在弘光政权迅速瓦解的大变动中，江阴县的明朝知县林之骥解印去职，清政府委派的知县方亨上任后遵照清廷法令张贴布告叫百姓剃发。闰六月初一日，生员许用等人在孔庙明伦堂集会，一致决定：“头可断，发决不可剃也。”正在这时，常州府发来严令剃发的文书，其中有“留头不留发，留发不留头”的话。方亨叫书吏把府文写成布告张贴，书吏写到这句话时，义愤填膺，把笔扔到地上说：“就死也罢！”消息很快传遍全城，立刻鼎沸起来。方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。这封密信被义民搜获，于是在初二日把方亨等逮捕，推典史陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清。陈明遇虽然胸怀忠肝义胆，却感到自己缺乏军事组织才能，在他推荐下江阴士民把乡居的原任典史（弘光时调升广东英德县主簿，未赴任）阎应元迎接入城担负守城重任。阎应元入城后立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，应元自任守北门。他和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。http://www.99lib.net
江阴士民的奋勇抗战，在两个多月里顶住了数万清军的围攻；城破以后，还拚死巷战，“竟无一人降者”。《江阴城守后纪》的作者总结道：“有明之季，士林无羞恶之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独陈、阎二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣。”在福州继统的隆武皇帝听说泾县和江阴百姓的坚贞不屈，深为感动，说：“吾家子孙即遇此二县之人，虽三尺童子亦当怜而敬之。”江阴战役虽然不像一些野史所记清朝“七王”、“翼王”、“十王”都阵亡于城下，但参加攻城的确有后来晋封为亲王的博洛（端重亲王）和尼堪（敬谨亲王）、恭顺王孔有德。在江南各地望风披靡之时，阎应元、陈明遇以微末下吏凭借江阴百姓的支持，竟然面对强敌，临危不惧，坚持了近三个月，实在是南明史上光彩夺目的一页。学术界一些人为史可法大唱颂歌，本书作者却认为更值得歌颂的是阎应元、陈明遇为首的江阴百姓，在他们面前，史可法的官愈大、权愈重，就愈显示出其作为之渺小。
清军占领南京，活捉弘光帝以后，派出使者招抚南直隶各府县。绝大多数地方都慑于清朝兵威，纳土投降。其间，只有杨文骢带领一支军队闯入苏州，把清政府派来招抚苏淞地区的黄家鼎等处斩。但是，杨文骢却没有把当地绅民组织起来据城固守，而是乘清军来到之前主动放弃该地，退往浙江。江南各地的绅民迫于剃发令，群情激奋，纷纷自发举兵抗清。首先高举义旗的是常州府属的一个小小县城——江阴县。
和江阴百姓抗清同时，嘉定县民也因清政府强迫剃发起兵。弘光朝廷覆亡后，六月十四日嘉定已经沦入清方之手，二十四日清朝委任的知县张维熙上任。闰六月十二日颁布剃发令，嘉定百姓愤愤不平，拒不从命。有人征询著名乡绅侯峒曾（天启五年进士，弘光时任通政司左通政使）的意见。他毅然回答：“闻徐太史汧护发自裁，何不奋义？即不可为，乃与城存亡，未晚也。”就是说，他反对刘宗周、徐汧的只顾自身名节的消极抵制，主张积极地起兵抗清。十七日侯峒曾带领两个儿子侯玄演、侯玄洁，进士黄淳耀及其弟黄渊耀入城倡义反清复明。他们同当地士绅会议后，决定率领百姓上城画地而守。“立挨门出丁法，分上中下三等：上户出丁若干，衣粮自备，仍出银若干，备客兵粮饷，并守城头目灯烛之费；中户出丁若干，衣粮自备，仍出银若干；下户止出一丁，分堞而守，每丁日给钱六十文，衣粮灯烛悉自备。城上分四隅，自某地至某地止，分属各图，每图择一人为长。日入后，当事者亲自巡历，以稽勤惰。其大事专属峒曾、淳耀处分”，城上树立白旗，大书“嘉定恢剿义师”。九_九_藏_书_网
江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。清军统帅多铎见江阴蕞尔小城竟敢于抗命，派降将刘良佐领兵来攻。刘良佐部兵数万自闰六月下旬包围江阴县城，屡攻不利，一再派使者用弓箭射书信入城招降，甚至亲自来到城下现身说法，要阎应元投降。应元在城头痛斥良佐的背叛明朝，说：“有降将军，无降典史！”刘良佐无言可对。多铎先派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。博洛来到江阴城下，认为刘良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来，打了他一顿板子。刘良佐惭恨不已，督促部下拚命攻城。阎应元、陈明遇鼓励城乡义勇扼守危城，多次派徽商程璧等人出城联络各地义师来援，却始终没有得到江浙救兵。坚持到八月二十一日，清军集中大炮轰击城东北角，城墙崩塌，清军蜂拥而上，江阴失守。陈明遇巷战而死，阎应元负伤后投湖，被清军从水中拖出，不屈遇害。清军屠城至二十三日午后才“出榜安民”，城内百姓仅剩“大小五十三人”而已。当时人士写了一副对联赞扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”九_九_藏_书_网
吴日生等人在太湖中的义军给清军的打击最沉重。吴日生，名易，吴江县人，崇祯十六年进士，曾在史可法幕中任参军。弘光朝廷覆亡后，他和举人孙兆奎同入太湖起兵抗清。闰六月十一日攻入吴江县，杀清知县朱廷佐（原明朝吴江县丞）。他们利用清军不擅水战的弱点，凭借太湖辽阔的水域和四通八达的水上航路同清军作战。1646年（顺治三年）正月十五日，太湖义军再度攻入吴江县，杀署县事孔胤祖及县丞张允元。同年三月二十五日，吴日生等聚集一千多条船只，声言再攻该县。清署县事陈日升吓得魂不附体，向驻守苏州的江宁巡抚土国宝、吴淞提督吴胜兆呼救。吴胜兆派副将汪懋功领兵堵剿。二十六日九九藏书双方在梅墩交战。吴日生知道清军不习水战，事先派部下操舟好手混于民间，清军抢掠百姓船只载兵追击，这些健儿即扮成水手为之操舟，行至湖中，纷纷跳入水中，取出工具把船只凿沉，清军淹死近千名，汪懋功也被击毙。太湖义军一时声势浩大，隆武朝廷和鲁监国政权都给吴日生加官晋爵，以示鼓励。清政府也视为心腹之患，想尽办法予以摧毁。1646年六月，吴日生在嘉善赴宴，被清政府探知，派兵擒获。吴日生牺牲后，清军继续对湖中义军剿抚兼施，到次年才基本上平定了太湖地区的武装抗清斗争，一部分有志之士则转入地下活动。
嘉定绅民起义反清后，清吴淞总兵李成栋（原为高杰部将，曾任明朝徐州总兵）立即领兵来攻。侯峒曾、黄淳耀等人想借用城外乡兵扼阻清兵。可是，四乡乡兵都是临时组织起来的农民，根本没有作战经验，人数虽多，却难以同正规清军作战。即如史料所言：“诸乡兵未谙兵势，争裹粮厉兵而来。峒曾、淳耀等亲自临城，勉以忠义，言与泪俱，人皆感奋。因下令诸乡勇能鼓众赴敌者，每人先给白布二疋，仍每日颁折饷银二钱；有能得敌人首级者，每颗给银十两”。“七月初一日，会兵砖桥东，不下十余万人，排挤拥塞，纷呶如聚蚊，多适为累。清兵每战必分左、右翼；乡兵不识阵势，呼为蟹螯阵。每发挑战，多不过十余骑，皆散落不集一处。诸乡兵遥见兵出，拥挤益甚，手臂摩戛，轧轧作声。”这种乌合之众自然抵挡不了清军。双方才一交锋，乡兵就不战自溃，“走者不知所为，相蹈藉而死”，许多人被挤入河中淹死，“尸骸乱下，一望无际”。
七月初三日，清军大举攻城；次日城破，侯峒曾奋身投入池中，被清兵拖出斩首，其子玄演、玄洁遇害，黄淳耀、渊耀等自缢。李成栋下令屠城，“兵丁遂得肆其杀戮，家至户到，小街僻巷，无不穷搜；乱苇丛棘，必用枪乱搅，知无人然后已。丁兵每遇一人，辄呼：蛮子献宝！其人悉取腰缠奉之，意满方释”。“虽至穷苦，必以一簪一珥系肘间，曰：此买命钱也！”“遇他兵胁取如前，所献不多，辄砍三刀，至物尽则杀。故僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍使然，非一人所致也。予邻人偶匿丛篠中得免，亲见杀人情状；初砍一刀，大呼：都爷饶命！至第二刀，其声渐微，已后虽乱砍，寂然不动。刀声剨然，遍于远近；乞命之声，嘈杂如市，所杀不可计数。其悬梁者、投井者、断肢者、血面者、被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉，弥望皆是，亦不下数千人。三日后自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处。……”
这就是史册上臭名昭彰的嘉定屠城。
ｈｔｔp://ｗww•99lｉｂ•net昆山县绅民在原郧阳抚院王永祚、翰林院编修朱天麟、知县杨永言等倡义下，杀清委知县阎茂才（原为明朝该县县丞），起兵反清，推废将王佐才为帅。顾炎武、归庄等爱国志士都积极参与义举。七月初六日，清军破城，朱天麟等逃出，王佐才被俘杀。清军屠城，士民死难者达数万人。
在吴淞地区起兵的义师有镇南伯黄蜚、吴淞总兵吴志葵等人，弘光朝吏部考功司主事夏允彝任监军。义军一度进攻苏州，副总兵鲁之玙带领三百人突入该城，被清军设伏击杀。黄蜚、吴志葵退守泖湖。八月初六日，清军用小船截断泖湖出口，乘风纵火，明军水师船只高大，运转不灵，被烈火焚毁。黄蜚、吴志葵都被活捉，九月初四日在南京遇害。夏允彝见兵败无成，于九月十七日在淞塘投水自尽。