中华民国临时政府北迁后，依据《临时约法》规定，由总统制改为责任内阁制。国家的政治体制并没有发生根本变化，但人员结构却有重大调整。原来在政府中起主导作用的、以孙中山为首的同盟会员，被以袁世凯为首的北洋军人和官僚所代替。凭借北洋军的实力掌握中央政权，他们改变了南京临时政府的民主施政方针，在解决重大政治难题时，常常直接以军队为工具，镇压人民，排除异己，实行军事独裁统治，以维护封建地主阶级和大资产阶级的利益。但是，北京临时政府开始还不是北洋派独占的政府，同盟会在中央和地方都有不容忽视的政治和军事力量。除总统府由袁世凯直接控制外，唐绍仪内阁阁员大致是北洋派和同盟会平分秋色，宋教仁、蔡元培等同盟会员参加了政府工作。在北迁后的参议院，同盟会仍占优势。所以这是一个以北洋派占主导地位的联合政府，这个政府的不稳定性是十分明显的。

由于临时政府的存在，封建专制势力的政治思想统治已不可能像前清那样严密，而有了某些松动。民国元、二年间，全国出现了上百个党会团体，其中有政治纲领并企图竞争政权的就有三十多个。同盟会是最激进、最庞大的政党。1912年8月，它联合四个小党改组为国民党。这个党虽然有少数人关注议会以外的斗争和保存地方实力，但绝大多数领导人都试图通过议会选举袁九九藏书世凯为临时大总统。

直系战胜奉系后，独占北京政权。它先打着“恢复法统”的旗号，推黎元洪复任总统，把徐世昌赶下台；接着便高价收买国会议员，操纵选举，于1923年10月抬出贿选大总统曹锟。这次“选举”使国会声名狼藉，议员被称为猪仔。从此在人们的心目中，国会彻底破产，曹、吴派兵南征北讨，军阀混战更加剧烈。

曹锟贿选后，全国各阶层代表人物纷纷表示反对，北方政局也发生变化。浙江督军卢永祥通电断绝与北京政府往来，浙、沪一带成为反直的中心。卢永祥和奉天的张作霖及广东的孙中山建立了联系，形成反直三角同盟。吴佩孚派孙传芳进入福建，又支持江苏督军齐燮元，以威胁卢永祥。1924年9月3日发生齐卢战争（又称江浙战争），10月15日卢永祥战败。齐卢战争爆发时，张作霖趁势率十七万奉军攻入关内。曹锟任命吴佩孚为“讨逆军总司令”。吴统率二十五万直军迎战，于是爆发了第二次直奉战争。10月中旬正当两军在山海关激战时，与吴佩孚素有矛盾的直军第三军总司令冯玉祥从热河回师，发动政变，软禁曹锟，吴佩孚在山海关一带被奉军战败，率残部自塘沽仓皇南逃。11月，张作霖、冯玉祥推戴段祺瑞为“中华民国临时执政”。奉系重新控制北京政权后，势力扩张到河北、山东、安徽、江苏等省及上海，与地方军阀产生矛盾。军阀间的混战状态仍然没有结束。

袁世凯为了清除革命势力，独揽统治权，他逼迫主张调和南北矛盾的唐绍仪辞职，换上心腹赵秉钧。接着派人暗杀了国民党领导人宋教仁，镇压了孙中山发动的二次革命，使资产阶级推行政党政治的计划破产。孙中山、黄兴被迫逃亡国外，继续坚持反袁斗争。袁世凯还联合梁启超、汤化龙等组织进步党，与由同盟会改组的国民党对抗。1913年10月袁动员军警强迫国会选举他为正式大总统，接着便下令解散国会，另行组织政治会议、约法会议和参政院等机构。这些机构的基础不是人民，而是官僚，议员均由政府指定，选举只是形式。它们是此后民国史上一切类似机构的滥觞。1914年5月，袁世凯废除南京临时政府颁布的《临时约法》，公布了《中华民国约法》，改内阁制为总统制，成立政事堂和陆海军大元帅统率办事处，集军政大权于一身。第一次世界大战爆发后，欧美列强无暇东顾，日本大隈内阁乘机向袁世凯提出企图独占中国的“二十一条”。经过五个月的交涉，1915年5月袁世凯承认了“二十一条”的大部分条款，希图以此换取日本政府对其帝制自为计划的支持。同年12月，袁世凯公然称帝，改称中华帝国，以“洪宪”为年号。袁世凯的倒行逆施，激起社会各阶层的愤怒，全国九_九_藏_书_网群起而攻之。蔡锷奉梁启超之命，潜赴云南，组织护国军，首先发难。贵州、广西、广东、浙江、湖南、四川先后宣布独立。北洋派也酝酿倒袁。袁世凯于1916年3月22日被迫宣布取消帝制，恢复中华民国，6月6日忧惧而死。

袁世凯死后，北洋集团失去统帅，内部权利之争日趋激烈，逐渐形成皖、直、奉三大系，以段祺瑞为首的皖系虽然把持中央政权，从日本得到大量借款，编练参战军，显示出比较雄厚的实力，但他没有能力控制整个北洋派，追随段的地方实力派只有安徽、山东、浙江、福建等省。以冯国璋为首的直系，主要在直隶及长江中下游地区（包括江苏、江西、湖北），这一地区是英国的势力范围，直系得到英、美的支持。1919年冯国璋病死，曹锟和吴佩孚继承了首领地位。奉系首领张作霖则割据奉天、吉林、黑龙江三省。在南方则有唐继尧为首的滇系军阀和陆荣廷为首的桂系军阀。此外，还有许多割据一省或一地的小军阀。除南北之间长期对峙的冲突外，军阀内部为争夺政权或扩大地盘而连年混战。为争夺中央政府控制权的大规模战争主要有三次。第一次是1920年7月发生的直皖战九九藏书争。1918年段祺瑞对南方用兵，推行武力统一政策，加剧了直皖两系的对立，使双方矛盾公开化。段企图利用直系军队进攻湖南，坐收渔利。而攻入衡阳的吴佩孚则暗中与南方桂系首领陆荣廷谈判。1918年8月通电主和，指责皖系亲日卖国。次年秋，鉴于皖系扩军备战，直系遂联络奉系组织八省同盟。陆荣廷等也决定“联直倒皖”，秘密向吴佩孚提供物资，促其北撤。1920年5月吴自衡阳领兵北上，直达保定。1920年7月，段祺瑞组成“安国军”与直系军在直隶北部兵戎相见。奉军入关助直，皖军一败涂地。直奉两系控制了北京政府。直鲁豫巡阅使曹锟坐镇保定，以胜利者自居，俨然成为北京政府的太上皇。对此，张作霖不甘心，双方为争夺地盘和北京政府的支配权，很快产生了矛盾。1922年发生了第一次直奉战争，这次战争，是以亲直的靳云鹏内阁倒台，亲奉的梁士诒组阁为导火线。吴佩孚指斥梁士诒亲日卖国，矛头指向奉系。张作霖指挥奉军入关，双方在京津和京汉两铁路线展开激战，后因奉军一部倒戈，全线崩溃，张作霖败退关外，宣布东北“自治”。与此同时，两广发生粤桂战争。滇、黔、川地方军阀出现内讧，谁也不再打“护法”的旗帜。南北政治对峙虽然存在，但南与南战，北与北战，南北都失去了统一全国的力量。此时联省自治的政治思潮应运而生。湖南军

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阀首先挂起自治的招牌，制定省宪法，希图自保的地方军阀如云南、四川、贵州纷纷效尤。控制北洋政府的直系军阀则依恃其庞大的军队，高唱“武力统一”和中央集权。

袁死后，黎元洪继任大总统，冯国璋为副总统。段祺瑞为国务总理，握政府实权，极力主张对德国宣战。1917年，坚决反对参战的黎元洪解除了段的总理职务。段策动北洋派军人宣布独立。驻扎徐州的张勋乘机率兵进入北京，于7月1日拥清废帝溥仪复辟，改民国六年为宣统九年。在天津进行幕后策划的段祺瑞，立即组织讨逆军，攻入北京。于7月12日赶走张勋，重掌北洋政府大权，迎冯国璋代理大总统，并于8月14日对德宣战。段以“再造共和”自居，拒绝恢复《临时约法》和国会，1918年2月纠集官僚政客组成新国会（安福国会），选举徐世昌为大总统。

为恢复《临时约法》及国会，孙中山发动护法运动。他率领宣布脱离北洋政府的海军于1917年7月由上海到广州，联合两广、云贵地方实力派，召开国会非常会议，于9月组成中华民国军政府。孙中山任海陆军大元帅，云南督军唐继尧和两广巡按使陆荣廷为元帅。护法政府拟由湖南进军北伐。段祺瑞为了实现武力统一，于10月派兵进入湖南，陆荣廷等为了和北洋军妥协，操纵非常国会于1918年5月改组并控制了军政府，迫使孙中山辞去大元帅，离粤赴沪。