在清廷诏告全国的同一天，朱由榔和他的眷属被押回云南昆明。昆明城中许多百性眼见皇帝蒙难，不免黯然神丧。当时一个目击者说：“永历之自缅归也，吴三桂迎入，坐辇中。百姓纵观之，无不泣下沾襟。永历面如满月，须长过脐，日角龙颜，顾盼伟如也。”清军把朱由榔一家圈禁在世恩坊原崇信伯李本高宅内。吴三桂等人认为如果押解赴京献俘，路途遥远，恐怕发生意外，建议就地处决，得到清廷核准。四月二十五日，朱由榔、朱慈烺和国戚王维恭的儿子被处死。据记载，行刑前吴三挂主张拖出去砍头，满洲将领不赞成，爱星阿说：“永历尝为中国之君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体”月二十五日遇害。《也是录》记四月“初八日，上被难”。《行在阳秋》亦记于四月，书尾附记：“东昌李君调云：缅酋送驾旧晚坡在庚子十二月，而龙驭宾天、皇太子遇害则辛丑三月十八日也。君调时在三桂营中目击者。”">；安南将军卓罗也说：“一死而已，彼亦曾为君，全其首领可也。”于是，把朱由榔父子和王维恭子抬到门首小庙内，用弓弦勒死。随即命昆明知县聂联甲带领员役搬运柴薪把三人棺木焚化于北门外。次日，清兵至火化处拾取大骨携回作证。云南人民不忘故主，以出城上坟为借口，寻得未烬小骨葬于太华山。南明最后一帝至此烟消云散。
将军本朝之勋臣，新朝之雄镇也。世膺爵秩，藩封外疆，烈皇帝之于将军可谓甚厚。讵意国遭不造，闯逆肆志，突我京师，逼死我先帝，掠杀我人民。将军缟素誓师，提兵问罪，当日之本衷原未尽泯也。奈何清兵入京，外施复仇之虚名，阴行问鼎之实计。红颜幸得故主，顿忘逆贼授首之后，而江北一带土宇，竟非本朝所有矣。南方重臣不忍我社稷颠覆，以为江南半壁，未始不可全图。讵鸾舆未暖，戎马卒至。闵皇帝（指弘光）即位未几，而车驾又蒙尘矣。闽镇兴师，复振位号，不能全宗社于东土，或可偏处于一隅。然雄心未厌，并取隆武皇帝而灭之。当是时，朕远窜粤东，痛心疾首，几不复生，何暇复思宗社计乎？诸臣犹不忍我二祖列宗之殄祀也，强之再四，始膺大统。朕自登极以来，一战而楚失，再战而西粤亡。朕披星戴月，流离惊窜，不可胜数。幸李定国迎朕于贵州，奉朕于南（宁）、安（隆），自谓与人无患，与国无争矣。乃将军忘君父之大德，图开创之丰勋，督师入滇，犯我天阙，致滇南寸地曾不得孑然而处焉。将军之功大矣！将军之心忍乎？不忍乎？朕用是遗弃中国，旋渡沙河，聊借缅国以固吾圉。出险入深，既失世守之江山，复延先泽于外服，亦自幸矣。迩来将军不避艰险，亲至沙漠，提数十万之众，追茕茕羁旅之君，何视天下太隘哉！岂天覆地载之中，竟不能容朕一人哉！岂封王锡爵之后，犹必以歼朕邀功哉！第思高皇帝栉风沐雨之天下，朕不能身受片地，以为将军建功之能。将军既毁宗室，今又欲破我父子，感鸱鸮之章，能不惨然心恻耶？将军犹是中华之人，犹是世禄之裔也。即不为朕怜，独不念先帝乎？即不念先帝，独不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，独不念己身之祖若父乎？不知新王何亲何厚于将军，孤客何仇何怨于将军？彼则尽忠竭力，此则除草绝根，若此者是将军自以为智，而不知适成其愚。将军于清朝自以为厚，而不知厚其所薄，万祀而下，史书记载，且谓将军为何如人也。朕今日兵单力微，卧榻边虽暂容鼾睡，父子之命悬于将军之手也明矣。若必欲得朕之首领，血溅月日，封函报命，固不敢辞。倘能转祸为福，反危就安，以南方片席，俾朕备位共主，惟将军命。是将军虽臣清朝，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之厚恩矣。惟冀裁择焉。wｗｗ.９９lib.ｎｅt
这大概是永历帝留下的最后一份文件了。其音哀愁如秋虫鸣泣，无壮烈之气，有乞生之念。语云：鸟之将死，其鸣也哀。南明志士寄希望于这样的皇帝实现中兴大业，真可说是缘木求鱼了。
康熙元年（1662）三月十二日，清廷以擒获永历帝诏告天下，诏书中说：“念永历既获，大勋克集。士卒免征戍之苦，兆姓省挽输之劳。疆围从此奠安，闾阖获宁干止。是用诏告天下，以慰群情。”五月，吴三桂因擒获朱由榔有功，进封为亲王。wｗｗ•９9ｌib•ｎｅｔ
顺治十八年十二月初一日，清军迫近缅甸阿瓦，缅甸国王大惊，决定送出朱由榔父子以避免本国卷入明、清之战。刘健记载：“十二月朔，三桂至旧晚坡。缅相锡真约我兵往迎永历。锡真持贝叶缅文纳款，译其文有：愿送永历出城，但求退兵扎锡坡，等语。盖恐大兵袭其城也。”初二日未时，一队缅甸士兵突然来到永历住地，口称：“中国有兵来近城，我国发兵由此抵敌，宜速移去。”说完，七手八脚把朱由榔连同座椅抬起就走，另外备轿供太后、皇后乘用，太子朱慈烺和其他随从一并起行。在缅兵押送下陆行五里即抵河岸，戌时渡河，只听见对岸兵马往来，人声嘈杂，也不知道是谁家兵马。清军先锋噶喇昂邦担心永历帝室得知实情可能在渡河时投水自尽，事先安排了不久前降清的铁骑前营武功伯王会到河边等候，永历座船抵岸时，他即上前拜见，自称奉晋王李定国之命特来迎驾。朱由榔还蒙在鼓里，对王会慰劳有加。直到王会把永历一行人送入清军营中，朱由榔才发觉上当，愤慨不已，斥责王会的叛卖行径。王会内心有愧，无言而退。http://www.99lib.net
永历帝得到清军进入缅境的消息后，给吴三桂写了下面这封信：
初九日，吴三桂班师。回滇途中，吴三桂于下营时均将朱由榔一家置于附近地方帐篷内，由满洲官兵严密看守。原先随从永历的明朝官员妻妾躲过咒水之难后，又被满洲官兵抢去。侍候朱由榔的人只剩下小内官五人、面貌丑陋的小宫女三四人和跛足侍卫总兵邓凯。
顺治十七年（1660）八月，在平西王吴三桂的请求下，清廷决定出兵缅甸，迫使交出明永历皇帝，并且摧毁在云南边境地区继续抗清的李定国军。内大臣一等公爱星阿被任为定西将军，率领满洲兵马赴滇，同吴三桂一道负责进军事宜。敕书中说：“兹以逆贼李定国已经败窜，怙恶不悛，宜尽根株，以安疆圉。特命尔爱星阿为定西将军，统兵同平西王吴三桂相机征讨。凡事与都统卓罗、鄂尔泰、孙塔、署护军统领毕立克图、护军统领费雅思哈等会议而行。如进剿，则令卓罗守城……”次年（1661）四月，爱星阿军至贵阳，喂马十天后向云南进发。八月二十四日，吴三桂、爱星阿部署满、汉兵由昆明分两路西进。十一月初九日，吴三桂所遣总兵马宁、副都统石国柱以及降将祁三升、马宝、高启隆、马惟兴等由姚关推进到木邦。吴三桂、爱星阿致书缅甸国王，要求交出永历君臣。清方记载中说：“伪晋王李定国先奔景线，伪巩昌王白文选遁据锡波，凭江为险。官兵自木邦昼夜行三百余里，临江造筏将渡。白文选复奔茶山。吴三桂、爱星阿遣总兵官马宁等率偏师追之，自领大军直趋缅城。先遣人传谕缅酋，令执送伪永历朱由榔，否则兵临城下，后悔无及。”九*九*藏*书*网
参考诸书记载，吴三桂等所统清满、汉军主力进至旧晚坡，该处“去缅城（指缅京阿瓦，今曼德勒）六十里”
，前锋到达阿瓦城对岸河边，“缅人谋献桂王，请大军留驻”。《阳秋杂录》记：“吴三桂标将有商于吴者。问以旧晚坡之事，据云：十二月初三日，三桂至旧晚坡，檄缅送王，并索从亡诸臣头首。缅迫于兵威，亦遣人相闻。薄暮，缅人送人首三十七至三桂营（按：当即死于咒水之难之明臣），营中讹言王薨。及二鼓，言王至矣。随众出迎，见二艘渡江来，一为王及太妃、王妃、世子、郡主，一为遇害诸臣家属。有缅相及蛮兵二百余人俱至。三桂送王及宫眷于公所。王南面坐，达旦。三桂标下旧官相继入见，或拜，或叩首而
返。少顷，三桂进见，初甚倔傲，见王长揖。王问为谁？三桂噤不敢对。再问之。遂伏地不能起。及问之数至，始称名应。王切责曰：‘汝非汉人乎？汝非大明臣子乎，何甘为汉奸叛国负君若此？汝自问汝之良心安在？’三桂缄口伏地若死人。王卒曰：‘今亦已矣，我本北京人，欲还见十二陵而死，尔能任之乎？’对曰：‘某能任之。’王令之去，三桂伏不能起，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背，自后不复敢见。”