郑芝龙的背叛行径并不是个别的，当清军占领浙东时，隆武朝廷的许多官员眼看大军进逼，为自己的身家性命计，纷纷暗中派人前往浙江向清军投递降表。钱秉镫记载：

八月二十一日，隆武帝从延平行在起程前往江西赣州。他并没有意识到噩运已经临头，在没有多少军队护送的情况下，还带了大批书籍和宗室、随驾官员，根本没有轻装前进。不久，得知清军迫近，隆武君臣大惊狂奔，随驾大学士何吾驺本有足疾，又“坠马垂死”，从间道返回原籍广东。从行的宫人有“一骑而三人者”。二十七日到达汀州（今福建长汀），随行的只有忠诚伯周之藩、给事中熊伟带领的五百多名士卒。长汀知县吴德操“吏才非其所长”，隆武帝与随行人员奔至该县时，“需役数千名，民逃不应命”。次日（二十八日），清军追到汀州，隆武帝、曾皇后、沈嫔、陈嫔被俘于赵家塘，周之藩、熊伟被杀。隆武帝、后大约在被俘之日即遇害于长汀。据清实录记载：征南大将军多罗贝勒博洛将军入闽，连下建宁、延平等府，“闻伪唐王朱聿钊遁走汀州，遣护军统领阿济格尼堪、杜尔德等率兵追击，直抵城下。我军奋击先登，擒斩朱聿钊及伪阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简并伪官、伪伯等，抚定汀州。……获伪玺九颗，马骡辎重无算”。江日升《台湾外记》云：“隆武帝后死于汀州府堂，乃顺治三年八月二十八日。诸家纪事，悉书隆武被执，送福州斩于市。但时有锦衣卫陆昆亨从行，眼见隆武帝后戎装小帽，与姬嫔被难。昆亨脱出。百姓收群尸葬于罗汉岭，竖其碑曰‘隆武并其母光华太妃讳英忠烈徐娘娘之墓’。后昆亨归郑，继而为僧，年八十有奇，为口述云。故特表出。”历史上的事件往往会在记载上出现程度不等的分歧，隆武帝的下场也是这类问题之一。江日升批驳了押回省会福州斩首的说法，是有见识的，因为在清方档案文书和福州人士的记载中从未提及这样一个重大事件。还有一种说法是在汀州遇害的是隆武帝的替身，他本人逃到广东五指山当了和尚。这种说法很难令人置信，理由是：第一，当时广东是拥戴隆武朝廷的，朱聿键如果真能逃到广东，毫无必要遁入空门；即令说他心灰意懒，看破红尘，那又同传说中的“帝派使者慰劳群臣”自相矛盾。第二，这一流言从来没有任何一个人出面证实；相反，跟随朱聿键逃难的大学士何吾驺回到广东以后，肯定得到相当准确的消息，才写信给肇庆当局另立新君。九九藏书九-九-藏-书-网

八月十三日，贝勒博洛、闽浙总督张存仁、巡抚佟国鼎带领满、汉军从衢州出发，收取福建。十八日，清军未遇任何抵抗，就越过了仙霞岭。不久前降清的阮大铖跟随清军入闽，行至仙霞岭下时忽然头面肿胀，其他官员劝他暂时休息，不要过关。他惟恐失去“立功”机会，坚持随军越岭。为了显示自己身强体健，他争先步行登山，对落在后面的人吹嘘道：你们这些年轻人爬山还不如我这六十岁的老头。攀登到山顶，疾病突发，死于岭上。其他官员气喘吁吁到达岭上时，见他坐在大石上一动不动，呼之不应，以马鞭拨其辫子毫无反应，仔细一看，才发现他已经死了。跟随的家人上岭、下岭，几经周折，才在附近居民家中找到几扇门板，勉强收殓。清军过岭后，随即占领浦城，明巡按御史郑为虹不屈被杀。“时有民谣曰：峻峭仙霞路，逍遥军马过。将军爱百姓，拱手奉山河”，对郑芝龙的不战而降作了巧妙的讽刺。

清军进占浙东，朱以海遁往舟山一带海岛，鲁监国政权濒于瓦解。博洛即部署清军乘胜入闽。早在这年三月间，清廷所派招抚福建黄熙允的使者苏忠贵就秘密到达福建，“见到郑芝龙，见其有诚意归附”。六月初，清军渡过钱塘江，征南大将军博洛又命苏忠贵“持敕书赍送郑芝龙”。郑芝龙既已决定投降清朝，秘密下令仙霞关守将武毅伯施福（即施天福）放弃天险，自动撤退。接着又谎报海盗进犯其家乡安平，上疏道：“三关饷取之臣，臣取之海，海警则无家，非专救不可。”隆武帝派内使持手敕云：“先生少迟，请与先生同行。”郑芝龙置之不理，径自带领军队返回安平。九_九_藏_书_网

九月十九日，清军在贝勒博洛统率下长驱进至福州。城中百姓纷纷逃窜，留下的人剃发留辫。隆武朝廷工部尚书郑瑄投降，“跪泥沙中永日，贝勒不为礼，徐乃令之去，曰：尔官在明朝若是大乎？兹不便用也，速去！”礼部尚书曹学佺（字能始），是著名的文学家，不屈自缢而死。曾任崇祯、隆武两朝大学士的傅冠避居于邵武府泰宁县门人江亨龙家中。“亨龙同子养源私计公常握重兵，大兵索公必连居停，不如自首乃免。”于是，向傅冠假说已被别人告发，藏身不住。傅冠慨然道：“一死报国，吾事已毕，鼠子啮肉，所得几何？”当即投缳准备自尽，江养源为了献俘清军邀赏，竟然横加阻止，说：“公不生见大兵者，江氏百口立碎矣！”又唆使庄客道：“即此族何辜，令为血池乎？”在江氏父子指挥下，傅冠求死不得，被捆绑押往清将李成栋处献功。傅冠为天启二年榜眼，历任礼部尚书、文渊阁大学士，名望很高。江亨龙攀援附会，执贽为门人；一旦局势翻转，立即卖师求荣，拖曳着被捆绑的傅冠踯躅道路间，甚至“有以掌掴公者”。送到李成栋军营后，成栋执礼甚恭，说：“公大臣也，释、留当取令旨，非成栋所专。顾国法剃发令特严，异令以逆论。倘委曲相从者，成栋保公无他，此后攀鳞、曳尾，惟公之便。”傅冠坚决拒绝剃发，厉声曰：“汝知千古有文文山乎，我乡先进也。吾乡无叩头宰相，但有断头宰相耳！”不久，李成栋奉命领兵入粤，傅冠被押送到汀州由镇将李发管押。1646年十一月二十一日在汀州遇难。九九藏书网