1913年12月，新婚不久的章太炎北上找袁世凯算账，要“为中夏留一线光明”，“挽此危局”。对于章此行，鲁迅曾在回忆文章中写道：以大勋章为扇坠，大闹总统府。根据1914年1月14日的《申报》记载：章太炎手持团扇一柄，下系勋章，足踏破官靴，大嚷着要见总统，承宣官（传达）挡驾，则“疯言疯语，大闹不休”。另据官方记载，章太炎则不仅大骂袁世凯，还砸烂家具什物。袁世凯便以章有疯病为由，将章太炎软禁。

章太炎得诗后甚是得意，晚年常读与人听。

鲁迅在回忆乃师章太炎的文章中说：“……其人既是疯子，议论当然是疯话，没有价值的人。但每有言论，也仍在他们的报章上登出来，不过题目特别，道：‘章疯子大发其疯’。有一回，他可是骂到他们的反对党头上去了。那怎么办呢？第二天报上登出来的时候，那题目是：‘章疯子居九九藏书网然不疯’！”

章太炎并不介意被人称为“疯子”，他的学生许寿裳回忆，章太炎在日本时曾在留学生界及同盟会的欢迎席上发表了这样一段演讲：“……大凡非常可怪的议论，不是神经病人，断不能想，就能想也不敢说，说了以后，遇着艰难困苦的时候，不是神经病人，断不能百折不回，孤行己意。所以古来有大学问、成大事业的，必得有神经病才能做到。……为这缘故，兄弟承认自己有神经病，也愿诸位同志，人人个个，都有一两分的神经病。……近来有人传说：某某也是有神经病，兄弟看来，不怕有神经病，只怕富贵利禄当面现前的时候，那神经病立刻好了，这才是要不得呢！”最后，章太炎大声疾呼道：“我要把我的神经病质，传染诸君，传染与四万万人！”

庚子义和团事变后，张之洞在湖北办《正学报》，聘章太炎任该报主笔。《楚学报》第一期出版时，章太炎竟然写下洋洋六万言的《排满论》文成，呈该报总办梁鼎芬审阅。梁阅后惊呼：“反叛，反叛！杀头，杀头！”遂乘轿子疾驰总督衙http://www.99lib.net门，报张之洞，并要捉拿章太炎，按律治罪。幸亏《正学报》助办王仁俊惜才，对张之洞说：“章太炎是个疯子，即日逐之出境可也。”但梁鼎芬并不就此放过他，命四个轿夫将章扑倒在地，用轿棍猛揍一气。后章太炎每与人争论，嬉笑怒骂时，对方说“叫梁鼎芬来”，章太炎微笑不语。

章太炎被袁世凯囚禁两年多，悲愤已极，常书“袁世凯”三字，以掌击之，也曾写“死耳”二字赠人。1915年，他写“明年祖龙死”五字，翌年，袁世凯果然暴毙，章始得自由。

章太炎对看不顺眼的政客和军棍，总是疾言厉色。曾有某省总督慕名前来拜访章，奉上重礼，但三句话不对谱，章太炎便以杖击地，怒骂此人是“北洋军阀的鹰犬”，并将茶杯狠狠地掷向此人。这位总督吓得赶紧抱头鼠窜。

辛亥革命成功后，章太炎的一些建议得不到当局的采纳，于是，他便逢人开骂：原先革命阵营中的同志如孙中山、黄兴、宋教仁等，民国新贵唐绍仪、赵秉钧、梁士诒、段祺瑞等，保皇派的康有为、张謇、汤化龙、谭延九_九_藏_书_网闿等……民国初年的报纸屡见章太炎骂人的文章，严词刻薄，毫不留情。被章骂的多了，众人也都习惯了，并不理会，只是以“章疯子”一笑了之。

《苏报》案发后，江苏巡抚连夜捉拿章太炎等人，众人皆逃走，唯有章太炎不听劝告，坚持坐镇爱国学社，遂被捕。章太炎在狱中写信给已经逃走的邹容前来一同抗辩，邹不意让大哥一人担此责任，毅然主动入狱，与章共患难。章、邹对革命言行供认不讳。邹因体弱，瘐死狱中。三年后，章太炎出狱，他特地在宅壁高处挂了一幅邹容的遗像，前面摆了一张横板，上设香炉，每月初一、十五必沐手敬香一次。

袁世凯死后，章太炎获释南下，云南名士赵藩（人称“病翁”）曾送给他七绝诗一首曰：

1907年3月，章太炎作《邹容传》一书，其中多处谈到吴稚晖。他在书中称吴稚晖“献策”，卖友投敌以自保。吴逃到巴黎后，读《邹容传》勃然九九藏书网大怒，认为章是借纪念邹容为名，颠倒黑白，发泄对他的私怨。于是，吴写信给章太炎，要求章说明是谁说他出卖朋友的。章太炎立即复公开信一封，开头便称：“稚晖足下：吴眺、吴腓、吴敬恒，皆足下也！”章意为，不管你吴稚晖有多少名字，你在品性上一以贯之，仍然是那个为“仆”所鄙视的“足下”。吴看到这封公开信后，作书反诘，章于同年七月再答，方法与前略同，而“笔战愈来愈凶，终至夹着毒詈”，竟至于用到“善箝而口，勿令砥痈，善补而绔，勿令后穿”之类骂街语言。

章太炎因与孙中山收取日本人的黑金与其发生争执后，黄兴曾在给孙中山的信中劝孙道：“弟与精卫等商量，亦不必与之计较，将来只在《民报》上登一彼为神经病之人，疯人呓语，自可不信。”

章太炎弟子王仲荦曾回忆说：“老师本是学者，而谈起学术来昏昏欲睡。老师本不擅政治，但一谈政治则眉飞色舞。”

章太炎患有癫痫病。1883年，十六岁的章太炎参加县试，癫痫病突然发作，没有考成。从此他放弃科举，广泛涉猎经史子集。冯自由亦记载：“太炎藏书网夙患羊痫疾，有一次自外返寓，甫入门即昏厥仆地，余为之延医诊治，一日而愈。”这可能也是他被称为“疯子”的原因之一。

辛亥革命后，章太炎曾受孙中山之托前往湖北去见黎元洪。章一到湖北便受到了黎的热烈欢迎，这令章对黎好感倍增，逢人便说：“民国总统一席，非公莫属！”一时，章言人尽皆知。王揖唐听闻后，马上告知袁世凯，并说道：“章疯子的言论和他手中的那枝笔还是有号召力的，不能不加以笼络。”袁世凯也怕章手中的笔，马上召章太炎来京，并给他颁发勋章一枚。

章太炎一生“独立特行”，赚得名号无数：“近代民族主义伟人”、“国学界之泰斗”、“民国伟人”、“鼓吹革命之大文豪”、“革命家之巨子”、“新中国之卢骚（梭）”、“学术宗师”、“狂生”、“名士”、“异端”、“在野党领袖”、“学阀”、“反动分子”、“神经病”、“章疯子”。但伴随他一生最久的还是“神经病”和“章疯子”这两个大号！

据传，袁世凯一度很想杀章太炎，但又怕民众不满，于是便自我解嘲说：“章太炎是疯子，我何必跟他计较？”