郑成功和叔父郑鸿逵等人坚持抗清，同郑芝龙选择了截然相反的道路。初期，他们的力量并不大，经过同清方的反复较量，把东南沿海地区的抗清势力汇合成一支劲旅。郑成功也逐步崭露头角，成长为明清之际杰出的统帅。
可见，至少从隆武二年正月起，郑成功一直亲履戎行，参与了许多军事指挥活动。这为他后来独树一帜，领导东南沿海声势浩大的抗清活动奠定了基础。
三月，因郑彩逗留不进，被革去永胜伯、征虏大将军职务，“敕国姓成功招致郑彩逃兵，毋得令其惊扰地方百姓”。同月，“催国姓成功、辅臣傅冠速出分水关，以复江省”（卷五）。
这里，有必要谈谈郑成功在隆武年间的军事活动。托名黄宗羲撰《郑成功传》里不仅说他“意气状貌，犹书生也”，而且说郑成功在整个隆武时期“虽遇主列爵，实未尝一日典兵柄”，并不正确。郑成功在1644年以前只是一个书生，如果没有在隆武年间（1645—1646）的亲身军事经历，到朱聿键被俘、郑芝龙降清后他即便有志恢复，也很难仅凭世家子弟的身份在短期内组织起一支有效的抗清武装。据《思文大纪》的记载，郑成功至迟在隆武二年初春就已弃文就武，开始了他的军事生涯：
郑成功是郑芝龙的长子，母亲是日本女子田川氏，中国文献称为翁氏。1624年（天启四年）七月十四日郑成功生于日本长崎县平户川内町千里滨，七岁以前随母居住日本。1630年（崇祯三年），郑芝龙派人把他接回福建安平，给他取名森，字明俨，号大木。一些史籍记载1644年郑成功曾经入南京国子监，拜读于钱谦益门下，大木即为钱氏所赐字，如黄宗羲《赐姓始末》记：“朱成功者，郑芝龙之子也，母为夷女，初名森，弘光时入南京太学，闻钱谦益名，贽为弟子，谦益字之曰大木。”郑成功入南京国子监就读以及同钱谦益之间的关系尚有待研究。明朝末年武将跋扈的情况虽然已经司空见惯，但武官重视子嗣文化教育的风气并没有改变。因此，郑芝龙延请了饱学之士给郑森讲解经史，终于使这个异国归来的儿子在崇祯十一年五月通过了考试，成为泉州府南安县学的一名生员。他少年时读书的朋友有惠安县生员张若、晋江县人杨于两。“郑成功为诸生时，每自南安来惠（安），主若濠濮斋，论文赋诗，风雨联床，不稍间也”。杨于两是成功妻家董飏先的表侄，刘献廷曾听杨于两亲口说过“于两与赐姓（即成功）幼同笔研”。1642年（崇祯十五年）郑森十八周岁，曾往省会福州参加乡试。当时他父亲郑芝龙已加官都督，“富拟王者，远交朝贵，近慑抚按，灸手可热”。郑森也完全是一副贵公子的派头，“自泉入福，邮传馆舍皆有司备设。及入棘闱（即考场），监临交遣小吏诣号舍致寒温，预选同舍生代为起草。珍果佳肴，络绎传送。森竟日饮啖而已。漏下便已出闱，传呼归馆舍，共赫奕如此”。福建提学副使郭之奇看得不顺眼，不让他中举。次年（1643）二月岁考，尽管文章写得颇通畅，仍被郭之奇评定为二等，不得食饩为廪生。www•9９ｌｉｂ•ｎet九九藏书
隆武帝即位之后，郑芝龙已成为定策元勋，郑森才在父亲的带领下拜见朱聿键。隆武帝见他风度翩翩，一表人材，对答如流，非常赏识，深憾自己没有女儿嫁给他，就赐他姓朱，改名成功，“以驸马体统行事”。这一殊荣自然也具有笼络郑芝龙的意图。郑森自称和被称为朱成功、赐姓、赐姓成功、国姓成功、国姓爷、郑成功都是由此而来。
隆武二年（1646）正月，奉命“领兵出大定关”。（卷四）
四月，在给军师蔡鼎的敕谕中说：“朕原速期幸虔（江西赣州府），以迎兵未至，故调国姓成功、99lib•net辅臣冠，护驾前往。今于华玉兵已至；又虔中迎疏叠来，则国姓、辅臣正可用力湖东，不必调到湖西。东西并举，朕亲节制于虔，江省之复可必。著国姓、辅臣速约各镇鼓锐前进，铅山告警，必行兼顾，以巩崇关。”同月，敕谕御营内阁：“国姓成功巡关回来，迎驾暂至邵武，相机出关。”“新抚永安、沙县山寇头目一万一十三名隶陈国祚标下，听国姓成功节制。”“国姓成功请给新到官兵月饷。上令于邵武近处另给，该部行文去。”“谕国姓成功曰：兵、饷、器三事，今日又有手敕，确托卿父子。兹览卿奏，言言硕画，朕读之感动，其总理中兴恢御兵、饷、器甲，统惟卿父子是赖。银关防准造，即以此为文，造完颁赐，以便行事。”“敕行在兵部：‘国姓速令郭焘守住永定，调陈秀、周麟、洪正、黄山速速往救赣州，杀退清兵，保安赣州。有功重叙，有失重罚。’”（卷六）
阮旻锡《海上见闻录定本》记：1647年“时赐姓谋举义，而兵将战舰百无一备，往南澳召募。闻永历即位粤西，遥奉年号，称‘招封大将军罪臣’，有众三百人，于厦门之鼓浪屿训练，委黄恺于安平镇措饷。识者知大可与有为，平国旧将咸归心焉。”“八月，以洪政、阵辉为左右先锋，杨才、张进为亲丁镇，郭泰、余宽为左右镇，林习山为楼船镇。进兵攻海澄，扎祖山头。数日，援兵至，洪政中流矢，与监军杨期潢俱死之，遂退兵。会定国公进攻泉州，列营桃花山。清提督赵国祚率数百骑冲营，张进、杨才迎战；定国遣林顺等夹攻，大破之。别遣水兵破溜石炮城，斩参将解应龙，军声大振。泉绅郭必昌之子显欲内应，国祚杀之，灭其家；并系故相黄景昉等。国祚酷虐，泉民不敢喘息。九月，漳州副将王进率兵来援，围解。”这一战役在清福建提督赵国祚（时驻于泉州）顺治五年八月初六日揭帖中也说到：“至六月间，建宁失守，汀、漳梗阻，延、邵悬绝，福、兴警报鲜闻。而泉州又有投诚郑芝龙胞弟郑鸿逵伪称定国公、郑芝豹伪称澄济伯，其子郑成功伪称朱姓，兼郑氏亲戚各称贼首文武等衔，俱不思天命久归真主，妄冀恢复。……”八月，郑鸿逵等乘船而至，“联络山寇”进攻泉州。九月初三日攻克溜石，防守参将解应龙等官兵溃亡。二十一日，赵国祚密调漳州副将王进抵泉，内外夹击，郑军失利，二十八日收兵乘船入海。www.99lib.net
六月，“命国姓成功亲到漳、泉，精募兵将，立助恢复，期限二十日即来复命”。同月，“给国姓成功五月兵饷”。（卷八）江日升《台湾外纪》卷二记载，郑成功在1646年三月要求回安平看望久别的母亲，隆武帝准假一月，从三月起到郑芝龙决意降清都未述及郑成功在军中的活动，似乎他这段时间都留在家乡。实际上，江日升的记载可能有不少遗漏。郑成功因母亲翁氏于上年秋天从日本接回福建南安，他思母心切，又听说翁氏患病，请求给假一个月回安平镇探亲。隆武帝为照顾其母子团聚，在六月间同意了他的请求，但这个月初清军已经大举攻入浙东，形势骤然紧张，因此限以时日，并且让他顺便在漳州、泉州二府召募兵将，赶回行在延平。郑成功探望母亲以后，虽然未必招募了多少兵将，但他本人确实返回了抗清前线。据王忠孝的记载：他应隆武之命，“八月抵福京，晤诸公，商榷时艰。望后（十五日以后）登舟溯流而上。距行在（指延平）仅二程，清骑已乘虚而入。赐姓公（即郑成功）交锋不利，率师南下，遇余于舟次，语余曰：‘上已先四日行，剑南皆北骑，公将安之？’因拉余旋福京，订举事”。
五月，“敕国姓成功兼顾大安关，仍益兵防扼，恐有清骑突入。铣器火药，即令二部给发”。（卷七）
据史籍记载，郑芝龙从安平前往福州时曾经派人叫郑成功同行。成功拒不应命，回信说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”他在叔父郑鸿逵支持下，带了一支数量不多的军队前往金门。郑芝龙自投罗网以后，清军立即背信弃义地攻入安平镇，大肆抢劫淫掠，成功的母亲翁氏也被奸污，愤而自缢，其时为十一月三十日。郑成功闻讯，痛不欲生，更坚定了武装抗清的信念。清兵饱掠而归后，他回到安平，料理了母亲的丧事，用黄金铸造了一尊翁氏坐像，饰以珠宝，朝夕上供。从此开始了他独挡一面的长期抗清斗争。有的文献记载了这样一个故事：成功“携所著衣巾，焚于南安文庙，仰天欷嘘，曰：‘昔为孺子，今为孤臣，谨谢儒服，惟先师昭鉴！’再拜而去。与所善陈辉、洪旭等九十余人，收兵南澳，得数千人。”