四月，金砺调集水陆官兵，准备进攻海澄县和中左所（厦门）。郑成功为了保卫漳州府沿海基地海澄，先派左军辅明侯林察、左军闽安侯周瑞、后军周鹤芝、前镇阮骏、援剿前镇黄大振等统率官兵乘船阻截清方水师。途中遇上飓风，林察的座船漂入兴化港，被清军擒获。二十八日，金砺指挥的清军扎营于祖山头，摆开了进攻海澄的阵势。五月初一日，郑成功亲统大军到达海澄。他派正中军张英负责组织守城的民夫和器械，北镇陈六御领义武营、仁武营、智武营防守海澄县城；援剿左林胜守南门外桥头，左先锋守东门外岳庙，护卫左镇沈明守中权关，正兵镇、奇兵镇守土城、九都城；前锋镇赫文兴、戎旗镇王秀奇、护卫前镇陈尧策守镇远寨，前冲镇万礼守镇远寨外；前提督黄廷、中提督甘辉守关帝庙前木栅，和镇远寨阵地相接。他自己驻于天妃宫督战。初四日，金砺调集铳炮数百号集中火力轰击郑军阵地，郑军据守的籧篨、木栅多被击坏。第二天，后劲镇陈魁、后冲镇叶章见被动挨打不是办法，要求主动出击；郑成功同意了他们的意见，从各镇抽选了精壮勇士数百名由陈、叶二将率领冲锋。清军见郑兵出营，立即以密集铳炮迎击。叶章当即阵亡，陈魁右腿负伤，被迫退回。成功命收兵固守。清军继续用铳炮轰击，镇远寨边新筑的籧篨等防御工事被夷为平地；郑军将士失去了屏障，官兵惊惶不安。郑成功下令挖掘地窝藏身，同时为鼓舞士气，派传宣官持“招讨大将军印”遍谕军中，说：“朝廷以此畀我，我惟有效死勿去而已。诸将中有能率众得功者，愿以此题让。”诸将纷纷来到成功大营中请战。中提督甘辉慷慨陈词：“人生自古谁无死，留此丹心照汗青。此番竭力以守，倘有不测，亦死得其所！”王秀奇等齐声赞同。成功为了进一步增强将士的决心，亲自冒着密集的铳炮登上高耸的敌台观察敌军阵势。他判断清军在持续两日施放铳炮之后，即将发起全面进攻。当天夜里，他派神器镇何明、洪善等把大量火药埋在两军相持的河沟边，准备好引线，待机而发。入夜以后，清军铳炮不绝。初七日五鼓，金砺下令以空炮掩护，派绿营兵打头阵，随后是满洲兵，填河攀栅蜂拥而来，直抵城下，箭如雨下，企图一举登城。城上的郑军手持大斧奋勇砍杀，后续清军踩着被砍杀的尸体继续攀城，战况极为激烈。天亮以后，郑成功望见满兵大半过河，当即下令何明等点燃引线，沿河埋设的火药同时爆发，烟焰蔽天，刚过河的清兵大部烧死。甘辉乘机挥军扫荡，残存清军狼狈而窜。金砺见败局已定，急忙督令士兵强迫民夫抬运火炮连夜逃回漳州。郑成功海澄战役的胜利，沉重地打击了金砺部清军，恢复了因漳州失利造成的士气不振。这次战役，双方都是以铳炮火药作为主战武器，在军事史上也是值得注意的。九九藏书藏书网ｈtｔp://ｗｗw•９9liｂ•nｅt藏书网

海澄战役以后，金砺被清廷召回京师。清、郑双方再次处于相持局面。郑成功回到厦门论功行赏，并且利用清军无力发动新的攻势的机会，决心把海澄建设成为大陆上的前进基地。他委任中提督甘辉镇守，派工官冯澄世担任监工，征发民夫重修和加固海澄城防，把原来的土城用石灰、砖石建成两丈多高的城墙，上面再沿外侧筑短墙一道，安置大小铳三千余号；城外挖浚深阔的河港，形成“巨浸茫茫，外通九九藏书网舟楫”的要塞。城中屯积大量米谷、军械，使扼据漳州府出海咽喉的海澄县同厦门、金门相为表里，形成一个进可以攻、退可以守，固若金汤的军事体系。

围攻漳州失利后，郑成功命部将镇守海澄，自己在1653年（顺治十年，永历七年）回到厦门。定西侯张名振建议，乘金砺所统南下清军主力集中于福建，浙江、江苏兵力单薄的机会，由他带领原鲁监国舟师北上直入长江，“捣其心腹”，使清方处于进退失据的困境。郑成功同意了这一建议，可能提供了一些船只、粮食和装备，这年秋天张名振、张煌言等带领水师北上江浙。