刘、章关系决裂，据说因章太炎一次发现何震与其表弟汪公权关系暧昧，他替刘师培抱不平，暗中告知刘。结果刘师培反怪章多事。刘母也不相信此事，大骂章太炎居心不良，挑拨儿子儿媳夫妻关系。

刘师培出卖陶成章、张恭后，章太炎仍对刘师培抱有希望，他致书刘师培，称其变节是受人诱惑，希望他重新回归革命阵营，但刘师培并未理会。

刘师培回国后，致函黄兴称，章太炎曾让他写信给两江总督端方，只要端给两万元，便可舍弃革命宣传，赴印度出家。随信附有章太炎要他与端方联系筹款的五封信的影印件。刘师培此事并非空穴来风，当时章太炎对同盟会内部事务不满，曾想出家，去印度学习梵文。因经费问题，曾先后求助于张之洞和端方，但最后此事作罢。1912年，章太炎在给浙江统一党电报中澄清此事，称当时筹款游印，与革命活动无关。刘师培的信让在巴黎的吴稚辉有了可乘之机，吴立即抓住这个机会，称章太炎早已受清廷收买，扩大孙中山与章太炎的矛盾，致使同盟会由于内讧元气大伤。

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无论如何，刘师培对章太炎决裂，此时他对革命党人也很看不惯，在妻子何震和汪公权的撺掇下，有了投靠清廷之心。刘师培窃得章太炎私章，伪造《炳麟启事》。何震还亲自动手，给吴稚晖写信，“揭发”章太炎为“反革命”。

接下来，有人在章太炎的茶壶里面投毒，这便是轰动一时的“毒茶案”。后经调查发现，投毒者为汪公权。事情败露后，东京留日学生界舆论哗然，强烈谴责刘师九-九-藏-书-网培夫妇。在此期间，日本政府应清政府的要求，查禁《民报》、《天义报》等报刊。刘师培夫妇在东京的处境很是困难，遂返回国内。

在得知刘师培伪造启事之事后，章太炎非常气愤，他发表《特别广告》，称启事为刘师培捏造，并揭发刘师培夫妇是清廷密探。刘师培夫妇也准备还击，据说他们准备聘请律师，和章太炎打官司，后被人劝阻。为了泄愤，他们便到到章太炎寓所，将他痛打一顿。

清朝末年，刘师培在上海结识章太炎，二人皆为古文经学家，对对方的学问很是推崇，又有共同的排满倒清信念，故二人意气相投，视为知交。因章太炎字枚叔，刘师培字申叔九九藏书网，二人被人合称为“二叔”。

辛亥革命后，章太炎不念旧恶，与蔡元培在上海登报寻找刘师培的下落，可是刘依旧没有理会。

章太炎曾想挽救与刘师培友谊，但并未得到刘的谅解。1908年6月1日，章太炎曾致函孙诒让，恳请孙调解他与刘的矛盾。他在信中说：刘师培“与麟同术，情好无间，独苦年少气盛，喜受浸润之谮。自今岁三月后，谗人交构，莫能自主，时吐谣诼，弃好崇仇；一二交游，为之讲解，终勿能济（以学术素不逮刘生故）。先生于彼，则父执也。幸被一函，劝其弗争意气，勉治经术，以启后生，与麟戮力支持残局，度刘生必能如命”。

据汪东说，何震因某九九藏书网些事情对章太炎怀恨在心，时常对刘师培吹枕边风，刘师培听信老婆的话，与章太炎反目。

1907年春，在章太炎的邀请下，刘师培带着母亲、妻子何震和汪公权东渡日本。到日本后，章太炎与刘师培夫妇同租一处房屋合住，“三人同住一起，亲密得像一家人。但是，不过两个月，就吵得不可开交，章太炎不得不搬到《民报社》居住。”

有学者认为，章刘反目的可能还有学术上的原因。章太炎是清末民初著名的古文经学大师，早已饮誉学林，自视甚高，目无余子；刘师培祖辈三代传经，家学深厚，刘本人也在古文经学上卓然成家，且年少气盛，不肯相下。二人长期频繁交往，可能产生龃龉。