在日本，章太炎于明崇祯皇帝的忌日，发起支那亡国二百四十二年纪念会。因清室干预，日本警方驱散学生，孙中山及数百留学生未能与会，后在横滨补办仪式。席间，孙中山提议与会者各敬章太炎一杯酒，共计七十余杯，章太炎亦未醉。

1926年3月20日，蒋介石制造“中山舰事件”，蓄意篡夺北伐军领导权。章太炎在上海组织“反赤救国大联合”，共同反对蒋介石篡权，章任该会理事。同年8月，章太炎应五省联军总司令孙传芳、江苏省长陈陶遗之请，到南京任“修订礼制会会长”。13日，章通电全国，再次反对蒋介石组织北伐。

1917年，孙中山在广州成立护法军政府，组织护法军，讨伐段祺瑞。章太炎担任护法军政府秘书长，并前往昆明争取云南军阀唐继尧的支持，因唐缺乏诚意未果。

黄侃的《太炎先生行事记》中记录：“先生（章太炎）生而徇敏，幼读《东华录》，愤异族之君中国，即立志不仕进。”

1903年，章九*九*藏*书*网太炎为邹容《革命军》一书作序，称该书为“义师先声”，因文中有“载湉（光绪）小丑，不辨菽麦”之语，引起清廷震怒；同年6月，康有为的《驳康有为论革命书》与《革命军》同时付梓刊行，不足一月，便抢购一空。此时，《苏报》又以《康有为与觉罗君之关系》为题，摘录发表了章的《驳康有为论革命书》一文，在全国引起了极大的反响。清廷下令查封《苏报》，逮捕章太炎与邹容。后经外国法庭审判，章太炎被判刑三年。

鲁迅称乃师章太炎的是“有学问的革命家”，认为“先生的业迹，留在革命史上的，实在比学术史上还要大”。

1925年，“五卅运动”爆发，章太炎发出通电，欲“使水深火热之民，早登衽席”。

1885年《马关条约》签订后，章太炎异常气愤，从杭州寄给康有为设立的上海强学会16元会费，加入该会。次年年底，章应梁启超之邀，担任《时务报》撰述，结识谭嗣同等人。在hｔｔｐ://wwｗ.9９lib•neｔ梁、谭等人影响下，章的思想渐趋革命。1987年6月，章太炎在杭州发起成立兴浙会。

张中行在《章太炎》一文中回忆章太炎讲课：“现在只记得最后一句是：‘也应该注意防范，不要赶走了秦桧，迎来石敬瑭啊！’其时是‘九一八’以后不久，大局步步退让的时候。话虽然以诙谐出之，意思却是沉痛的，所以听者都带着愤慨的心情目送老人走出去。”

1901年，由吴君遂介绍，章太炎到东吴大学任中文教员。当时章教授中文课程，但他在课堂上不谈经史，却大谈民族大义，倡导学生走光复道路，一时哗然。保皇派十分震惊，视章为“乱党”。次年元月，江苏巡抚恩寿到学校通知该校美籍校长，要缉拿章太炎，是章太炎回家过年，得到吴君遂的通报后，匆忙逃往日本。

章太炎晚年，外患日亟。他在讲学时宣讲“行己有耻”，议论时政。蒋介石知道后，让章的金兰兄弟张继出面，劝章说：“大哥当安心讲学，九九藏书网勿议时事。”章太炎听罢十分愤怒，他说：“吾老矣，岂复好摘发阴私以示天下不安？……吾辈往日之业，至今且全堕矣，谁实为之？吾辈安得默尔而息也？”“五年以来，当局恶贯已盈，道路侧目。”

1906年6月，章太炎出狱，孙中山派人将其接到日本。在东京留学生欢迎会上，章太炎发表演说，认为当前最紧要的，“第一，是用宗教发起信心，增进国民的道德；第二，是用国粹激动种姓，增进爱国的热肠”。到日本后，章太炎加入同盟会，主办《民报》，与梁启超主持的《新民丛报》论战。章太炎的加入论战，使得“向之与《新民丛报》有关系者，莫不倒戈相向”。一时，《民报》的销售数量激增，而《新民丛报》则大规模减少，最后《新民丛报》不得不停战，关门了事。

1900年，章太炎的《訄书》出版。章在书中提倡复兴诸子之学，排满，反对列强，并首倡光复之说，在当时产生了深远的社会影响。清廷后来因“苏报案”诉章太炎时，九九藏书此书也是清廷指控章的罪状之一。不久，章又发表《正仇满论》，章在书中首次对清廷及保皇主义进行公开批判。这一年，章太炎剪辫发，立志革命。

1932年，日本侵略上海，章太炎盛怒之下，北上会见张学良，要求其积极抗日；章在燕京大学演说，号召青年起来拯救国家的危亡。次年2月，章太炎与马相伯发表联合宣言（史称“二老宣言”），反对日本帝国主义侵占我国东北领土。

民国成立后，章太炎为实现政治抱负，曾拥护袁世凯。后他发现袁的称帝野心，大闹总统府，被袁世凯软禁至袁去世。

章太炎16岁参加“童子试”，时试题为：论灿烂之大清国。章太炎面对此题，想到鸦片战争后，清政府软弱无能，任列强瓜分中国，在中国作威作福，这样的清国何“灿烂”之有？于是他挥毫疾书，将满腔积愤凝于笔端，最后呼吁“吾国民众当务之急乃光复中华也”。不到一个小时，章便第一个交了卷。主考官见他才思敏捷，不由暗暗称奇，再看其文，大骇九*九*藏*书*网。此时章正要步出考场，主考官拍案而起，喝止道：“慢，你好大胆！可知罪……”章不亢不卑，坦然自若道：“我之所思，件件合乎当今国人之思；我之所论，桩桩合乎国情之实，何罪之有？”顿时，考场一片哗然。主考官怕事情闹大，便令两名差役将章挟出考场。章的家人见状，吓得面无人色，但章却神情自若。

章太炎的父亲立下的《家训》中有一条曰：“妄自卑贱，足恭谄笑。”意思是要求子女们不得对清廷卑躬相事。章太炎严守家训。

1988年12月，章太炎因支持维新变法，遭到清廷通缉，逃往日本占领下的台湾，次年因发表言论，触怒台湾当局，随后赴日本，八月回国。在日本期间，章太炎认识了孙中山。

1912年1月3日，中华民国联合会在上海宣告成立。章太炎、程德全被选为正、副会长。章太炎发表演说称：“本会性质，对于政府立于监督补助地位。”章还说：“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者存留之，不能事事更张也。”