在清华国学研究院中，与陈寅恪最能谈得来且引为知己者首推王国维，与陈寅恪七载同学的俞大维在晚年回忆时曾这样说过：“到了中、晚年，对他（陈寅恪）早年的观念稍有修正。主要原因，是受了两位大学者的影响。一是瑞典汉学大家高本汉先生。高氏对古文入声字的说法与假借字的用法，给他极大的影响。二是海宁王国维先生。王氏对寅恪先生的影响，是相得益彰的。对于殷墟文字，他受王氏的影响；对梵文及西域文字，则王氏也受他的影响。当时王国维居住在清华西院，陈寅恪经常到王氏住处论古话旧，说到伤心动情处相对而泣，几不能语。当王国维自沉后，陈氏的挽诗‘回思寒夜话明昌，相对南冠泣数行’，即指此段情谊。王国维遗体入殓之时，清华师生去给王遗体三鞠躬以敬礼。陈寅恪与众不同，他身着袍子马褂，跪在地下磕头，并三叩头。”
1953年，中国科学院院长郭沫若函请陈寅恪任科9９ｌiｂ.nｅt学院哲学社会科学历史研究所第二所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。”第二条：“请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。”并说：“其意是，毛公是政治上的最高当局，刘公是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。”遂不能就任。仍任教于中山大学。
中国近现代文坛，能当“纯儒”两字的只有陈寅恪。陈先生一生只知治学，不愿为官，不关心政治，不参与党派之争；陈先生提携后进，但结党而不营私，从不搞门第之争；陈先生学贯中西，但始终以国学为自己的研究重心，他学西学只为更好地研究国学；陈先生一生以传道授业为已任，眼盲、膑足，仍坚持上课，进行研究。
晚年失明膑足的陈寅恪在99lib•net写《柳如是别传》时，曾提及少年时在南昌住居期间，一日偶随父亲三立夜逛书肆，购得尚有钱牧斋（谦益）序文之《吴梅村集》，寅恪读之竟至入迷，经年不忘。后来陈氏对文学兴趣大增，并致力于钱谦益与柳如是关系的研究，与少年偶遇的一幕有很大关系。
陈寅恪留学十六载，依旧乡音未改，装扮如故，与大多数归国留学生如罗家伦等辈一派西装革履大相径庭。陈寅恪夏秋总是一身长衫布履，冬春则棉袍加马褂。数九寒冬，就在脖间缠一条五尺围巾，头戴厚绒帽，裤脚扎一根布带，仅从外观上很难令人想到此人乃学贯中西的大师。
陈寅恪晚年治《柳如是别传》，视柳为千秋知己，尤其爱柳的《金明馆咏寒柳词》，遂为书斋命名“金明馆”和“寒柳堂”。
陈寅恪恪守孔孟之道，他在国学院时，其学生到上海陈家去谒见其父散原先生，散原老人与一帮学生谈话，均坐，独陈寅恪站在一旁，并坚持九_九_藏_书_网到谈话完毕。
解放前夕，陈寅恪到广州，拒绝了国民党中央研究院历史语言研究所所长傅斯年要他去台湾、香港的邀聘，任教于广州岭南大学。院系调整，岭南大学合并于中山大学。遂移教于中山大学。
当王国维纪念碑在清华园落成后，陈寅恪再以悲天悯人的大情怀、大心愿，以明晰的哲理与深邃的思想，为其书写了光照千秋、永垂不朽的碑文：士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望。先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘。表哲人之奇节，诉真宰之茫茫。来世不可知者也，先生之著述，或有时而不章。先生之学说，或有时而可商。惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。
20世纪50年代，陈寅恪对自己的学九*九*藏*书*网生汪笺说：“你要把我的意见不多也不少的带到科学院。碑文你要带去给郭沫若看。郭沫若在日本曾看到我的王国维诗。碑是否还在，我不清楚。如果做得不好，可以打掉，请郭沫若来做，也许更好。郭沫若是甲骨文专家，是‘四堂’之一，也许更懂王国维的学说。那么我就做韩愈，郭沫若就是段文昌。如果有人再作诗，他就做李商隐也很好。我的碑文已经传出去，也不会湮没。”
对于古代诗词，陈寅恪最佩服陶杜，虽好李白及李义山诗，但不认为是上品。除宋代词人外，他对于清代词人经常提及龚自珍、朱祖谋及王国维三大家。
石泉的《甲午战争前后的中国政局》，是在导师陈寅恪的指导下开题的，这是陈寅恪唯一一次指导学生作中国近代史学位论文，在很多细节上对石泉有发蒙解惑之力。但陈同时对石泉说：“我可以指导你，其实我对晚清历史还是熟悉的，不过我不能做这方面的研究。认真做，就必然会动感情，这样９９liｂ.nｅt
一来，看问题就不客观了。”
陈寅恪夫人唐篔，是大清最后一任台湾巡抚唐景崧的孙女。清廷割让台湾给日本，台湾人悲愤之下，筹划成立台湾共和国，拟奉唐景崧为总统，参与此事的人中也有陈寅恪的族人。此事卒未成功。
陈寅恪晚年因撰写《柳如是别传》，颇受不少学人讥讽。陈对吴宓说：“研究红妆之身世与著作，盖籍已察出当时夷夏之防与道德气节之真实情况，盖有深素存焉，绝非清闲风流之行事也。”
季羡林回忆：有时候，在校内林荫道上，在熙往攘来的学生人流中，有时会见到陈师去上课，身着长袍，朴素无华，肘下夹着一个布包，里面装满了讲课时用的书籍和资料。不认识他的人，恐怕大都把他看成是琉璃厂某一个书店的到清华来送书的老板，绝不会知道，他就是名扬海内外的大学者。他同当时清华留洋归来的大多数西装革履、发光鉴人的教授，迥乎不同，在这一方面，他也给我留下了毕生难忘的印象，令我受益无穷。