由于当时的政治局势动荡不宁，道路僻远，在福建的隆武朝廷对云南发生的事变弄不清楚，仅仅凭借吴兆元等人署名铃印的奏疏和某些传闻，就发出了“扫除沐天波”的谕旨。《思文大纪》一书在隆武二年（1646）四月内记：“云南巡抚吴兆元疏辞敕书印剑。上谕其加意料理，曰：卿久抚戡滇疆，弘宣猷绩，正资善后，毋贻朕南顾忧。扫除沐天波，业有成命。不准辞。务令南人不反，以成一统丰功，朕复另有酬叙。”从这条材料用了“业有成命”一语来分析，说明在四月以前另有一件失载的相关谕旨。吴兆元的辞职表明他也不愿意同沙定洲合作；隆武帝不准他辞职意味着朝廷对云南局势不放心，责成巡抚加强控制。瞿共美的记载进一步说明隆武朝廷对云南的局势若明若暗，大有鞭长莫及之虞：“云南抚、按及沐天泽交章称黔国公沐天波造反，有土司沙定洲出奇兵扑灭之。……遂诏天泽袭封。”后来又从另一途径得到报告，是沙定洲叛变，突然攻入黔国公府，“天波仅以身免，母、妻及天泽俱被劫，胁令具疏”。“然地远莫能得要领，朝廷置而不问”。

他在《自誓》诗中也痛斥沙定洲是“贼党无端舞叛戈”。这里比较详细地摘引了王锡衮陷入虎口时留下的遗文，是因为当时他失去自由，沙定洲等人盗用他的名义向隆武朝廷和云南各地发出奏疏和咨文，造成许多错误的记载。九*九*藏*书*网沙定洲之变如何评价，学术界可以讨论，但是说王锡衮支持沙定洲则完全违背事实。

沙定洲叛乱之后，吴兆元和巡按罗国以及三司官已经没有实权。沙定洲则正在逐步巩固自己的地位，致力于扫灭继续在楚雄以西抗拒的杨畏知和沐天波征集的其他土司势力了。如果他的图谋得逞，势必成为割据自雄的云南王，暂时利用的汉族官绅将被逐步排挤掉，云南同中央朝廷的离心倾向将越来越明显。1647年大西军的入滇，粉碎了沙定洲的美梦，增进了云南同各省休戚相关的联系，应当充分肯定。

叛军先后攻下大姚、定远、姚安，全滇震动。沐天波等人急忙下令调集石屏土司龙在田、嶍峨土司王扬祖、蒙自土司沙定洲、宁州土司禄永命、景东土司刁勋等部，于九月间一举击败叛军，吾必奎及其党羽都被活捉。沙定洲原是王弄土司沙源的儿子，阿迷州土司普名声死后，其妻万氏改嫁定洲，两土司合而为一，势力大增，以临安府生员汤嘉宾（万氏的妹夫）为谋主，暗中筹划利用沐府同云南巡抚和三司官之间的矛盾、各土司的向背不一，发动一场夺取云南权力的政变。于是，沙定洲夫妇统率的土司军在吾必奎叛乱已经平息后，仍滞留于省会昆明。沐天波因定洲之父沙源一贯表现忠贞，不疑有他，在黔国公府内多次设宴招待。沐府二百多年积累的财富使定洲垂涎欲滴，昆明守备力量单薄、汉族统治集团内部的摩擦，更使他感到有可乘之机。1645年十二月初一日，沙定洲部署已定，以告辞为名，亲自率领士卒攻入黔国公府，同时分派部众占领省城各门。由于变生意外，沐天波来不及组织有效的抵抗，在几名心腹卫士保护下带着官印、世袭铁券等物逃往西宁，途中由龙在田、禄永命保护来到楚雄，这里有金沧兵备道杨畏知镇守，才暂时安顿下来。沐天波的母亲陈氏和妻子焦氏未能随行，仓卒中逃入尼庵自尽。九九藏书

沙定洲占领昆明以后，自称“总府”，“总府”是明黔国公世爵的一般称呼，这表明他已经企图取代沐天波的地位。其妻万氏称主母。“并舆出入，遍谒缙绅。滇中豪右投为谋划者甚众”。沙定洲派兵追拿沐天波，在楚雄被杨畏知集结的军队击败。他在西进失利之后，发兵收取云南各地，在不长时间里除了杨畏知、沐天波控制下的楚雄以西地区外，都归附了沙氏。沙定洲轻而易举地攫得了沐府累世蓄积的财富。“沐氏世镇云南，府藏盈积。佛顶石、青箭头、丹砂、落红、琥珀、马蹄、赤金皆装以箧，箧皆百斤，藏以高板，板库五十箧，共二百五十余库，他珍宝不可胜计。定洲运入本峒，累月不绝”。沙定洲虽然发了一大笔横财，但他并不满足于此，取代黔国公世镇云南的合法地位才是他的主要目的。因此，沙定洲在策略上尽量争取明朝廷任命的云南官员和在籍的汉族官绅，他不仅下令凡是愿意接受自己指挥的各府县汉族流官一律留任，而且胁迫或伪造云南巡抚吴兆元、在籍大学士禄丰人王锡衮给隆武朝廷上疏，说：“天波反，定洲讨平之，宜以代镇云南。”王锡衮在崇祯年间官至吏部左侍郎，隆武时晋升为东阁大学士礼、兵二部尚书督师云贵湖川广五省军务，他由故乡禄丰来到省会昆明时，适逢沙定洲之变，遭到软禁。这年十二月初十日王锡衮写的《风节亭恭纪》一文对沙定洲叛乱和云南局势作了以下的揭露：http://www.99lib.net九九藏书

云南在整个明朝统治时期，管理体制和内地各省有很大的区别。除了在云南设立了都指挥使司、布政使司、按察司，后来又设立了巡抚以外，由于这一地区土司众多，自洪武年间起沐英（封西平侯，其次子晋爵为黔国公）世代镇守该地。沐氏家族不仅掌握了很大的兵权，在政治上和经济上也具有举足轻重的地位。换句话说，云南在明代处于世袭勋臣和地方流官的双重管辖之下，两者既互相配合，又常出现纠葛。1644—1645年，中华大地风云陡变，特别是张献忠部入川建立大西政权以后，黔国公沐天波同巡抚吴兆元、巡按吴文瀛会商征调汉族和土司军队，以防止大西军入滇，并准备接受南明朝廷的调遣。1645年九月，武定土司吾必奎趁机发动叛乱，声言：“已无朱皇帝，何有沐国公。”