除了由美国国防部和军方总部管理的机构在执行情报任务外，各联合军事司令部内也一直进行着大量的情报工作。这些司令部的任务、责任、部队结构和职责地理区域在“联合司令部计划”（Unified Command Plan）中有详细的规定。该计划是由参谋长联席会议起草、由总统批准的。“联合司令部计划”的最新版本是两份总统备忘录的主题：第一个签发于2011年4月6日，批准了初版；第二个签发于2011年9月12日，批准了对计划的许多修改。

正如国家安全机构的其他部门一样，2001年9月11日的恐怖袭击对联合司令部计划有着极其重要的影响。就在这次恐怖袭击的1个月内，据相关报道称，美国开始考虑建立一个全新的“美洲司令部”以强化西半球的防御能力，并考虑扩展美国特种作战司令部的权力，使其可以实施条条块块，不只是简单地向区域司令官提供军事力量。除此之外，设想中“最激进和最富争议的变化”，是抛弃把世界分给4个区域司令官的结构。

这些区域司令部的司令官以前被称为总司令（Commander in Chief），负责直接指挥实施职责地区内的军事行动，使用他们管辖下的下属司令部的军事力量。从技术上讲，命令由总统下达给国防部长，然后再下达给每个联合司令部的司令官，无需经过参谋长联席会议，但是在国防部长认为必要时，参谋长联席会议主席将负责监督。

虽然区域司令部存留了下来，自2002年初以来，又有两个指挥部被建立起来；另外有一个司令部被改组，一个被彻底废止，还有一个则被废止并被另一个司令部吸纳。到了2008年，“联合司令部计划”被签发，美国太空司令部（U.S.Space Command, SPACECOM）被撤销，其重点成员司令部——美国空军太空司令部（Air Force Space Command）被划归进美国战略司令部（U.S.Strategic Command, STRATCOM）。由2011年总统备忘录批准的变更，包括重新调整北极区职责、将解散美国联合部队司令部（U.S.Joint Forces Command, USJFC）的付诸文件、扩大战略司令部打击大规模杀伤性武器（weapons of mass destruction, WMD）的职责，以及把联合战争分析中心（Joint Warfare Analysis Center）的任务从联合部队司令部转移到战略司令部。那些更激进的建议还包括合并某些地理区域的司令部，并由联合特遣部队取而代之，但没有被采纳。

因此，目前共有6个区域指挥司令部：非洲司令部（Africa Command, AFRICOM）、中央司令部（Central Command, CENTCOM）、欧洲司令部（European Command, EUCOM）、北方司令部（Northern Command, NORTHCOM）、太平洋司令部（Pacific Command, PACOM）和南方司令部（Southern Command, SOUTHCOM）。另有3个司令部具备全球范围职责：美国特种作战司令部、美国战略司令部和运输司令部（U.S.Transportation Command, TRANSCOM）。

联合司令部的情报职责，包括为司令部和更高当局提供情报分析，并对在司令部战区内从事的国家侦察和其他敏感搜集行动进行监管。直到1991年，情报分析职能通常会被分配给若干个统一或下属的司令部。但是，在《重组国防部情报计划》（Plan for Restructuring Defense Intelligence）中，国防部负责指挥、控制、通信和情报的助理部长特别要求将太平洋、大西洋和欧洲司令部及其成员司令部的分析中心合并为各联合情报中心，由各联合司令部的总司令直接领导。很明显，其他司令部也将按此行事。据认为，这样的举措“不仅能通过消除重复性工作节省资源，还能通过提高效率强化对总司令及其成员的支持”。按参谋长联席会议的国家军事战略（National Military Strategy）的描述，联合情报中心是“确保为作战总司令及战区军事力量提供高效情报的主要单位”。

联合情报中心的形成导致了太平洋舰队情报中心（Fleet Intelligence Center, Pacific）、欧洲防御分析中心（European Defense Analysis Center），以及欧洲和大洋洲舰队情报中心的解散。它们的职责和人员被分配给新的联合情报机构。在夏威夷，太平洋司令部下属的5个规模较大的情报组织，包括太平洋舰队情报中心，都并入了太平洋联合情报中心（Joint Intelligence Center, Pacific）。

重组国防部情报计划，允许联合司令部和成员机构中的情报人员以J2/情报处的形式保留下来，其目的是为了“支持对实施当前军事行动的计划工作和提供有重点的情报需求清单”。1997年11月，大约有4000人服务于各种各样的联合情报中心；当时的减员10%的公告在近几年被撤销。2006年4月3日，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德签发了一道指令，在国防情报局建立了一个联合情报行动中心，并且在每个联合司令部都要建立类似的机构，这样可以为作战司令官提供更好的情报支持。

2007年10月，根据《联合情报中心/联合分析中心军事情报项目实施研究》（Joint Intelligence Centers/Joint Analysis Center Military Intelligence Program Implementation Study, JMIS），将联合司令部情报处（包括联合情报中心）的雇员移交给国防情报局的进程开始了。在该进程完成之前，超过4000人和20亿美元的可用资金被转入国防部情报局。