传统上，美国政府不便直接出面时，就以秘密行动的方式影响外国政府、重大项目、组织或个人，以服务美国对外政策。在里根政府和老布什政府期间，“公开或秘密行动”被频繁使用。最明显的例子就是针对尼加拉瓜左派桑地诺（Sandinista）政府的颠覆活动和对阿富汗抵抗运动的支持。在小布什政府和奥巴马政府期间，定点清除（targeted killing）这种曾经被认为是秘密行动的做法已经公开实施。
冷战期间，美国的秘密行动包括以下方面：（1）政策咨询和建议；（2）向个人提供经济资助；（3）向政治派别或团体提供经济和技术援助；（4）向劳工组织和企业等私营部门提供支持；（5）秘密宣传；（6）对个人进行培训；（7）经济行动；（8）为颠覆或扶植政权而采取的政治行动或准军事行动；（9）未遂的暗杀活动。准军事行动或政治行动等都是很明显可见的，一般被用来实现某些特定目标——颠覆政权或者打击叛乱武装。很多幕后的政治活动和秘密宣传活动也是为了实现某些特定目标，例如在选举中打击某一候选人或党派。
其他不易观察到的行动，如秘密宣传或者针对个别人员、组织的援助，一般是为了实现美国的长期目标以及反制苏联方面的同类行动，而不是为了实现某一具体的短期目标。进而言之，一些显而易见的行动可能在实施时就没有预期“成功”。1979年苏联入侵阿富汗后，美国开始向阿富汗抵抗组织提供援助，当时就没有将促使苏联撤军预期目标，而仅仅是为了消耗苏联方面的资源，并且吸引国际社会关注苏联在阿富汗的军事行动。
自1946年以来，美国政府通过中央情报局开展了一系列秘密行动，包括：支持法国和意大利的政治派别和劳工组织；支持苏联国内的反对团体；策划颠覆危地马拉和伊朗政府；针对古巴菲德尔·卡斯特罗政权的秘密军事行动（包括暗杀）；意图阻止萨尔瓦多·阿连德（Salvador Allende）竞选智利总统的政治行动以及在其当选后的颠覆行动；针对苏联在欧洲部署SS-20型弹道导弹以及尼加拉瓜共和国左派桑地诺政权的秘密反宣活动；在阿富汗和尼加拉瓜的准军事行动；在萨尔瓦多和巴拿马的政治支持行动。
冷战结束之后至2001年“9·11事件”发生之前，可以划为后冷战时期秘密行动的第一阶段。苏联的解体意味着世界范围内意识形态冲突的终结。意识形态的冲突是在西欧和其他地区支持秘密行动印制出版物宣扬西方民主价值的主要原因，其目的是为了削弱苏联和其他马克思主义政权对外宣传活动效果。相较而言，美国及其盟友与伊拉克、朝鲜和利比亚之间并没有与美苏之间相类似的意识形态冲突。
除此之外，早期的秘密行动，例如支持政治派别或广播电台，现在都基本公开化了。因此，在1990年的大选中，美国国家民主基金会（NED）为尼加拉瓜国内反桑地诺政府的政治派别提供支持。1989年9月22日的总统国家安全令宣布，“国务院有责任为自由、平等的选举程序提供强有力的公开援助。在遵守美国法律的前提下，可以采取任何方式支持与桑地诺政权竞争的民主反对派。”该总统令还进一步指示，“在即将到来的大选中，不应采取秘密行动的方式支持任何政治派别或其他利益集团。”
1995年，美国国际开发署（USAID）开始为印度尼西亚人权事业和自由言论团体（其中包括由一名印度尼西亚民主运动领导人主导的印度尼西亚法律援助协会）提供经济援助，截至1998年总额已达到2600万美元。除此之外，美国国际开发署还向30个非政府组织提供资金支持。在2000年塞尔维亚大选前，美国国际开发署和美国民主基金会为学生团体、劳工组织、独立媒体以及参加街头集会的塞尔维亚重金属乐队（以吸引选民参与投票）提供支持。与之类似，一些接受资助的广播电台项目，例如（经1997年国会批准）亚洲自由广播（Radio Free Asia）和波斯语法尔达电台（Radio Farda），都已为公众所熟知，而不再被认为是秘密行动。
新出现的多个流氓国家也影响着美国的对外政策。在苏联未解体时，这些国家受到苏联的约束。虽然在政治上削弱这些国家是美国秘密行动的政策目标，但是同等重要的目标是阻止这些国家获得能够制造出大规模杀伤性武器的技术，同时阻止其建设能够生产这些武器的设施。
在这个时期，主要针对三大跨国问题：大规模杀伤性武器扩散、恐怖主义、毒品非法交易。武器扩散的形式可以是从欧洲（通过物理或电子方法运输至目的国）获得制造大规模杀伤性武器的技术和情报，然后在目的国制造相关武器产品。同样，恐怖主义可以是在黎巴嫩和阿富汗策划，经过瑞士的资金提供资助，最后在伦敦、巴黎或者非洲实施恐怖活动。最后，毒品非法交易的整个实施过程中，指挥、生产、运输、储存、交接以及派送等环节都可能散布在不同国家。在每个案件中，可能会直接针对一系列部位采取措施，也会运用多种技术手段，以达到瓦解或消灭此类活动的目的。
除以上情况外，冷战后第一阶段的秘密行动还有其他重要内容。出于避免空中侦察和保护设施免受攻击的目的，地下建筑被广泛应用。因此，为了破坏这些地下目标，就必须更多地运用准军事行动的方式。这些目标可能是指挥和控制设施、导弹制造厂、飞机掩体、潜艇基地或者核设施。
另外，秘密行动部门也能够运用很多新的手段。网络武器可以算是众多重要新型技术中佼佼者。网络武器可以用来夺取敌方用于支持恐怖主义活动或购买大规模杀伤武器技术的金融资源，或者也可以用于直接破坏敌方设施。一份报告称，克林顿政府时期，美国中央情报局受命对塞尔维亚政治强权人物米洛舍维奇（Slobodan Milosevic）的银行账户实施网络欺诈行动。1997年，国防部长授权国家安全局从事计算机网络攻击行动。2003年，“五角大楼的策划人员设计了旨在破坏伊拉克金融设施的网络攻击方案”，不过这些方案并未得以真正实施。
行动目标和使用技术的变化，意味着秘密行动的策划和执行主体不再仅局限于中央情报局，其他机构也可以从事秘密行动。美国国家安全局和军事电子信号情报机构也负有从事网络军事行动的责任。除此之外，美国特种作战司令部及其辅助机构（详见第六章）在打击大规模杀伤性武器和毒品生产方面发挥重要作用。
1998年发生袭击美国在非洲的大使馆事件后，美国中央情报局获得授权采取秘密行动，对基地组织策划的恐怖活动实施先发制人的打击破坏。克林顿总统签发了3项通知备忘录（Memoranda of Notification, MON），第一条授权击毙本·拉登，第二条将此授权扩大适用于基地组织的多名高级领导人，第三条是授权击落被恐怖分子劫持的民用航空器。
“9·11事件”开启了秘密行动的新纪元。上文中所提到的冷战后第一阶段的秘密行动方式仍然得以沿用。但是美国却发现自己在全世界范围内面对一个全新意识形态冲突——与美国意识形态相冲突的是激进伊斯兰主义或伊斯兰极权主义。如果说在“9·11事件”后这种冲突尚未立即显露的话，经过之后的若干年发展，这种矛盾已经非常凸显，尤其是在伊拉克和叙利亚的“伊斯兰国”组织兴起之后变得尤为突出。
“9·11事件”不仅推动了非常规引渡的广泛运用，也增强了消灭塔利班和基地组织领导人的坚定意愿。小布什总统签署了总统调查令，授权采取任何有必要的方式达到消灭本·拉登及其组织的目的。本·拉登的通讯网
络、安全组织、组织架构都受到了破坏。基于两份秘密备忘录（其中一份是在1998年签署的，另一份是在“9·11事件”发生后签署的），小布什政府提出，禁止采用暗杀手段的行政命令不适用于正在针对美国实施恐怖战争行为的人员。根据相关要求，美国建立了庞大的无人机基地，并利用“捕食者”无人机和“收割者”无人机实施情报收集或空袭行动。无人机基地一般设在阿富汗、吉布提、卡塔尔（阿尔乌代德空军基地）、埃塞俄比亚、塞舌尔和巴基斯坦。
2009年12月，美国中央情报局局长向奥巴马总统呈交了一份包含14项正在实施的秘密行动项目名单，包括以下几类：
●在60多个国家秘密实施的进攻性反恐行动；
●阻止或迟滞伊朗核武器研发；
●阻止朝鲜建设核武器制造厂；
●针对特定国家实施防扩散行动，防止其开发大规模杀伤性武器；
●配合驻阿富汗美军或独立实施攻击性或非攻击性的行动；
●在伊拉克实施多种攻击性行动；
●为阻止苏丹达尔富尔地区的种族屠杀提供秘密援助；
●向土耳其提供情报和其他援助，以阻止土耳其北部的库尔德工人党（PKK）建立根据地；
●阻止毒品生产及走私；
●实施准军事行动；
●非常规引渡、扣押和审讯。
除了这些由中央情报局实施的行动之外，美国中央司令部司令彼得雷乌斯在2010年9月30日还签署了非常规战争联合作战命令。据报道，该命令旨在建立一系列网络以实现“渗透、干扰、击溃或消灭”基地组织和其他武装组织的目标，同时能够为美军及当地部队实施后续攻击“创造条件”。
阿富汗
2001年10月上旬，由美国中央情报局指挥的ECHO小队在阿富汗南部与哈米德·卡尔扎伊会面。卡尔扎伊曾是一名很有名望的部族领袖，后被迫逃离阿富汗，并在巴基斯坦组织力量抵抗塔利班组织。卡尔扎伊是第一位与美国合作的普什图族领导人，在阿富汗南部共同建立抵抗组织。在此次会面中，ECHO小队和卡尔扎伊筹划支持其重返阿富汗，并安排向卡尔扎伊的支持者空投武器弹药。
在阿富汗实施的定点清除行动成败兼有。2002年5月，阿富汗前总理、强硬派伊斯兰组织领导人古勒卜丁·希克马蒂亚尔（Gulbuddin Hekmatyar）遭到“捕食者”无人机发射的“地狱火”导弹袭击。希克马蒂亚尔计划袭击卡尔扎伊政府以及卡尔扎伊本人。这枚“地狱火”导弹未能击毙希克马蒂亚尔本人，但是击毙了多名随从人员。一名政府官员称，该导弹瞄准的是该组织多名成员，而非仅针对希克马蒂亚尔一人，因此“不幸地”使希克马99lib.net蒂亚尔逃过一劫。
自1998年起，美国中央情报局开始在阿富汗北部部署人员，向北方联盟的领导人艾哈迈德·沙阿·马苏德（Ahmad shah Massoud）提供了一大笔经费，说服其调动军队参与抓捕或击毙本·拉登行动。招募马苏德后，实施了一次针对本·拉登巡航导弹袭击，但是此次袭击以失败告终。不过，按照本·拉登的安排，当时他应该在遭空袭地点会见二三百名基地组织成员。1999年，特种行动部成员秘密进入阿富汗境内，准备在捕获本·拉登后利用沙漠飞机跑道返回，或者在美军的部落盟友陷入绝境时利用该机场脱困。
除了使用“捕食者”无人机发动空袭之外，美军和阿富汗政府军也会采用收买塔利班武装分子或者对其发动地面进攻。有报道称，2010年年初，美国陆军突击队、海豹突击队以及中央情报局的行动部门派出多个小队秘密实施“猎杀-捕俘任务”（Kill-Captur藏书网e Mission）——一次行动捕获一名或两名武装分子。根据一份报告的记载，过去一年多时间，这些突击小队的数量就从2009年的4支增加到了2011年的20支，小队的人数规模从10人至200人不等。2010年4月24日至2011年4月15日期间，美国特种部队在阿富汗实施了11500次行动，击毙或俘获1500名叛军领导人，捕获8000名叛军成员，并击毙了3200人。
该小组向北方联盟的最高领导人穆罕默德·法希姆·罕（Mohammad Fahim Khan）将军提供了100万美元，支持其军队准备参加后续的战斗。该小组还向北方联盟的情报机构负责人提供了50万美元，后又在10月中旬再次向法希姆将军和北方联盟外交部长阿卜杜拉·阿卜杜拉博士（Dr.Abdullah Abdullah）提供了170万美元。上述提供的资金中，有75万美元用于帮助法希姆的部队提供军事补给九-九-藏-书-网 ，25万美元用于向战场附近平民发放人道主义援助物资。另外，还有25万美元准备支付给北方联盟高级指挥官奥萨德·阿塔将军（Osad Atta）。还有45万美元用于北方联盟情报机构的日常运营以及收买塔利班指挥官投靠北方联盟。
9月26日晚，第一支“JAWBREAKER”小组，也被称作北方联盟联络小队，抵达阿富汗北方的潘杰希尔峡谷。该小组的任务包括为美军提供情报，支援北方联盟，以及进行电讯情报搜集。同时，该小组还承担了秘密行动任务：说服北方联盟允许美军进入该地区，并为北方联盟提供经济支持。
“9·11事件”后，小布什总统决定消灭基地组织以及为其提供庇护的塔利班政权。美国中央情报局的反恐中心（CTC）制定了一项计划，即派遣反恐中心的特种行动小组和特种部队成员前往阿富汗多个地区，与北方联盟以及其他阿富汗反对派共同作战。这些小组由会说波斯语或达里语的军官负责指挥，一九九藏书名特别行动小组成员任副手。
2009年和2010年间，美国方面在阿富汗成功地实施了200余次无人机空袭，2011年这一数字为300次。2012年空袭次数上升至506次。2012年7月，一次空袭击毙了3名塔利班领导人，并摧毁了三人乘坐的SUV汽车，阻挡该车行进的平民也未能幸免。2012年9月库纳尔省玛拉瓦拉县的一次空袭中，两名塔利班指挥官被击毙，此二人曾使用路边炸弹破坏当地秩序，并威胁杀死向美军提供协助的阿富汗人。
除此之外，中央情报局在获得了小布什总统的授权后，培训并部署了总规模为3000人，主要由阿富汗人组成的准军事力量，这些人员组成的队伍被称作“反恐追剿队”（Counterterrorism Pursuit Teams）。其中的一支武装被称作“帕蒂塔防卫军”（Paktita Dense Force），是“美国中央情报局训练的六支阿富汗军队之一，在阿富汗全境对武装分子实九_九_藏_书_网施特种行动”。该武装部队最初被用于猎杀或缉捕塔利班叛军分子，不过也被用于执行和平行动或越境进入巴基斯坦实施行动。
美国中央情报局还向南部地区的反塔利班组织援助AK-47突击步枪和其他轻武器以及服装和食品。这些接受援助的组织包括卡尔扎伊的部队和前坎大哈省长领导的武装组织。除此之外，中央情报局还与其他部族领导人建立联系，提供武器、资金，并输送其他利益，以劝说其加入反塔利班阵营。中央情报局人员还利用金钱引诱和威胁手段，争取塔利班组织中持不同政见的指挥官叛变。
还有一支武装力量被称为“霍斯特守备军”（Khost Protection Force），据称也是“美国中央情报局训练的准军事武装，十多年来一直在巴基斯坦边境地区实施行动”。2014年10月的一次行动中，该武装突袭了一处据称藏匿自杀式袭击者的房屋，击毙三人。当时，这些武装力量的指挥权已经计划于2015年移交给阿富汗国家安全局（ANDS）。