海军犯罪调查局官方网站将其职责描述为“联邦法律执行部门,受权执行调查涉及海军和海军陆战队的严重犯罪行为”,并“通过调查和采取行动识别确定并阻止针对海军部的外国情报活动、国际恐怖分子和网络威胁”。情报与信息分享处(Directorate of Intelligence and Information Sharing)专门负责分析并分送涉及海军犯罪调查局九九藏书或海军/海军陆战队所有行动的恐怖分子、外国情报机构和其他威胁。
2009年2月,海军情报办公室进行重组,分为四个中心、若干办公室和一个业务处,如图4.3所示。“霍伯信息服务中心”(Hopper Information Service Center)“将任务相关的信息技术和服务提供给……海军情报办公室……下属的司令部以及舰队和联合部队”;“肯尼迪非正规战中心”(Kennedy Irregular Warfare Center)向国防部、“海军特种战司令部”(Naval Special Warfare)和“海军远征作战司令部”(Naval Expeditionary Combat Command)提供有关非正规战相关的情报支持。
尼米兹行动情报中心下辖的“跨国威胁处”(Transnational Threat Department)编制海上反扩散、反毒品和民用船舶活动分析。内容包括海上战略贸易分析、基础设施、环境和货运。跨国威胁处还负责维护国家商船运输数据库。中心下辖的“舰队图像支持小组”(Fleet Imagery Support Team)向海军指挥官派出图像分析专家。该小组由一个直接支持部门和一个战术水运和港口部门组成,控制管理着一个24小时警戒中心,利用从政府部门和民用搜集系统获得的图像资料,负责提供威胁迹象和预警信息。
从冷战初期直到2005年末,海军信号情报的搜集行动都是由海军安全小组指挥部负责实施。这个指挥部成立于1935年,是由“海军通信办公室”(Office of Naval Communication)所属的通信安全大队(Communications Security Group)派生出的部门。第二次世界大战后,该部门更名为“通信补充供应局”(Communications Supplementary Activities),1950年成为海军安全小组。1968年,该部门改编为海军安全大队指挥部。
虽然海军安全大队司令部与海军情报司令部的合并计划于1991年秋既已确定,但实际合并没有发生。因此,与陆军和空军截然不同,海军没有将其密码服99lib•net务部门与海军情报机构所属的某个其他情报部门合并。然而,海军情报的加强合并,是情报机构中最复杂的加强合并。其他所有的情报职能都划归到新成立的海军情报办公室,没有任何下级指挥司令部,而且,所有办公活动都集中合并在一个办公地点——位于马里兰州休特兰的“国家海事情报中心”(National Maritime Intelligence Center)综合办公楼群,海军陆战队情报处(Marine Corps Intelligence Activity)、海岸自卫队情报协调中心(Coast Guard Intelligence Coordination Center)和海军信息战情报处(Naval Information Warfare Activity)的人员也在这个综合办公楼群内办公。
军方所有情报机构中,只有美国海军的情报组织架构在20世纪90年代经历了最富于戏剧化的变革。1991年9月30日,美国海军共有七个独立的情报部门:海军情报办公室(Office of Naval Intelligence)、海军情报司令部(Naval Intelligence Command)、168特混部队(Task Force 168)、海军技术情报中心(Naval Technical Intelligence Center)、海军行动情报中心(Navy Operational Intelligence Center)、海军情报局(Naval Intelligence Activity)和海军安全大队指挥部(Naval Security Group Command)。1993年1月1日,海军只有两个机构部门:海军情报办公室和海军安全大队司令部。2005年12月,海军安全大队司令部被解散,它所属的信号情报职能移交给司令部承担更多的职责。