南方司令部的成员司令部包括美国陆军南方部队（得克萨斯州萨姆休斯顿堡）、第12空军（亚利桑那州戴维斯-蒙森空军基地）、美国海军南方司令部（佛罗里达州梅港海军基地）、美国海军陆战队南方部队（佛罗里达州的迈阿密）。第5个成员司令部是美国南方特种作战司令部，位于佛罗里达州迈阿密附近的霍姆斯特德空军储备基地。有3个特遣部队在其指挥下行动：布拉沃联合特遣部队（洪都拉斯的

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索托卡诺空军基地）、关塔那摩联合特遣部队（古巴关塔那摩湾美国海军场站）和南方联合跨部门特遣部队（佛罗里达州基韦斯特）。它们的职能分别包括：运行一个具备全天候日/夜空中运输能力的空军基地：实施拘禁和审讯行动：实施反毒品行动。

作为重组的一部分，南方司令部于2008年成立了安全和情报处，从此取代了J2情报、监视和藏书网侦察处，其组织结构如图6.8所示。它的使命是“与战区、成员、国家的、跨部门的和伙伴国家组织完全同步和整合，执行全源的、多学科的情报行动”。其职责还“使高层领导人完全了解相关信息并强化其决策，使战区和地区作战计划和行动能够改变环境和实施ISR（包括敏感侦察）行动，从而支持美国南方司令官的工作重点”。2014年南方司令部的司令官确认，重点工作是在关塔那摩“一直持续九_九_藏_书_网的人道主义和有尊严的拘禁行动”，打击跨国有组织犯罪，建设伙伴能力和应急计划。南方司令部针对这些重点工作所开展的情报活动，包括：为财政部反威胁金融分支机构提供分析支持；与联合简易爆炸装置对抗组织一起合作打击哥伦比亚革命武装力量（Revolutionary Armed Forces of Columbia）和其他恐怖组织使用的简易爆炸装置；支持针对贩毒集团和恐怖组织的特九*九*藏*书*网别行动；分析司令部职责区域内国家的政治发展。

自1946年作为加勒比司令部成立以来，美国南方司令部（SOUTHCOM）一直负责美国在中美洲和南美洲的军事活动。1995年对联合司令部结构的评估，使得美国南方司令部接替了美国大西洋司令部在墨西哥湾、加勒比海及其中的国家和地区、中美洲和南美洲周边水域的职责。随着北方司令部的建立，其分担了墨西哥和部分加勒比地区的职责。如今，除了古巴，九*九*藏*书*网南方司令部的指挥管辖区域包含了31个国家和15个特殊任务地区，它们分布于墨西哥以南的整个拉丁美洲大陆、中美洲和南美洲的附近水域得以及加勒比、墨西哥湾和部分大西洋区域。