国防部情报局的秘密搜集行动，由于20世纪90年代中期国防部人力情报中心的成立，似乎上升到了一个新高度。罗纳德·里根政府初期，副国防部长理查德·史迪威（Richard Stillwell）启动一系列项目计划，以建立全新的情报和谋略骗局部门。其中一项计划代号为“帝王之鹰”（MONARCH EAGLE），被赋予了期望，因为军方情报机构对中央情报局人力情报搜集优先权的极度不满，所以要成立国防部自己的人力情报机构。然而，国会否决了该计划，理由是，它与中央情报局的人力情报职能和搜集行动重叠，而且使敏感行动的控制更为复杂困难。

国防部情报局开展人力情报搜集活动的深度和广度长期以来不尽相同，既通过使馆的外交活动，又实施秘密搜集活动。1965年，国防部情报局开始承担军方武官处的任务，接受军方情报部门的监督管理。军方武官系统主要是在世界各国使馆内派驻公开身份的武官，这些武官们的活动延伸扩展与外国军方官员公开联系（也就是说，除其他信息外，允许他们提供这些外国军方官员个人背景和经历相关的信息）、应邀参加阅兵和军事演习时进行观察并照相、开展有利于美国政府情报分析师的公开资源或灰色文献的搜集。

2012年4月，国防部长查克·哈格尔（Chuck Hagel）签署一份秘密备忘录，标题是“成立国防秘密行动局”，反映出国防部决心建立自己的秘密行动部门，类似国家秘密行动处。国防秘密行动局成立之前不久，由国家情报总监办公室刚刚完成的一项调研认为，国防部的人力情报职能，必需具有长远战略重心，除诸如伊拉克和阿富汗等战术目标外，还要包括伊朗、中国、恐怖主义和大规模杀伤性武器。调研还发现，五角大楼九九藏书网有时疏忽对负责人力情报的专案官员的提升。指令详细提出，“国防秘密行动局应成为国防部授权的主要部门，专门从事秘密的人力情报行动，（正如负责情报的副国防部长所定义的）以满足国家层次最优先的情报需求。”指令还陈述，“国防秘密行动局应在全球范围开展行动，包括高危（反情报）地区和政治敏感的环境。”

1995年10月，国防部人力情报局宣布已具备最初计划的行动能力，实际上已在“包括华盛顿特区在内的100多个地区拥有了2000名工作人员”。该局1996年宣布已完全进入正常运作。20世纪90年代后期，除华盛顿特区以外，国防部人力情报局情报搜集行动的主要部门是“人力情报支援部”（HUMINT Support Elements），分布在亚特兰大司令部、南方司令部、欧洲司令部、中央司令部总部以及统一司令部总部，以保证“向战士们提供支援”。人力情报支援部帮助“司令部制定、审核人力情报搜集要求，促进计划与协调国防部人力情报的支援”。人力情报支援部还“制定演习场景和指挥应急计划，以确保人力情报支援得以计划、实践，并随时用于部署”。

国防部人力情报局海外其他业务包括一大批行动基地。世纪之交时期，美国境外最大的基地是斯图加特行动基地，有15个独立的行动站。该基地是“国防部人力情报局部署支援联合行动人员最主要的来源”。2003年，国防部人力情报局重组，在人力情报活动之外成立了一个单独的人力情报处（Human Intelligence Directorate），其活动受制于情报行动处（Directorate of Intelligence Operations）。

1992年12月，国防部第5200.37号令——“集中管理国防部人力情报行动”，将人力情报活动的决策权集中置于一名负责人力情报的官员之下，在作战司99lib•net令部建立人力情报支持部门，要求统一加强人力情报的支持。1993年6月，为回应每年一度“情报计划联合审议”（Joint Review of Intelligence Programs）期间与中央情报局长詹姆斯·伍尔西（James Woolsey）的探讨，国防部副部长威廉·佩里要求助理副国防部长制订一份计划，将国防部所属独立的所有人力情报部门集中合并成单一机构。

于是，国防部情报局长负责将国防部情报局内小规模的秘密人力情报活动，与陆军、海军和空军的秘密人力情报活动集中合并。构成国防部人力情报局最大的部分来自陆军，特别是陆军情报与安全司令部（Army Intelligence and Security Command）所属的外国情报处（Foreign Intelligence Activity）。陆军在整个冷战时期维持相当规模的秘密人力情报行动能力。无需大惊小怪，强烈反对国防部人力情报局成立的声音都是陆军情报官员发出的。

指令公布后，国防秘密行动局面对来自国会以及国会各监督委员会抵制，部分原因是基于国防部过去作为秘密搜集行动监督者的经验。2012年6月，《国防授权法案》（National Defense Authorization Act）关于2013年财政年度预算，包括了一项条款，禁止国防部向秘密搜集行动部门投入更多的人员，并提出就秘密搜集行动所涉及的费用开展调查，要求负责情报的副部长于2013年2月1日前，向国会国防与情报委员会提交一份报告，解释专案官员将被部署调配到什么地方和部署调配时间安排，并证明这些部署调配地方的可行性、每项任务目标概述以及美国特种作战司令部和国防情报局改进和提高情报专案官员的职业管理。

1966年，海军成立了一个机构，最初被称为“海军外勤行动支援大队”（Na九-九-藏-书-网val Field Operations Support Group），之后被称为“特混舰队157”（Task Force 157），专门从事秘密和公开的情报搜集行动。这个机构于1977年被解散。与此同时，“特混舰队168”建立，专门从事公开的情报搜集行动。海军给国防部人力情报局的贡献，许多都是从特混舰队168的情报资源中转过来的，1993年由海军情报办公室收为已有，还包括一批秘密情报专案官（最多时曾有100人），是海军在1993年前后开始招募的。

随着国防部情报局人力情报架构的变化以及随之而来的国防部人力情报局的解散，军方情报部门的人力情报活动重新恢复。陆军情报与安全司令部成立了陆军行动部（Army Operation Activity），而海军情报办公室（Office of Naval Intelligence）建立了一个人力情报部门，这个部门随后被并入海军犯罪调查局。海军远征军作战司令部（Navy Expeditionary Combat Command）也建立了自己的人力情报部门。空军成立的人力情报部门规模较小，被称为第六分遣队，归属位于俄亥俄州莱特帕特森空军基地（Wright-Patterson Air Force Base, Ohio），专门针对俄罗斯和中国的飞机项目；2010年6月，该部门改编为“全球活动中队”（Global Activities Squadron）。另外，美国特种作战司令部（US Special Operations Command）的人力情报活动也急剧扩张，尤其是与联合特种作战司令部（Joint Special Operations Command）的特别行动部门合作。

国防部必须越过的这些障碍栅栏，到2014年财政年度授权法案时已大大降低。国防部长必须向国会几个99ｌiｂ•nｅｔ委员会作证说明，国防秘密行动局旨在“首要执行国防部重要任务，这些任务对国防部极其独特，其他方式无法完成；向美国情报界提供独一无二的情报能力”，否则该法案禁止将任何一笔资金的50%授权给国防秘密行动局。国防部长“限定了一个额度标准”，以保证国防秘密行动局只限于实施国防部特有的行动和其他方式无法完成的情报需求。国家情报总监詹姆斯·克拉珀也在国会作证，支持国防秘密行动局。

由于国家秘密行动处的成立，国防部情报局人力情报处所负责的国防部人力情报部门即被撤销，其大部分人员和行动都移交到国家秘密行动处。之后，2008年7月，人力情报处负责集中指挥和管理国防部情报局的人力情报人员，被合并到国防部情报局一个更大的部门——国防反情报和人力情报中心（Defense Counterintelligence and Human Intelligence Center），当时这个中心的成立是依据副国防部长的一份备忘录。这份备忘录同时撤销了五角大楼备受争议的反情报实地外勤活动部门（Counterintelligence Field Activity），将这个部门的非执法职能移交给国防情报局，使反情报处得以成立。国防部一份指令取代备忘备，授权该中心成立。

这个新成立局的人员应包括国防部情报局目前的专案官，他们不在美国驻外使馆内工作，接受国家秘密行动处的监督指挥；有些可能是从军方情报部门和特种部队的情报部门移交过来，包括三角洲部队（Delta Force）的人力情报人员。由于国防秘密行动局的建立，国防部情报专案官员的总人数预计“从数百人增加更多——据某一个估计从300人到600人，而另一个估计是从500人增加到1000人”。

佩里在1993年11月2日的一份备忘录中批准了“国防人力情报集中合并计划”。备忘录特别指定，助理副部长必须在1九九藏书997年财政年度完成人力情报行动的集中合并，建立国防部人力情报中心。该计划还要求国防部情报局局长将国防部人力情报局视为临时性机构，“1994年财政年度内，利用国防部和总体国防情报计划现有的人力情报资源和组织架构”，以及“按照时间段进度计划表，建立总部架构……辅之后勤支持、秘密行动和公开行动部门”。

空军给国防部人力情报局的贡献，都是前空军情报司令部所属的第696情报大队（Air Force Intelligence Command's 696th Intelligence Group）人员转调过去。这个情报大队，专门从事秘密情报搜集活动以及对投诚者进行问询，过去以“空军特别活动中心”（Air Force Special Activities Center）、“第7612空军情报大队”（7612th Air Intelligence Group）和“第1127外勤活动大队”（1127th Field Activities Group）的名义开展工作。第1127外勤活动大队被描述为“一个古怪部门”，是由各个特别情报大队混杂而成的，“在全世界从人力资源身上搜集情报”，第1127外勤活动大队的人员都能言善辩、巧舌如簧。他们的工作就是让人们开口——从俄罗斯投诚者到北越战俘。

此次重组的结果之一，战略支援部（Strategic Support Branch）在国防部人力情报局内部成立。类似于人力情报支援部的职能，该部门的“战略支援小组”（Strategic Support Team），最初名为“人力情报加强小组”（HUMINT Augmentation Team），被部署在作战地区，向该战区的人力情报支援部提供情报支持。人力情报加强小组与美国特种部队成员协作配合，参与各种不同的情报搜集行动，包括审讯犯人、招募外国间谍和直接搜集情报。