何腾蛟下令把围攻长沙的忠贞营调走以后，自以为可以让自己节制的勋镇拿下长沙，攫取首功。然而，他情报不明，不知道清廷所派济尔哈朗统率的满、汉大军正在向湖南推进。清廷接到湖广总督、巡抚、巡按诸臣连续告急的奏疏，于1648年（顺治五年）九月十一日决定任命郑亲王济尔哈朗为定远大将军，“统兵讨湖广逆贼李锦”。十月，济尔哈朗军行至山东曹县，参与镇压该地的农民反抗；十二月在湖北安陆府喂马，休养士卒，准备大举入湘。何腾蛟对敌情缺乏起码的了解，加以指挥无能，在忠贞营于十一月十六日撤离长沙后，始终没有组织成一支进攻长沙的兵力。1649年（顺治六年）正月，济尔哈朗大军进入湖南，何腾蛟部下诸将如惊弓之鸟，纷纷拉起队伍就跑。何腾蛟身边只有马进忠部少数兵力，自知难以迎敌。他在无可奈何之时，给永历朝廷上疏奏称：“湖南千里一空，前恢复诸城一旦尽弃，引罪自劾。”何腾蛟原疏未保存下来，但从南明人士的记载里可以推测他的“引罪自劾”肯定隐瞒了自己把忠贞营调走招致全局败坏的真象，许多南明官绅又同何腾蛟、瞿式耜沆瀣一气，对原大顺军改编而成的忠贞营怀有很深的偏见，因此把这段历史描绘得混乱不堪，全部责任都推到忠贞营和节制该营的堵胤锡头上。例如，堵胤锡邀请忠贞营入湘，李赤心、高必正应命率部于九月间到达常德，十月二十一日由常德南下；何腾蛟在十一月间给瞿式耜的塘报中还说“本阁部不以恢长为喜，而以忠贞来附为喜”；同年十二月初一日瞿式耜转奏后奉圣旨还说：“今长、湘凯闻，李赤心、高必正等雄冠诸军；制辅堵胤锡联属各部，以成大捷，朕心嘉悦。”可是，到了王夫之等人的笔下，就变成堵胤锡招忠贞营参加湖南会战仿佛是一种阴谋，李、高兵进至常德百里外时堵胤锡才写信通知马进忠，“进忠大惊，疑忠贞营之众旦夕即并己，立命焚廨舍庾积，掠百姓，拔营南走，……进忠去常德，王进才、牛万财不知所出，遂约刘体淳（纯）、张光翠同走衡、宝间。忠贞营至常德，已赤土无茎草，不能留，即尾进忠后，自宁乡趋湘潭。马蛟麟徐出收常德，湖北复陷。诸军猬集于湘，高必正遣偏师攻长沙，以谢胤锡，不克，亦退湘、衡间，互相疑掣，转掠千里，胤锡无以制之。腾蛟泛轻舸至湘潭，乃与胤锡议，以南昌求援甚急，胤锡督忠贞营渡湘而东走醴、攸，往援江。而忠贞营徘徊茶、攸间，殊无行意。湘潭陷，腾蛟败没，忠贞营奔衡州走郴，为入粤计。胤锡不能令也”。这完全不符合事实。李赤心、高必正率忠贞营入湘作战，本来是堵胤锡和马进忠的请求，出兵时还对夔东的留守兵力作了部署，防止湖北清军乘虚西上。当时清荆州总兵郑四维依据可靠消息报告：“闻说马进忠等请虎贼（即李赤心为首的忠贞营，李过绰号一只虎）往常（德）、澧（州）。仍将谭贼（指谭文、谭诣、谭弘）船只发上新滩，留王二（即王光泰）、王三（王昌）、姚黄（指摇黄十三家）、朱经略（朱容藩）、王昉生接住施、归、建始一带。今（十月）初五日，各贼起营前往常、澧。”王夫之是当时当地人，应当知道事实的真相。他为了掩盖何腾蛟的过失，竟然编造了一篇马进忠同忠贞营内讧的神话，渲染得栩栩如生。这种凭个人好恶任意上下其手的史笔，只能把读者引入歧途。http://www.99lib.net

综上所述可以看出，1648—1649年（顺治五年至六年）集中在湖南的南明军队有李赤心、高必正统率的忠贞营，马进忠部、王进才部，滇营赵印选、胡一青部，郝永忠部，陈友龙部，曹志建部，袁宗第、刘体纯、牛万才等部，兵力相当雄厚。只是由于居统帅地位的督师阁部何腾蛟非但驾驭无能，而且挑起内讧，弄得众心离散，被济尔哈朗指挥的清军各个击破。清军占领湖南和广西全州后，永历朝廷几乎已无招架之力。但这时清廷因为姜瓖等领导的山西反清运动尚未平定，京师兵力空虚，多尔衮于顺治六年八月间下令济尔哈朗“班师还京”。永历朝廷才惊魂稍定。九_九_藏_书_网

阿哈尼堪、刘之源部在宝庆击败明军王进才、马进忠军，占领府城邵阳，接着向西进攻黔阳，在该县的洪江（今黔阳县南）击败袁宗第、刘体纯（二只虎）部，进占沅州（今芷江）、靖州。

1649年（顺治六年，永历三年）正月二十日，清军在济尔哈朗统率下没有遇到任何抵抗，就进抵道林市，从活捉的明摆塘兵口中审问得知何腾蛟和马进忠正在湘潭城内。次日清晨，清军快速行进，出其不意地包围了湘潭县城。马进忠见清军势大，率部南撤，何腾蛟成了无兵之帅。二十一日清军进入湘潭，何腾蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令屠城，湘潭城中的百姓几乎全被杀光。当时逃到乡下的文人汪辉记载：清军从正月二十一日开刀，“屠至二十六日封刀，二十九日方止”，半个月后他进城看到的是一场惨不忍睹的局面：“近前则足软，欲退又不能。魂飞魄散，心胆惧寒矣。时血迹尚鲜，腥臭逼人，立身无地，有食亦不能下咽。但见尸骨纵横，惨不可言。……市上人民不止二三十，城中不满百人，受伤未死者数十人。”康熙初，《湘潭县志》收录的一件碑文也说：“六年正月，万骑自长潜渡，屠其城，尸坟起，与垣檐平。会守帅提馁卒至，搏尸衣而暴露之，涂藉污泞隘巷间，横竖比叠；有未亡者欲以面目求死者状，裹骸还里，此臭皮囊三七日外作鬼畜变相，竟人人似，又哭而置之。”ｗww•99lｉb•neｔ

佟图赖、伊拜部在衡州击败明军，南明总兵陶仰用阵亡。胡一青、周金汤退入广西全州。佟图赖乘胜追击，占领全州。由于全州是由湖南进入广西的门户，直接关系到永历朝廷的安危，南明将领焦琏等领兵分三路反攻全州，被清多罗顺承郡王勒克德浑部援军击败。焦琏等调整兵力后再次反攻全州，济尔哈朗亲自带领主力往援，明军不敌，退回桂林。清军在勒克德浑率领下进攻道州，明将曹志建战败，道州失守。曹部虽曾反攻道州，都被清军击退。

清朝满汉主力北撤以后，留守湖南的兵力大为削弱。九月，南明焦琏部和滇营赵印选、胡一青等部收复广西全州，该城清方官兵退入湖南永州。十月上旬开始，各路明军重新活跃起来，恢复湖南失地。永国公曹志建部于初二日攻克永兴、初三日收复耒阳。原驻洞口、洪江一带的鄂国公马进忠、襄国公王进才移兵南下会合由全州入湘的新宁侯赵印选、兴宁侯胡一青部，于十月二十七日攻克武冈（永历元年改名奉天）活捉清守将杨应元，新宁、城步等县也随之收复。十一月初四日王进才部又攻克靖州，清将阎芳誉等逃窜途中溺水而死。收复武冈以后，胡一青部经东安、冷水滩攻永州；曹志建军向衡阳推进；马进忠部则进迫宝庆。99lib.net

南明军队对湖南的反攻，引起了清朝湖广当局的恐慌。清湖广四川总督罗绣锦上疏朝廷紧急请求增派援兵。摄政王多尔衮批交兵部商议，顺治七年（1650）二月，兵部建议调驻守山东济南的续顺公沈永忠率领本部官兵移驻湖南宝庆（邵阳），并将原随佟图赖等南征的总兵张国柱、郝效忠二部交其统辖，经朝廷核准后下达。这时，清廷所调定南王孔有德、平南王尚可喜、靖南王耿仲明的军队已分别由辽东南下，孔有德自告奋勇攻取广西。清廷指示他进入湖南以后，先会同沈永忠军“力办湖南之贼，务令销靖伏莽，地方底定”，再报朝廷批准后进征广西。在后来的一段时间里，清军暂时稳定了对湖南的统治，等到孔有德军攻占广西大部分地区以后，留镇湖南的兵力仍然相当有限，从而埋伏下了大西军联明抗清后由贵州东入湖南，清军一败涂地的种子。

济尔哈朗在擒杀何腾蛟以后，利用南明军队不战自溃，分兵大举进攻。由尚书阿哈尼堪、固山额真刘之源领兵往攻宝庆（邵阳），固山额真佟图赖、伊拜领兵往攻衡州；当时，堵胤锡同李赤心率领的忠贞营驻于湖南郴州地区，济尔哈朗亲自带领主力前往征讨。忠贞营兵力不敌，战败后向南撤退。

济尔哈朗、勒克德浑在重新占领湖南大部州县后，还曾派出一支军队西入贵州境内。当时明将郝永忠部还沉浸于内讧之中，在黎平府东南的中潮地方包围远安伯陈友龙残部，陈友龙战败被杀。清军的突袭使郝永忠措手不及，被击败，清军占领黎平府。郝永忠带领部众退到广西庆远（宜山），又辗转于贵州独山一带。由于欣赏他的何腾蛟已被清军俘杀，而瞿式耜等人对他恨之入骨，在奏疏中公开称他为“郝逆”，他在永历朝廷直接控制区内几乎没有容身之地，被迫率领部众由贵州转入夔东山区，与刘体纯、袁宗第等会合，长期坚持抗清斗争。

何腾蛟被俘后坚贞不屈，保持了民族气节，应当肯定。但纵观他的一生却是成事不足，败事有余。弘光时期他受制于左良玉，无所作为。隆武时期，他伙同湖北巡抚章旷排挤大顺军余部，收罗一批散兵游勇充当嫡系，又无将将之能，造成刘承胤、曹志建、黄朝宣等割据跋扈的局面。上文说过，隆武帝遇难，他负有不可推卸的责任。反攻湖南之役取得节节胜利之际，作为全军统帅的何腾蛟却处处私心自用，唆使郝永忠偷袭反正来归的陈友龙部，挑起明军自相残杀，给清军以喘息之机；又悍然调走围攻长沙的忠贞营，一手断送了复湘援赣的战略大局，卒至以身予敌。南明之不振，用人不当是个重要原因。

何腾蛟被俘后，清方劝他投降，他坚决拒绝，正月二十七日被杀害于湘潭流水桥旁一个小坡下。据记载，何腾蛟就义前“惟举手拍地，呼：‘可惜！’两掌皆碎”。大概他终于认识到由于自己的偏私心理作祟导致全局隳败，追悔莫及吧。永历朝廷得到何腾蛟就义的消息，追赠他为中湘王，谥文节。