1645年三月，左良玉父子率兵顺江东下时，何腾蛟作为湖广巡抚被挟制登舟，跳入水中逃脱，然后取道江西宁州（今修水县）进入湖南长沙。当时湖广的南部（就是后来的湖南省）还处于明朝统治下，隆武朝廷任命他为湖广等地总督。何腾蛟既摆脱了左良玉部的挟制，又深得隆武帝的信任，而且当时清廷用兵重点在东南沿海省分，一时顾不上湖广。何腾蛟实际上掌握了湖广文武官员的任命权和湖南各州县的钱粮，如《永明县志》所记，“乙酉年，明督师何讳腾蛟退守长沙，湖南各府属钱粮俱解督府”。何腾蛟本可以做一番事业，然而，他在用人行政上倒行逆施，举措毫无足称。这首先表现在他既无知人之明，又无御将之才，却私心自用，急于拼凑一帮自己的班底。他伙同章旷、傅上瑞（二人都由他推荐为道员、巡抚）把具有抗清实力的大顺军余部主力排挤出湘，收罗并重用湖南当地的明朝杂牌军队如黄朝宣、刘承胤、曹志建、张先璧之流，为他们请官请爵，奉若骄子。这些人乘机招兵买马，扩充自己的实力，除了危害地方外一无足恃。何腾蛟的亲信章旷原先主张用“南人”（即上述黄、刘、曹、张辈）排斥“响马”（大顺军），眼看这些“南”将割据自雄，连督、抚也指挥不动，又建议道：“向谓用北人不如用南人，某谓用外镇不如用亲兵。与其以有用之金钱，养望敌还奔之响马，不如养站得脚跟之南兵；与其以有限之金钱，养进止自如之外镇，不如养可予夺、遣发惟命之亲兵。且有亲兵则可以自强，自强则可以弹压响马，驾驭外镇。此壮威制胜之术也。”何腾蛟非常欣赏他的意见，于是派人分别从广西，贵州等地召募兵将，很快就拼凑成了一支三万多人的“督标”、“抚标”亲军，其将领有吴承宗、姚友兴、龙见明、覃裕春、满大壮、胡跃龙、向登位等。后来的事实证明，这批乌合之众既弹压不了“响马”，也驾驭不了“外镇”，从未起过“壮威制胜”的作用。既热衷权势又昏庸无能的何腾蛟、章旷之流拚命扩充兵员，不仅丝毫没有增强湖南的抗清实力，反而严重地加重了百姓的负担，弄得民穷财尽，派系林立。王夫之记载：“腾蛟既奉便宜之命，骤加派义饷，兼预征一年民田税，每亩至六倍以上。不足，则开饷官、饷生之例，郡邑长吏皆以赀为进退；又不足，则开募奸人告密，讦殷富罚饷，朝宣、先璧、承胤皆效之。湖南民展转蔓延，死亡过半。”税三倍。复开告讦罚饷，倾殷富户。请将效之，劄弁四出召募，奸民旦裹抹额，夕掠邻右，湖南千里，炊烟几断。”特别有意思的是，在王传中讲了乡居的前金都御史郭都贤（弘光初立时曾授户部尚书，郭拒不到职）见何腾蛟等横征暴敛，民困已极，作诗讽咏。何腾蛟心怀嫉恨，竟对王允成说郭都贤隐居的石门山“积金粟可赡数万人支十年，山径险绝，敌即至不能攻入，任痛饮，拥姬妾坐待太平邪！”说得王允成垂涎不已。次年，清军入湘，王允成率部直奔石门，才知道郭都贤“所居茅菴槿篱，无足据者”，大失所望，转往溆浦、沅州一带。由此可见何腾蛟用心之阴险。">99lib.net

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自从岳州失守后，明军扼守岳州南面的新墙与清方对峙。1646年（顺治三年，隆武二年）六月，清湖广当局派总兵祖可法、张应祥进攻新墙，章旷部署的“亲军”大败，满大壮阵亡，龙见明被活捉，姚友兴等闻风丧胆，丢弃汎地南逃，新墙遂为清军占领。只是由于清方动用兵力不多，目的仅限于巩固岳州防线，才没有继续南下。这年九月，何腾蛟、章旷决定大举北伐，由章旷督兵由湘阴进攻岳州，移文制抚堵胤锡督马进忠部由常德北入长江顺流接应。何、章调集的军队除督、抚标下亲军以外，还有王进才部和王允成带领的水师，浩浩荡荡水陆并进，企图一举攻下岳州，进而收取湖北。清岳州守将马蛟麟见明军势大，向武昌请援。清湖广总督罗绣锦仅派参将韩友、高士清、惠之观接应，兵力相当有限。明军进至岳州附近时，马蛟麟同副将李显功不过派数百名骑兵出战，在万由桥击败陆路明军，趁势追杀五十里；接着又击败王允成部水师。章旷失魂丧魄窜回湘阴，把战败的责任推到王进才“新营”（王进才原为大顺军偏将，后归附何腾蛟）身上。这时，堵胤锡节制的马进忠部由长江东下直至湖北嘉鱼县六矶口，“武汉震动”，得到章旷军一败涂地的消息才主动撤退。进攻湖北的计划受挫后，章旷、堵胤锡来到长沙同何腾蛟会面，堵胤锡“盛称马镇之勇，微弹湘兵之怯”，章旷、何腾蛟愧恨交加，更加仇恨曾为“响马”的大顺军和马进忠部。9９lｉｂ•nｅt九_九_藏_书_网

在南明史籍中，何腾蛟的地位非常显赫。他在弘光朝廷覆亡时拒绝了清方的招降，最后被俘坚贞不屈，英勇就义，值得肯定。然而，在抗清事业中，何腾蛟成事不足，败事有余，也是无可争辩的事实。人们往往不相信“忠臣”误国，南明史上却是屡见不鲜。