南朝的中央官制，基本沿袭东晋，又有其特点。尚书、中书、门下三省的长官位高望重，而实权不大，但往往仍由宗室诸王任尚书令和中书令。吏部尚书及所属的吏部郎，掌握官职的任命，在南朝还一直受重视。宋孝武帝置两名吏部尚书，以分其权。但宋齐两代皇帝主要倚靠中书通事舍人（四名）处理政务。通事意为呈递文书，凡臣下陈奏和皇帝诏令，都通过他们，实际上成为最接近也最能左右最高决策者皇帝的人。刘宋时，江夏王刘义恭任录尚书事，而尚书省无论大小事，都由中书通事舍人戴法兴专断，义恭畏服而已。齐时中书通事舍人茹法亮威权甚盛，位至三公、出身琅邪王氏的王俭只得慨叹：“我虽有大位，权寄岂及茹公！”齐武帝曾说：“学士辈不堪经国，唯大读书耳。经国一刘系宗（宋齐两代都任中书通事舍人）足矣！沈约王融数百人，于事何用？”齐明帝时，诏命专出舍人之手，天下文簿版籍的副本，也归他们掌管，俨然兼中书省与尚书省的长官于一身。“宁拒至尊敕，不可违舍人命”，成为当时朝廷官僚中的信条。梁武帝时，仍选拔有才干者任中书通事舍人，或以他官兼领此职。但他主要依靠的不在寒庶，而是明习吏事的低级士族，如范云、徐勉任吏部尚书，周舍、朱异任中书通事舍人。宋齐以来，中央的军事统帅权和武器的控制权，也由中领军、中护军转移到寒人操纵的外监与制局监手中。有时制局监也由中书舍人兼任。但南朝中央朝廷所能支配的兵力，远不如地方兵力强大。

刘裕，九*九*藏*书*网彭城郡人，侨居京口。萧道成和萧衍是兰陵郡人，侨居武进，都出身于侨人中的低级士族。他们建立军功后，主要依靠侨人及土著中出身寒门的谋士与武将，分别以军事重镇京口、淮阴、襄阳为根据，形成政治军事势力。然后乘前朝皇帝或昏庸暴虐，或年幼无能，进入首都建康，以禅让方式夺取了政权。

宋武帝刘裕从东晋“王与马共天下”的政治局势汲取教训，努力加强皇权，以巩固统治。晋宋以来，皇室多与高门联姻，外戚易有权势。所以刘裕临终遗诫：“后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。”宋齐梁朝较有作为的皇帝，大都继承了刘裕的传统。南朝一百七十年间，没有出现母后听政，因而也杜绝了外戚专权。南朝世家大族虽然社会上、经济上的优越地位未变，实际政治权力主要已不掌握在他们手里。

南朝中央与地方势力之间亦即建康与上游诸州之间的矛盾，由东晋皇室与大族之间转化成皇室内部的矛盾。宋孝武帝时，南郡王刘义宣、臧质从荆州起兵。明帝时，晋安王子勋、邓琬从江州起兵，当时袁觊在雍州，临海王刘子顼在荆州，都与江州联盟，以三州为中心，东扬、湘、益、广等州也都响应，形成“普天同叛”的局面。苍梧王时，桂阳王刘休范亦从江州起兵。南朝时，异姓举兵反对建康朝廷的，不是来自任何高门士族，萧道成、萧衍之外，齐时有王敬则、陈显达、裴叔业、崔慧景，都是寒庶或晚渡北人出身的武九-九-藏-书-网将。在政治和军事上，世家大族已经没有实力，所以南朝皇帝的防闲猜忌，也转向了在中央或地方掌握权势的宗室诸王。宋文帝由于疑忌而加害诸王，几个兄弟都未幸免。孝武帝时，对诸王车服器用乐舞制度作了苛严限制，达二十四条之多。还规定王国境内各官对诸王只称下官，不得称臣，罢官以后对诸王不再致敬，以防止诸王与其臣属的关系过于亲密。刘宋六十年中，皇族被杀者一百余人，南齐宗室也多被皇帝诛剪，宋齐两朝皇室内部的矛盾斗争异常激烈。

宋文帝元嘉年间和梁武帝统治前期天监、普通年间，南朝政治比较稳定，经济比较繁荣。这两个时期，南朝具有对北方进行战争的较强实力。当时广大北方统一于鲜卑族建立的北魏，它在南朝人心目中，已不是刘、石那样“乱华”的外族，而更具有对立的封建政权性质。

侯景之乱是对梁朝后期腐朽统治的沉重一击，南朝从此衰落不振。侯景出身怀朔镇兵，随尔朱荣镇压六镇起义。后归高欢，官至河南道行台。高欢死后，因与其子高澄不和，投降西魏，被高澄击败。太清元年（547），又拥十三州请降于梁。梁武帝以为侯景归附合他夜梦中原牧守皆以地来降之兆，不顾朝臣反对，接受侯景，封为河南王、使持节督河南河北诸军事、大行台。武帝晚年迷信佛教，政治腐败，“政散民流”，“人人厌苦，家家思乱”。二年，侯景自寿春南下，只有兵八千人，马数百匹，就渡过长江，包围台城一百三十余日。侯景免北人奴隶为良民，编入军藏书网中，人人感恩，为之致死。梁诸道援军之数十万人集建康。但将帅各有打算，相互猜忌，彼此观望，不能通力合作抗击侯景。三年，侯景终于攻破台城，梁武帝被囚，病饿忧愤而死。傀儡简文帝萧纲继位，不久被侯景杀害。大宝二年（551），侯景自立为帝，国号汉。他西进攻荆州刺史湘东王萧绎，承圣元年（552）为萧绎将王僧辩和自广州北上的陈霸先所败，被杀。侯景攻占建康三年，称帝一百二十天。建康和三吴富庶之区无事日久，遭战乱后人口凋敝，城邑残破。公侯富人在会稽者多南渡岭南，世家大族遭受沉重打击。

梁天监三年（504），魏取梁司州。四年，又取梁汉中地带，并有乘势夺蜀之议。十月，梁临川王萧宏统军北伐，“器械精新，军容甚盛，北人以为百数十年所未之有”。但由于萧宏怯懦，指挥无方，竟于次年九月大败而回。六年，梁军进攻北魏，在钟离（今安徽凤阳）获得大胜。十年，梁将马仙琕又在朐山（今江苏连云港）大捷。齐末南朝失去寿春，梁武帝力图收复，筑浮山堰堰淮水以攻寿春，服役的人“死者相枕”。因淮水暴涨，堰成后数月全部崩坏，缘淮城戍村落十余万口漂流入海。大通元年（527），陈庆之在涡阳（今安徽蒙城）大败魏军。中大通元年（529），陈庆之乘北魏阶级矛盾与统治阶级内部矛盾激化之机，率军送魏宗室元颢入洛阳，由于孤军深入，后援不继，为魏军所败而归九_九_藏_书_网。当时南北双方都不处于绝对优势或劣势，因而多次交战终无决定性结果。

地方官制如都督、刺史、太守等，亦同东晋。刺史多带将军开府，而州与府各置僚属。州之佐吏别驾，治中等治民，府之佐吏长史、司马等治兵。但军府的佐吏地位一般较州僚属为高，府官长史常兼首郡太守或代行州事。郡太守如带将军，军府佐吏亦高于郡佐。皇子年幼为方镇，则行事、长史以至出身寒庶、地位低下的典签（典掌机要的官）主持一州事务。刘裕在地方行政方面巩固皇权、抑压世家大族的措施，是只命皇子或宗室诸王担任重要方镇。齐梁亦遵此惯例。如扬、南徐、江、荆、雍等军事、经济、政治要害诸州的刺史、都督，宋齐梁三朝几乎都是刘萧两姓，与东晋王、庾等大族雄踞上游、控制京畿的局面迥不相同。一般州的刺史与郡的太守，有时任命地方土著豪强担任。府州机构中官员人数，常由州府长官决定。州郡俸秩供给，往往随土所出，无有定准。郡县长吏任期六年，后减为三年。

宋武帝永初三年（422），魏夺得滑台（今河南滑县）。宋少帝景平元年（423），又克洛阳、虎牢（今河南荥阳西），占领司、兖、豫州。元嘉七年（430），宋北与九-九-藏-书-网赫连夏结盟，向北魏进兵。魏以兵少撤退，一度宋获得河南四镇滑台、洛阳、虎牢、碻磝（今山东茌平南），沿河置守。半年余以后，又先后失四镇。二十七年，宋军大举北进，江夏王刘义恭驻彭城（今江苏徐州）为总指挥。宋军夺取碻磝，围攻滑台与虎牢之后撤退。柳元景从襄阳向北进军，到潼关后也退回。魏太武帝拓跋焘率大军南攻，经过彭城，南下至瓜步（今江苏南京六合区），声言将要渡江，建康震动。魏军留住了十八天，二十八年正月北撤。魏军杀伤掠夺，南兖、徐、兖、豫、青、冀六州备遭残破。魏军士马也死伤过半。二十九年，宋军又攻占碻磝、虎牢，无功而还。宋明帝泰始三年（467）至五年，曾响应晋安王子勋起兵反对明帝的徐州刺史薛安都、兖州刺史毕众敬、青州刺史沈文秀、冀州刺史崔道固，先后投降北魏，从此南朝失去四州与豫州的淮西之地。

侯景败亡后，益州刺史武陵王萧纪称帝于蜀。萧绎也称帝，定都江陵，是为元帝。元帝攻灭萧纪，而西魏乘机夺取了益州。他又和侄儿湘州刺史河东王萧誉、雍州刺史岳阳王萧詧内讧，攻杀萧誉，萧詧乞援于西魏。承圣三年，魏军攻下江陵，杀元帝，俘“衣冠士族”男女数万口，驱入长安为奴婢。这是对南朝门阀士族又一次大打击。西魏立萧詧于江陵，是为后梁，实际仍西魏傀儡，而襄阳入于西魏。侯景乱后，萧氏诸王兄弟叔侄自相屠杀，使南朝进一步大伤元气，上游失去屏障，西境急遽收缩，陈朝初年形成“文轨所同，千里而近，人户著籍，不盈三万”的衰败局面。