干预朝鲜带来的最初欣喜情绪平息之时，国家安全机构开始冷静地反思美国所承担的义务。中央情报局1950年7月10日提出了一份调子比较悲观的评估报告。由于中央情报局初出茅庐，规模甚小，与国务院和国防部的情报机构相比，依旧望尘莫及，因此在做出干预决定的关键会议上，其作用微不足道。现在美国已经参战，它终于有机会进行分析性评论了，但它的观点在国务院或国防部均遭冷遇。中央情报局认为，由于美国已经介入战争，“主动或者被迫撤退……都会是一场灾难”。美国的对外承诺将失信于人，因为盟国不会相信美国会动用军事力量来实现诺言，类似伊朗和印度支那等友好国家“可能会失去政治控制……或者迫不得已与苏联谋求和解”。美国正面临着由苏联挑起的一系列爆炸性事件，因为“如果苏联估计不到全球战争风险的严重性，它就会继续策动类似朝鲜事件的有限侵略。……美国主动撤离朝鲜，可能只会鼓励而不会阻止苏联在其他地区挑起有限战争”。

在中央情报局看来，撤退可能会引起苏联人的强烈反应。分析报告指出：“美国应该实行国内动员以支持美国和联合国在朝鲜的干预，而不要在撤退以后再做动员，这在政治上和心理上要有利得多。”假如美国撤军后再实行部分动员，“那么苏联领导人更可能预计战争的矛头是直接指向苏联的，而不会去考虑美国的动员是不是为了支持联合国在朝鲜的干预。如果苏联预计会爆发全球性战争，它就有可能进攻美国以先发制人”。

中央情报局当时的中国问题分析人员雷·克莱因（1969年退休时任副局长），同中央情报局内许多一般官员一样，支持杜鲁门做出干预的决定，认为它是“勇敢的一击”，势在必行。但克莱因对政府采取的步骤持保留态度。“由于缺乏一系列严谨的分析就做出决定，”他说，“这成了先斩后奏的事情。”

当时，中央情报局的主要工作是寻找相关迹象，表明苏联人将发动进攻来回应美国的干预。一个国家备战的迹象是销毁驻外使馆的档案，撤离重要人员、妇女和儿童。（一个情报延误的经典例子：1941年12月7日凌晨，联邦调查局人员观察到日本驻华盛顿大使馆院子里浓烟弥漫，日本人显然正在销毁大批文件。监视人员做了记录。当他发出报告时，日本飞机已经摧毁了珍珠港美国舰队的主力。）随着朝鲜危机的加剧，中央情报局和联邦调查局密切注视着苏联在世界各地的外交机构。特工人员收集了一大堆零星材料：

——7月4日晚10时30分，特工人员注意到“苏联驻哈瓦那公使馆内浓烟滚滚，并且散发出纸张燃烧的气味”。在此之前，“一只装着6架莱卡35毫米照相机的箱子被运进公使馆，这表明，在烧毁文件以前可能做过缩微照相处理”。

——7月2日，苏联在东京的领事和文化关系处的人员“被观察到在收拾个人物品”。

——7月7日，联邦调查局报告，在切萨皮克湾彼岸马里兰州伍德兰滩的苏联使馆野营地点，“妇女们被告知要于次日晚去大使馆开会”。此外，据提供消息的人士称，从苏联大使馆一等秘书、远东委员会成员鲍里斯·索科洛夫“在华盛顿西北的家里”传出锤子的敲击声，可能是在收拾行李或者打包装。

——中央情报局的特工人员报告，在过去的6周内，苏联驻华盛顿、法国、日本、土耳其、印度、叙利亚—黎巴嫩、暹罗（泰国）、波兰和捷克斯洛伐克的大使们相继回国。

中央情报局及其局长希伦科特海军少将都没有对这些毫无关联的情况进行分析，而只是把它们凑在一起送往白宫。杜鲁门总统看着看着火气上来了：“我认为中央情报局是一个情报机构，不是记事板。”他打了电话给马歇尔将军。马歇尔在二战时期任陆军参谋长，后来任国务卿，此时正在弗吉尼亚州利斯堡附近自家的农场退休养老。杜鲁门说：“我实在想另外物色执掌中央情报局的人，你有什么主意？”马歇尔说容他“考虑一下”。结果，直到9月中旬，马歇尔始终没有机会举贤荐能。在这期间，中央情报局几乎得不到杜鲁门的重视。