作为实权人物的李定国在兵力不足以保卫昆明时，对朝廷的去向可能作了不正确的决策。他没有坚持取道建昌入据四川，即便形势危急还可以顺长江而下同据守夔东的抗清义师会合，而赞成了马吉翔等人向中缅边境撤退的错误主张。然而，决策西撤并不等于同意流亡缅甸。事实上他自己当时没有入缅，由他指派的护驾队伍靳统武所辖兵员也只是到关为止，没有跟随永历朝廷进入缅甸。当他接到靳统武的报告，缅甸当局禁止南明军队入境，永历帝下令随行人员自动解除武装后，“虑缅情叵测”，派高允臣赶去，企图追回永历帝和随行人员，不料，高允臣一入缅境即遭到缅方杀害。从后来的情况看，李定国同白文选等一再出兵缅甸想把永历帝迎接回来，表明朱由榔的流亡缅甸根本未征得李定国、白文选等最高将领的同意。从复明事业来看，永历帝慌不择路地进入外邦避难，标志着旗帜半倒，给各地的复明志士在心理上蒙上了一层浓厚的阴影。对李定国、白文选等人来说，既要在穷山僻壤的边境地区继续抗击清军，又要耽心在缅甸的永历帝的安全，弄得顾此失彼，心力交瘁。

开初，缅甸当局还给予一些物资帮助，即所谓“进贡颇厚”。永历帝也还携带了一点积储，有意回赠一分厚礼，用明朝习惯的说法是居高临下的“赏赐”。缅甸官员表示：“未得王命，不敢行礼”，意思是不愿对明朝皇帝行藩臣礼。朱由榔既无实力，也只好听其自然。

八月十三日，缅甸国王派人来请黔国公沐天波过江参加十五日的缅历年节。沐天波携带永历帝原拟赠送的礼品过江后，缅甸君臣不准他穿戴明朝衣冠，强迫他换上民族服装同缅属小邦使者一道９9liｂ•nｅt以臣礼至缅王金殿前朝见。按明朝二百多年的惯例，镇守云南的黔国公沐氏代表明帝国管辖云南土司并处理周边藩属国家的往来事务，体统非常尊贵。这时却倒了过来，要光着脚身穿民族服装向缅王称臣，心中苦恼可想而知。礼毕回来后，沐天波对朝廷诸臣说：“三月在井亘（吉梗）时不用吾言，以至今日进退维谷。我若不屈，则车驾已在虎穴。嗟乎，嗟呼，谁使我至此耶？”说完大哭起来。礼部侍郎杨在、行人任国玺还上疏劾奏沐天波失体辱国，永历帝只好留中不报。

永历帝闻风丧胆、自乱阵脚从他即位以来已成司空见惯。逃入缅甸时，李定国还在组织磨盘山战役，清军不可能直接威胁到小朝廷的安全。然而，二月初四日马吉翔、李国泰拥簇着永历帝登上缅甸客船，不仅随从文武官还有不少人船只没有着落，连太后和东宫都没人料理。永历帝坐船开行后，太后大怒，说道：“皇帝此时未至颠沛，即不顾亲娘耶？”朱由榔等才停泊了两天，到初六日水路人员草草准备就绪，陆续开船南下。一路上缅甸寨民供应物品，十八日船到井梗（地近当时缅甸都城阿瓦，今曼德勒）。二十四日，缅甸国王请永历帝派两位大臣过舟讲话。朱由榔派中府都督马雄飞（马吉翔之弟）、御史邬昌琦前往“宣谕南幸之意”。尽管永历朝廷仍以宗主国自居，事实上却是逃难而来，这点缅甸君臣自然非常清楚。为了避免礼节上难以处理得当，缅甸国王拒绝接见使者，只派汉人通事居间传达信息。通事拿出明神宗时颁给缅甸的敕书同马雄飞、邬昌琦带来的永历敕书相核对，发现所盖玉玺大小稍有出入，因此对永历朝廷的正统地位产生怀疑。幸亏沐天波携有历代相传的征南将军印是明代同西南沿边土司和接壤国家往来文书中经常使用，缅甸当局对比之后才解除了疑惑，允许永历帝和他的随行人九-九-藏-书-网员暂时居留境内。

到九月间，马吉翔、李国泰对永历帝诉说廷臣和随从人员生活困难，有的人已经没粮下锅，意思是要朱由榔拿出“内帑”（这对流亡他国，自然不可能有任何财政收入）来救济。朱由榔本来就没有多少家产，这时屡经劫难，已经捉襟见肘，一怒之下把黄金制造的国玺扔到地上，让他们凿碎分给群臣。典玺太监李国用叩头道：“臣万死不敢碎此宝！”马吉翔、李国泰却毫无顾忌，当即将国玺凿碎，分给各臣数钱至一二两不等。这件事充分说明随永历帝入缅的多数官员已如行尸走肉，毫无共赴国难之意。不久，缅甸政府送来一批新收的稻谷，朱由榔指示分给穷困的随行官员。马吉翔却视若己物，分给同自己交情密切的人员，引起小朝廷内部极大不满。护卫总兵邓凯大呼道：“时势至此，尚敢蒙蔽上听。升斗之惠，不给从官，良心何在？”马吉翔命手下人把邓凯打翻在地，伤足不能行走。

朱由榔、沐天波和其他朝廷随行人员在顺治十六年闰正月二十六日进入缅甸以后，二十九日到蛮莫，当地缅甸土官思线前来迎接，永历帝赐给了金牌、缎帛厚礼。当对，黔国公沐天波、华亭侯王惟华、东宫典玺太监李崇实三人头脑还比较清醒，他们认为把朝廷命运完全置于缅甸保护之下，万一缅甸当局态度发生变化，将带来难以预料的后果。因此，经过商议后共同提出建议：“此地属缅边，尚未深入。我等若将文武将士一半随大驾（指朱由榔）入缅，以一半导太子入茶山调度各营，即上在缅地亦有外援可恃。不然，深入夷穴，音耗内外不通，终于生困。”永历帝觉得这个建议有道理，可以考虑；可是，中宫王氏却舍不得爱子远离身边，坚持不肯。朱由榔惟恐清军跟踪而来，自身难保，离开蛮莫时即谕土官思线砍倒树木，阻塞道路。思线既得此谕，就在车驾启行后，对关内外山箐搜括三天，碰上仓皇追驾的明朝官员一律加以拘捕，抄没随身财物，身强力壮者杀害于关前沟下，老弱者散给各土寨令其舂米，被折磨而死的即投入江中，销尸灭踪。三十日，行至河边（约为八莫，靠伊洛瓦底江）。二月初二日，缅甸国王派了四艘客船来迎接。由于船只狭小，永历帝挑选随从官员六百四十六人扈从三宫由水道南下，其中有的官员还是自己出资雇买船只随行；剩下的九百多人由总兵潘世荣保护岷王世子等骑马走陆路，其中有文书房太监江国泰、刘九皋、刘衡、段然忠、翟国祯等十四人，文官朱蕴金等，武官温如珍、范存礼、姜承德、向鼎忠、高升、季大胜、谢安祚等。

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朱由榔和他的随从人员在缅都阿瓦城郊居住下来以后，同国内（包括边境地区）的抗清实力之间已经很难保持联系，所谓“朝廷”、“正朔”不过虚有其名。缅甸当局虽然允许他们入境避难，却始终没有给予正式的官方接待。尽管缅甸国王住在阿瓦城中、流亡入缅的永历君臣住于阿瓦城外，隔河相望，近在咫尺，各种文献却表明，两人从来没有见过面。

永历朝廷暂时得到安置，多数文武官员毫无失国忧君之念，继续过着苟且偷安，苦中作乐的生活。据记载，当地的缅甸居民纷纷来到永历君臣住地进行贸易，这本无可非议，许多南明官员却不顾国体，“短衣跣足，混入缅妇，席地坐笑”。一些缅甸人士也鄙夷这种丑陋行径，私下说道：“天朝大臣如此嬉戏无度，天下安得不亡？”一位通事也说：“我看这几多老爷越发不像个兴王图霸的人。”永历帝为了维护小朝廷的安全和体统，决定派官员轮流巡夜，奉派官员即乘机“张灯高饮，彻夜歌号”。这年八月间，朱由榔左脚患病，昼夜呻吟。马吉翔、李国泰于中秋节晚上会饮于皇亲王维恭家内，维恭家有广东女戏子黎应祥，吉翔、国泰命她歌曲侑酒，黎应祥流着眼泪说：“上宫禁咫尺，玉体违和，此何等时，乃欲行乐。应祥虽小人，不敢应命。”王维恭竟然拿起棍子就打。朱由榔听到哄闹哭泣之声，派人传旨道：“皇亲即目中无朕，亦当念母死新丧，不宜闻乐。”王维恭等人才暂时收敛。此外，绥宁伯蒲缨、太监杨国明等大开赌场，日夜呼幺喝六，一片喧哗。永历帝大怒，命锦衣卫士前往拆毁赌场，诸臣赌兴正浓，那管什么皇帝圣旨，换个地方重开赌场，喧啸如故。www.99lib.net

五月初七日，缅甸当局才把永历帝及其随从由井梗移到原陆路人马到达的阿瓦城隔河相望的地方，用竹子围造了一座城，里面建草房十间作为永历帝的住所，其他随行官员人等自行构房居住。

1659年（顺治十六年，永历十三年）闰正月二十五日（丙子），朱由榔和小朝廷的文武官员在平阳侯靳统武护卫下，由永昌府（今云南保山市）退到盏达土司，第二天行至布岭，距离中缅边境已经不远了。马吉翔认为只要进入缅甸国境就可以保住身家安全，同他的弟弟马雄飞、女婿杨在秘密商议道：“我等百千谋议，方得车驾幸缅。今从官相随又已至此。万一得有宁宇（？），上意必悔不早入蜀；在廷又欲持文墨以议我弟兄。今护卫平阳侯右协孙崇雅与我极为同心。莫若先示以意，使之妄传追逼，则乘舆今夜必兼程入关。伺夜半昏黑，车驾一过关，便将从官尽劫，则东奔西窜，流离万状，必无有随驾者矣。”三人议定后即往告知孙崇雅。孙是靳统武的部将，本已感到前途黯淡，又有马吉翔的怂恿，乘机发一笔国难财，何乐而不为？于是在这天晚上纵兵大肆掳掠。在夜色笼罩之下乱兵抢劫，连永历皇帝也未能幸免，光着脚上不了山，直到天威营等兵赶到，才在深夜窜到铜铁关（指铜壁关和铁壁关），随行的文武官员在流离当中又遭抢劫，苦不堪言；不少将士也在混乱当中若鸟兽散。二十六日白天到曩本河，距缅关十里。黔国公沐天波先派人去通知守关缅兵。由于历史的原因，明朝镇守云南的沐国公是缅甸当局熟知的人物，守关缅兵纷纷下马以礼相待。当他们得知随永历帝避难缅甸的文武有近两千人马，要求“必尽释甲仗，始许入关”。永历帝同意，“一时卫士、中官尽解弓刀盔甲，器械山积关前，皆赤手随驾去”。这一举动曾经遭到一些忠于明室的人士的指责，认为自动解除武装是“堕缅人计”，“向使马吉翔、孙崇雅不暮夜兼程，则车驾入缅，护兵不散，犹易于出险而会两藩（指晋王李定国、巩昌王白文选），缅人不敢拘执，况敢献清乎？”就当时形势而言，缅甸是个比较弱小的国家，其当局接受南明皇帝入境避难而要求解除随行人员武装无可非议。问题在于朱由榔贪生怕死，在李定国等人还在云南西部边境地区组织兵力抗击清军时，就在马吉翔之流窜撮下流入外邦，过着寄人篱下的生活，以为这样清朝就可以放过他们，从而苟且偷安。九*九*藏*书*网

由潘世荣带领取陆路南行的明朝官员士卒在三月十七日就到达了缅都阿瓦城隔河对岸处。由于人马杂沓，引起缅甸国王的不安，他说：“此等非避乱，乃是阴图我国耳！”派出兵丁加以包围，强行把这批南明人员不分男女老幼分别安插于附近各村民家看管，一家一人，禁止往来。这批南明人士顷刻之间妻离子散，家产荡尽，失去了人身自由。通政使朱蕴金、中军姜成德被迫自缢。