不可饶恕之举，事实上却更可能是教皇与拜占庭方面在意大利南部展开新合作的重要例证。
第一次十字军东征塑造了欧洲。它确立了欧洲骑士阶层与基督教信仰牢牢结合在一起的身份认同；它影响了他们的行为模式，虔诚与为主服务逐渐成为被高度推崇的个人品质，在诗篇、颂文、歌曲和艺术作品中广为传颂；它形成了为上帝而战的虔诚骑士这样一种理想观念；它将教皇确立为在精神领域和政治领域都具有重要性的领袖；它赋予了西方一众公国共同的立国基准，创造了一个评价框架，使保卫教会不仅是一种意愿，更成为一种责任。从第一次十字军东征中生发出的塑造欧洲的种种观念和结构，一直延续到宗教改革前夕。
使团抵达拜占庭帝国的都城后，冲突很快就出现了。1054年7月16日，教皇使节希瓦康第达的红衣主教于贝尔（Cardinal Humbert of Silva Candida）与其他来自罗马的使团成员们一起，在圣餐仪式举行时闯入圣索菲亚大教堂。接下来发生的一切就像一出排演好的戏剧：使节们没有停下来祈祷，而是径直走到教堂前部，在教士和信众的面前，当场写就一份文书，然后硬是把它放上了主祭坛。文书上这样写道：君士坦丁堡牧首有辱他所担任的圣职，在自己的信仰和传授的教诲中错误极多，罪孽深重。他将即刻遭受绝罚，与地狱中那些最邪恶的异端
一道受苦。文书中还详细列出了这些异端的名字。牧首及其支持者们将遭到永恒的诅咒谴责，将“与魔鬼及其爪牙们一道”受苦受难，“除非他们忏悔赎罪。阿门，阿门，阿门”。随后，于贝尔转身走出圣索菲亚大教堂。在走到教堂门口的时候，他停了一下，拍去鞋上沾的尘土，接着转头面对信众，庄严地宣布：“让主来审视，来判决。”
以上种种都与乌尔班二世在克莱蒙发出的武装号召显得非常不同。正如源自1095年末1096年初的文献明确指出的，教皇乌尔班二世密切关注着小亚细亚的基督徒们所遭受的苦难，和东方教会（也就是遵循希腊礼仪的教会）所遭受的迫害。那是什么导致罗马和君士坦丁堡之间的关系发生了如此大的逆转呢？这个原因要在11世纪末发生的对整个教会控制权的斗争中寻找，尤其要关注乌尔班二世在西方所处的劣势地位。九九藏书
十字军史学家们（无论是中世纪的还是现代的）纷纷追随着他前往克莱蒙。但是，东方到底发生了什么灾祸？为什么那么急切地寻求帮助？拜占庭到底出了什么问题？想要理解十字军东征的起源，我们必须转移目光，并非转向法兰西中部的山麓，而是去关注帝都君士坦丁堡。
11世纪还是教廷与欧洲的大权贵们激烈冲突的世纪，时不时就有君王遭受绝罚，有时双方会和解，但到头来只是为下一次绝罚令做铺垫。这一时期几乎所有的重要人物——德意志的亨利四世、法兰西的菲利普一世、英格兰的哈罗德国王、拜占庭皇帝阿莱克修斯一世·科穆宁以及诺曼公爵罗贝尔·吉斯卡尔（Robert Guiscard）都至少遭教廷绝罚过一次，而这是教廷为强调自身对世俗世界拥有的权威所做的一部分努力。
在乌尔班二世刚当选的时候，如果谁说他能打动并激励欧洲的基督教骑士们奋然拿起武器，远征耶路撒冷，肯定会被当成笑话。尽管教皇密切关注着西班牙的局势发展，也注意到基督教势力屡有斩获，而伊斯兰势力不断遭受损失，但他除了送去热情洋溢的表示支持和鼓励的信件外，其他什么也做不了。考虑到乌尔班二世在欧洲本土所处的窘境，尽管他对东方虔信者们命运的关注或许发自内心，但在当时的环境下却显得无足重轻，也不会有什么影响力，毕竟他自己都还在苦苦挣扎着，希望在罗马多召集些支持者，欧洲其他地方的支持就更成问题了。
乌尔班二世唯一胜过对手的优势可能在于他与东方教会的关系，不过这种关系本身也不是毫无问题的。起初，罗马和君士坦丁堡只是基督教世界五大初始主教区中的两个。其他三个分别是安条克、亚历山大港和耶路撒冷，它们先后在公元7世纪的伊斯兰大征服中陷落，这就让仅存的两大主教驻地成了对抗的两极。有关两者地位应如何排列的争端以及关于教义与宗教实践方式的争论时不时就兴起。公元9世纪时教皇尼古拉一世（Nicholas I）与君士坦丁堡的教会牧首波提奥斯（Photios）之间的激烈争论，更是让双方的关系跌至谷底。
具有讽刺意味的是，第一次十字军东征自身却是分裂与无序的产物。因为11世纪下半叶，欧洲动荡不安，危机频发。当时，整块欧洲大陆都处于征服与叛乱的时代。英格兰此前好不容易才抵制住了来自斯堪的纳维亚的长期攻势，这时正被诺曼人占领。阿普利亚、卡拉布里亚和西西里也因来自诺曼底的移民涌入而发生着变化。首先来的是雇佣兵，然后是各种被南方提供的丰厚物质回报吸引来的碰运气的人们。西班牙正处于转折时刻。在统治这个半岛长达三个多世纪后，这里的穆斯林占领者从一个又一个城镇被驱赶走。德意志也骚动不安着，起而反抗皇室的大规模叛乱隔三岔五就爆发。与此同时，拜占庭帝国承受着日益累积起来的沉重压力，其北方、东方和西方边界都受到威胁，日益张牙舞爪的邻人们不断突破边界，长驱直入。
因此，到1095年时，罗马与君士坦丁堡都已经采取了大量措施来修复彼此的宿怨。尽管阿莱克修斯一世数年前提议召开的大公会议仍然没有召开，但拜占庭皇帝与教皇之间已经形成了良好的合作关系。如果后世添加到一份12世纪文献中的记述可信的话，他们还一道构想出了一个计划。据说1090年初，由乌尔班二世和阿莱克修斯一世共同派出的使节来到克罗地亚国王兹沃尼米尔（Zvonimir）的宫廷，请求国王派骑士前往襄助拜占庭帝国处于困境的教会，解除穆斯林对耶路撒冷的压迫。如果这件事是真的，那它就是教皇后来在克莱蒙发出呼吁的一次预演：两者都是旧罗马与新罗马共同发出的求助呼声，都有耶路撒冷的吸引力，以及以军事服务作为虔诚的表现。不过，这次针对兹沃尼米尔国王的预演并没有取得预期的效果：根据这段插补文字所述，兹沃尼米尔国王麾下的骑士们对他居然准备为他人而战感到震惊，于是就谋杀了他（尽管也有其他文献称，国王因年事已高而寿终正寝）。
首先，乌尔班二世在意大利南部仍然具有一定影响力。这个地区几个世纪以来一直由拜占庭帝国控制，直到11世纪50年代和60年代，才由诺曼征服者带来了一系列大逆转。按照安娜·科穆宁娜的说法，这些征服者的势力像坏疽一样迅速扩散，“因为坏疽一旦长在身体上，就要侵占腐化掉整个身体才会罢休”。不过，虽然1071年巴里落入了诺曼人手中，这代表着拜占庭帝国对阿普利亚和卡拉布里亚的控制就这么不光彩地终结了，但这两个行省居住着的主要是讲希腊语的人，他们自然指望着君士坦丁堡来领导他们。随着罗马与君士坦丁堡实现和解，这层联系就又开始活跃起来。自诺曼征服以来，遗嘱、买卖文书以及其他正式文书的抬头都用的是诺曼公爵的名号与纪年。但从1090年开始，阿莱克修斯一世的名号与年号开始越来越频繁地出现，这明确表示当地人已经再次接受了拜占庭皇帝的领导。1081年，乌尔班二世取消了针对阿莱克修斯一世的绝罚令，拜占庭帝国的名誉进一步得到了恢复。99lib.net
但无论如何，巴西尔只会从自己的角度来考虑问题。一听说君士坦丁堡采取了种种和解举措，他就立马与克莱芒三世取得联系。而敌教皇也很快就做出了回应：“请速速将你提及的我们神圣的弟兄君士坦丁堡牧首所写的那封信发来。”这指的是巴西尔已经提到过的与罗马和解的举措。“我们也必须就如此重要的事宜回信给他。他应知晓，我们已经准备好了一切——因为我们也同样期盼，同样欢迎和平与团结。”克莱芒三世对巴西尔的种种不忿进行了安抚，并承诺这些事情很快就会解决好的。然而，如果克莱芒三世的确也曾尝试着与君士坦丁堡进行接触，那他应该没有获得什么成效。尽管他也表示有意与希腊教会接触——写信给出生在君士坦丁堡的基辅大主教若望（John），希望能与希腊教会建立更加密切的联系——但他的主动示好并没有得到回应。在阿莱克修斯一世看来，比起背后有德意志撑腰的克莱芒三世，乌尔班二世显然是更有吸引力的盟友。
君士坦丁堡牧首尼古拉三世·格拉马提科斯（Nicholas III Grammatikos）随后又于1089年10月单独写信给教皇乌尔班二世，称他对教皇渴望积极着手解决双方的神学争论感到振奋。尼古拉三世彬彬有礼地写道，教皇如果以为牧首本人对拉丁基督徒怀有敌意，那就错了；如果以为拜占庭都城中遵行西方礼仪的教堂都被关掉了，那他又错了。事实上，居住在君士坦丁堡城中的西方人是得到许可采用拉丁礼仪来尊奉我主的。“我们全心全意地希望，超过一切地期盼着教会团结。”尼古拉三世写道。
在接下来的数年里，西方教会的分裂态势并没有弥合的迹象。1095年克莱蒙大公会议召开之前的十年间，处于强势地位的不是乌尔班二世，而是克莱芒三世。毕竟乌尔班二世在继位后的最初几年里连罗马的城墙都进不去，甚至连他的选举仪式都是在远离“永恒之城”的泰拉奇纳（Terracina）举行的。因为罗马还牢牢地由忠于亨利四世的军队控制着。尽管乌尔班二世在1089年得以短暂地进入罗马城，举行了一场庆祝游行、一次加冕弥撒，还发布了一份教皇通谕，但他很快又撤走了，没敢冒险在城中停留更长时间。1091年和1092年圣诞节，他再次返回罗马，却被迫在城外扎营，无法履行教皇最基本的职责，包括在圣彼得大教堂主持弥撒。
凭借着与君士坦丁堡实现和解，乌尔班二世有意将自己置于基督教世界领导者的位置上。这个世界多年来一直肆虐着激烈的攀比、争斗和冲突。正像当时的一位编年史家所说的那样，11世纪末，教会的状况是一片无序混乱。“在欧洲所有地方，”沙特尔的富歇（Fulcher of Chartres）写道，“无论是在教会之内还是之外，和平、美德与信仰都遭到大大小小的强人粗暴的践踏。确实有必要让这一切邪恶终结了。”可是，乌尔班二世想要让自己牢牢处在基督教世界的中心，还需要更宏大的规划。若想与克莱芒三世在罗马一争高下，进而在欧洲其他地方加强他的地位，那么，与希腊教会和解所取得的进展还远远不够分量。
拜占庭方面的这种审慎的调整，意在弥合君士坦丁堡与罗马之间的罅隙，这不仅事关解决宗教争论，而且旨在为结成政治甚至军事同盟铺平道路。这在第一次十字军东征的诞生历程中是一个重要的节点，也是乌尔班二世教皇数年后能号召欧洲骑士阶层踏上征途、捍卫拜占庭的必要条件。
毫不令人惊讶的是，此举加剧了当时紧张的局面。亨利的支持者们称教皇是一名罪犯，忠于德意志王室的主教们又转而对教皇施以绝罚令。虽然两人曾于11世纪70年代末短暂和解，但教皇经人游说后，又开始支持在德意志对抗并试图废黜皇帝的强大反对派，于是两人的关系再次破裂，此后再也没能修复。格列高利七世公开对其中一位皇位竞争者表示赞赏，称他谦和顺服，热爱真理，与亨利的骄傲自大、桀骜欺瞒形成鲜明对比，这之后，亨利四世皇帝采取了激烈的回应措施。
话虽如此，但11世纪中期，罗马和君士坦丁堡的关系确实是破裂了。1054年，教皇列奥九世（Leo IX）派出了一个使团，希望与君士坦丁堡共商如何处理在意大利的利益问题。拜占庭此时控制着阿普利亚和卡拉布里亚。但事情却严重偏离了之前的愿景。从一开始，谈判的基调就错了，双方商讨的重点没有转向如何建立同盟，却转到了拉丁和希腊教会在领圣餐仪式上的差异。正如言辞激烈的文献所展示的，人们认为，到底该用发酵的面包还是没发酵的面包来象征基督的身体，确定这一点非常重要。不过，重中之重，还是要不要在《尼西亚信经》中加上“以及圣子”这个语句，加上之后就表明，圣灵不仅源自圣父，同样也源自圣子。添加这个语句的建议最初是公元6世纪时在西班牙举行的一次教会会议上提出来的。需要着重指出的是，很多教会领袖都没有参加这次会议，因此起初连教廷都对这个语句的添加进行了谴责。可是，本来很有争议的“以及圣子”这句话，在一个很难规范行为的世界里，逐渐变得流行起来。到11世纪早期，由于它已经普遍被添加使用，就被正式接纳为《尼西亚信经》的标准语句。可是罗马教会对这个语句的接受，却在东地中海地区遭到激烈的反对，尤其是在君士坦丁堡。99lib.net
这些举措重启了与罗马的对话，也为拜占庭帝国在第一次十字军东征前夕进行的重大调整铺平了道路。一名拜占庭高级教士提奥菲拉科特·赫菲斯托斯（Theophylact Hephaistos）受命起草了一份文书，刻意淡化了希腊和拉丁传统之间的差异，以此打消东方教会对统一所怀的疑虑。他写道，很多方面的差异都微不足道。虽然拉丁神父们在星期六而不是星期天斋戒；他们在大斋节期间的斋戒方式不合正统；与东正教神父不同，他们不看重在手指上戴戒指，还削发断须；他们在做礼拜的时候不着黑衣，而是穿着五颜六色的丝绸法衣；他们行的跪拜礼不伦不类；而且，与严格素食的希腊僧侣不同，拉丁僧侣们很开心地享用猪油和各种各样的肉类。但这名教士主张，所有这些问题都能很容易地解决，就如是否在圣餐仪式中使用发酵面包一样。但他承认，加不加“以及圣子”这句话是一个性质完全不同且严重得多的问题，接受添加此句的人应该下地狱，受烈火焚烧。虽然如此，他还是显得充满希望，觉得这个句子依然可能会被删去。
而这正是乌尔班二世想要听到的：此举让他有机会扮演教会统一者的角色。在与克莱芒三世相争的背景下，他的这种突破意义非凡——克莱芒三世也知道这一点。克莱芒三世是从卡拉布里亚的巴西尔（Basil of Calabria）那里得知了自己的对手与君士坦丁堡之间的来往。巴西尔是一名保守的拜占庭教士，因为被乌尔班二世阻止到南意大利的教区，于是对他怀恨在心。巴西尔出席了1089年秋天举行的梅尔菲大公会议，并在会上明确被告知，只要他承认教皇的权威，就能得到雷焦的教职。而他的两名同僚确实因为这么做而得到了教职，这让巴西尔感到震惊，愤而爆发。在他看来，乌尔班二世根本不配当教皇，就跟他那位“要受三次诅咒”的前任格列高利七世一样。于是，巴西尔写信给君士坦丁堡牧首，把乌尔班二世描述成一头胆怯的狼，一碰到基督教信条中最为基本的问题，就掉头逃跑。而且他还像异端一样收受贿赂，把圣职卖给出价最高者。
可是，没过多久，两人的关系就开始恶化。在成为教皇之前，格列高利七世就是个坚定的教会改革行动派，希望更有效地将权力集中到罗马教皇手中。改革中最令众人关注的是由谁来任命教会中的高阶职位。此前这些职位一般都会被售卖出去，其形式充其量相当于一种有组织的腐败行为。有些高阶职位能带来丰厚的俸金，还有影响力和权威，这就让它们成为一种非常让人向往的奖赏——成为有权势的统治者分发给拥趸的极有价值的赏赐。
不过，11世纪90年代中期，形势发生了变化。首先，德意志内部突然出现了始料未及的动向，从而给乌尔班二世提供了战胜敌教皇及其主要支持者亨利四世的绝好机会。亨利四世的阵营中出现了因皇帝过于严苛的对待而公开反叛的人，且他们的身份都不低。其中一位就是亨利四世年轻貌美的妻子。她主动找到教皇，向他哭诉说，自己被迫“与如此多男人”犯下了如此多“非同寻常的肮脏的通奸行径，甚至连她的敌人也会原谅她逃离（亨利四世）。听了她的遭遇，所有天主教徒都不免动恻隐之心”。在当时那种剑拔弩张的紧张气氛中，乌尔班二世的支持者们急于抓住任何能够让亨利四世名誉扫地的把柄，因此，嚼舌者很快就兴高采烈地把这种污秽的丑闻传扬了出去。还有一位更重要的反叛者，那就是亨利四世的儿子兼继承人康拉德（Conrad）。他是个严肃正派的年轻人，因厌倦教会内无休止的争吵，又因亨利四世在意大利北部连遭败绩而感觉自己前景不妙，于是决定与自己的父亲决裂，带着手下的诸侯一道转而支持乌尔班二世。