6月14日，日领事馆派须磨等人进见汪精卫时称：“过去疑云已一扫而空。两国邦交益见好转。”并掩饰说：“藏本副领事8日晚之出走，系一时神经衰弱，毫无其他原因。”第二天，日本驻南京领事馆派专人“陪同”藏本英明赴上海福民医院“疗养”。

自藏本英明失踪后，南京宪兵司令部警务处、警察厅督察处接连几天组织探查。查访范围由市区扩展到城郊的京芜道路及沿江管辖区域。南京城里城外，行迹可疑者、面貌奇异者、似有精神病状态者都成了重点探查对象。重赏告示布满了全城要道，但直到6月12日晚仍无藏本英明线索。

6月11日，藏本英明从中山陵后山，一路蹒跚来到明孝陵后山，打算在这里搬运石块重新建筑坟墓，但已经体力不支。于是他改变计划，走向明孝陵后山深处，发现一山洞，足能容下一人，于是他就藏匿其中。

其间不准他接触任何宾客和来访记者。藏本英明及其眷属，在不久后由日警“护送”回国。搅得南京鸡犬不宁的藏本英明失踪９９ｌib•nｅｔ事件，随着藏本英明的押解回国，销声匿迹。

藏本英明前脚离开茶馆，南京军警机关便接到茶馆女主人差工友打来的电话，称有政府查访寻人要情报告。

6月13日一早，明孝陵前的一家茶馆刚开门，便迎来了神情沮丧、蓬头垢面的不速之客藏本英明。茶馆女主人还算见过世面，没有惊慌失措，收下了藏本英明送上的两毛钱茶资，安排客人喝完茶，又按藏本英明的要求，端上一碗刚捞起的阳春面。女主人坚持拒收藏本英明从西装袖口扯下的两颗充做面资的金纽扣，连称：“所食甚微，可俟下次。”藏本英明用流利的汉语苦笑着说：“未必再来。”说完将两粒纽扣放置桌上，神情木然地离开了茶馆。

在叶木花案审判期间，南京发生了日本驻南京外交官藏本英明失踪事件，为此南京被搅得鸡犬不宁。

藏本英明是日本驻南京领事馆副领事，因仕途失意，决计轻生。

1934年5月24日，旅日华侨学生叶木花在长崎被杀害。此案引起中国舆论的九-九-藏-书-网关注。事情的经过很简单。5月23日，叶木花在赴华侨所办的中小学途中，遭到长崎贸易学校学生渡边信义等数人的无故辱骂，叶忍让而走，才躲避无事。24日，叶木花在上学途中竟遭渡边信义等用短刀刺死。6月1日，中国外交部训令驻日公使蒋作宾转请日政府严惩凶手，并注意审判情形。中国报纸也登载了叶木花的遗像和血衣照片，要求严惩罪犯。7月20日，日司法机关仅判渡边信义2年以上、7年以下的苦役，送少年刑务所了事。叶木花的父亲叶修仪所要求的最低限度的赔偿也被拒绝。

从6月8日藏本英明出走至6月13日被寻获，南京城内城外已经闹得鸡犬不宁。

6月13日上午9时，军警当局接到明孝陵茶馆举报的有关线索，当即派人依此线索向明孝陵后山寻觅。上午11时左右，在明孝陵后山，发现了神情沮丧、蓬头垢面、身着西装的藏本英明。经查问姓名，核对照片确认是藏本英明无疑。

1934年6月8日晚10时45分左右，他趁同九九藏书僚们前往火车站为日本公使有吉明来南京参加国民政府外交部宴会送行的间隙，单身出走。他雇了一辆洋车，嘱咐车夫将其拉至中山门外，车抵中山门时，已近夜间12点，夜色中他登上了紫金山顶。随后，他来到山顶的三角塔旁，将随身所带的名片、照片用手帕扎在三角塔扶梯上，作为曾经到过此处的标志。两天以后，他由紫霞洞走向后山。据他事后称，想在山中僻静处“断食绝命”。因绝命场所未能准备好，又苟活下来。

藏本英明失踪案，日本政府声嘶力竭的威胁引起南京全城的骚动，中国政府、外交部与警察在责任未明的情形下，便诚惶诚恐地四处寻找。可叶木花案，日本根本不把中国的态度当回事，年轻的叶木花的生命显得那么无足轻重、微不足道。当时一家刊物只能默默写下：“哀哉，叶木花！我们能说些什么呢？”

6月13日下午，国民政府外交部通知日总领事馆须磨来部接洽转送藏本英明事宜。外交部次长唐有壬亲自出面接待。曾经登门兴师问罪的须磨一脸9９lib•nｅt的尴尬。藏本英明的寻获使他怎么也高兴不起来，倒是藏本英明见到这位上司，涕泪横流，抽泣不止。之后，须磨领走了藏本英明。

6月11日，南京警察厅在督察处召集各主管会议，决定实行大规模户口总检查及四郊侦查。饬令各下属单位不分昼夜加紧工作，“即日寻出线索查得藏本下落”。与此同时还派员分赴苏州、无锡、镇江各处查访。

6月9日上午10时，日本驻南京副领事田中来到国民政府外交部，口头照会藏本英明失踪，要求搜查。下午4时，日方向中方递交了备忘录。下关江面上日本长江舰队蜂拥而至。行政院长兼外交部长汪精卫，面对来自日方的汹汹抗议，通知驻京军警当局“严密搜查，务期明了真相”。当日，南京警厅即将藏本英明近照翻印多张，分向藏本英明平日来往各处及城关车站，在四处查访的同时，军警当局悬巨额奖赏，以期水落石出。

警方当局派人请其下山登车入城，藏本英明坚辞不允。直到下午两点终于首肯，由警厅人员将他径直带至南京警察厅99ｌｉｂ•nｅｔ。藏本英明对于出走原因一再表示：“我不愿说，回领事馆后，也不愿发表。”但他强调：“我一身存亡与贵国均无关系，我今已回，贵国无负于我。”当美联社记者、路透社记者向藏本英明采访新闻谈话时，他言语清楚，记忆良好。

6月12日下午，日领事馆一等秘书须磨、日本使馆参赞有野奉命来到国民政府外交部，“以藏本副领事行踪尚无着落，要求严饬彻查”。

6月10日是星期天，南京军警当局破例不休息。经过星期天紧张寻查，仍未发现藏本英明踪迹。此时，日本长江舰队纷纷调至下关，还传出“有水兵上岸强占南京的消息”。面对这种形势，汪精卫急忙召集唐生智、朱培德等军事将领计议，这时才知南京城内无作战部队，军事主力已全部调往江西剿共前线，仅有军官学校学生三四千可以临时应战，南京实际等于空城。汪精卫得知蒋介石将定于6月13日前后回南京参加军官学校成立10周年纪念。为支持蒋介石“攘外必先安内”国策，汪在一天中3次致电蒋介石，劝他万万不能回南京。