同治六年《谷城县志》 光绪九年《光化县志》
《行在阳秋》 华复蠡《粤中偶记》（又名《两广纪略》）
光绪十九年《新宁县志》 道光七年《香山县志》
康熙元年《汝宁府志》 乾隆十八年《郾城县志》
康熙五十三年《鹤庆府志》 康熙五十四年《新兴州志》
姚康《太白剑》 杜登春《社事始末》
《清初内国史院满文档案译编》 查继佐《罪惟录》
汪宗衍《艺文丛谈续编》 罗宗颐《郭之奇年谱》
康熙十一年《遵化州志》 康熙四十三年《蓟州志》
林时对《荷牐丛谈》 丁大任《永历纪事》
珠江寓舫偶记《劫灰录》 客溪樵隐编《求野录》
管绍宁《赐诚堂文集》 钱谦益《牧斋全集》
彭孙贻《流寇志》（即《平寇志》） 顾景星《白茅堂集》
茅元仪《平巢事迹考》 吴晋锡《半生自记》
顺治十六年《绛县志》 光绪十二年《永济县志》
袁继咸《六柳堂遗集》 《陈璧诗文残稿笺注》，江村、翟冕良笺证
康熙四十四年《平彝县志》 康熙十二年《阿迷州志》
《希青亭集》 王沄《漫游纪略》
黄道周《黄漳浦集》 张煌言《张苍水集》
左懋第《萝石山房文钞》 陶汝鼐《荣木堂诗集》
道光二十四年《江北厅志》 嘉庆十七年《宜宾县志》
罗振玉《清初史料丛编》 徐鼒《小腆纪年附考》
欧阳直《欧阳氏遗书》、《蜀乱》
史可法《史忠正公集》、《史可法集》 陈确《陈确集》
黄宗羲《行朝录》 黄宗羲《弘光实录钞》
乾隆三十三年《金乡县志》 康熙十二年《胶州志》
卫周胤《兵言》 张玉书《张文贞公集》
谈迁《北游录》 李清《南渡录》
《明末滇南纪略》 昆明无名氏辑《滇南外史》
第一档案馆藏档案原件 《明史》
道光十三年《廉州府志》 道光二十二年《英德县志》
姚文燮《无异堂文集》 刘武元《虔南奏议》
乾隆二十八年《即墨县志》 康熙三十年《临城县志》
康熙四年《续修商志》 康熙七年《咸宁县志》
光绪（宣统元年刻）《濮州志》 康熙二十二年《安庆府志》
《顺治录疏》 蒋良骐《东华录》
康熙六年《洛川县志》 顺治四年《白水县志》
卫匡国《鞑靼战纪》，见《清代西人见闻录》
康熙三十四年《怀庆府志》 康熙三十一年《光州志》
戴名世《戴名世集》 全祖望《鲒埼亭集》
《旅滇闻见随笔》 罗谦《残明记事》
《郑成功族谱三种》 庄为玑、王连茂编《闽台关系族谱资料选编》
吴伟业《梅村家藏稿》 《吴梅村诗集笺注》，程穆衡、杨学沆笺注
张伟仁主编《明清档案》 《清史列传》
乾隆二十七年《福宁府志》 嘉庆八年《惠安县志》
方文《涂山集》 彭而述《读史亭文集》
乾隆十八年《南雄府志》 康熙十二年《连州志》
《清世祖实录》 蒋景祁《瑶华集》
《史料丛藏书网刊初编》 沈佳《存信编》
陈洪范《北使纪略》 刘献廷《广阳杂记》
瞿昌文《粤行纪事》（又名《粤行小记》）
乾隆二十二年《广元县志》 道光二十年《乐至县志》
乾隆十五年《澧州志林》 康熙二十四年《岳州府志》
康熙十九年《宁州志》 康熙二十三年《赣州府续志》
嘉庆十七年《乐山县志》 民国十八年《南充县志》
查继佐《敬修堂钓业》 佚名《舟山纪略》
乾隆五十年《济宁直隶州志》 乾隆二十三年《高苑县志》
柳同春《天念录》 佚名《监国纪年》
康熙十五年《元城县志》 乾隆十年《永年县志》
抱阳生《甲申朝事小记》 王应奎《柳南续笔》《平南王元功垂范》
道光二十一年《安岳县志》 弘治《贵州图经新志》
乾隆二十—年《曹州府志》 康熙十三年《曹州志》
康熙十二年《石屏州志》 嘉庆四年《临安府志》
《明清史料》甲编 《满汉名臣传》
陈子龙《陈子龙诗集》 徐孚远《交行摘稿》
光绪五年《永平府志》 康熙十一年《重修大名府志》
道光二十年《晋宁州志》 康熙二十六年《武定府志》
《清圣祖实录》 陈鼎《东林列传》
史惇《恸余杂记》 王秀楚《扬州十日记》
张履祥《杨园先生全集》 侯中一编《沈光文斯庵先生专集》
《明熹宗实录》 计六奇《明季南略》
康熙十九年《浏阳县志》 康熙三年《湘渾县志》
《明清史料》壬编 《皇朝经世文编》
柳亚子《南明史纲•史料》 邓之诚《清诗纪事初编》
《明神宗实录》 计六奇《明季北略》
《明清史料》己编 《皇清名臣奏议汇编》
同治八年《安福县志》 乾隆四十二年《富顺县志》
《晋宁诗文征》 倪蜕《滇云历年传》
雍正九年《建水州志》 康熙五十八年《瀓江府志》
《明清史料》乙编 李元度《国朝先正事略》
傅迪吉《五马先生纪年》 华廷献《闽海月记》
康熙六十一年《台州府志》 康熙十一年《襄阳府志》
台湾《大陆杂志史学丛书》第四辑第五册
张岱《梦忆》（《砚云甲编》本） 查继佐《国寿录》
康熙三十二年《平顺县志》 乾隆二年《翼城县志》
雍正十年《肥城县志》 康熙十年《雄县志》
康熙十二年《高唐州志》 乾隆六年《夏津县志》
康熙十二年《安庆府桐城县志》 康熙十四年《太湖县志》
杨廷麟《杨忠节公遗集》 彭孙贻《茗斋集》
乾隆五十四年《南昌府志》 嘉庆二十三年《湖口县志》
G.E.Harvey原著、姚枬译《缅甸史》
乾隆二十七年《延长县志》 乾隆五十年《绥德直隶州志》
杨英《先王实录》（又名《从征实录》）夏琳《闽海纪要》
归庄《归庄集》 朱之瑜《朱舜水集》
乾隆二十八年《长乐县志》 光绪八年《金门志》
康熙五十五年《楚雄府志》 康熙三十三年《大理府志》
海外散人《榕城纪闻》 任光复《航海遗闻》（又名《航海纪闻》）
辛升《寒香馆遗稿》 彭士望《耻躬堂集》
《故宫文献丛编》 王先谦《东华录》
杜臻《粤闽巡视纪略》 《闽颂汇九_九_藏_书_网编》
康熙十二年《濮州志》 康熙三十二年《睢州志》
康熙五年《德安安陆郡县志》 康熙十二年《德安府志》
余煌《余忠节公遗文》 连城璧《蹇愚录》
道光十五年《綦江县志》 康熙五十四年抄本《巫山县志》
《清代人物传稿》上编，第三卷 谢国桢《增订晚明史箱考》
《思文大纪》 钱秉镫《所知录》
乾隆四十四年《甘州府志》 康熙十二年《巢县志》
姚启圣《忧畏轩奏疏》（在《闽颂汇编》内）
康熙十七年《山东通志》 康熙十二年《德州志》
钱肃润《南忠记》 曹大镐《化碧录》
查继佐《鲁春秋》 李聿求《鲁之春秋》
民国三十二年《兴仁县补志》 乾隆二十九年《南笼府志》
民国三十七年《贵州通志》 道光二十一年《遵义府志》
阎尔梅《阎古古全集》 戴廷栻《半可集》
（汉译）魏特《汤若望传》 屈大均《皇明四朝成仁录》
黄宗羲《汰存录》 《殷顽录》
道光二十一年《榆林府志》 康熙五年《蒲城县志》
《滇系》 《滇粹》
谭其骧《俗传中国史朝代起迄纪年匡谬》，载《历史研究》1991年第六期
顾炎武《顾亭林诗文集》 屈大均《翁山佚文辑》
《清代农民战争史资料选编》 张岱《石匮书后集》
叶梦珠《阅世编》 陆桂荣《三藩纪事本末》
《顺治元年内外官署奏疏》 吴晗辑《朝鲜李朝实录中的中国史料》
魏耕《雪翁诗集》 李光地《榕村语录》、《榕村续语录》
曹锦炎、王小红《南明官印集释》（打印论文稿）
嘉庆二十四年《茂名县志》 光绪十四年《化州志》
戴笠、吴殳《流寇长编》（书目文献出版社影印本） 金堡《偏行堂集》
陈鸿、陈邦贤《熙朝莆靖小纪》 昭裢《啸亭杂录》
钮绣《觚剩》 余飏《芦中全集》
王度《伪官据城记》，见《荆驼逸史》
陈子龙《兵垣奏议》 李邺嗣《杲堂诗文集》
康熙二十二年《大冶县志》 康熙二十四年《荆州府志》
康熙二十二年《金华府志》 道光三年《金华县志》
张怡《白云道人自述》 杨士聪《甲申核真录》
陈恭尹《独漉堂集》 王熙《王文靖公集》
胡有升《镇虔奏疏》 曹烨《曹司马集》
《郑成功档案史料选辑》 温睿临《南疆逸史》
屈大均《广东新语》 许旭《闽中纪略》
乾隆二十四年《直隶泸州志》 康熙五十三年《涪州志》
屈大均《安龙逸史》 江之春《安龙纪事》
康熙五十二年《剑川州志》 康熙五十一年《禄丰县志》
洪若皋《南沙文集》 魏裔介《兼济堂诗集选》
康熙三十六年《阶州志》 道光二十七年《吴堡县志》
《观海指掌图》 刘健《庭闻录》
道光三十年《贵阳府志》 康熙五十七年《定番州志》
文秉《烈皇小识》 孙承泽《山书》
乾隆十七年《汀州府志》 康熙二十五年《杭州府志》
康熙三十年《云南通志》 康熙三十五年《云南府志》
许重熙《江阴城守后纪》 沈涛《江上遗闻》
许基浩《郑延平年谱》 《延平二王遗集》
郝浴《中山奏议》 张王治《工垣谏草》
陈济生《再生纪略》 南沙三余氏《南明野史》
张道《临安旬制记》 陆圻《纤言》
郑廉《豫变纪略》 《吴三桂纪略》，见《辛已丛编》
刘城《峄桐集》 邝露《邝雪海集笺》
康熙十七年《庆都县志》 康熙四十四年《怀柔县新志》
冯梦龙《甲申纪事》 姜曰广《过江七事》
夏完淳《续幸存录》 徐应芬（聋道人）《遇变纪略》
Lynn A.Struve "The Southern Ming1644—1662"（1984）（汉译本司徒琳
《南明史》，上海古籍出版社，1992年版）
康熙十九年《延安府志》 道光二十二年《怀远县志》
施闰章《施愚山文集》 耿兴宗《遵汝山房文稿》
李蕃《雅安追记》 顾山贞《客滇述》
《沅湘耆旧集》 《潮州耆旧集》
《两粤新书》 雷亮功《桂林田海记》
同治十三年《韶州府志》 嘉庆二十四年《三水县志》
陈聂恒《边州闻见录》 陈舜系《乱离见闻录》
何廷瑞《日本平户岛上有关郑成功父子之资料》
《鸡足山志补》
邵廷菜《西南纪事》 祁彪佳《祁忠敏公日记》
方孔炤《抚楚公牍》、《西库随笔》，见《桐城方氏七世遗书》
《郑成功满文档案史料选译》 李天根《爝火录》
民国三十五年《镇宁县志》 民国十八年《桐梓县志》
《明清史料》丁编 《明经世文编》
邓凯《也是录》 刘《狩缅纪事》
佟国器《三抚捷功奏疏》 佟国器《三抚密奏疏稿》
魏源《圣武记》 叶梦珠《续编绥寇纪略》
费密《荒书》 顾公燮《丹午笔记》
龚鼎孳《定山堂集》 刘尚友《定思小记》
《郑成功研究国际学术会议论文集》 马楚坚《明清边政与治乱》
袁继咸《浔阳纪事》 方以智《浮山文集》
佚名《明亡述略》 《永昌府文征》
《梨洲遗着汇刊》内之《郑成功传》（托名黄宗羲撰）
康熙元年《宿迁县志》 康熙十二年《广州府志》
《明清史料》丙编 黄宗義《明文海》
胡钦华《天南纪事》 康范生《仿指南录》
《东华录缀言》，见《佳梦轩丛著》
《郑成功收复台湾史料选编》 谈迁《国榷》
乾隆四年《雅州府志》 嘉庆五年《清溪县志》
康熙三十二年《内乡县志》 顺治十六年《邓州志》
康熙三年《蕲州志》 康熙二十三年《蕲水县志》
《滇缅录》附文安之《黔记》
林时对《留补堂文集选》 陶汝鼐《密庵先生遗集》
《清代档案史料丛编》 鄂尔泰主编《八旗通志》
康熙五十三年《漳州府志》 乾隆二十八年《泉州府志》
孟乔芳《孟忠毅公奏议》 李国英《李勤襄公抚督秦蜀奏议》
康熙八年《山海关志》 道光十一年《冠县志》
王夫之《永历实录》 李介《天香阁随笔》
康熙二十四年《巴陵县志》 乾隆二十六年《清泉县志》
乾隆六年《沁州志》 康熙四十五年《泽州志》
方国瑜《云南史料目录概说》 郑天挺《探微集》
《顾亭林诗集汇注》，王蓮常辑注
王思任《王季重十种》 徐孚远《钓璜堂存稿》
康熙十二年《九江府志》 康熙二十二年《彭泽县志》
吴伟业《绥寇纪略》 金堡《岭海焚余》
李世熊《寒支初集》、《寒支二集》 《夏完淳集校笺》，白坚笺校
康熙三十四年《邹平县志》 康熙十二年《莱芜县志》
康熙五十一年《定襄县志》 康熙三十九年《重修静乐县志》
蔡士英《抚江集》 曹寅《楝亭集》
道光二十六年《宁波府志》 康熙二十三年《温州府志》
黄宗羲《海上恸哭记》 黄宗義《赐姓始末》
杨德泽《杨监笔记》 金钟《皇明末造录》
连横《台湾通史》 郭影秋《李定国纪年》
康熙二十九年《上蔡县志》 康熙九年《西平县志》
雍正八年《高阳县志》 康熙二十四年《灵寿县志》
乾隆三十五年《汾州府志》 康熙二十—年《阳曲县志》
瞿共美《天南逸史》 《粤游见闻》
雍正七年《临汾县志》 顺治九年《云中郡志》
同治四年《房县志》 康熙十二年《均州志》
《鹿樵纪闻》 应廷吉《青燐屑》
光绪三十年《临桂县志》 康熙五十九年《西江志》
《嘉定屠城纪略》 《江阴城守记》（托名韩萸）
谢圣纶辑《滇黔志略》 《云南备征志》
康熙三十五年《介休县志》 康熙二十六年《五台县志》
康熙三十年《通海县志》 道光六年《元江府志》
陈定生《书事七则》 谈迁《枣林杂俎》
杨苞《桐川纪事》 素心室主人编《南沙枕秘四种》
乾隆六年《新会县志》 道光七年《高州府志》
康熙六十一年《思州府志》 光绪二十三年《平越直隶州志》
丁大任《入长沙记》 陈伯陶《胜朝粤东遗民录》
《清史论丛》第二辑，1980年版 《明史论文集》黄山书社1994年版
康熙二十四年《宝庆府志》 嘉靖十四年《常德府志》
孙承泽《春明梦余录》 张家玉《张文烈遗集》
康熙三十二年《福建通志》 乾隆十六年《福州府志》
乾隆十一年《西宁府新志》 乾隆十四年《五凉考治六德集全志》
刘宗周《刘子全书》 熊开元《鱼山剩稿》
同治十二年《沅州府志》 康熙四十四年《沅陵县志》
《吴城日记》 姚廷遴《历年纪》
林佳矶《闽记》，见抄本《明季稗史》第三种
郑亦邹《郑成功传》 施琅《靖海纪事》
康熙二十四年《郧阳府志》 康熙六年《安陆府志》
康熙四十九年《黑盐井志》 雍正五年《宾川州志》
康熙十二年《延绥镇志》 康熙二十四年《潼关志》
乾隆三十七年《历城县志》 乾隆二十四年《阳信县志》
乾隆二十八年《永顺府志》 同治十年《保靖县志》
光绪元年《怀集县志》 道光十三年《肇庆府志》
刘若愚《酌中志》 张怡《謏闻续笔》
杨嗣昌《杨文弱先生集》 王锡衮《禄丰王忠节公集》，见《明滇南五名臣集》
康熙四十一年《永昌府志》 乾隆二十六年《东川府志》
李雯《寥斋集99lib•net》 佘一元《潜沧集》
康熙十二年《东安县志》 咸丰三年《大名府志》
《东明见闻录》 冯甦《滇考》
张正声《二素纪事》 顾炎武《明季实录》
李清《三垣笔记》 李清《甲申日记》
光绪五年《毕节县志》 咸丰元年《安顺府志》
翟式耜《瞿忠宣公集》、《翟式耜集》、《虞山集》 钱秉镫《藏山阁集》
《虞山集》 康熙年间修《佟氏宗谱》
乾隆四十四年《揭阳县志》 道光十三年《兰州府志》
张岱《玻撮文集》 傅山《霜红龛集》
光绪七年《荣河县志》 乾隆二十八年《稷山县志》
嘉庆十八年《洪雅县志》 光绪十年《洪雅县续志》
顺治十三年《新修丰县志》 乾隆十年《铜山县志》，
光绪六年《巴东县志》 光绪十年《兴山县志》
道光七年《夔州府志》 乾隆八年《新繁县志》
康熙九年《松滋县志》 康熙九年《枝江县志》
余飏《莆变纪事》 陈鸿、陈邦贤《清初莆变小乘》
乾隆八年《平江县志》 康熙五十二年《安福县志》
《研堂见闻杂录》 南园啸客《平吴事略》
谢国桢《南明史略》 柳亚子《怀旧集》
陈碧笙《一六四六年郑成功海上起兵经过》，载《历史研究》1978年第二期《郑成功研究论文集》
乾隆五十三年《德州志》 康熙六十年《青州府志》
同治九年《江华县志》 康熙六年《永明县志》
光绪四年《临榆县志》 乾隆三十九年《永平府志》
乾隆二十六年《衡阳县志》 康熙四十二年《长沙县志》
阮曼锡《海上见闻录》（定本）（彭孙贻《靖海志》）
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沈苟蔚《蜀难叙略》 李馥荣《滟澦囊》
《清太宗实录》 郑达《野史无文》
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同治四年《竹山县志》 康熙八年《当阳县志》
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王铎《拟山园选集》 《崑山王源鲁先生遗稿》
康熙二十一年《山西通志》 雍正十三年《朔州志》
《郑成功全传》，台湾史迹研究中心1979年版
康熙四年《通山县志》 乾隆二十八年《衡州府志》
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孟森《明清史论著集刊》 李光涛《明清档案论文集》
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《清世宗实录》 吴殳、戴笠《怀陵流寇始终录》（《玄览堂丛书》本）
咸丰九年《武定府志》 康熙二十四年《蒙阴县志》
康熙三十二年《新城县志》 乾隆八年《淄川县志》